(1）农村三级卫生服务机构基础设施落后。①农村卫生资源严重短缺。中西部大部分农村卫生机构房屋破旧。另外，县中医院、妇幼保健院卫生室的条件差。②常用设备短缺。约60%的县医院需要装备或更新心电监护仪。90%的县妇幼保健机构需要装备更新新生儿心电监护仪。个别卫生院至今还靠血压计、体温计、听诊器，勉强维持开展低水平的医疗服务。③可及性差。在部分农村地区，尤其是边远农村，卫生资源不足，给居民就医带来困难。④功能不完善。近年来，除医疗功能有所加强外，农村疾病预防、妇幼保健、健康教育、卫生监督执法等功能都有不同程度的削弱，存在着疾病预防控制能力逐年下降、孕产妇和儿童服务管理职能与计划生育部门纠缠不清、健康教育长年得不到开展、卫生监督执法不能覆盖到农村等问题。
（2）农村公共卫生体系不健全，重大疾病预防控制任务艰巨。
由于农村公共卫生体系不健全和本身存在极大的缺陷，抵御突发公共卫生事件的能力非常薄弱，一旦出现疫情的暴发，造成疫情扩散蔓延，受害的不仅仅是农村和农民。与此同时，由于农村居民生活环境、劳动环境和生活习惯的变化，高血压、心血管病等严重疾病人数在农村也不断增加，成为威胁农民健康的主要病种。
（3）农村卫生技术人才缺乏与人员富余并存，医疗水平较差。
（4）农民缺乏基本医疗服务保障。我国农村的村级卫生机构大多基础设施简陋，布局不合理，缺乏必要的检测检验设备，服务质量差。医疗费用大幅度上升，导致农村因病致贫、因病返贫的问题日益严重，同时也抑制了农村消费，影响了农村的经济发展，成为社会不稳定的重要因素。经济发展水平不同的地区，卫生事业发展状况差距很大。
（5）农村卫生管理体制改革滞后，运行机制缺乏活力。主要表现为医疗卫生管理体制和淘汰机制需求不适应，违法行医的行为阻碍了农村医疗卫生建设。
（6）农村卫生资源配置不合理，资源不足与闲置、浪费并存。