当然，博洽和专精，最终还是要体现出卓识来，才可能产生出创新的学术。这一点，正是白先生治史的特点和优点所在，是他在学术界受到人们敬重和钦佩的根本原因所在。白先生在治史方面的卓识和创新，反映在他所涉及的各个领域。因限于篇幅，不能一一胪列，这里只从几个方面举例说明如下：
提出了回族史研究的理论和方法。白先生的治史活动，从伊斯兰教史和回族史开始，直到他逝世前，都始终关注着这方面的工作。为了发展回族史研究，他殚精极思，提出了明确的理论和方法。他先后发表了有关的文章和讲话，如：《关于回族史的几个问题》（1960年）、《关于回族史工作的几点意见》（1984年）、《关于开展回族史工作的几点意见》（1989年）、《关于编写新型回族史的几点意见》（1990年）。这些文章和讲话，所论涉及到“回族和伊斯兰教”、“回族的来源”、“阶级关系和民族关系”、“历史人物”、“回族史工作”、“回族史研究的重要性”、“回族跟汉族、跟别的兄弟民族的关系”、“关于编写新的回族史的问题”，以及搜集资料问题、队伍建设问题等。他所说的“编写新的回族史”的编纂形式，是参照他作为总主编的《中国通史》的体裁而提出来的，即包含四个部分：序说，综述，典志，人物。他把他主编的《回族人物志》（4卷本）看做是其中的第四个部分。他还对第三部分提出了具体的12个方面的事目：地域考，生计考，工艺考，会社考，寺院考，教育考，天文、历算考，医药、体育考，礼俗考，经籍考，金石考，语言考。白先生在回族史研究方面的理论和实践，把回族史研究不断推向前进。
提出了中国历史上民族关系主流的见解。从50年代起，白寿彝先生关于民族史研究开始逐步突破回族史研究的范围，而涉及到民族关系史研究中的一些理论问题。他撰写的《论历史上祖国国土问题的处理》（1951年）、《关于中国民族关系史上的几个问题》（1981年）等论文，提出中国历史上的国土疆域的划分与历史上的民族关系是密切联系的论点，以及用发展的观点、全面看问题的观点来考察中国民族关系史上的主流问题的论点等等，引起了史学界的广泛重视。关于中国民族关系史上的主流问题，白寿彝先生的看法是：关于民族关系史上的主流问题的探讨和研究，可以看得开阔一点。我们研究历史，不能采取割裂历史的方法。从一个历史阶段看问题，固然是必要的；从整个历史发展趋势看问题，则是更为重要的。在民族关系史上，“友好合作”不是主流，“互相打仗”也不是主流。有时好一阵子，有时歹一阵子，但总而言之，是各民族间的关系越来越密切，是许多民族共同创造了我们的历史，各民族的共同努力，不断地把中国历史推向前进。这是主要的，也可以说这就是主流。他从历史上各民族在社会生产、社会生活中的互相依存，从盛大皇朝的形成离不开少数民族的支持，从少数民族的进步同样是中国整个社会进步的重要标志等三个方面论证了上述看法。他的上述见解提出来后，使“斗争”是主流与“友好”是主流之间的长期争论得到缓和，大家基本上得到了共识，加深了对民族关系史之本质的认识。
提出了中国史学史学科建设的理论。白先生从20世纪40年代起致力于中国史学史研究，前后约60年时间。在这60年中，在三个不同的历史时期，他写出了三个中国史学史稿本。他在《白寿彝史学论集·题记》中这样写道：
本书所谓史学，主要是指史学史。像民族史那样，这是一门新兴的学科，更确切地说，是一门在树立中的学科。史学史的任务是阐述史学发展的过程及其规律，阐述史学在发展中所反映的时代特点以及史学的各种成果在社会上的影响。对于中国史学史来说，是要我们对本国史学作出系统的自我批评和自我总结。这是一个艰巨的任务，没有长期细致的工作，是做不好的。我在四十年代初，因学校要开设这门课程，我开始试写讲稿，讲稿写到清末。六十年代初，我另起炉灶，重新写史学史讲稿，写到刘知几，因社会主义教育运动开展起来，没有能继续写下去。这一次的讲稿，在北京师范大学排印了，题作《中国史学史教本》。1983年6月，我开始写史学史的第三个稿本，在1984年12月完成了第一卷，题名《中国史学史》，由上海人民出版社出版。经过十年动乱，第一个稿本已不知弄到哪里了。第二个稿本虽只印了500本，但毕竟是印出来了，因而得以保存下来，并在相当范围内得以流传。现在的第三个稿本，虽在不少地方已与《教本》大不相同，但《教本》仍有可以参考的地方，还有不少章节是第三稿还没有写到的。
对于第一个稿本，我们已无从得知其面貌。第二个稿本是《中国史学史教本》初稿，曾经作为教材在北京师范大学历史系使用过，并在国内广泛流传。它包含两篇十章。第一篇是“先秦、秦汉间的史学”，从“远古的传说”写到“战国、秦汉间的私人著述”，凡四章。第二篇有六章，从“司马迁”写到“刘知几”。《中国史学史教本》在学术上有两个方面的突出成就。一个成就是，它把刘知几以前的中国史学发展的脉络梳理出了一个流畅的头绪。再一个成就是，它提出了一些新的问题，如“远古的传说”同史学的关系，怎样看待“原始的历史观念”、“神意的崇奉”与“人事的重视”对于史学发展的影响，对“战国中叶以后诸子的史论”的概括，等等。第三个稿本是《中国史学史》第一册。这是白先生主编的六卷本《中国史学史》的第一卷，它包含叙篇和先秦时期史学两个部分。这两个部分在中国史学史研究领域，分别展示出全新的气象。关于先秦时期的史学，作者在第二个稿本的基础上又提出了新的认识，一是提出了“历史观点的初步形成”，二是提出了“历史知识的运用”。前者进一步强调了对历史观点的研究；后者则明确地提出了史学同社会的密切关系，从而进一步阐明了史学的社会作用和社会价值。本书的叙篇，是中国史学史学科建设的里程碑。叙篇论述了理论问题、分期问题、思想遗产问题和作者关于史学史学科建设的设想。这对于史学史学科的“树立”，具有重要的理论意义和学术意义。叙篇第一章分别论述了“‘历史’一词的歧义”、“史学的任务和范围”、“史学史的任务和范围”等基本问题。它论史学的任务和范围是：“史学的任务是研究人类社会发展过程及其规律。它的范围可以包括历史理论、史料学、编撰学和历史文学。”它论史学史的任务和范围是：“史学史，是指史学发展的客观过程。我们这部书（按：指《中国史学史》第一册——引者），就是以中国史学史为对象，按照我们的理解，对于中国史学发展的过程及其规律的论述。按照这样的任务，本书论述的范围，包括中国史学史本身的发展，中国史学在发展中跟其他学科的关系，中国史学在发展中所反映的时代特点，以及中国史学的各种成果在社会上的影响。”从这些论述来看，我们可以认为，中国史学史学科性质这一基本问题，是得到了很明确的论证了。这距离白先生发表《中国史学史研究任务的商榷》已有20个年头，上距梁启超提出撰写中国史学史的问题已整整60年了。
提出了中国史学史领域中的一些重大问题并对之作了精辟的分析。白寿彝先生在中国史学史研究领域有丰富的思想和别出心裁的卓识。例如：
一，对史学遗产的高度重视和精辟分析。这是白先生史学史思想的一个重要出发点。白先生在1961年发表的《谈史学遗产》长篇论文，可以看做是作者关于史学遗产的一份“宣言”。文中论到了整理史学遗产“是一种有意义的工作”，并从史学在意识形态和现实社会的关系中的地位、中国史学发展的规律、史学遗产中的重大问题同当前历史的关系等三个方面论证了这种意义。文章对史学基本观点、历史观点在史学中的地位、史学工作的作用、史料学、历史编纂学、史学家和史学著作、史书体裁等七个方面的遗产作了精辟的分析。文章还就“精华和糟粕”、“要百家争鸣”等问题发表了见解。这篇论文首次详尽地论证了史学遗产的重要性，反映了作者对于史学遗产同现实社会、历史研究、探讨史学发展之密切关系的认识。白先生后来的许多论著，如《中国史学史研究任务的商榷》（1964年）、《中国史学史教本》上册（1964年）、《谈史学遗产答客问》（1981年）、《史学概论》（1983年）等，都是从这篇论文发展而来的。
二，科学地认识历史发展过程。1984年，白先生在讲“中国史学史上的两个重大问题”时指出：在新的历史形势下，“我们的史学史工作也应该甩掉旧的躯壳，大踏步前进，把新的史学史学科早日建立起来。”为此，他认为“有两个重要问题，是应该多下点工夫及早解决的”。他说的第一个问题，是对于历史本身的认识的发展过程，如，“是社会存在决定社会意识，还是社会意识决定社会存在？社会发展是有规律的，还是无规律的？群众是历史的主人，还是杰出人物是历史的主人？”“还有，生产状况的升降，地理条件的差异，人口的盛衰，以及历代的治乱盛衰，史学家、思想家和政治家对于这些现象如何认识？”等等，都是属于这一类问题。所谓规律，就是要通过对这些问题的研究和提升去发现，去概括。白先生举出《史记》、《通典》、《资治通鉴》、《通志》、《明夷待访录》、《日知录》、《文史通义》等著作，说明规律是可以被认识的。他尖锐地指出：“我们对于以上这些著作，在理论上的发掘很不够，对于历史本身的发展过程，缺乏总结，以至我们关于史学史的专书中的表述，显得内容贫枯。”白先生的中国史学史论著富于理论色彩和思想深度，皆出于探索规律的这一撰述宗旨。人们从这里可以得到两点重要启示：一是科学地认识历史发展过程，是认识史学发展的基础；二是对史学名著在理论上进行发掘和总结，是科学地认识历史发展过程的途径之一。
三，全面地和深入地认识“史学的社会作用的发展过程”。这是白先生讲的两个重大问题的另一个重要问题，主要是指“史学的成果是否对社会有影响，史学家是否重视历史观点对社会的影响，以及历史知识的传播对社会的发展是否起作用？”白先生举出《诗》、《易》言论和汉、唐史事进行论说，指出：“其实，在中国史学史上，这是一个老问题，不少古人曾经用言论或实践回答了这个问题，但在我们研究史学时，很少注意这个问题，甚至有时还觉得这是一个狭隘的、实用的问题，不愿理睬。我觉得，应该把这个问题重视起来，给它以应有的地位。”这个问题以及上面所讲的那个问题的提出，都是有针对性的、为着推进中国史学史研究而提出来的。白寿彝先生认为，直到80年代初，关于中国史学史的著作，“有一个比较共同的地方，就是它们受到《隋书·经籍志》和《四库全书总目提要》的影响相当大，史书要籍介绍的味道相当浓。金毓黻先生的《中国史学史》和刘节先生的《中国史学史稿》，是两部比较好的书，但也似乎反映它们由旧日的史部目录学向近代化的史学史转变的艰难过程”。金著撰于30年代，出版于40年代；刘著撰于50年代，经后人整理、出版于80年代初。白先生的这番话，是指出了80年代治中国史学史的路径。关于上述两个重大问题，他的结论性意见是：“在中国史学史上，重要的问题不少，这两个问题，恐怕是当前更为重要的问题。在史学史的编撰上，一个史学家一个史学家地，一部史学名著一部史学名著地写，这可以说是必要的，也可以说是研究过程中所难免的。但是否可以要求更高一些，要求更上一层楼，是否可以把这些以人为主、以书为主的许多框框综合起来，展示出各个历史时期史学发展的清晰面貌呢？这当然不容易，但总还不失为一个可以考虑的前进方向吧。”这就是白先生说的“甩掉旧的躯壳”，研究和撰写新的中国史学史著作的基本要求。
白寿彝先生在中国史学史领域的卓识，还反映在他关于史学同经学、子学之关系的认识，关于对史学史之古今论述的重视，关于中国史学史分期的标准和原则等，这里就不一一列举了。
提出了关于中国历史分期的新认识。这在《中国通史纲要》一书反映得尤为清晰。本书原是写给外国读者阅读的。但是，作者通过这部书在探索中国历史的进程及其特点方面，取得了许多新的进展，可以认为是突破性的创获。如对于中国历史划分阶段的看法，白寿彝先生提出了独到的见解，这不仅表现在对于纵的段落的划分，更重要的是在对于每一段落的时代特点的把握。具体说来，白寿彝先生以社会生产力的发展、阶级关系的变化、阶级斗争的发展、少数民族地区的发展和中外关系的发展等五个方面的因素把中国封建社会划分为四个发展阶段，并以此论证每一个发展阶段上的不同的特点；认为与此相适应的是地主阶级经历了由世家地主、门阀地主、品官地主到官绅地主的变化；同样，农民阶级也相应地由编户农民、荫附农民转变为佃农；认为封建社会的这一发展过程，在剥削关系上反映出国税和地祖由统一到分离的发展过程，而这个发展过程同地主阶级的变化、农民阶级的变化、农民起义口号的变化、封建国家经济政策的变化等等，是一致的；认为民族杂居地区和广大边区的封建化在中国历史发展中作用重大，也具有划分历史阶段的意义；等等。白寿彝先生的这些精辟的见解，多发前人之所未发，显示了他对于中国通史之研究和撰述的全局的器识与创新的精神。
提出并论述了关于中国历史的一些重大理论问题。这在《中国通史》第一卷中集中地反映出来。作为多卷本《中国通史》的导论，它的基本宗旨是：在历史唯物主义指导下，结合中国历史发展的史实，一是阐述如何认识中国历史的一些基本理论问题，二是阐述《中国通史》在历史编纂上的理论依据和基本要求，三是阐述中国历史与世界历史的关系。这些阐述，填补了历史理论研究与中国历史研究这两个方面的空白，有突出的理论创新意义。如：
——关于中国历史上的统一问题。认为统一的多民族国家是逐渐形成起来的，提出了统一的四个类型的论点，即单一民族内部的统一、区域性多民族的统一、全国性多民族的统一和社会主义的全国性多民族的统一。
——关于历史分期。认为分期问题的讨论不要局限于中原，要努力在全国范围内考察，应当从社会发展的不平衡的状态上掌握一个时期的整体性。提出了封建社会可以分为四个时期的见解，而分期的标准，应当考察生产力的发展、地主阶级身份的变化、农民阶级身份的变化、民族地区和广大边区的发展变化、中外关系的变化等综合考察的标准。