9月26日下午，邓小平主持国务院会议，听取胡耀邦等的汇报，讨论《科学院工作汇报提纲》。政研室负责人胡乔木等参加。
会上，邓小平讲了许多重要意见。他强调科研工作要走在国民经济的前面。他说：如果我们的科学研究工作不走在前面，就要拖整个国家建设的后腿。他引用马克思关于科学技术是生产力的论点，说：“科学技术叫生产力，科技人员就是劳动者！”
他指出：“科研工作能不能搞起来，归根到底是领导班子问题”，“领导班子，特别要注意提拔有发展前途的人”。班子要有管党的、科研的、后勤的三部分人。“科研人员中有水平有知识的为什么不可以当所长？”“要让党性好的组织能力强的人搞后勤。”他指出，“要给有培养前途的科技人员创造条件，关心他们，支持他们，包括一些有怪脾气的人。首先要解决这些人的房子问题，家庭有困难的也要帮助解决”。
邓小平还论述了教育整顿问题，强调“要后继有人，这是对教育部门提出的问题”。他特别提到“要解决教师地位问题”，还对办好科技大学、办好各种刊物等具体问题作了指示。邓小平要求对《科学院工作汇报提纲》做一些修改，写清科技队伍的范围和人数，把国防工业包括进去；把哲学与自然科学的关系写清楚；具体问题增补一点。先送毛主席，印发政治局，批准后用这个文件充分发动群众。
按照邓小平的讲话和讨论时的意见，胡乔木等很快又修改了一遍。9月28日，《科学院工作汇报提纲》修改完成后即送毛泽东审阅。
这时，毛远新刚在9月27日同毛泽东谈过他对邓小平主持的整顿工作不满意的意见。对《科学院工作汇报提纲》中引用的“科学技术是生产力”这句话，毛泽东在审阅时表示不记得曾经说过。邓小平随即向胡乔木作了传达，经核查，毛泽东在1963年听取聂荣臻汇报十年规划谈话时曾说过“科学技术是生产力”，“科学技术这一仗一定要打，而且必须打好。不搞科学技术，生产力无法提高”，并引用马克思关于这一论点的论述作为“科学技术是生产力”这句话的注释。
其实，毛泽东这种否认是表达他对《科学院工作汇报提纲》的不满，当然也有对邓小平的不满。等到毛泽东于10月下旬把《科学院工作汇报提纲》退回，胡乔木再作修改，邓小平已经在政治局内受到错误的批判了，因而，《科学院工作汇报提纲》最后一次修改稿（第六稿）就压在邓小平处，始终未能与全国人民见面。至于1976年8月“四人帮”拿出来大张挞伐的，不过是这个文件最初的一个讨论稿。
所幸，毛泽东虽然否认自己讲过科学技术是生产力的话，但并没有否认自己讲过“老九不能走”。这是他在5月3日的中央政治局会议上讲的。正是有了这句话，教育工作的整顿就显得师出有名、理直气壮多了。
早在四届人大期间，周恩来、邓小平等就对“四人帮”对迟群的提拔作了否定，任命老干部周荣鑫为教育部部长。随着整顿在各方面的开展，周荣鑫在教育部门根据中央进行整顿的精神做了许多工作。
他多次召开部内外干部教师座谈会、汇报会，反复强调要全面研究马列和毛泽东的教育理论，重提两年前周恩来纠“左”时提出的许多重要意见，还对当时教育界存在的老师挨骂、学生不读书的现象提出了严肃的批评。
这些讲话一时广为流传，受到广大教师和学生家长的欢迎。
10月，教育部开始起草教育工作汇报提纲，准备经中央批准后对教育进行彻底整顿。后来由于周荣鑫受到迟群一伙的迫害，这个汇报提纲未能成稿。
《科学院工作汇报提纲》虽然因邓小平主持的1975年整顿中断而没有批准下发，但这个文件所根据、所论述的邓小平关于整顿与发展科技事业的指导思想和方针政策，反而因为受到错误批判而格外显露出它的光芒。粉碎“四人帮”以后，邓小平刚开始恢复工作，就立即紧紧抓住科学和教育这两个环节，旗帜鲜明地继续1975年被中断的事业，使新时期科技与教育得到蓬勃发展，取得丰硕的成果。应该说，1978年全国科学大会制定的《1978年至1985年全国科学技术发展纲要（草案）》是《科学院工作汇报提纲》在新的历史条件下的发展，而1975年整顿中的《科学院工作汇报提纲》，正是后来科技、文化、教育部门拨乱反正的一个先导。
全面整顿是邓小平领导改革的一次尝试和预演。
随着工交、军队、科技各方面整顿的开展，邓小平决定把整顿推向国民经济的基础农业和其他领域上来。
9月至10月，国务院先在山西省昔阳后在北京召开了农业学大寨会议，同时提出了农业整顿的任务。
邓小平在会议的讲话中首次明确提出了要进行全面整顿的任务。他说：“毛主席讲过，军队要整顿，地方要整顿。工业要整顿，农业要整顿，商业要整顿，我们文化教育也要整顿，科学技术队伍也要整顿。文艺，毛主席叫调整，实际上调整也是整顿。”
邓小平着重强调了搞好农业的重要性：实现“四个现代化”，关键是农业的现代化，更费劲的也是农业现代化。他提醒人们“必须认真注意这个问题”。“如果农业搞得不好，很可能农业拉我们国家建设的后腿。”此外，邓小平还在当时召开的农村工作座谈会上发表了许多重要意见，进一步阐述了全面整顿的问题，对农业整顿和其他各方面的整顿都起了强有力的推动作用。
根据这次会议的精神，全国各地区很快抽调了上百万干部到农村帮助社队进行整顿，开始掀起了农业生产高潮。为了调整党在农村的经济政策，中央还强调不能把社员正当的家庭副业当做资本主义去批判。所有这些，调动了农民生产的积极性，对农业生产起到了促进作用。应当指出的是，农业整顿当时强调的是学大寨，虽然就其重视农业、坚决要把农业搞上去这一面来讲，具有重要的意义，但这一主题毕竟是“左”的，再加上农业整顿起步不久即为“反击右倾翻案风”所打断，因而未能像工交、军队等方面的整顿那样取得比较明显的成效。
抓住毛泽东提出要调整文艺政策的契机，邓小平不失时机地开始对文艺工作进行整顿。首先他重提“百花齐放”的方针，强调“要搞百花齐放，不要一枝独放”。后又根据毛泽东批示，解放了被江青一伙禁演的《创业》和《海霞》，《万水千山》、《长征组歌》等一些有影响的节目也陆续公演，使文艺领域开始出现了新气象。
为了打破“四人帮”在宣传理论领域的一统天下，邓小平采取了另起炉灶的办法，这就是根据他的建议，国务院于6月设立了政治研究室。其主要成员为胡乔木、吴冷西、胡绳、熊复、于光远、邓力群等著名的理论工作者。国务院政研室当时进行了许多调查研究，参加了编辑《毛泽东选集》五卷的工作和许多重要文件的起草工作，包括《论总纲》、《工业二十条》和《汇报提纲》，很快成为邓小平进行理论宣传斗争的得力助手。
政研室工作最重要的一个方面就是代管学部。6月29日，邓小平向胡乔木交代，政研室一定要把哲学社会科学学部管起来，并立即要中央组织部提出学部领导机构人选，同时委托一位副总理召集国务院政工组、办公室和教育部等机关单位开会，把重新确定的对于学部的管理分工正式通知执行。
7月6日，中央组织部和国务院政工组发表学部领导机构名单，由郭沫若任主任，主持学部工作。7月下旬，工宣队、军宣队被送走，下乡下厂的研究人员和工作人员全部撤了回来，学部各个研究所的业务工作逐步恢复起来。
按照安定团结、落实政策的方针，国务院政研室开列了科技教育界、文化艺术界、新闻出版界人士出席1975年国庆招待会的名单。学部有21人出席，包括专家学者18人，领导干部3人。此举引起强烈反响，认为国庆招待会体现了安定团结的方针，体现了落实知识分子政策的精神。学部政工组将出席招待会的有关学者的反映整理成简报，胡乔木看后感到有代表性，即报邓小平并建议转呈毛泽东。毛泽东于10月16日写下了批语：“打破金要足赤、人要完人的形而上学错误思想。可惜未请周扬、梁漱溟。”这一批语，进一步促进了知识分子政策和干部政策的落实。
在这场争夺理论宣传阵地的斗争中，最有意义的是邓小平明确提出了要正确宣传毛泽东思想的问题。他在农村工作座谈会上说：“我总觉得现在有一个很大的问题，就是怎样宣传毛泽东思想。林彪把毛泽东思想庸俗化的那套做法……是割裂毛泽东思想。”“这个问题，现在实际上并没有解决。”“恐怕在相当多的领域里，都存在怎样全面学习、宣传、贯彻毛泽东思想的问题。毛泽东思想紧密联系着各个领域的实际，紧密联系着各个方面工作的方针、政策和方法，我们一定要全面地学习、宣传和实行，不能听到风就是雨。”这个问题的提出，一针见血地点到了多年来存在于我国政治生活中的症结，打中了“左”倾错误的要害，实际上已涉及了理论宣传和党的思想路线这个根本性的问题。
就这样，在邓小平的直接领导下，以整顿经济工作为中心的全面整顿工作迅速开展起来，并逐渐发展到意识形态领域，形成了一个整体，取得了一系列明显的效果：国民经济由停滞下降迅速转向回升，1975年全国工农业总产值达到4467亿元，按可比价格计算，比上年增长11.9%。其中，工业总产值3207亿元，增长15.5%；农业总产值1260亿元，增长3.1%。在工农业产品产量方面，粮食产量达到5690亿斤，比上年增长3.36%，创历史最高水平；钢产量2390万吨，增长13.16%；原煤4.82亿吨，增长16.71%；原油7706万吨，增长18.83%；发电量1958亿度，增长17.39%；铁路货运量8.9亿吨，增长12.9%。财政收入815.6亿元，比1974年增长32.5亿元。
科学、教育、文艺等领域开始打破严重沉寂混乱的局面，出现了新气象。
各级党的领导，尤其是党对军队的领导得到加强，各条战线的生产、工作秩序逐渐好转，许多地区的严重派性和武斗受到抑制，落实干部政策及其他方面政策的工作取得较大进展，全国的社会秩序逐渐趋向安定团结。
整顿带来的明显变化，充分证明了邓小平实行整顿的方针政策是正确的，使长期遭受“文化大革命”苦难的广大干部群众看到了希望，看到了光明。
在全面整顿不断展开的同时，邓小平围绕着把国民经济搞上去这一中心任务，提出了一系列带有战略性和全局性的思想和主张，并产生了深远的影响。
历史已经证明，这次全面整顿具有深远的历史意义。它是在“文化大革命”时期党和人民反对“左”倾错误和“四人帮”的一场重大斗争，有力地加速了“文化大革命”走向终结的进程。从更深远的角度来讲，这些观点，实际上为十一届三中全会以后的改革做了思想方面的准备。
邓小平主持领导的全面整顿工作的深入发展和所取得的成就，特别是围绕着实现“四个现代化”的宏伟目标，重新提出并反复强调经济建设是全党的大局，以及就实现安定团结的政治局面和把国民经济搞上去所提出的一系列方针政策，得到了全党全国人民的热烈拥护。
中国要实现现代化，除改革开放之外，别无他途。说起改革，有人曾做过统计，说它是当今中国使用最多的词汇之一。改革已深深地渗透于中国社会生活的各个方面，它深刻地改变了中国，也影响了世界。那么，中国的改革源于何时，其行程怎样？人们似乎仍莫衷一是。
追根溯源，改革实际上从1975年就开始了。发生在那时的全面整顿，可以说是邓小平领导改革的一次尝试和预演。
对此，邓小平本人曾有过明确论述。1987年10月，他在会见匈牙利客人时这样说：说到改革，其实在1974年到1975年我们已经试验过一段。1973年周恩来总理病重，把我从江西“牛棚”接回来，开始时我代替周总理管一部分国务院的工作，1975年我主持中央常务工作。那时的改革，用的名称是整顿，强调把经济搞上去，首先是恢复生产秩序。凡是这样做的地方都见效。
为期九个月的整顿，邓小平围绕把国民经济搞上去这个核心，坚持并发展了许多马克思主义的基本观点，实际上开始了拨乱反正的行程。整顿符合人民群众的根本利益，得到了人民群众的拥护，从而取得了显著的效果。虽然，这次改革的尝试由于触动了毛泽东晚年的错误，后来在毛泽东的反对下遭受了暂时的挫折，邓小平本人也再一次被“打倒”，但它反映了历史的潮流和人民的愿望，加速了“文化大革命”的终结，为以后的改革做了重要的准备。作为中国改革的先声，1975年的整顿功不可没。正是有了1975年的全面整顿，才使人民看到了希望，才使全党认识到了邓小平的伟大，从而也就为历史在它面临重大转折的关键时刻作出的慎重选择，提供了理论上的和实践上的依据。
我是桃花源中人，“不知有汉，何论魏晋”。
邓小平主持的全面整顿，初步扭转了“文化大革命”造成的混乱局面，各方面工作取得了很大成绩，从而赢得了党心、军心、民心。
看到自己的亲密战友卓有成效的工作，重病在身的周恩来感到极大的安慰。他在医院里对外宾说，现在邓副总理已经全面担负起责任。当时曾参加周恩来治疗小组的北京医院副院长吴蔚然这样回忆：“1975年下半年，9月份的时候，周总理在三〇五医院进行最后一次比较大的手术，虽然不是为了根治他的疾病，目的是为了减轻他的痛苦。那天手术，在总理已经用了麻醉前镇静药躺在平车上，我们把他慢慢地从走廊推到手术室去的过程中，当时中央领导同志，包括小平同志，都在走廊里头目送总理到手术室去。在平车将要到达手术室门口距离很近的时候，总理突然问：小平同志在吗？当时我们就赶快把这个话轻轻向后传过去。小平同志就走过来，俯卧在总理的头旁。总理紧握着小平同志的手，很激动而且声音很大。出乎我们的意料，声音讲得很高，说：‘过去一年多的工作，证明你比我强得多。’”
然而，这却使“四人帮”感到如芒刺在身，坐立不安，他们为了摆脱困境，不断加紧活动，先是利用毛泽东发动的“评《水浒》”运动开始反扑，影射邓小平领导的全面整顿工作是“转变到右倾机会主义，即投降主义方面了”；后又通过毛泽东的联络员毛远新向毛泽东作歪曲情况的汇报，竭力否定工农业、教育、文艺等方面经过初步整顿所取得的成绩。