于是在当时伦敦市长斯缔芬尼的鼓动下，贵族与绅士们纷纷出资并于现场募集了30133英镑的资本用以成立一家可以与葡萄牙人和荷兰人竞争的公司并组建属于公司的船队。
到1599年10月底，一支由5艘船与500多名水手的船队整装待命。在1600年12月1日，鉴于和西班牙与荷兰关于胡椒价格协商的失败，在伊丽莎白女王批准下英国东印度公司正式成立。当时女王颁布的特许状为期为15年，给予公司在非洲好望角以东地区贸易独占权，并给予公司在所辖区域内制定法律、受理行政和建立贸易据点的特权，并规定：公司每次航行输出贵金属与外国货币的上限为3万英镑。如英国公民在公司辖区之内私自从事贸易活动，其货物一律充公，其中一半归于英国国库。
在东印度公司特许状被批准后，公司立刻任命托马士·史密斯爵士为总经理，船长人选则是当时英国最富有海上劫掠经验的占姆士·兰开斯特。就这样，在1601年4月8日，兰开斯特船长以红龙号为旗舰带着他的船队与价值7.2万英镑的各种商品出发了。在7个月后，公司迎来了他们第一笔买卖：抢劫了一艘葡萄牙商船。
到第二年的6月5日，到达东印度群岛亚齐的兰开斯特船长利用当地土王与葡萄牙人的矛盾签署了有利于英国人的贸易协定。不过由于英国的货物并不足以换取足够的香料，于是英国人就一路向东边抢边贸易，一直到这一年结束。
1603年2月20日，兰开斯特船长率领船队返航，于同年9月11日返回英国。在之后的10年里，公司总共进行了16次航行，除了第四次航行因遭遇海上风暴而导致全损外，其他航行平均每次都给东印度公司带来不少于本金3倍的利润。
1608年，公司的船到达苏拉特，并在那里建立了一个贸易点。此后两年中，东印度公司在孟加拉湾赛葵的默吉利伯德讷姆建立了它的第一所工厂。由于公司在印度登陆后报告说获得了很高的利润，促使英皇詹姆士一世向公司颁发了特许状。1609年，詹姆士一世向东印度公司发出了一张不设期限的特许状，条件是它每年要向国库缴纳40万英镑，如果连续三年没有盈利，那么特许状就会被取消。
自1612年起英国东印度公司效仿荷兰东印度公司的经营模式开始采取了合股投资的经营模式，不仅降低了风险而且更大地刺激了公司的资本积累。
很快，公司的资本就像滚雪球一样迅速膨胀，公司的经营不仅在东印度群岛开展并一度延伸至日本和中国的厦门。英国人在日本九州的贸易因为荷兰人的压制而于1623年退出了日本。
而在中国，众所周知，在18世纪，中国市场对鸦片的需求十分高。在1773年，英国东印度公司在孟加拉取得了鸦片贸易的独占权。尽管中国政府一直禁止鸦片进口，又在1799年重申禁烟，但东印度公司仍从孟加拉透过贸易商和中介走私鸦片到中国广州等地，平均每年高达900吨。
鸦片源源不绝地输入中国，使中英贸易形成了庞大的逆差，尽管中国输出茶叶和丝绸，仍未能阻止白银大量流出的问题。在1838年，当时鸦片输入中国的数量高达1400吨，中国不得不对走私者处以死刑，并派出钦差大臣林则徐监督禁烟。禁烟与销烟引发了1840年鸦片战争，最终使中国割让香港岛给英国。
大清国第一任驻英国大使薛福成曾经说过：“英国人借助东印度公司之力蚕食五印度。未几而沃壤万里，尽为所并。此殆宇宙之奇变，古今之创局也。”实际上，让中国刻骨铭心的第一次鸦片战争和后来烧毁圆明园的第二次鸦片战争，英国本土并没有出一分钱，出资支撑英国战争的乃至出资支撑英国遍布全世界殖民地战争的经费都来自英国东印度公司。
言归正传，1617年，英国人从望加锡进入香料群岛。但是这一并不冒犯的举动却遭到了荷兰人的无情打击。在1619年荷兰人在东印度群岛第一次对英国的军事行动中截获了4条英国船舶，不仅如此荷兰人还直接迫使船上的英国人服苦役。
但是因为国力不如人，英国只好在半年后被迫与荷兰签订了一条不平等条约。在条约中，英国人只能在荷兰人指定的港口、指定的时间收购指定数量限制的香料，并承担该港口一半的军事费用。
荷兰人并不满足，在1623年荷兰再次挑衅，找借口逮捕了在安汶岛上的英国东印度公司职员（他们中10个为英国人，9个为日本人还有1个为葡萄牙人）。这些人在遭受严刑审讯后被直接判处死刑。
对此，英国朝野极大地不满，东印度公司的股东们更是强烈呼吁英国政府追究荷兰人的责任。但是，当时英国与西班牙矛盾仍然存在，荷兰的实力也远超英国；再者，英国国内国王与议会的矛盾也开始显露。在这种情形下，英国决定先退让一步，避开冲突。英国东印度公司永久性退出在东印度群岛的所有地区，仅仅保留在爪哇岛的万隆一个象征性的据点。
然后英国东印度公司开始了对印度的重点经营。然而，印度也不是一片宁土。法国正在这里等待发起挑战。英国人首先是在印度西海岸开始插足。用的法子一如既往，肆无忌惮的海盗加谦卑恭敬的商人，从逐步渗透到巧取豪夺。
在英国人到来之前的100多年里，葡萄牙人一直都把印度洋视为自己的内海。根据教皇子午线葡东西西（东边葡萄牙，西边西班牙为界划分殖民线）规定，葡萄牙人在印度洋一旦发现非葡萄牙的欧洲舰队船舶进入印度洋，葡萄牙人有权没收船舶与货物，并且有权惩处船员。无敌舰队的覆灭标志着这条线不复存在。称雄称霸的基石来自实力而不是神的代言人的权威。
于是1612年-1615年间，英国东印度公司和葡萄牙人进行了两次关键性的海上战斗，获得了在印度西海岸的压倒性优势。那是英国东印度公司立足的关键一仗。不过在1724年之前的时间里，对于英国东印度公司最重要的却不是它在英国获得了多少发展机遇，而在于英国本土在100多年的时间里完成了资产阶级革命。英国东印度公司自身也完成了一次革命性的变化。就在准备大展身手的时候，英国人遇到了他们在印度征服历史上最强大的对手：法国和法国东印度公司。法国东印度公司成立在1604年，比英国人稍晚。
此间，对英国东印度公司来说发生了两件有决定意义的事情。一是，克伦威尔独裁时代结束后，英国东印度公司被英王詹姆士二世取消了英国独占贸易特许。代表英国新兴资产阶级利益的大资本家纷纷要求取消来自印度的花布进口以保护英国纺织工业。二是，光荣革命不仅从政治上宣布了英国东印度公司的实际控制权利从国王转向了议会，而且来自荷兰国王威廉使英国和荷兰重新结盟。一直笼罩在英国东印度公司头上的荷兰东印度公司这个阴霾终于可以一扫了。
这个时候，英国东印度公司在印度的最大敌手自然就是法国东印度公司。其实法国人从一开始在印度的开拓就处于先天的弱势。这个弱势来自两点：一是他来得晚，当时英国已经在印度形成了一定的规模；二是，法国当时封建主义还比较浓厚，在制度上存在劣势。
英国人和法国人进行了决定两国在印度最终命运的三次战争。第一次卡纳蒂克战争（1746年-1748年），发生了一次小海战，法国在印度的负责人从毛里求斯弄来海军与英国人打了一仗，结果使英国人大败，而法国人也没有抓住时机乘胜追击。
第二次卡纳蒂克战争（1749年-1754年），时隔一年后就爆发了，依旧以英法维持各自均势而告终。但是，形势已经开始向英国人这边倾斜，英国的制度开始显示出其优势。
1756年，开始历史上著名的英印七年战争。
这个时候，因为英国政府授予了东印度公司各种权力，如垄断贸易权、训练军队权、宣战媾和权、设立法庭审判本国或殖民地居民权等，由此可见，东印度公司实际成为英国政府入侵印度的代理机构。
1759年，第三次卡纳蒂克战争，法国战败。从英国本土增援的舰队吸取了前几次海上战争中的错误，重创法国舰队。法国随后撤离印度。印度就这样成了英国的专属殖民地。
除了发动战争，抢夺殖民地之外，英国东印度公司也是能抢则抢，充分发扬了海盗作风。他们抢葡萄牙等西方列强的商队，对东方的弱国也自然不放过。
1757年1月，英国军队抢劫了孟加拉国库。几年以后，英国当时的司令克莱武还非常遗憾地表示：当时我真傻，我周围满是金银珠宝，整箱整箱的金条，整袋整袋的各色宝石，可我却只拿走了20万英镑！据不完全统计，孟加拉国库被抢，英军拿走的金银珠宝，总价值达3700万英镑。而东印度公司职员们个人抢走的总数价值2100万英镑。
1799年，英军攻陷印度迈索尔的首府，又抢劫了价值1500万英镑的王室珍宝。
英国通过东印度公司在印度的另一种掠夺手段是垄断鸦片、食盐和烟草贸易。其中，鸦片收入约占公司总收入的1/7。
从18世纪60年代起，东印度公司开始走下坡路，1767年，公司无力交纳英国政府规定的40万英镑，开始向政府贷款，财政危机越来越严重。1813年，东印度公司对印度的贸易垄断权被取消了，1833年，英政府又取消了它对中国的贸易垄断权。东印度公司走向破产的道路。
东印度公司破产有几个原因。首先是内因，公司职员贪污走私成风，使公司总收入锐减。然后是外因，东印度公司是商业垄断资本的代表，而工业资本在英国迅速发展壮大，商业资本逐渐失去了它往日的地位。再次，公司对印度人民的横征暴敛，印度人民不断起义。这样一个恶性循环圈形成：剥削——起义——镇压（要花大笔银子的）——更加剥削……不破产才怪。
1858年，东印度公司被政府正式取消，英国政府开始直接统治印度。