至正中，方国珍的同乡蔡乱头在海上造反，当时的元朝中书参知政事发兵讨伐，但是几次都没能平乱。而上级又催逼厉害。郡县长官昏乱不堪，因为无法向上级交代，于是便胡乱拷打囚禁老百姓，并把抓来的无辜百姓当成蔡的同伙通报上级，冒领军功。方国珍当时有一个仇家，这位仇家趁乱诬告方国珍通寇，历史记载如下：
“元至正八年，有蔡乱头者，行剽海上，有司发兵捕之。国珍怨家告其通寇。国珍杀怨家，遂与兄国璋、弟国瑛、国珉亡入海，聚众数千人，劫运艘，梗海道。”
意思就是我们上面所说的，老乡作乱，仇家诬告，方国珍于是杀了仇家，跟几个兄弟一起逃到了海上。
方国珍遭到官府的追捕。方国珍就与家里人商量，据历史记载，他说：
“朝廷失政，统兵玩寇，区区小丑不能平，天下乱自此始。今酷吏籍之为，祸及良民。吾若束手就毙，一家枉作泉下鬼，不若入海为得计耳。”
意思是元朝太无能了，连这么一个小小的流寇都不能消灭，而且不怪自己无能，反而诬陷清白良民，我们一家人如果束手就擒，那么就白白作了一群屈死鬼，不如下海逃生吧！
1348年11月，方国珍就与二哥国璋，弟国瑛、国珉逃入海中开始了打劫的生涯。不到一个月，被逼迫的老百姓数千人已经纷纷投奔，聚集在他们兄弟周围，开始劫夺元朝海运皇粮，成了真正的海盗兼反政府武装。方国珍起义反元，比刘福通、徐寿辉等起义早两三年，比郭子兴（后来朱元璋加入）起义早四年。
当时还有歌谣唱“洋屿青，出海精”，为方国珍起义铺垫。1349年，元朝派浙江行省参政朵儿只班率三万水军围剿方国珍，官兵十倍于义军，形势十分严峻。方国珍当机立断命令义军沿海路向南撤退。几天后到达福建五虎门外，他见海湾地势险要，于己有利，才部署设伏迎战。朵儿只班挥师追到五虎门，只见前面义军船队大火熊熊，船上不见一兵一卒。疑惑间，骤闻号角四起，杀声震天，方国珍指挥小船从四面包抄过来，火箭纷纷，官船起火，元兵纷纷落水。朵儿只班的指挥船被义军“水鬼队”凿穿船底，主帅被生擒活捉，起义军大获成功。
此后方国珍战果累累，1350年12月，方国珍攻温州。
1351年，方国珍大败元兵于松门（现属温岭市）附近的大闾洋，生擒孛罗贴木儿和郝万户。
1352年3月，方国珍再下海，入黄岩港。台州路达鲁花赤泰不华率官军参与围剿。在黄岩澄江王林洋马鞍山附近，方国珍全歼泰不华元军主力，泰不华战死。5月，江南行台御史大夫纳麟令所属集民丁夹攻方国珍。6月方国珍攻占黄岩城。8月，方国珍攻台州城，浙东元帅也忒失踪。
1354年9月，方国珍攻下台州。
1355年，方国珍攻下温州、庆元（今宁波），攻占昌国州（今舟山），时有义军二十余万人，战船1300余艘，成为威慑元朝统治的强大义军。
1357年，方国珍攻打另一支起义军张士诚。方国珍率军进长江，与张士诚战于昆山，方国珍身先士卒，用五万兵打败张士诚的七万军队。第二天又打了一场，总共是7战7捷。
方国珍安定了台州、温州、庆元（宁波）后就致力保境安民、休养生息，鼓励农工商学，轻徭薄敛，百姓安居乐业。比起战事频繁的中原，浙东可谓天堂。方国珍为民做了三件好事：一是起用元朝进士刘仁本，兴办学堂，在黄岩建立了文献书院，还建立了定海儒学；二是修筑塘堤；三是建造桥梁，重建灵桥。他还在余姚招集了42名文人作续兰亭之会。
1359年，方国珍见朱元璋势力日渐强大，于是投向朱元璋，朱元璋封方国珍为福建行省平章事，他的弟弟国瑛为参知政事，另一位弟弟国珉为枢密分院佥事。但是实际上，方国珍并不是真心投靠，而是“阴持两端”，就是另有二心的意思。
不久之后方国珍就和他的老冤家，也是老同行张士诚勾结起来，为元朝运粮。两者勾结共同支持元朝，以便与强邻朱元璋对峙。是所谓“没有永恒的敌人，只有永恒的利益”。
明洪武元年9月，朱元璋命朱亮祖进攻台州，方国瑛率军对抗，失败，逃到黄岩。10月，朱亮祖又追到黄岩州，方国瑛于是逃到了海上。在这期间降了又反，反后再降。不过最终方国珍还是老老实实地向朱元璋表示臣服了。
于是在洪武二年10月，投降的方国珍被朱元璋封为广西行省左丞，但是他可以不去上任，而是呆在京城坐食俸禄就可以了。
洪武七年3月，方国珍去世，被葬于南京城东10千米处的玉山。朱元璋还亲自去祭奠他，并且命令翰林学士宋濂为方国珍写了墓志铭《神道碑铭》。
海盗王陈祖义
陈祖义，祖籍广东潮州，绰号“海盗王”。明洪武年间，陈祖义全家逃到南洋入海为盗。他在马六甲海峡盘踞了十几年，建立了迄今为止世界上最大的海盗集团，成员最鼎盛时期超过万人，战船近百艘。陈祖义也成为史上最大的海盗集团头子，他的活动范围包括日本、中国台湾、中国南海、印度洋等地。他的战果是：劫掠超过万艘以上的过往船只，明朝有50多座沿海城镇被其攻陷过（当时明朝刚建国，还是相当强大的，兵精将多），南洋一些国家甚至向其纳贡。索马里海盗尽管偶有一日劫持数艘货船的辉煌战绩，但充其量到现在也不过百艘之数，比起中国海盗陈祖义劫持的万艘之巨，简直是小巫见大巫。
真正名副其实的海盗之王，唯有中国海盗陈祖义足以当之！
因为陈祖义在海上骚扰不断，不堪忍受的明太祖朱元璋最后下令悬赏50万两白银要他的首级。到朱元璋的儿子朱棣的时候，赏金达到750万两。而据历史记载，当时明朝政府每年总共财政收入才1100万两，750万两是一年国库收入的一大半，这颗脑袋真是贵到极点了。因此陈祖义成了有史以来悬赏金最高的通缉犯。
时至今日，很多历史学家认为，朱元璋的明王朝之所以闭关锁国，主要是因为东南沿海上海盗活动过于猖獗。那么，按照这个逻辑，陈祖义的海盗活动导致明朝的海禁，虽然后来有所松动，但是却开了海禁的先河，而闭关锁国政策延续到清朝。我们学习中学历史都知道，正是闭关锁国政策导致中国近代的落后，那么从这个意义上来讲，陈祖义这个名不见经传也没有什么历史眼光的小人物客观上充当了一个改变中国历史走向的关键人物。
且说明王朝一直没有放弃通缉他。后来，他逃到了今日的印度尼西亚。当时印度尼西亚有一个小国，渤林邦国，在国王麻那者巫里手下当上了大将。国王死后，他召集了一批海盗，自立为王，陈祖义成为了渤林邦国的国王。
作为一个小国家的王，陈祖义也到明朝永乐皇帝朱棣那里去进贡，然而这位国王可不省油。很多贡品并不是在本国港口准备好的，而是空船出发，一路抢过去，抢到什么就进贡什么。然后在回国的时候，他也不闲着，再一路抢回去。最让永乐皇帝恼怒的是，他不但抢西洋诸小国的船，连明朝的使船也抢。这就是在太岁头上动土，老虎头上拔须——活得不耐烦了。而且，他实行的是几百年后被日本人发扬光大的三光政策，抢光杀光烧光。
于是郑和下西洋就跟陈祖义有点关联了。
郑和下西洋在古代航海史上意义重大，通商、贸易、展示明朝国威等等，却不大知道郑和的舰队当年曾剿灭了世界上最大的海盗集团，维护了东南亚海域的安全。
郑和的船队除了通商之外，还负有重要的外交任务。那就是建立明朝和海外各国的固定联系。古代中国历来以天朝上国、世界中心自居，其他的国家都是蛮夷，而且习惯性地把周围的小国当成弱者，当成需要自己照顾的对象，更进一步的，要其作为藩属之国定期向中国皇帝称臣进贡。这在中国历朝如此。野心勃勃的明成祖朱棣当然也不例外，而且他当皇帝还是抢了自己侄子的地位，他国内国外地采取了一系列措施来证实自己的合法性。在国外，他很想让外国承认自己的地位。所以，郑和到外国的第一件事就是宣读朱棣的诏书，说明他是天意指定的管理天下的君主，要四方藩国听从他，大家和平共处。这些国家如果奉召前往朝贡，就一律给予重赏。然后，郑和还要代表明朝皇帝，按照传统赐给藩国国王和重要官员不同级别的礼物，表示明朝的诚意。
此外，郑和船队还有重要的战略任务。明朝前期最大的外来威胁有北部的蒙古势力和东部的倭寇。郑和下西洋有如下战略考虑：一是往西方和南方寻找战略盟友，加强联系，增强对北方和东方入侵者的防御；二是显示明朝的海洋力量，警告那些可能从海上方向骚扰的敌人；三是从海上实行战略包抄，牵制陆地敌对势力，减轻北部边防的压力。
1407年，第一次下西洋的郑和船队在回航时抵达陈祖义的王国。贪婪成性的陈祖义看着这浩浩荡荡的船队，估计是想着山高皇帝远，明朝拿他没办法，于是打起了歪主意。他认定郑和浩浩荡荡的船队“有宝物”在船上，于是狡猾地派人向郑和表示他想投降。他的真实意图是诈降，然后趁其不备，一举抢夺郑和的船队。虽说陈祖义的人数和船只数量都不及郑和，但是他巧舌如簧，鼓动部下行动。而且事实证明，他是严重地错估了郑和的实力。
陈祖义没有料到的是，他还没行动，事情就已经败露了。郑和对陈祖义早有提防，因为郑和船队一路过来以后，听到的都是对陈祖义的控诉，躺在这样一位人物的卧榻边上，还带着大量金银以及货物，谁会对他放心呢？再者，陈祖义的阴谋被一个叫施进卿的中国人知道了，他立马把消息告诉了郑和。
陈祖义率众海盗发动突然袭击时，早有准备的郑和采用火攻，烧毁了无数海盗船，杀死海盗5000余人。而且陈祖义被郑和给生擒了。永乐五年（1407年）9月郑和回国，把被通缉已久的陈祖义押回朝廷。朱棣下令当着各国使者的面杀掉了陈祖义，并斩首示众，警示他人。
郑和在平定陈祖义部的海盗时，采取关注民生、维护治安的做法，使海盗失去了滋生的环境。
东南私商领袖——净海王王直
2005年在网上有一件事渲染得很厉害。有媒体报道，日本有人为明代倭寇王直在其家乡安徽修建墓碑。然后又传出消息说，浙江丽水学院和南京师范大学的两名教师带着自备的斧头和榔头来到了安徽歙县，将刻有王直名字的墓碑和刻有日本人名字的“芳名塔”砸毁。然后网上铺天盖地的“两教师砸烂汉奸墓”“安徽为汉奸树碑立传”“倭寇王直”等等字眼愈加令我们迷乱。王直是谁？他真是汉奸吗？倭寇，侵略中国的日本人，我们还记得戚继光这位民族英雄，王直怎么能被称为倭寇？这问题令人迷惑，斯人已逝，是非功过，清白与否，只能留给后世人评说。那么我们来看看历史上的王直究竟是何许人。
在安徽歙县的《歙县志》里我们可以看到王直的部分。据这本县志称，王直，又名汪直，汪五峰，号五峰船主。生月不详，但是卒年非常清楚，明代嘉靖时期人。青年时与徐惟学（徐海的叔父）业盐，后以“国中法律森严，动辄触禁”而转向海上走私贸易，是明嘉靖时期徽州商人和东南海商代表人物。
安徽歙县是一个山清水秀的地方，但是在当地百姓眼中可不是这样。对于以种田为生，而田地产量不高的古代人来说，这里绝对是“穷山恶水”，山多水多，就是田地不多，而且田又很瘠薄。
据说徽州有这样的民谚：“前世不修，生在徽州，十三四岁，往外一丢。”一丢，就是让你外出自谋生路。王直先是一名盐商，后来因为嫌内地禁忌太多，就想另谋出路。在东南沿海，他看到了商机。明代中国手工业发达，产品在世界各地广受欢迎，其利润也是相当可观的，“输中华之产，驰异域之邦，利可十倍”。
但是明朝法律禁止民间海外贸易，违者处以充军甚至死罪，加上海上海盗横行，没有强大武装保护的海商是没法做生意的。势单力寡的王直在嘉靖二十三年即1544年，加入了盘据在宁波双屿岛的许栋集团。这个集团以武装保护为盾，抗拒朝廷缉捕和海盗袭击，大规模从事海外贸易。王直刚开始只是一个小头目，一个僚属。后来因为能力出众，逐渐从“管库”升为“管哨”，兼理军事，成为一个主要头目。
嘉靖二十七年，即1548年，明朝将领朱纨率军围剿双屿岛，许栋被朱纨击败后生擒，而王直因为有人通风报信得以逃脱。以后，许栋的余党推举王直做了新的船主。王直率余部占据舟山群岛的烈港，东山又起。自此，王直既是海商集团首领，又是海盗魁首。当他们可以正常贸易时，他们就是海商；当他们商业活动受到朝廷海禁政策遏制时，他们就成为海盗。
话说因为王直营运有方，使徽州海商集团迅速崛起，称雄一方。但是，他还有一个劲敌，就是驻扎在横港的海盗陈思盼集团，这个海盗团伙屡次阻截王直的商船，令王直头疼万分，因此，他一直伺机准备铲除陈思盼。
1551年，陈思盼集团发生内讧，王直趁机发难，内外夹攻，消灭其武装，吞并其商业集团。此后，王直集团势力大振，控制浙江海面。再后来，王直集团依仗强大实力，“应官军所请”，杀败抢掠的倭寇。千里海疆悉归王直控制。明史记载“海商之寇非受王直节制者，不得自存，而直之名始振聋海舶矣”。大约有20万职业军人为王直效力，他麾下的船舶中载重量在120吨以上的恢宏巨舰就有100多艘。这是一个东南沿海人数最多、势力最强的海商集团，富可敌国，兵多将广，装备精良，即使当时号称最精良的葡萄牙皇家海军也畏之几分。
就王直的本意来说，是愿为商而不愿为盗的。在他消除了中国东南沿海的各股海盗时，王直多次上疏请求朝廷开放海上通商贸易。王直所写的《自明疏》就说：“窃臣（王）直觅利商海，卖货浙（江）、福（建），与人同利，为国捍边，绝无勾引党贼侵扰事情，此天地神人所共知者。夫何屡立微功，蒙蔽不能上达，反罹籍没家产，臣心实有不甘。”“日本虽统于一君，近来君弱臣强，不过徒存名号而已。其国尚有六十六国，互相雄长。”他还向皇帝恳请：“如皇上仁慈恩宥，赦臣之罪，得效犬马微劳驰驱，浙江定海外长涂等港，仍如广中事例，通关纳税，又使不失贡期。”也就是说，把广东允许开放通商口岸，设立海关收取关税的做法，推广到浙江沿海，并且恢复日本的朝贡贸易关系，那么，东南沿海的所谓“倭患”就可以得到解决。
王直的建议无疑是有价值的，但是明朝政府却丝毫不为所动，为了安抚他，明朝政府表面上答应了“姑容互市”，要他“悔罪自赎”，但是实际上却背信食言，用实际行动履行朱元璋时的一句话：“片板不得入海！”
嘉靖三十年，即1551年，王直在定海关主持开市，明政府派参将俞大猷，派遣数千水师开始大规模地围剿王直的根据地。在这次围剿中，王直孤舰突围而去，逃到日本。在异国的土地上，他重振旗鼓。他占据萨摩州的松蒲津，自称自称“净海王”、徽王，部署官吏，控制要害，周围“三十六岛之夷”都受他节制。