当时中国之论袁者，仍以向与康同谋不轨，朝廷虽暂不究，终必发作。是年十月，袁世凯忽奉旨陛见。当袁入都时，咸谓袁恐不能生还矣，而袁之左右及其军中亦皆惶惶。计袁于是月二十三日抵都，二十四日召见。二十五日奉谕旨云：
候补侍郎袁世凯，着在西苑门内骑马，并乘坐船只拖床。钦此。
召见后袁仍安然回营，论者谓系荣禄力保，不然恐难免祸云。
清光绪二十五年春，荣禄疏称新建陆军经袁世凯勤加训练，现届三年期满，颇着成效，请准奖励。奉旨云：荣禄奏新建陆军训练三年，着有成效，请将出力员弁择尤褒奖一折。新建陆军经候补侍郎袁世凯悉心擘画，按照泰西操法，训练精勤，现在已历三年，确有成效。该侍郎勤明果毅，办事认真，深堪嘉尚。袁世凯着交部从优议叙，所有该军得力员弁，着荣禄传知该侍郎，准其择尤酌保。
袁世凯自得交部从优议叙，于五月初九日奉旨：
工部右侍郎兼管钱法堂事务，着袁世凯补授。钦此。
时光绪帝忧闷成疾，不亲朝政。袁之迁升，皆西太后之旨意斯时也即康有为在新加坡倡言西太后监皇上于瀛台，享以玻璃粉者也。
袁得补侍郎，即具折谢恩云：
奏为叩谢大恩，恭折仰祈慈鉴事：窃臣伏读邸钞，（中略）白天闻命，伏地增惭，当即恭设香案，望阙叩头谢恩讫。伏念臣一介庸愚，毫无知识，昔奉使于海外，叨拜监司；继典兵于畿南，谬陈臬事。愧乏涓埃之报，叠邀高厚之恩。超迁远过乎寻常，班列遽跻诸卿贰。实形尘忝，时切冰兢。兹复渥荷温纶，真除水部，职考工而六官幸附，稽阙法而九府兼司。自顾辁材，膺斯宠遇，鹈濡益忧其不称，鳌戴弥觉其难胜。惟有趋叩宫门，跪聆慈训，瞻天仰圣，稍纾依恋于九重；竭力殚心，冀答生成于万一。所有微臣感激下忱，谨缮折具奏，叩谢天恩，伏乞皇太后圣鉴。
按：时人见袁之谢恩疏，谓其目无皇上。不知袁仍有谢光绪帝一疏。兹并录于左：
奏为叩谢天恩，恭折仰祈圣鉴事：（中略）伏念臣中州下士，才识凡庸。浙水分巡，愧无坠露轻尘之报；畿疆陈臬，常懔素餐赤芾之讥。未建寸功，谬膺内转。一心兢业，五夜惭惶。兹复钦奉温纶，祗承特简，率百工而兴作，忝职司空，台六府以交修，兼综圜法。凡此宠荣之叠被，惧怍捣昧所能胜。臣惟有趋诣阙廷，叩求训诲，仰聆天语，冀稍宽陨越之愆；俯励冰心，当奋勖从公之志。所有徼臣感激下忱，谨缮折具陈，叩谢天恩，伏乞皇上圣鉴。
（第四节）巡抚山东
西太后此次临朝，内倚李莲英，外任荣禄。李、荣两人皆与袁有密切关系。故袁慈眷极隆，其权亦日渐澎涨。是年冬山东拳匪倡乱，巡抚毓贤被御史弹劾，荣禄遂保袁世凯办事悉合机宜，才堪大用，得署理山东巡抚。奉旨曰：
毓贤着来京陛见。山东巡抚着袁世凯署理，即行来京请训。钦此。
溯袁世凯自戊戌秋至此，仅期年耳，由臬司开府畿疆，可谓不次之迁，而在袁犹有未洽意者。袁世凯练新兵煞费苦心，一旦移交他人，势必变更，使数载经营尽归乌有。西太后与荣禄亦虑及此，故着袁来京请训，时于新建陆军并未派人接统，俟与袁面商。袁召见时，西太后问新建陆军归何人统率合宜？袁对以数年来如何训兵，如何练将，如何选械，皆中国从来所未有，虽不敢称劲旅，但所有军队，均可与东西各国相比较。近常有外国兵官到臣营看操，亦皆啧啧称赞。惟旧日统兵大员，多不以臣之训练为然，接统之人，臣实不敢妄拟。
臣之部下虽有一二精通兵学之员，亦皆望浅资轻，难胜巨任。盖将不得人，有用之兵皆为无用，臣数年心血固无足重轻，但数百万国帑似宜珍惜。袁奏对后即往谒荣禄，谓山东土匪猖獗，又加以义和拳邪术惑民，势诚可虑。本省防营皆老弱不堪，如准将新建陆军带往山东，既可剿灭土匪，又可随时训练，实一举而两善备焉。否则世凯实不忍舍此数年训练之师，坐令废弛也。愿仍司练兵事，并详言历年训练之苦衷与新军之大可恃，中堂若见世凯所着之兵书，便得其详细矣。荣遂转奏西太后，于是遂准袁带队赴任，以资训练。是袁既任疆寄，复绾兵符，盖以一身而兼两任矣。
袁世凯奉命后，遂由小站拔队直赴山东巡抚新任，舳舻千里，顺流而东。
“今请先述其任东抚时之秘史，彼署理山东巡抚之日，正鲁省义和团滋蔓之时。先是前抚毓贤夙仇视外人，遇有交涉案件发生，不问事理曲直一意持强硬态度，袒民而抑外族。语云：‘上有所好，下必有甚焉者’。鲁省民风强悍，而无意识之徒十居八九，久之遂演成排外之举动。初，山东堂邑本有八卦教，旧名曰：‘义和会’，素精拳术，其派分二系，曰坎字拳，曰乾字拳，盖为林清与离卦教之余孽。教中无分老幼尊卑，悉以师弟、师兄称之。彼自谓熟练一种柔术，凡枪炮、刀戟皆所弗惧，以故四方无赖子弟，失业游民，悉归附之，于是声势益大，当李秉衡抚鲁时，震惊其名，曾招其党从。入署见两党魁各手持红灯一，叩之故，彼自言此红灯为教主二目，光线所及，枪炮弗能举火。李信之，厚赉有加。
及毓贤莅任，循萧规曹随成例，与义和团深相纳，其宠遇尤过李也。适义和团戕杀临清教堂神父一案，毓贤为御史弹劾罢官。世凯趁间请于荣禄，保荐接任其事。西后以世凯破坏康梁阴谋曾有功于己也，乃许之。世凯又请挈小站训练新军俱住，后可其请，遂于光绪二十五年十一月二十四日将兵而抵济南。”（《袁世凯轶事》）
当袁告荣禄表其练兵方略，有兵书一语，茉奏西太后极言袁训练之精，皆取法西洋，非他人所能及，其所着兵书甚详。又格外说得热闹，西太后闻之，亦甚好听，遂诏命袁世凯进呈兵书。
论袁世凯之训练，不过初具规模，其所着之《练兵要则》，于兵事上各种方略亦不过得其大概。虽然当中国军事幼稚时代，创始改良谈何容易？能得其大要，微袁世凯尚无其选。苟能从此研究，是亦未可限量。袁世凯之《练兵要则》，成于光绪二十五年，迄今将近十年，使当时上下一心，力求进步，不难与世界各国齐驱并驾。惜哉清国人凡事皆浅尝辄止，亦不仅军事一端也。以向无学术之袁世凯，竟能立说着书，发明军事，虽不尽亲手制造，然主动者袁也。考中国发明科学，编辑成书发行问世，在迩时除侯官严几道译英文着述外，当推袁世凯为首屈。严几道系本成说翻译，袁世凯犹独标新意，虽其说不甚精究，要为中国军事改良进步之起点，袁世凯亦居然清国之着述家也。
考中国军队改用枪炮，嚆矢于李鸿章之长胜军。然能道枪炮之源流，应用之利害，本本源源见于着作者，则仅见于袁世凯之《练兵要则》。若尔则袁世凯者，又为清国发明军学家也。
袁世凯奉诏后，即具疏呈进兵书，录其原折于下：
奏为遵旨进呈练兵图册，恭折仰祈圣鉴事：窃臣在德州途次，承准军机大臣字寄，某日奉上谕，着将该军平日训练情形详悉陈奏，并将各种操法绘图贴说，进呈备览。将此谕令知之。钦此。遵旨寄信前来等因，承准此。仰见我皇太后皇上轸念时艰，精求武备，并蒙指授方略，训诲周详。跪诵之余，莫名钦佩。伏念臣一介书生，不谙军旅，缺乏兼人之众，并无殊众之才，前由督办军务处王大臣联名疏举，以臣知兵。钦奉谕旨，饬以仿照洋操，严加训练。受命以来，夙夜竞惕，深惧上负恩遇，下玷戎行，勉策驽庸，力图报称。
窃以为治兵之道，纪律为先，而技艺亦在所当重。纪律存乎训诫，技艺资乎练习。臣抵军之始，即与将士申明约束，务期痛除积习，恪守背规。将则训以忠勇廉洁之大闲，兵则训以恭顺勤奋之要义，使皆知奉法循理，以端其志而正其趋。至于技艺则由浅入深，循序递进，始练以步伐身手各法，次练以布阵变化诸方，再练以行军、驻扎、攻守、调度之道，此则步炮马工各队之所同也。若夫步队以起伏分合为主，炮队以攻坚挫锐为期，马队以出奇驰骤为能，工程队以尽地利备军资为事，则又在乎各致其精。臣训练三年，懔遵圣谕，实事求是。并承王大臣遇事指示，又赖诸将士勖勉从公，现在悉心体察，觉技艺日渐娴熟，尚不至相形而见绌，纪律成知遵守，当可望相与以有成。
惟是各国讲武已久，将弁之学术阅历似较我为优。而中土民气最驯，士卒之奉公耐劳亦非彼所及。但使就我之众，练我之兵，实按战阵之规，作平时操练之式，即以操练之法，备异日战阵之需，自然劲旅能成，缓急足恃。臣殚竭心力，与诸将士孜孜讲习者，要不外本战法以为操法，庶使兵皆归于实用，冀可仰副圣朝经武整军之至意。但臣学术囿于粗疏，智识限于浅陋，日夜经营，稍具规模，而区区报效之心实不止此，谨将臣军平日训练各条详细汇辑。语不雅驯，惟期核实。并督选兵学素优之同知段祺瑞、直隶州知州冯国璋、守备王世珍等，将各项操法绘图立说，计共造成清册十二本，阵图一本，图说清单一件，一并恭呈御览。所有遵旨进呈练兵图册缘由，理合恭折复奏，伏乞皇太后皇上圣鉴。
袁世凯既进呈后，遂将所着兵书名曰《练兵要则》，发行问世。
袁之抚山东也，其所办之事，当分寻常、重要以说明之。寻常事如河工吏治，概言之则“剔除积弊，实事求是”，足以当之。为此言者，固疆臣应尽之职务，纪之似无意趣。且此八字恒见于中国公牍，实行甚难，敷衍则易，大都有名无实，直中国官场之口头禅耳。然以此概袁寻常之办事可也，以其尚能实践，非若中国官场人，仅托此八字虚名以欺人耳。
（第五节）义和拳之乱与中外战衅之起
重要事则办拳匪，对外交两端最为卓着。及袁后任直督，为外人所钦佩，鼎鼎大名亦赖此两事。要而论之，拳匪者，不过国民蠢动耳。外交者，清政府已许德意志胶济间建筑铁路权，不过人民惑于迷信，从而阻挠。总此两事均由民智闭塞，始有此无意识之举。有地方教民之责者，但能解散之，开导之，即无难了，结矣。若在开化之邦，本属平淡已极，特较之中国督抚，以钻营为能，以粉饰为工，以颂祷太平为事者，而袁独能防大患于未萌，息风潮于既起，洵庸中矫矫，铁中铮铮者耳。
义和拳本无知恩民，惑于邪说。当时巡抚毓贤不独不知禁止，并提倡之，放纵之，风靡一时而整延全境。一经袁世凯以训练之师数十营，分屯各州县，匪众自望风而息影矣。盖袁自光绪已亥冬到任，至次年庚子春即报拳匪肃清。二月十四日即奉清廷谕旨云：“上谕贵州巡抚着邓华熙调补。毓贤着调补山西巡抚。山东巡抚着袁世凯补授。钦此。”
阻修胶济铁路，绅宦士庶，悉力为敌。袁用两种手段，对绅宦则开诚布公，告以利害；对民则挟之以成。时有莠民欲藉端生事，袁悬千金赏，擒为首者处以法。其事遂寝，德人甚感之。义和拳及土匪经袁剿办后，本境不能存身，遂流窜直隶。直隶地方官始亦严加禁止。庚子四月间，曾见直督裕禄出示云“义和拳，是邪教，尔屠民，当知晓，子弟犯，责父兄”。观此亦似知义和拳之本末。