1945年8月，日本无条件投降的消息传到台湾，但驻台日军中以牧泽义夫、宫中牾郎为首的少壮派军官不甘心投降，串联台湾汉奸林熊祥、许丙等人，发动“台湾独立自治运动”，企图以台湾作为日本复兴的基地。但这个计划未能获得日本驻台湾总督安藤利吉的支持。安藤认为不能违抗天皇的旨意，再者台湾民众能否跟着日本走也大成问题。“台湾独立自治运动”因而胎死腹中。不过，仍有少数对台湾依依不舍的日本右翼分子贼心不死，秘密联络一批台湾“皇民”、汉奸，暗中成立“台独”组织，从此开启了“台独”的源流。此后，日本和美国就成为台独分子的主要活动基地。
1972年中日实现邦交正常化。日本政府在《中日联合声明》中就台湾问题虽明确表态：日本国承认中华人民共和国是中国唯一合法的政府，并表示充分理解和尊重中国政府的立场：台湾是中华人民共和国领土不可分割的一部分，但仍然或明里或暗里支持“台独”，搞“两个中国”或“一中一台”。
1996年4月10日，日本外务省亚洲局局长加藤公然在日本国会公开宣称：对中国关于“台湾是中国一部分”的主张，日本只是表示理解和尊重，而并不是承认；“台湾问题是中国内政”只是中国的说法，而不是日本的说法。这是中日邦交正常化以来，日本政府官员首次公开发表这种恶毒的观点。对于如此严重的事态，日本政府没有任何澄清更正的表示。相反，访问中国的日本领导人和日本驻华使馆官员，都没有像克林顿那样对台湾问题宣示“三不支持”的立场，只是对中国方面“台湾是中国领土不可分割的一部分”的主张表示“理解和尊重”，而没有表示“承认”；至于“台湾问题是中国内政”的观点，则压根未曾提及。另外，日方一而再、再而三地强调“和平解决台湾问题”，可能包含这样几层意图：在国际上强化日本的所谓“和平”形象，并在所谓的“人权”问题上得分；为台独提供政治保护和安全屏障；一旦中国政府行使武力，日本将有理由“被迫”做出非常反应，责任不在日本而在中国。由此可见，历来以认真细致著称的日本人，对台湾问题的表态照例是经过字斟句酌、精心推敲的，这里隐藏着危险的伏笔！
同年4月，日美签署的《安全保障联合宣言》，在对日美安保体制进行重新界定时，公然将台湾包括在“周边事态”内。重新界定的日美安保体制有两方面的变化：一是通过“周边事态”的模糊概念将日美“防卫”范围由远东扩展至亚太地区；二是将主要的“防卫”对象由苏联转变为中国。法国观察家就直言不讳地指出：“人们从字里行间不难看出，日美安保条约今后要对付的主要敌人将是中国。”1997年8月，日本政府重量级人物——内阁官房长官尾山静六公开宣称：日美防卫合作范围理所当然包括台湾海峡。1998年5月，日本外务省北美局局长高野纪元又说：“日美新防卫合作指针中所说的‘远东’地区包括台湾，因此日本的‘周边事态’也包括台湾在内。”这样一来，日本政客就把“周边事态”这样一个模糊的概念逐渐清晰化了。自由党党首小泽一郎的口气比前几人更大。1999年初，此人连续两次在记者招待会上声称：“周边事态”范围包括俄罗斯、朝鲜半岛、中国及中国的台湾。时至今日，日本没有一人正式代表日本政府出面澄清“周边事态”不包括台湾。
众所周知，1972年的《中日联合声明》对中日邦交正常化后的日台关系明确规定：在日本政府充分理解和尊重中国政府原则立场的前提下，中国不反对日本人民同台湾人民保持文化、商务等非官方关系，即民间关系。但是，日方并未严格信守自己的承诺。日台断交后，日本在台设立“交流协会”，台湾在日本设立“亚东关系协会”，作为双方的联系机构。但日台关系表面上的“民间化”掩盖不了实质上的“官方化”。
为了从政治上拉住台湾，日台断交的第二年，日本亲台议员就组成了“日华关系议员恳谈会”，后来又成立了“日华友好议员联盟”、“日华亲善议员联盟”和“蒋介石遗德显彰会”等组织，同台湾展开政党外交。每年“双十节”，这些团体都组团赴台搞所谓“友好亲善”活动。“蒋介石遗德显彰会”竟然把“中华民国国旗”与日本国旗并列悬挂。日台双方官员互访不仅日益频繁，而且级别越来越高。1992年5月，日本自民党副总裁金丸信居然邀请李登辉访日，后来因忌惮中国的立场而未能实现。对此，日本右翼势力的一位领袖人物颇不服气地表示：“李登辉以国家领导人身份前来日本访问，在现阶段是不可能的，但如果他以私人访问方式，前来参加京大校友会，并非不可能。”值得注意的是，这句话不仅表明了邀请李登辉访日的意向，而且隐伏着恶意的潜台词：虽然“现阶段”以“国家领导人身份”访日是不可能的，但将来是可能的。
小泽一郎在他的《日本改造计划》一书中居然把日本与台湾称做“命运共同体”，主张积极推进日台“政府间的交流”。1994年10月，日本政府不顾中国政府的强烈抗议，批准台“行政院副院长”徐立德出席广岛亚运会开幕式。1995年下半年，日本政府以协商台方出席APEC人选为借口，派出三名部长级干部访问台湾。台湾方面，“立法院长”刘松藩、“经济部长”萧万长、国民党秘书长章孝严等高级政要，均访问过日本。1998年1月，日本自民党要人尾山静六秘访台湾，与李登辉晤谈。4月，日本政府一改25年来不承认台湾护照的做法，对所谓“中华民国护照”直接加盖入境许可证，其用心之不良已昭然若揭。东京都知事石原慎太郎多次到台湾活动，与李登辉、陈水扁会谈，并将台湾称为“国家”。日本外相川口顺子在国会答复议员质询时，也多次将台湾称为“国家”。2003年12月，日本前首相森喜朗不顾中方严正交涉，访问台湾，刻意提升日台关系。陈水扁就职后，日本右翼团体“日华关系议员恳谈会”“青岚会”“日华亲善协会”纷纷向日本政府提出建议书，要求加强日台关系，措施包括：迅速就签订“日台自由贸易协定”举行谈判；设立“日台安全保障论坛”，提高日台交流级别；积极推动台湾加入各种国际组织等等。接二连三的反常消息，使人不得不严重注意日台关系的未来走向。
日本与台湾之间的关系不仅局限于政治层面，还引人注目地向军事领域发展。2004年3月31日至4月14日，台湾海军实施“康平”鱼雷作战演习，将台湾自行研制的“万象二号”鱼雷用于实弹验证。值得注意的是，台军首次邀请曾任扫雷舰长的日本海上自卫队退役少将随舰观察，演习模式也采取与日本海上自卫队相近的做法。这只是日台军事勾结的冰山一角。长期以来，日台军事交流日趋紧密，日本防卫厅对于这种交流的兴趣“颇为高昂”。几年前，台湾曾派遣了一个包括三位现役将领在内的军事访问团秘密访问日本，与日本退役将领进行战略对话，总共实施了两次，对话内容除了广泛交换双方对于东亚战略态势的看法之外，也有相当具体的建议，包括双方进行海上搜救演习。双方规划演习以“巧遇”方式进行：台方海巡署舰艇与日本海上保安厅的船只在琉球海域不期而遇，然后就开始实施演习。虽然这次演习因故胎死腹中，但日方对于日台军事交流的兴趣由此可见一斑。
日本不仅从政治上公开为台独张目，为中国的和平统一设置障碍，而且从法律、军事两方面对介入台海军事冲突预做准备。2003年6月6日，日本国会通过的“有事法制三法案”实际上是针对中国的一项军事法案。三法案规定，一旦某国对日本支援美军的行动提出谴责，并在日本领土附近集结军队，日本政府就可以据此判断为“有事法制”中的“武力攻击预测事态”，并进而启动自卫队作战机制。这意味着，日本政府实际上已经突破了宪法对“行使集体自卫权”的制约，可以随时启动战争机制。因为中国是日本的邻国，人民解放军只要集结军队，日本就可以视为在“日本领土附近”集结军队而找到战争的借口。
2004年5月20日，在陈水扁宣誓就职之际，日本国会下院趁机通过了7项法案，允许日本自卫队在日本周围区域发生军事危机时向美军提供支持。所谓“军事危机”显然是指台海危机。这7项法案中最关键的条款之一，是针对向“进攻日本”的国家运输货物的船只，日本舰船有权“检查和限制”其行动。这实际上是超出军事领域的一项举措，意味着一旦某国进攻日本领土，日本军舰可以击沉其民用运输船只，还意味着日本海上自卫队可以不受限制地参与海战，这是第二次世界大战以来从未有过的。通过上述法案，是基于日本军方的一种预测：日本陆上自卫队在它的一份白皮书中提到“X国”可能进攻“D国”（X指中国，D指中国台湾），进攻发起后，为防止三面受敌，中国可能会攻击冲绳（琉球）群岛军事基地，以阻止美日军队从靠近台湾的基地向解放军发动袭击。为此，日本防卫厅甚至制定了“台湾海峡保卫战”的详细计划，规定一旦台海战争爆发，日本海上自卫队潜艇有可能对中国船只发起猛烈攻击。
根据2003年11月修订的日本《防卫计划大纲》，日本防卫厅陆上幕僚总监部（陆军总参谋部）还制定了一项向冲绳派遣7200名自卫队队员的计划，以应对台海两岸可能的军事冲突。该计划预测，一旦台海战争爆发，中国人民解放军为遏制日美干预，会首先进攻离台湾约110公里的日本宫古、与那国和石垣三岛，日本有必要事前在三岛部署自卫队，并把驻扎在日本千叶县习志野市的第一空降旅编为“紧急状况对应集团”，以备“不测”。
2004年6月19日，日本自卫队在冲绳进行军事演习，假想“中国大陆军队进攻台湾”，演练与美军协同作战。可以预计，类似的军事演习今后还会上演。
日本在台湾问题上的险恶用心是显而易见的，这就是制造“台湾独立”或“不统不和”的局面，以牵制中国，达到其遏制中国的目的。其实，日本为了遏制中国，不仅仅是大打台湾牌，还有更狠的一招：不断制造“中国威胁论”。
日本“中国威胁论”的始作俑者是日本防卫大学副教授村井友秀，他在1990年5月号的日本《诸君》杂志上发表了一篇文章，题目叫《论中国这个潜在的“威胁”》。他认为中国是一个具有巨大潜力的大国，80年代后中国的国防战略开始发生大的变化，正计划同美苏一样，建立一支专业化和机械化军队。中国的世界观基本上还是“战国时代的模式”，即有力量者将成为霸主和统治世界。因此，邓小平领导下的当今中国希望通过实现四个现代化重新登上世界政治大舞台，成为21世纪的世界大国。其国家领导人总是在努力创造可以成为霸主的条件，他们绝对不允许放弃作为霸主的条件。
村井友秀对地理政治学的理论推崇备至，他在分析日本和中国的地理环境和国力后得出一个结论：日本和中国都是东亚地区的大国，具有给邻国施加影响的能力，它们正在摆脱对美苏力量的依赖，转而进行面对面的接触并明确双方的上下位置关系，因此日本和中国若同时对第三者施加影响，就很可能发生冲突。中国对已在走向政治大国的日本是一个潜在的大威胁。
村井友秀的文章说出了日本右翼分子的心里话，他们纷纷吹捧他的文章，并不惜歪曲事实，造谣污蔑，千方百计设法寻找“中国威胁论”的证据，企图掀起鼓吹“中国威胁论”的狂潮。1992年9月29日是中日邦交正常化20周年纪念日，日本各大报纸纷纷发表文章，更为起劲地兜售“中国威胁论”。1996年初，日本又有人就此大做文章，宣传“中国威胁论”，一时甚嚣尘上。
更有甚者，日本政界要员也在散布“中国威胁论”。据路透社报道，日本外相麻生太郎于2005年12月22日上午出席一个记者招待会，当有记者问及麻生对日民主党党首前原诚司有关“中国威胁”的言论有何评论时，麻生称：“我同意前原先生所说的（中国是威胁），中国正在引起威胁和忧虑”。“一个拥有‘10亿人口’和原子弹的国家，其军费开支‘连续17年增长2位数’……而这种军费开支的内容非常不透明……如果要我来谈这意味着什么的话，我认为中国正在成为相当程度的‘威胁’”。这是日本历届内阁阁僚首次公开宣称“中国威胁论”，不能不令人高度警惕。
“中国威胁论”的鼓噪，引起一些日中友好人士的关注，他们纷纷在日本报刊上发表文章，批驳这一谬论。现任日中经济贸易中心会长和国际石油公司社长的木村一三先生连续向日本有影响的杂志《财界》投稿，批驳“中国威胁论”的谬论，畅谈发展中日友好之重要。
对于日本“中国威胁论”产生的背景，木村认为，这是因为日本一味追随美国对华政策的结果。苏联解体后，世界上只剩下一个社会主义大国中国。中国改革开放以来经济一直高速增长，还将继续保持高速增长。中国的经济实力有可能追上或超过日本、美国。因此引起一些人对中国的恐惧，千方百计想抑制中国发展，日美两国重新审定日美安保条约和散布“中国威胁论”，其原因盖出于此。
木村先生指出，世界进入了和平与竞争共存的新时代，人类社会从军事竞争转变为经济竞争。苏联已经解体，美国也从超级大国向普通大国过渡，中国正处于由计划经济向市场经济过渡的大转换时期，整个世界正在走向多极化，虽然不安定因素和局部战争依然存在，但世界发展的主流是和平。正如一位美国军事专家所说，中国在遥远的将来也不会在军事上对美构成威胁，同样也不会对日本和周围诸国构成威胁。日美应积极扩大同中国的对话，这样就能避免对立。中国真心希望同美日友好，以保证中国全力以赴地进行经济建设，维护亚太地区乃至世界的和平与稳定。
由此不难看出，日本政界和一些右翼组织散布“中国威胁论”是别有用心的：一方面，是为了歪曲中国的形象，挑拨中国与周边邻国的关系，制造紧张气氛，以达到遏制中国的目的；另一方面，是为了转移视线，掩盖自己扩充军事实力，以实现其争做军事大国的企图。