冲击队虽然人数不是很多，但装备仅为一袭黑衣、一柄长刀的他们，多次出其不意地针对明治新政府军进行夜袭攻击，让明治新政府军陷入巨大的恐惧之中。据史料记载，明治新政府军遭受了冲击队多达超过30次以上的夜袭攻击，而在这些夜袭中，冲击队未败一场！正是这恐惧的战斗力，致使冲击队在支持幕府的北部列藩同盟军中处于绝对主战力的位置。
有关细谷直英的冲击队强大的战斗力，从以下就可以得知一二。因为细谷直英的冲击队完全一袭黑衣，而在每一个队员的背后，都有着象征细谷家的乌鸦家徽，所以明治新政府军一听到冲击队“鸦组”的别称，就马上闻风丧胆。至今，细谷直英还被东北地方的民众看作是传奇的英雄，“细谷家十六鸟，官府军无安睡”的歌如今还在当地流传着。
但是，在巨大的时代之轮面前，不能顺应时代的事物终究还是无法抵挡它的碾压。在仙台藩最后的决战——旗卷峠之战中，虽然仙台藩军在细谷直英的冲击队的帮助下顽强反抗，但在明治新政府数目众多的大军之下，还是大败投降。随着仙台藩军的失败，细谷直英不得不解散了冲击队。冲击队的夜袭让明治新政府军对细谷直英恨之入骨，恨不能吃其肉饮其血，为了躲避明治新政府的追捕，细谷直英逃亡潜伏了起来，之后便下落不明了。
除了细谷直英和他的“鸦组”之外，据传在支持幕府的著名武士组织“新撰组”中的服部武雄也是一名忍者。服部武雄。通称三郎兵卫，近畿地区赤穂藩出身，时任“新撰组”诸士调役兼监察。新撰组队中剑术、柔道、枪术的集大成者，因在队中数一数二的技能而名噪一时，并且还一度有服部武雄之剑术超越冲田总司的文献记录。虽然如此，不过服部武雄的结局比较悲惨，在油小路事件中，死于新撰组内部斗争的刺杀埋伏之中。据记载，服部武雄在事发时，以他出色的二刀流技巧孤军奋战，好似鬼神一般。最后因为杀敌太多，以致刀被折断，被原田左之助以长枪刺死。
虽然服部武雄究竟是不是真的忍者至今也还有争论，但很多学者都认为，1869年战败投降后解散的新撰组，不光是日本幕末时期一个亲幕府的武士组织，也是作为幕府末期浪士的武装团体。而在德川幕府末期，有不少忍者因生活困难不得不沦落为浪士，而服部武雄又出身自近畿地区，他的姓氏又不得不让人联想他是否与伊贺与甲贺的忍者有所联系。支持德川幕府，反对明治新政府，也确实是每一个忍者从祖辈就有的根深蒂固下来的意识。或许这个最后死于非命的服部武雄，很有可能就是一个对十八般武艺样样精通的忍者。
明治维新之后的落幕
经过明治维新而渐趋富强的日本，利用逐渐强盛起来的国力，逐步废除与西方列强签订的不平等条约，收回了国家主权，摆脱了沦为殖民地的民族危机。而后随着经济实力的快速提升，日本军事力量也快速强化，更在1895年与1905年，分别于中日甲午战争与日俄战争中击败昔日强盛的两个大国——大清帝国与沙皇俄国，为许多西方列强注意，成为称雄一时的亚洲强国。日本近代启蒙思想家福泽谕吉所提出的“脱亚入欧”论也在此时成为了国家正论。
明治维新初期，由于新政府的政策，使得武士的社会地位大幅下降。而随着俸禄渐次缩减，武士在经济上的保障也被削弱。因为这些利益上的问题，导致许多士族对明治政府不满，武力抗争也因此接二连三地发生。维新功臣西乡隆盛以鹿儿岛县为中心，于1877年所发动的西南战争，成为明治维新之后最后一次、也是规模最大的一次士族反抗战役，最后西南战争以西乡隆盛的战败而告终。在此之后，残余的士族成员转入地下活动，与板垣退助所主导的“民选议院设立运动”互相结合，通过“自由民权运动”的开展形成政治上的反对势力。1889年，《大日本帝国宪法》公布，成为亚洲第一部成文宪法。1890年，日本国会也正式开始运作。
至于社会、文化方面的改变，随着伊藤博文、大隈重信、新渡户稻造等留过洋的知识分子吸收并引介西方文化与典章制度，将众多现代化事物引进日本。“文明开化”的风潮逐渐形成，这给原本传统而保守的日本社会造成了很大的冲击。不只物质需求与生活习惯上出现西化的转变，在教育系统与社会组织的广泛推行下，思想与观念上也逐渐有了现代化的倾向，同时对文艺也产生不小的影响。
正基于明治维新之后政治、社会、文化上的这些改变，德川幕府时期的许多事物都被一一废除。警察、日本陆军、日本海军的创立，和之后明治禁刀令的颁布，也促使了曾经隐密的御庭番武士这些忍者的落幕。失去活跃舞台的忍者们，要么成为了警察，要么就借助忍者五道的基本修炼开设了药铺、医院、饭店。从此重视实用哲学的忍者们，为了生存，放弃了忍者生涯，并继续将忍之道铭记于心，去寻找最适合自己的生存之道。
后继者们——现代忍者
经历了明治维新、幕府灭亡的巨变，忍者就随之消亡了吗？
不，没有。即使是现在，忍者文化依然没有灭亡，并随着时代的发展在不停地进行着改变。
顺应天时之道，本身就是忍者的基础思想。
在现在社会，忍者们依旧保持着那分神秘感。
川上仁一
川上仁一，继承着甲贺流忍者的伴家忍之传的著名武术家，甲贺流伴党第二十一代宗家传人。
6岁时便跟随忍者大师石田正藏学习传到尾张地区的甲贺流忍术中的伴家忍之传一派。川上仁一经过多年刻苦的训练，最后将甲贺流伴家忍之传中所包含的水流神道军传、出云神流平法、神传不动流馗法、竹内流骨法、一条不二法骨法等技艺掌握在身。
现在，川上仁一先生在福井县若狭町开设甲贺流伴家忍之传的忍者道场，向来自世界各地的忍术爱好者教授忍术。同时，川上仁一先生还担任着三重县伊贺市的伊贺流忍者博物馆的名誉馆长。
藤田西湖
藤田西湖（1899年8月—1966年1月），继承着甲贺流忍术的武术家，自称甲贺流忍术第十四代传人，有着“最后的忍者”的别名。藤田西湖先生是名副其实的武术大师，除去甲贺流忍术之外，还继承掌握着南蛮杀到流拳术、大流杖术、心月流手里剑术，一传流捕手术等武术技艺。
但是，因为现在还有川上仁一与初见良昭两位继承掌握忍术的武术家存在，藤田西湖是不是真正意义上“最后的忍者”还有待商榷，甚至可以说这只是一种广告标语。不过，藤田西湖的“最后”也可以解释为官方认定。
在第二次世界大战前夕，日本陆军省在1937年年底，决定在兵务局内成立“情报勤务要员培养所创建筹备事务所”，并任命秋草俊、福本龟治、岩畔豪雄等三位中佐为筹备委员，成立了陆军中野情报学校。藤田西湖曾被军方邀请作为教官向学员指导教授南蛮杀到流拳术及部分甲贺流忍术。或许正是基于这个原因，藤田西湖才被认为是“最后的忍者”吧！
在担任陆军中野情报学校教官时，藤田西湖曾经说过这么一段给学员们留下了很深印象的话，而这句话，也正反映出了忍者的真谛所在：“在武士道精神中，死，被誉为极其了不起的行为，但在忍者的精神中，死是最卑怯的行为。因为人一死万事皆休，痛苦，烦恼，一切的一切，全化为乌有。哪里有比此更安乐的事呢？而忍者之道，则是无论环境多么艰苦，千难万难也要闯过去，要活着返回来。即使被砍断手足、割去舌头、挖去眼睛，只要心脏还在跳动，就是爬也要从敌阵里爬出来，回来向我方汇报敌情。所以，活，活，活下去，完成任务，乃是忍者之术……”
第二次世界大战结束后，藤田西湖又向系东流空手道开山鼻祖摩文仁贤和以及数位系东流弟子传授南蛮杀到流拳术。然而就在这个时候，在这几个人之中有一个名为岩田万藏的弟子，继承掌握了藤田西湖身上除了甲贺流忍术外的所有流派的武术。
藤田西湖晚年，致力于日本传统武术的古文献的收集。在藤田死后，他手中的这些庞大的资料根据遗愿赠送给了小田原市，并被小田原市立图书馆作为“藤田西湖文库”的专门收藏。至今，藤田西湖文库也依旧为武术史的研究者们提供珍贵的资料。
初见良昭
当代最著名的忍者，毫无疑问应该是初见良昭大师。他是户隐流、云隐流、玉心流三派忍术的继承人，并还继承着虎倒流骨法、玉虎流骨指术、高木扬心流柔体术、九鬼神传流体术、神传不动流打拳体术、义鉴流骨法术这些日本古武术。正因此，他被称为“武神馆九流派八法秘剑宗家”，是日本的国宝级人物、最后的古武术大师、世界公认的忍术权威，有的人更是直截了当地把他称为“现今仍然在世的唯一的忍术权威”。
初见良昭生于1931年12月2日，自幼起，就表现出极佳的武学天赋。7岁开始就向父亲学习剑道，后来又学习合气道、柔道和空手道。在学校里，他酷爱体操和拳击，还是校足球队的队长。他在学校期间的另一个爱好是交际舞。初见良昭认为，舞蹈的学习对他后来步法移动训练颇有帮助。
之后，初见良昭在东京明治大学同时获得了医学和舞台艺术两个学位，并在医学院读书期间获得了柔道黑带四段。要知道，当时以他的年龄，能够获得柔道黑带四段是非常少见的。第二次世界大战结束后，初见良昭被邀请前往驻日美军基地教授柔道。在那里，美国士兵强壮的身体给他留下了极其深刻的印象。一些强壮的美国士兵只需练习几个月的柔道，就可以轻易击败练习柔道一两年之久的日本对手，这让初见良昭大为震惊。柔道本身就是以柔克刚的武功，如果天生的体质对柔道的影响都如此之大，那么其他的武功就更不必多说了。为了寻到一种真正能够以弱克强、并最大限度消减对手天生体质优势的武术，初见良昭开始到处访名师会高友，以达到这个境界。
初见良昭26岁时，终于在朋友的介绍下，在奈良找到了隐居的忍者——高松寿嗣。他是日本最后一位具有实战经验的忍者，真正意义上的武学大师，他的一些举棍格斗的照片现在还保留着。终于，初见良昭找到了他心目中最强的武术，那就是忍术。
初见良昭所学习的忍术流派，正是户隐流。据说，户隐流是平安时代末期，木曾义仲的手下，同时也是修验道门徒的仁科大助所创。在木曾义仲败于源义经之后，仁科大助逃亡伊贺，结合大部分伊贺流忍术，再辅以修验道技巧而完成的忍术流派。
之后，初见良昭花了15年时间向高松寿嗣大师学习忍术。按照初见良昭自己的话说，他是经历了种种难以置信的训练，才真正掌握基础的。经历千辛万苦，初见良昭终于通过了高松寿嗣大师的考验，高松寿嗣大师将9个门派的宗师之位全部传给了他。一年后，高松寿嗣大师去世，在去世前，高松寿嗣告诉初见良昭，他已经学会了自己所会的一切。
初见良昭后来回忆说，他感到恩师高松寿嗣在冥冥之中对他说话，要他将户隐流忍术传承下去，并发扬光大。同时初见良昭自己也觉得有责任将这种古老的武技向全世界推广。于是初见良昭建立了自己的道馆，开始传授武艺。为了纪念恩师，他将道馆命名为武神道馆。
“锻炼毅力”、“成为公平正义的人”、“远离贪婪、慵懒及歧视”、“了解悲伤与痛苦是自然的法则，并借此启发不动之心”，这些武神道馆中的训导，更是把忍者实用哲学在武术中的真谛凸显出来：训练与作战时的自我磨炼、控制与平衡。抓住对方弱点，根据对方动作规律诱导他的进攻意识，然后抓住破绽进行攻击。人的恐惧、骄傲等心理因素也可以被用来创造取胜的机会。武术的本质是要达到“心身一如”的境界，即“技”是身体与精神一体化的体现，技术与直觉在实战中不断磨炼才能提高。
就这样，初见良昭一直在为忍术走向世界努力着。他获得了数不清的政府和民间的奖励。他周游世界各地来传授武学，他还为美国中央情报局、联邦调查局，以色列摩萨德以及英、法、德等国警方开设过特别训练班，教授搏击技巧。日本许多经典的特摄片，以及007系列电影第五部《雷霆谷》和电视系列剧《将军》等欧美电影电视也都请他担任武术顾问。也正是这些原因，使西方世界认识了忍术，忍术从此开始在西方风靡。
随着忍者热的兴起，世界各地无数的忍者爱好者慕名前来拜访初见良昭，想要跟随初见良昭学习日本传统忍术的追随者不下10万人。在欧洲和北美洲成立的上百所忍者学校都将初见良昭视为自己的宗师。有美国的忍者爱好者曾这样评价初见良昭：“他的身手、头脑与精神世界都深不可测，他是虚实转换之道的大师。”
另外，初见良昭作为优秀的忍者传承者，还著有几十部忍术书籍，例如，《忍术：历史与传承》、《宗师级忍术训练书》、《忍者宗师的秘密》、《忍术：生活的智慧》等。初见良昭还有包含11张光盘的教学片《初见良昭忍术系列》在中国发行，其中教授了无刀捕、六尺棒术、剑·太刀·刃、九鬼神传流短棍术、长刀术、枪术、古武道之奇本、一之构、武道释意、户隐流忍法体术、真剑白刃止等武术技艺。而这些书籍，较少涉及具体的格斗技术，从文化、理念、技艺、武德等多个方面对忍术进行阐释和教导。精通身体技巧并不足以成为真正的忍者，精神修炼同样重要。
虽然初见良昭努力让“忍者”一词成为了全世界家喻户晓的词汇，可是在日本国内，柔道、相扑等传统武艺却在外来文化的冲击下逐渐失去地位，忍术更是面临接近失传的窘境。环视整个武神馆，日本弟子还不到10%，绝大多数都是来自海外的学生。“可能出现第一位非日本籍宗家。”初见良昭面对这种窘境如是说。
但是，无论怎样，初见良昭对忍者文化的复兴，功不可没。
在这个现代文明的社会，忍者的后继者要面临着许多难题，例如传统文化逐渐失落的困境和开创新发展道路的挑战等。而在这一点上，无论怎样，忍者的后继者所做的，无疑使曾经的传统文化与现代文明相结合。重要的，更是对于传统文化的一种态度。