然而未及五月中旬，洪秀全便知天京不保。27日，希望尽失，他在酒中放入剧毒，举起酒杯疾呼道：“非天父欺吾，乃吾有悖天父矣。”连呼数遍，将毒酒一饮而下。午夜恶贯满盈的伪天王于痛苦中死去。其临终遗言虽承认罪过，却丝毫没有半点忏悔之意。事后，其部下遂以绣龙黄绸裹其身，依照教规，不用棺殓，将其下葬于宫中角落，转而拥护天王之子，即所谓的幼天王登基。尽管他们秘不发丧，消息最后还是不胫而走，听闻噩耗，围困将士士气低落，心灰意冷。
曾国藩上奏朝廷的奏折中描述了掘出伪天王尸体一事：
洪秀全遍身皆用绣龙黄缎包裹，缠脚亦系龙缎，头秃无发，须尚存，已间白，左股右膀肉犹未脱，乃戮尸，举烈火焚之。有伪宫婢者，系道州黄姓女子，即手埋逆尸者也。臣亲加讯问，据供，洪秀全生前，经年不见臣僚，四月二十七日因官军攻急，服毒身死，秘不发丧。而城里群贼，城外官兵，宣传已遍，十余日始行宣布。所有伪玉玺二方，金印一方，臣当专差赉送军机处，俾方略馆有所考焉。
奏折接着说道：
李秀成之就擒也，各营之降卒，附城之军民，人人皆识，观者如堵。臣二十五日甫至金陵，亲讯一次，令写亲供，多至数万字，叙发逆之始末，述忠酋之战事，甚为详悉。又力劝官兵不宜专杀两广之人，恐粤贼愈孤，逆党愈固，军事仍无了日。其言颇有可采。
日来在事文武，皆请将李秀成槛送京师，即洋人戈登等来贺者，亦以忠逆解京为快。臣窃以圣朝天威，灭此小丑，除僭号之洪秀全外，其余皆可不必献俘；李秀成自知无可赦，在途或不食而死，或竄夺而逃，翻恐逃显戮而贻巨患。询及李秀成权术要结，颇得民心。城破后，竄逸乡间，乡民怜而匿之。萧孚泗生擒李逆之后，乡民竟将亲兵王三清捉去，杀而投诸水中，若代李逆报私忿者。李秀成既入囚笼，次日又擒伪松王陈德风到营，一见李逆，即长跪请安。臣闻此二端，恶其民心之未去，党羽之尚坚，即决计就地正法，遂于初六日正法。
伪天王两兄，虽据李秀成供，在贼中暴虐专权，而如醉如痴，口称天父不绝，无供可录。因其抱病甚重，已于初四先行处死矣。又钦奉谕旨：‘洪秀全尸身觅获后，剉尸枭示，仍传首于被害地方，以雪众恨。钦此！’臣于已遵旨行事。
仰赖皇上威福！迄今乃得收寸效。我朝武功之盛，超越前古，屡次削平大难，焜耀史编。然如嘉庆川楚之役，蹂躏仅及四省，沦陷不过二十余城。康熙三藩之役，蹂躏尚止十二省，沦陷亦第三百余城。今粤匪之变，声势浩大，而其中凶酋悍党皆坚忍不屈。此次金陵城破，十余万贼，无一降者，至聚众自焚而不悔，实为古今罕见之巨寇。然卒能次第荡平，化除元恶，臣等深维其故，盖由我文宗显皇帝盛德宏谟，早裕戡乱之本。宫禁虽极俭啬，而不惜巨饷以募战士；名器虽极慎重，而不惜破格以奖有功；庙算虽极精密，而不惜屈己以从将帅之谋。皇太后、皇上守此三者，悉循旧章，而加之去邪弥果，求贤弥广，用能诛除僭伪，蔚成中兴之业。臣等忝窃兵符，遭逢际会，既痛我文宗不及目睹献馘告成之日。
太平天国运动失败后，四年间曾国藩一直留在南京担任两江总督（湖南人至今依然认为这个职位应由湖南官员承袭）。唯一一次离开南京是前往山东剿捻匪。1868年12月，曾国藩被任命为直隶总督，年底临行前还受到了南京民众的欢送。到了北京后又受到了北京民众的欢迎。次日到军机处开会，后受到一位亲王传唤，跟随其前去觐见皇帝。幼帝向西坐于龙椅之上，皇太后在后黄幔之内，慈安太后在南，慈禧太后在北。前面我们已经提到了一位中国人对太平天国叛乱的叙述，作者还记述了此次觐见的过程。下面摘选的部分为我们提供了非常有趣的有关慈禧言行举止的信息，值得我们再现。值得注意的是，作者与同时代的人一样，都认为慈安太后尽管位高，却是可以忽视的，她性情淡漠，不理政事，觐见大臣之事几乎都是由慈禧一人主持大局。
一进朝堂，曾国藩便按礼节立即双膝跪下，跪着前移几英尺，说道：“微臣曾国藩恭请圣安。”之后他脱帽叩头，奏称叩谢天恩。礼毕，起身前行数步，在龙椅下方为其准备的软垫上跪下。下面为曾国藩与慈禧太后的对话。
慈禧：“汝在江南事都办完了？”
曾：“对，办完了。”
慈禧：“勇都撤完了？”
曾：“都撤完了。”
慈禧：“遣散几多勇？”
曾：“遣散非正规军两万余人，征召官军三万人。”
慈禧：“何处人多？”
曾：“湖南人也有些，然安徽人极多。”
慈禧：“撤得是否安静？”
曾：“回禀太后，非常安静。”
之后太后问了他前任之事以及他的家庭，几分钟后，觐见完毕，曾国藩叩首并退下。之后召见曾国藩时，我们可以看出慈禧太后提前阅览了大臣奏章，经过深思熟虑之后才问问题，所以其问题皆简明扼要且又一针见血，这位帘后的统治者高高在上，以一种不容置疑的姿态询问着这位曾经将大清朝统治拯救出水深火热的功臣。
叙述中还讲述了1月16日，皇室为满汉高官举办的一场晚宴的场景。曾国藩位居要座，群臣边享受佳肴美酒边欣赏戏曲歌谣。之后又描述了曾国藩离京前的一次觐见情形，慈禧太后盘问了他有关重组直隶海陆军事武装力量的计划。他担任直隶总督一职已一年有余。理论上天津受他的管辖，但那个时候总督府设在保定府，离天津很远，所以1870年发生的天津教案并不能完全归结为他的失职。
同年，两江总督遇刺，曾国藩被任命前去接任两江总督一职，而直隶总督一职则由李鸿章接任，之后李鸿章担任直隶总督长达二十四年之久。当时，曾国藩受重病缠身，日益衰弱，上奏请求朝廷免去将其派往南京接任两江总督的圣意，但是慈禧语气坚决，无再商余地。她还下了一道圣旨，强调南京事务的重要性，又说曾国藩曾经在那里任过职，朝廷对他的工作非常满意，他最适合担任两江总督。“尽管目患急症，”她说道，“他依然可以统筹全局。”
在离开北京前往南京之前，正逢曾国藩六十大寿，他收到了许多皇室送来的贺礼与赏赐。太后亲手写了一首贺诗相赠，并送他御书“勋高柱石”的匾额，佛像一尊，紫檀嵌玉如意一柄，蟒袍一件，吉绸十件，线绉十件。之后曾国藩觐见皇帝太后，慈禧与他的对话如下，甚为有趣。
慈禧：“尔何时自天津起程？”
曾：“二十三日自天津起程。”
慈禧：“ 天津正凶曾已正法否？”
曾：“未行刑。旋闻领事之言，俄国公使即将到津，法国罗使将派人来津验看，是以未能遽杀。”
慈禧：“李鸿章拟于何日将伊等行刑？”
曾：“臣于二十三日夜接李鸿章来信，拟以昨日将该犯等行刑。”
慈禧：“天津百姓现尚刁难好事否？”
曾：“此时百姓业已安谧，均不好事。”
慈禧：“府、县前逃至顺德等处，是何居心？”
曾：“府、县初撤任时，并未拟罪，故渠等放胆出门。”
慈禧：“尔右目现尚有光能视？”
曾：“右目无一隙之光，竟不能视。左目尚属有光。”
慈禧：“别的病都好了么？”
曾：“别的病算好了些。”
慈禧：“我看你起跪等事，精神尚好。”
曾：“精神总未复原。”
慈禧：“马新贻这事岂不甚奇？”
曾：“这事很奇。”
慈禧：“马新贻办事可好？”
曾：“他办事和平、精细。”
慈禧：“尔在直隶练兵若干？”
曾：“臣练新兵三千，前任督臣官文练旧章之兵四千，共为七千。拟再练三千，合成一万，已与李鸿章商明，照臣奏定章程办理。”
慈禧：“南边练兵也是最要紧的，洋人就很可虑，你们好好的办理。”
曾：“洋人实在可虑，现在尚不无战事，惟当防患于未然。臣拟在江中要紧之处，修筑炮台，以防轮船。”
慈禧：“能防守便是好的。这教堂就常常多事。”
曾：“教堂近年到处滋事，教民好欺不吃教的百姓，教士好庇护教民，领事官好庇护教士。明年法国换约，须将传教一节加意整顿。”
十一月份，曾国藩最后一次觐见后，便离开了京城，再也没有回来过。一个月后，他接任两江总督。到任的第一件事便是审办刺杀前任总督的刺客，判其凌迟处死。第二年夏季，他坐船巡视，游览两江名胜各地，对那里的井然有序颇为满意，此前因为太平天国叛乱，那里长期处于战乱之中，狼藉一片，现已恢复安定，百姓也已安居乐业。一次微服寻访，曾国藩看到秦淮河上停泊的画舫一条接一条，热闹非凡，琴曲缭绕。他兴奋地感叹道：“寡人实属有幸，再次看到这里恢复战前的升平乐世啊！”
十二月，他将总督府迁至太平天国军的天王府，但是，他在任并不长久。1872年初，他第一次中风昏厥。几天之后，他坐轿去接见一位京城来的高官，在轿内，他依旧习惯性地背诵经书中自己最爱的篇章，突然用手指向随从，欲与之说话，却仅能喃喃，无法言语。当天傍晚他在日记中写道：
“余患病不能用心。昔道光二十六、二十七年间（1846-7），每思作诗文，则身上癣疾大作，彻夜不能成寐。近年或欲作文，亦觉心中恍惚不能自主，故眩晕、目疾、肝风等症，皆心肝血虚之所致也。不能溘先朝露，速归于尽，又不能振作精神，稍治应尽之职事，苟活人间，惭悚何极！”
第二天他又写道：
“余精神散漫已久，凡遇应了结之件，久不能完，应收拾之件，久不能检，如败叶满山，全无归宿。通籍三十余年，官至极品，而学业一无所成，德行一无可许，老大徒伤，不胜悚惶惭赧。”
第二天，阅览一份公文时，又一次中风，他振作精神，嘱咐长子曾纪泽，丧事要遵照古礼，不要请僧人、道士作道场。次日早晨，尽管身体非常虚弱，他依然强行起身，坚持阅完自己当年乡试中举人时所作的一篇文章。傍晚，儿子搀扶他于园中散步，回屋路上突然再次中风。家人将他抬入正室，他笔直端坐，仿佛在召开军机会议，就这样端坐着安然去世，享年六十二岁。记述者写道：
“南京百姓皆如同丧父丧母般悲痛欲绝，传言其咽气之时，金陵城上空有流星陨落。朝廷听闻此消息，也无比悲恸，特罢朝三日。”
慈禧太后下旨盛赞这位忠臣，对其感恩至极，评价颇高，称其为“股肱心膂之臣。”赞扬其生平政迹，并下令在曾国藩平定太平军的立功省分，著准其建祠，以此表示“朝廷对忠勋功臣的真挚眷念”。