正因为饷项、粮食供应困难，南京城下的湘军开始四处抢劫，本来曾国荃部湘军就是抢掠成性，现在更是无法无天。他们不仅成群出动，抢劫乡村居民，劫掠肆市，成了明火执仗的强盗，而且到处抢劫妇女，虏入营盘奸宿。太平军粮食奇缺，就把南京城内的百姓放出城来，妇女儿童放出者更多，大批妇女一出江东桥，就被城外的湘军掠去，无一幸免。
为此，幕僚赵烈文建议曾国荃出面制止，曾国荃表示：“我欠各营的粮饷太多，勇丁们连粥也吃不够，没有脸去见各部将领，哪有理由再去管这些事？若再不破城，军队便要瓦解了！”
赵烈文素以足智多谋、能言善辩著称，听了曾国荃的话却也无话可说。不久，萧庆衍部果然发生了闹饷事件，曾国荃向曾国藩问计，曾国藩劝他：“事因欠饷缺粮而起，只宜多加慰抚，不可过绳以法，免得功亏一篑！”
军饷问题越闹越紧张，这时发生了曾国藩与沈葆祯的重大矛盾。
沈葆祯，字翰宇，一字幼丹，福建侯官人，林则徐之婿，道光朝进士。咸丰五年（1855年）任九江府知府时，因九江为太平军所占，到曾国藩湘军充营务处会办。后再任江西广信府知府，太平军杨辅清部攻打广信，沈葆祯与夫人坚守城池，力战胜之。曾国藩上奏极言沈葆祯夫妇共同抗敌，谓“军兴有年，郡县望风逃溃，唯沈某能独申大义于天下”等，清廷闻报，加沈葆祯按察使衔。
咸丰十一年（1861年），曾国藩大举进兵安徽，围攻安庆，上书请沈葆祯来安庆会办军务，朝廷下旨准其所请。安庆被湘军收复后，慈禧、奕主持政务，以曾国藩为两江总督，督办江南四省军务，曾国藩保奏沈葆祯为江西巡抚，两人由上下级关系变为同僚。
从沈葆祯仕途经历看，他与曾国藩数度共事，一同抗击太平军，他的两次升官，也与曾国藩的保奏大有关系。但是，当沈葆祯就任江西巡抚后，曾国藩令湘军东进，左宗棠进兵浙江，朝廷令江西省供应湘军与左宗棠的军饷。而太平军忠王李秀成则派李世贤、杨辅清部入江西，以断绝湘军与左宗棠的粮道。沈葆祯见太平军大举人江西，湘军进攻天京城又无力顾及江西，乃亲赴广信督防，抵御太平军。同时建立了一支江西本省的军队，还广调清军去江西参与防卫，如江忠义的精捷营、席保田的精毅营、王文瑞的老湘营、王德榜的长左营、张岳龄的平江营、王沐的继果营、韩进忠的韩字营、刘胜祥的祥字营、刘于浔的水师营、段起的衡字营等。
由于江西军队的扩增需要大笔军饷开支，沈葆祯遂上奏清廷，停止供应湘军军饷，包括原来供应曾国荃大营的协饷、江西漕折银、九江关洋税银、江西厘金等，这些银两都是朝廷批准供给湘军的。在湘军军饷奇缺、雨花台各营岌岌可危之际，沈葆祯却截留了所有的供应，这一下激起了曾国藩的怒火。
曾国藩在江西驻兵多年，因军饷问题，吃尽了苦头，也看够了江西巡抚的眼色。咸丰八年（1858年）他再度出山，江西巡抚毓科等同他的关系好转。咸丰十年（1860年）他担任两江总督后，便奏明把江西的上述各项收入均归他提做湘军军饷。他所以奏准让沈葆祯任江西巡抚，其重要原因之一是沈葆祯与他多年合作，可以作为湘军的可靠支持者，谁料想沈葆祯一上台来便断了他的后路。
沈葆祯在江西扩建军队也是出于公心，但银子只有那么多，江西用了湘军就没有，但从缓急程度着想，雨花台的曾国荃大营是迫不及待的。开始，曾国藩看到湘军军饷一天天困难，想出釜底抽薪的办法，给九江关道蔡锦青寄了一封私信，让他解九江关洋税三万两给雨花台湘军，以解眼前之急。蔡锦青不敢违意，便向南京运银，谁知被沈葆祯发现了，把蔡锦青大骂一顿，勒令他追回款项，否则就罢他的官。沈葆祯是蔡锦青的顶头上司，蔡锦青得罪不起，只好乖乖地原数追回了寄出的银子。
曾国藩、沈葆祯争饷之事发生时，曾国藩位高权重，但并没有表现出一种骄蛮之气。事情发生后，他又多方考虑，委曲求全，拒绝了下属要参劾沈葆祯的意见。但是，对于金陵围城之军的困难不能不顾，对于沈葆祯告他“贪得无厌”的骂名也不能不辩。
于是，曾国藩最终拟了一个《历陈饷缺兵弱职任太多户部所奏不实》的折子，他写道：今“论兵则已成强弩之末，论饷则久为无米之炊。而户部奏称收支六省巨款，疑臣广揽利权。如臣虽至愚，岂不知古来窃利权者每致奇祸！”折尾恳求朝廷派大臣前来主持江南大局，放他回家养病，现在“兵弱饷细，颠覆将及”，一旦发生重大变故，他可担不起这个责任！
关于争饷之事，曾国藩也在多篇日记中，反复记载对此事的苦恼：一怕缺饷，金陵士兵哗变，功败垂成；二怕自己位高权重，别人疑其专擅；三怕与江西争饷，败了饷缺兵溃，胜了得到专权恶名。所以，还是以“告病引退，少息二三年”最为稳妥。
沈葆祯知道曾国藩上奏要求“引退”，自己也赶紧上了个奏折，陈请开缺，“以养老亲”。
双方的奏折上达清廷，慈禧自然不会让他们在这紧急关头回家休息，只好下旨把江西的厘金一分为二，使他们各得其半，并把购买轮船的退款50万两拨给曾国藩使用，以解其纷争。
此外，清廷为保证湘军的围城粮饷，又指拨淮北盐厘每月八万两，从湖南拨粮优先保证围城湘军，还拨安徽、河南等省士绅的捐款数十万两。这些钱粮一下子缓解了湘军的困难，保证了供应。曾国藩、沈葆祯二人同时撤销“告退”，结束了轰动一时的争饷闹剧。湘军因祸得福，加紧了攻城的步伐。
大是大非面前的权变之策
一般而言，人总是随环境变化而改变、调整自己的行为。而作为官宦之人，随着位高权重，保守自己既定利益的倾向越发加重。
胡林翼曾说：“人一入宦途，全不能自己做主。”清朝的康熙皇帝的一句名言，说穿了士大夫的本质：“士子负笈而行时，以天下为易；跌蹶经营，一入高位，反成尸位。”曾国藩称得上是权位越高，责任感越重，越敢于负责任的人。
清朝自嘉庆以后，世风日下。至道光朝更咸鱼烂之势。大小官僚耽于享乐。腐朽入骨，无人肯讲真话、干实事。如道光最宠信的宰相曹振镛，在谈到为官之道时公然说：“无他，但多磕头，少说话耳。”这样的官场，为自保功名富贵，圆滑弥缝，不负责任，已成为习气。以至于咸丰帝大骂群臣：“试问诸臣午夜扪心，何忍何安？若不痛加改悔，将来有不堪设想者矣！”“尔等甘为大清国不忠之臣，不亦愚乎？”
相形之下，此时年轻的曾国藩就显得器宇卓迈，不随流俗。他出身于湘乡的普通农家，童年时还在湘乡蒋市街卖过菜，离纸醉金迷的都市生活很远；进京之后，又长期在翰林院读书，沾染官场习气少，保存的书生本色多，因而，在朝廷内外交困之际，就能挺身而出，于柔糜浮滑的官僚群体中，独自表现出阳刚之气。
道光三十年正月，道光帝病故。这位在鸦片战争中失败的皇帝临终前立下遗嘱：说自己无德无能，丢弃祖宗脸面，因此决定死后自己的灵位不进太庙，也不用郊配，不让臣民祭奠他。这当然是对自己的最严重惩罚了。由于道光帝的遗嘱用的是“朱谕”，即亲笔书写，这就不得不令他的继承人重视起来，因此，咸丰帝即位后立即让臣下讨论。曾国藩当时是礼部侍郎，他责无旁贷要拿出意见来。
曾国藩经过十余日的慎重考虑，上疏明确提出：进太庙应是确定无疑的，但无须郊配一项，“则不敢从者有二，不敢违者有三焉”。曾国藩详细阐述不敢遵从的两个理由，及不敢违背道光皇帝遗嘱的三个理由，仍认为道光皇帝无须郊配是对的。这等于说，道光帝不配臣民祭奠他。尽管理由是儒家的仪礼，但这是需要万分勇气的。因为已死的道光帝本人很可能是做做样子，并不是真心要如此，更何况他的继承人也不会听任自己的父亲自贬自损，想抬高还来不及呢！再者，大臣们已有明确的“公议”，曾国藩如此“不识时务”，是要冒很大风险的。因此上疏的末尾用“不胜惶惊战栗之至”这样的话，也是袒露心情的真话。
咸丰帝的御批虽有肯定之词，但心中很不满意曾国藩这个侍郎。然而曾国藩认定的是天下之理，所以奏疏一个接一个上，批评也逐渐升级，最后连刚继位的皇帝也有“三大缺失了”。
第一道是《应诏陈言疏》，所述为人才问题，指出“方今天下，因循坠废，可谓极矣，吏治日坏，人心日浇”；又对如何培养人才、整饬吏治提出自己的看法。接着，又上《务陈日讲事宜疏》、《议汰兵疏》、《备陈民间疾苦疏》、《平银价疏》等等，分别对当时的政治、军事、社会、经济诸问题提出切要透彻的看法。
在曾国藩所上的诸疏中，在当时影响最大的是《敬陈圣德三端预防流弊疏》。
曾国藩指陈缺失，第一条指出皇上只是在小处谨慎，反而忽视大处，
而且有的谨慎到不该谨慎的地方。每天察于小事，而对于国家的大计必然有所疏漏而没有时间去深究了。所谓国家的大计，包括哪些方面昵？即如广西一事，大的问题是安排人事，其次是审查衡量地方的利益，再次是对军事需慎重行事。