用抗菌药治疗慢性细菌性前列腺炎通常以口服为主，有时也可采用肌肉或静脉注射，这些方法简单易行，痛苦小，病人容易接受，这是优点；但也存在不足，不管是口服还是肌肉、静脉注射，药物均需经过血液循环进入前列腺而发挥治疗作用，由于种种原因，弥散到前列腺的药物浓度常不太高，从而影响了治疗的效果。局部用药的治疗方法则能弥补这些不足。局部用药的方法主要有以下几种：
直流电药物离子透入法即预先将一些抗菌药物灌在直肠内，利用直流电将药物离子经过皮肤或粘膜透入到前列腺里面，因为在直流电的作用下，药物中带正电或带负电荷的离子会分别通过直流电的阳极或阴极透入到组织中间，从而发挥治疗作用。
输精管内药物注射方法是先将阴囊部位皮肤消毒，然后隔着阴囊皮肤摸到并捏住输精管，经皮肤直接用注射针头朝输精管斜行穿刺，针头进入输精管后，即可将事先配好的抗菌药物缓慢地注入输精管内，这些药物会通过输精管流向后尿道，并通过后尿道前列腺排泄管的开口进入前列腺内。
后尿道内药物灌注采用这种方法需要将一种称为三腔二囊管的特殊导管插入尿道，这种导管上面有两个管腔分别通两个气囊，充气后，一个堵在膀胱开口处，不让注入的药物进入膀胱；另一个气囊堵在尿道中下段，防止药物朝尿道外流出，在两个气囊之间的导管壁上有小孔，正好对着后尿道前列腺排泄管开口处。这样，从另一管腔注入的药物既不能进入膀胱，又不会从尿道口流出，只能乖乖地从小孔处流入后尿道，并通过前列腺排泄管抵达前列腺深部。
前列腺内直接注射药物方法是让病人侧卧在床上，会阴部皮肤消毒后，医生戴上消毒手套，将一手食指从肛门插入，在直肠前壁摸到前列腺后定位，另一手从会阴部用长针头穿刺直到前列腺腺体，然后把含有抗菌药、麻醉药、水解酶和糖皮质激素的混合液体直接注射到前列腺组织中去。
值得一提的是，上述几种方法都需要有一定的设备条件和专业技术，因此，须要到医院去由专门的医生进行。