乾隆旨意，是让李侍尧协助和珅破案，让阿桂专注打仗。但是和珅原想自己能搞定，独揽功劳，没有想过与李侍尧合作。此刻他是个光杆钦差，而李侍尧已经取代勒尔谨总督陕甘，不合作是不行了。
和珅秘密拜访了李侍尧，李侍尧一见和珅，已经是一种由衷的尊敬，忙亲自迎进。和珅已经知道，他与李侍尧经过几回合生死交战，已让李侍尧充分见识到自己的能耐，现在不需要任何虚言客套了，道：“李大人，皇上密旨命我在此查案，因此案重大，需要十分严密，让我需要的时候，可以找大人协助。如今我需要一百名亲信护卫，大人可能为我办到。”
“既是皇上旨意，在下在所不辞，只不过我初到陕甘，虽然可以调集这么多护卫，只是不知道这些人能否相信，到时候弄巧成拙，耽误了破案，可是吃力不讨好。”李侍尧心思缜密，当然知道和珅办案的条件。
“所以，这事就由李大人帮忙，必须是外来的兵马，信得过的，不能是与本地官员沆瀣一气的。”
“既然如此，最好是跟佳木公借些来自京城的护卫，办好就还给他。”李侍尧的想法与和珅不谋而合，英雄所见略同。
“好，我就专注办案，这件功劳就由大人来摘取了，到时候我必会禀报皇上。”和珅把包袱彻底扔给李侍尧，以李侍尧与阿桂的关系，这件事十有八九能成。
李侍尧悄悄来到阿桂军中，阿桂见了很高兴，道：“恭喜呀，你荣任陕甘总督，重回荣耀，我算是舒了一口气，老天有眼呀！”
李侍尧道：“承蒙皇上开恩，不过这个位子能不能坐得稳，还得看造化。有一事，要求佳木公，还得请您帮忙。”
阿桂豪爽笑道：“您是要我把叛军一举歼灭，包你陕甘平安，让你这总督坐得安稳？没问题，我已胸有成竹，只待一些时日。”
李侍尧道：“佳木公经历那么多打仗，这一小撮叛贼自然不在话下，这一点我相信得很。我求你的倒是一件秘密事，皇上密旨叫我查案，需要一百来号亲信护卫，我信不过甘肃的官差，这件事只能求大人了。”
李侍尧非常明白，和珅之所以没能亲自跟阿桂借兵，是因为怕碰冷钉子。自己提出此事，便不能提到和珅，若惹得阿桂生气，他是连皇上都不怕的。
阿桂当即应允，将自己从京城带来的手下一百名精兵借了出去。
和珅以钦差的身份召见了兰州知府蒋全迪，道：“皇上来旨，要我奉命清查国库存粮，此事本由布政使勒尔谨协助，因勒尔谨往热河觐见皇上，现在由你来配合。”
蒋全迪心里一惊，忙道：“目前兰州战事正紧，安排核查多有不便。既然大人一定要查，我立即叫差役准备一下，大人过几日前往粮仓查看。”
和珅明白蒋全迪是拖延之术，便道：“还准备什么？皇上交差下来，我只不过是走走样子，总要应付差事。我过两日就要回京，明日到粮仓走一圈就行，回京也好复命。”
蒋全迪一听和珅的口气，这才放心，答应明日带他去查看一下。
和珅的办案计划是：甘肃捐监多年，国库内自然有存储监粮，历年赈灾也有账目记录，只要把存粮、赈灾的账目与监粮上的账目对上，就可以知道有没有贪污了。
但是清查存粮并非一件简单的事。此前，乾隆曾派刑部尚书袁守侗前往甘肃开仓查粮，袁尚书查完后，回京禀报，粮仓都是满囤，存粮需要二十六处仓房才能装得下。此次和珅来查，也算是验证袁尚书所查是否为真。
次日，和珅带了一百名精兵，在粮仓与蒋全迪会合，蒋全迪见了，一时心慌，张大嘴巴说不出话。和珅安慰道：“蒋大人不必担心，这些是跟随我的亲兵，帮我动动手脚的，你开粮仓吧。”
蒋全迪不敢反对，咬着牙下令开了仓门。
和珅下令士兵，每一处粮仓需要仔细查看，不能光看表面，要确定存粮的深度。士兵们领命，一个个进去之后，仔细执行。这一番查看，令人大跌眼镜，仓库里不仅没有储存监粮，就连国库应存储的正项存粮也是亏空的。只有前面的几个粮仓，在粮仓下面架设木板，木板上面撒上谷物，使粮仓看起来满囤，实际上是空仓。
看来，袁守侗当年来查粮，要么就是被官员们串通作弊，没有细看；要么就是被收买了，隐瞒不报。
蒋全迪原以为和珅走过场，用前面几个伪造的满囤应付过去，没想到和珅来真的，一下子吓傻了，愣在那里说不出话。和珅一声令下，将蒋全迪五花大绑，连夜带回营中审问。蒋全迪经不过拷问，在和珅的恐吓之下，答应坦白立功，稀里哗啦全招出来。
原来，甘肃捐监、冒领赈灾款都是前任布政使王亶望想出来的。王亶望出生在山西临汾，是江苏巡抚王师之子。王师为官清廉，家风颇好，正因如此，为官多年，家中并无大财。王亶望年轻时中举，花掉了家里不少积蓄，捐得知县一职，进入官宦之途。俗话说，“有其父必有其子”，王亶望好像跟这句俗话对着干，做官之后，其风与父亲截然相反，善于钻营，视财极重，任知县后不久被提拔为甘肃宁夏知府，后来又升为甘肃布政使。
王亶望经历捐监的过程，身在其中，知道捐监是一条极好的生财之道。如果能利用一个名目，将捐监之财控制在自己手里，则是一笔天文数字的财产，比卖官什么的强多了。提升为布政使以后，他认为时机已到，与陕甘总督勒尔谨一起谋划，利用谎报甘肃灾情，请求朝廷同意暂时利用捐监筹集赈灾粮食。为了掩人耳目，王亶望还调任亲信蒋全迪为兰州知府，授意各州县收上来的捐监粮食交由蒋全迪处理。蒋全迪青出于蓝而胜于蓝，做得更狠，上任后马上宣布不再收粮食，监粮全部折成白银。所收的白银，全部以赈灾的名义随意做账开销，实际上，全都落在各级贪官手里。
荒唐的是，乾隆以王亶望赈灾有功，升其为浙江巡抚。新任布政使王廷赞上任之后，认为监粮折为银两，不符合捐监的规定，便报告给总督勒尔谨。勒尔谨本就参与其中，唯一的办法就是把王廷赞拉下水，这样，参与的人越来越多，球滚得越来越大。在乾隆四十二年，王亶望为布政使时，所收的“赈灾”监粮有六百万石，王廷赞任布政使三年来，所收有五百万石。
捐监本是一个省的大事，经手的人很多，关系复杂，要做到统一作假瞒上，难度很大。对于甘肃官员的胆大心细，和珅看得都心惊胆战。经手的官员很多，有的直接分赃，有的间接接受贿赂，对上则统一口径作假，牵涉案件的官员至少有一百多名。就连袁尚书来清查粮仓时，此地官员还谎报说，存放的捐粮需要加盖二十六处粮仓，需要雇用运粮的夫役。乾隆还信以为真，命户部拨给二十万两银子做经费，再次被甘肃官员瓜分。
经过几天的审讯与审计，和珅终于查明了甘肃捐监冒赈的账目明细，他决定立即启程，向乾隆汇报这一惊人内幕。案件的继续清查部分，则交接给李侍尧，由于主犯都在外地：王亶望升任浙江巡抚，勒尔谨因平匪不力在京城羁押，王廷赞在热河觐见皇上，所以只押解了蒋全迪，昼夜赶路回京。
此功完全可以折罪，和珅心情相当放松。
乾隆提前接到和珅的奏折，几乎不敢相信--自己自信满满的统治之下，会发生这种事？和珅一到热河，乾隆急忙召见，问道：“甘肃的情况，你可查到真凭实据？”
和珅肯定道：“奴才已经查得非常清楚，甘肃这么多年来并无旱情，甘肃国库不仅没有贮存监粮，就连平时国库应存的正项存粮也亏空。陕甘总督勒尔谨请求捐监，实际上都将监粮折合成白银，随后将收取的白银以赈灾名义开销，实际上都落到甘肃大小官员手里。”
乾隆火冒三丈，旋即又疑惑道：“勒尔谨竟然如此胆大妄为，可是他又怎能瞒得过他人呢，难道甘肃的官员全是贪官？”
“皇上息怒，甘肃官场此次牵连甚广，只怕大小官员多有参与。不仅仅勒尔谨，还有王亶望、蒋全迪、王廷赞，至少有一百多名官员牵涉其中，奴才已经将蒋全迪捉拿归案，此事全是他亲口招认。”
乾隆平时自诩洞察秋毫，最恨贪官，但此案之众，大大出乎意料，对他的执政自信也是一次严重打击，不由叹道：“这么多人怎么可能？难道整个甘肃都辜负了朕的信任？”
和珅道：“皇上，甘肃布政使王廷赞也在热河，可以将王廷赞拿来审问，与蒋全迪对质，事情真相将可以大白天下。”
乾隆皱眉，踱着慢步，自言自语道：“别人贪污，朕还可以相信，但这个王廷赞，朕十分了解他。他一向为官清廉，出任甘肃布政使之前，曾做过安定知县，为百姓做了不少好事，架桥修路，百姓对他十分拥戴，离任之时十里相送，朕以为是清官典范。他，怎么会做出这等事？”
“据奴才所知，王廷赞刚到任，就质疑监粮折银的举动，是总督勒尔谨死劝，把他拉下水的--甘肃官风不正，清官也会堕落。根据蒋全迪的招供，王廷赞经手的监粮大概有五百多万石。兰州战事，王廷赞请求捐银四万两，他身为布政使，怎会有这么多俸禄？这些银子是否是捐监银子，审问便知。”
乾隆已经无心再问，道：“和爱卿，审讯王廷赞的事就交给你吧，此案牵涉众多，务必要有切实证据，不可冤枉好人。”
和珅喜欢道：“奴才遵旨，一定尽力查办，将贪官绳之以法！”
和珅准备充分，对甘肃冒赈的细节已经了解得相当清楚，审理王廷赞十分顺利，很快招供画押。远在兰州的李侍尧也把进一步清查的结果写成奏章，急报皇上。从乾隆三十九年至四十六年，甘肃共有二十七万人报捐监生，甘肃省收取白银一千五百万两。甘肃官员借赈灾之名，侵吞赈灾钱粮折合白银将近三百万两，受到牵连的甘肃官员达到一百二十名，贪污数量在一千两以上的县官六十三人，知州五人，同知三人，通判五人，县丞二人。王亶望在贪污分配上，实行利益均摊，但每个人得到好处的多少，却由他决定。为了多报些灾情，多得些银两，不少官员绞尽脑汁讨好王亶望，如兰州知县程栋每年给王亶望送银两万两，供其署中一切用度之费；王亶望盖房屋，为了赶在上冻前盖好，程栋令工匠用热水活泥，仅此一项就费银子两万两。王亶望供认，仅在甘肃藩司三年任内，送银、送物给他的人太多，根本就记不清楚数目了。
这种千古未有的奇贪巨案，居然发生在眼皮底下，长达七年无人知晓，乾隆怒火中烧，下旨：“主犯王亶望、蒋全迪主管其事，罪大恶极，立即处死；勒尔谨听任下属王亶望犯罪，且参与其中，念其曾经有功，赐自尽；王廷赞发现前任官员问题后，不但不弹劾，反而效仿贪污，判决绞监候。其他涉案官员，根据大清律，由刑部拟定裁决。”
绞监候就是判处绞刑，暂时监禁，留待来年秋审再做判决。从这旨意来看，乾隆这一次是决心狠狠治一下，决定大开杀戒了。
但是，这却给刑部尚书德福出了一道难题。德福上奏道：“这次甘肃冒赈案，从犯数目众多，几乎全省道、府、州、县都有贪官，一百二十位官员受牵连，其中贪污千两以上的就有六十余人，如此处置，还是请皇上深思定夺。”
按照大清律例，贪污白银千两以上的官员，即可处死。六十多人一块处死，那就不叫判决，叫大屠杀了，所以德福还是要请示皇上。
自古有法不责众之说，乾隆爷需要权衡，下旨：“受牵连的一百一十二位官员，一律抄没家产，其中，贪污白银两万两以上者，情节严重，斩立决；一万两以上两万两以下者，斩监候；一万两以下者，刑部视情况酌情处理。”
最后查明，贪墨两万两以上被处死者二十二人；一万两到两万两者，十五人；万两以下千两以上者二十六人，共六十七名省、道、府、县主官或掉了脑袋或锒铛入狱，一百余名贪官被抄家。
甘肃之案，和珅有功，乾隆下旨兼任命兵部尚书，到了十二月，任命和珅兼管户部三库。
次年五月，李侍尧因办理甘肃贪污大案非常得力，乾隆命“给予现任品级顶戴”，八月，“加太子太保”官衔，李侍尧从阶下囚又走向晚年的风光。