然而，这一时期我国的海洋自然保护主要是针对海洋经济生物的繁殖保护。如为保护大黄鱼的产卵群体，福建省人民政府1985年设立了官洋井大黄鱼繁殖保护区；为保护海蚌资源，同年福建省批准成立了长乐海蚌资源保护区。1977年以来，台湾省也先后在台北、宜兰、基隆、屏东、花莲、台东等9个县市沿海建立了18处鱼、贝、藻类资源的繁殖保护区。而从保护海洋环境和海洋生态角度进行的海洋自然保护则做得不够。这期间尽管某些海区也在个别岸段或岛屿设立了一些自然保护区，其本质只能说是陆地自然保护区的延伸。
20世纪80年代，是我国自然保护事业，也是我国海洋自然保护工作大发展的年代，特别是1987年国务院环境保护委员会发布了《中国自然保护纲要》，大大推动了自然保护工作的进程。截至1988年5月，全国自然保护区已超过500处，总面积22万平方千米，占国土总面积的2.47%。海洋自然保护区也纷纷建立。
截至1996年，我国已批准建设的自然保护区中，属于海洋类型的有60处，其中1979年前建设的只有2处，80年代以来建立了58处，而1991～1996年就批准建立了29处。上述60处海洋自然保护区中，国家级的15处，省级26处，市县级16处，保护区的面积近130万公顷，分布在沿海各省、直辖市和自治区。
我国的海洋自然保护区虽然建立时间不长，然而经过短短几年的努力，已经明显地显示出其生命力和在保护海洋环境以及海洋自然资源中的作用。例如，江苏盐城地区的沿海珍禽自然保护区面积已经发展到350多万平方千米，其中240多万平方千米为禁猎和鸟类试验区，其中又有30多万平方千米缓冲区和10多万平方千米核心区。鸟类已由保护前的100多种，上升到361种，总数达到500多万只。丹顶鹤也由80年代初的不足200只发展到上千只。再如广东惠东县1983年前海龟仅剩几十只，建区后到1989年已增至2万多只，海龟的易地孵化率也达到92.8%。然而，我们不能不看到我们面临着巨大的挑战。一方面，我国人口众多，生产力水平不高，必须加快海洋资源的开发和建设，这无疑对海洋环境的压力将越来越大；另一方面，我国的海洋生态自然环境和资源已遭到严重破坏，急需建立保护区休养生息。因此处理好这一对矛盾无论对加快我国海洋开发事业的发展，还是对保护好海洋环境的健康状况都是至关重要的。
红树林保护区
1.福田国家级红树林鸟类自然保护区
福田国家级红树林鸟类自然保护区位于深圳湾北东岸深圳河口，面积368公顷，是我国唯一位于市区，面积最小的自然保护区，也被国外生态专家称为“袖珍型的保护区”。福田国家级红树林鸟类自然保护区虽然很小，但是每年都有白琴鹭、黑嘴鸥、小青脚鹬等189种，上10万只候鸟南迁于此歇脚或过冬。保护区内除红树林植物群落外，另外，还有其他55种植物，千姿百态。成为深圳市区内的一条绿色长廊，它背靠美丽宽广的滨海大道，与滨海生态公园连为一体，面向碧波荡漾的深圳湾，不仅是鸟类栖息嬉戏的天堂、植物的王国，也是人们踏青、赏鸟、观海、体验自然风情的好去处。
深圳福田红树林保护区是1984年正式创建的，创建时的总面积为 304公顷。并且只有一条道路通到这里，当地的渔民在这里利用沿袭下来的基围鱼塘养鱼，然后就是大片大片的天然红树林、果园和其他天然林。1986年，世界野生生物（国际）基金会主席、英国女王的丈夫菲利普亲王访华时，特意南下深圳，登上红树林的观鸟亭，饱览深圳湾湿地风光。后来，丹麦野生生物基金会主席、丹麦女王的丈夫亨里克亲王也兴致勃勃地到此观鸟，并将红树林称为“绿色明珠”。
2.海南省清澜港红树林保护区
海南省清澜港红树林保护区是世界海拔最低的森林，也是保护最为完整的红树林。该保护区地处文昌市的清澜港沿岸一带。保护面积达2948平方公顷，有林面积达2732平方公顷。该保护区于1981年开始创建，原为县级，后来变为省级自然保护区。该保护区的林木面积大，而且树林年龄长，许多林相显示了原生林的特征。如有海莲林树龄达百年以上，调查中有的胸径达1.2米，林内结构复杂，有不少附生植物和藤本植物分布其间。保护区范围内除了有同东寨港基本相同的红树植物种类外，还有独特的成片红树林子，沿着霞村的岸边形成雄伟的景观。木果核在这里可以看到小片的群落。木果核的蛇状呼吸根在这里有典型的表现。海桑属的4个种，即海桑、杯尊海桑、大叶海桑和海南海桑在这里都有自然分布，其笋状呼吸根形成这些种类的明显待色。现在该保护区不仅是重要的旅游景点，而且具有很高的科研价值。
3.漳江口红树林国家级自然保护区
福建漳江口红树林国家级自然保护区（简称漳江口保护区）位于福建省漳州市云霄县漳江入海口。最近城镇为云霄县城，位于湿地以西10千米，东北向距离厦门约85千米。主要保护对象以红树林湿地生态系统、濒危野生动植物物种、东南沿海水产种质资源为主。主要湿地类型有红树林、滩涂、水域或组成的河口湿地等。符合《湿地公约》国际重要湿地指定标准的1、2、3、8。保护区于1992年元月成立， 1997年7月经福建省人民政府批准为省级自然保护区，2003年6月经国务院批准升格为国家级自然保护区，2008年被列入《国际重要湿地名录》。
漳江口保护区内主要有红树林、滨海盐沼、滨海沙生植被3个植被型，有白骨壤林等13个群系，有秋茄-老鼠等22个群丛。区内有维管束植物224种，有红树植物5科6属6种，盐沼植物16科27属29种1变种，滨海植物59科152属184种。区内营养丰富，从而微生物资源丰富，有微生物12科27属45种，与陆地生境的微生物数量比较，红树林土壤细菌数量高于一般陆地生境，而土壤放线菌、真菌数量较少是漳江口红树林国家级自然保护区土壤微生物数量分布的主要特征。
漳江口保护区已查明野生脊椎动物共359种，其中哺乳动物9科14种，鸟类38科154种，爬行类11科37种，两栖类5科13种，鱼类141种。列入国家一级重点保护的动物有中华白海豚和缅甸蟒蛇2种，列入国家二级重点保护的动物有宽吻海豚、黄嘴白鹭、小杓鹬、小青脚鹬、绿海龟、棱皮龟、太平洋丽龟、虎纹蛙等19种。省级重点保护动物24种。在保护区的鸟类中具有很多双边国际性协定保护的候鸟，其中中日候鸟保护协定保护的鸟类有77种、中澳候鸟保护协定保护的鸟类41种。在保护区红树林区潮间带的底栖动物有28种。潮下带底栖生物181种。海区浮游植物201种，其中硅藻165种。浮游动物180种，其中水母类59种，桡足类71种。
漳江口保护区位于台风多发区，1955～1980年间影响云霄的台风达150次，年平均台风影响5.8次。红树林湿地是该区域的保护者，在稳固海岸、抵抗台风侵蚀方面有重要作用。
4.其他红树林自然保护区
（1）珠海红树林。珠海红树林主要分布淇澳岛、横琴岛和红旗西堤、磨刀门和鸡啼门水道出海口附近堤岸，其中，位于淇澳岛西北部大围湾的淇澳红树林保护区面积最大，是目前该市保存最完整、最集中连片的林分，树高4～6米。它不仅是珠海市的珍稀资源，也是珠江三角洲不可多得的一片红树林湿地，同时是全国少有的紧靠大城市的红树林区之一。
（2）海南东寨港国家级红树林自然保护区。海南东寨港国家级红树林自然保护区位于海南省文昌市铺前镇约6千米长的沿海岸线上，67多公顷（1000多亩）的红树林区已全面挖塘养殖，近半数的红树林遭受严重破坏。海南东寨港国家级红树林自然保护区，总面积3300多公顷（5万多亩），有林面积2000多公顷（3万多亩），列入《世界湿地名录》。但从1993年以来，不断有群众进入保护区砍红树、挖塘搞养殖，大片大片的红树林区成为荒芜的水泥塘。
（3）广东湛江红树林国家级自然保护区。广东湛江红树林国家级自然保护区位于广东省湛江市境内，面积1.9万公顷，1990年经广东省人民政府批准建立，1997年晋升为国家级自然保护区，核心保护区高桥红树林保护区为中国最大的红树林连片生长基地，主要保护对象为红树林生态系统。该区地处雷州半岛，受热带海洋气候的影响，沿海滩涂上分布着较大面积的红树林植被，其中红树植物有12科、16属、17种，是除海南岛外我国红树植物种类最多的地区。此外，保护区内拥有数量和种类众多的鹤类、鹳类、鹭类等水禽及其他湿地动物，据初步统计，仅鸟类就有82种，其中留鸟38种、候鸟44种。湛江红树林保护区作为我国现存红树林面积最大的一个自然保护区，在控制海岸侵蚀、保持水土和保护生物多样性等方面发挥着越来越重要的作用。
（4）广西山口红树林国家级保护区。山口国家红树林生态自然保护区是1990年9月经国务院批准建立的我国首批（5个）国家级海洋类型保护区之一，1993年加入中国人与生物圈，1994年被列为中国重要湿地，1997年5月与美国佛罗里达州鲁克利湾国家河口研究保护区建立姐妹保护区关系，2000年1月加入联合国教科文组织世界生物圈，2002年被列入国际重要湿地。山口红树林生态保护区地处亚热带，位于广西北海市合浦县沙田半岛东西两侧，海岸线总50千米，总面积8000平方千米，是中国第二个国家级的红树林自然保护区。