话说，自盘古开天辟地，女娲造人以来，人族历经亘古三贤有巢氏、燧人氏、缁衣氏，太古天地人三皇伏羲氏、神农氏、轩辕氏，上古五帝治世，夏商交替，封神大战，春秋战国，共计十二万九千六百年，终于，大秦始皇帝一统天下，万民朝拜。
泰山之巅，始皇帝登基封禅之时，天降异象，五彩祥云之中，一个官宦模样的人手捧金黄色圣旨停在始皇帝面前。
“人间嬴政听旨！下界人族共主嬴政一统九州，得建秦国，秦属水，主兵戈杀伐，当属天庭西方太极天皇勾陈大帝麾下调遣，钦此！”那宦官一脸傲然之色捏着公鸡嗓扯道：“下界人族嬴政还不接旨谢恩。”
始皇帝千古一帝，岂能屈尊于人，闻得这宦官如此言语自然暴怒，玄黑色绣金龙袍一甩袖口，大喝道：“放肆！朕乃真龙天子，尔敢放肆！还不引咎自裁！”
“什么？你……”这宦官身为勾陈帝君近侍，何等身份，就连天庭各路仙神皆不敢得罪于他，正待嬴政领旨谢恩，黄白之物奉上，哪料嬴政居然如此表现，震怒不已，兰花指微翘，双目瞪圆，就在此刻，宦官口中咒骂再也说不出口了，只见宦官脖颈上的头颅齐齐的掉落下来。
始皇帝嬴政征战沙场多年，帝王之道已然登堂入室，加上大秦新立，玄皇之气加身，动辄金口玉言，一句话让这宦官引咎自裁岂不轻松？
此宦官一死，手中圣旨霎时间化为烟粉，身在九重天上的勾陈帝君已然得知，自己身为堂堂天庭六御统帅万神的勾陈帝君，自己的天使居然被下界凡人所杀怎能不怒。
勾陈震怒之下，一挥龙袍，脚踩祥云往南极长生大帝所在的长生天飞去。
南极长生大帝出生阐教，麾下有一位儒门大罗金仙，此儒门大罗为半路出家，虽属儒门，事实上却隐隐的另成一派，人间虽以法家为尊，然儒门亦是天下第一门，比起法家更胜一筹。勾陈大帝欲借长生大帝麾下儒生扰乱大秦气运，天庭六御同属天地三界至尊，对于勾陈大帝的要求长生大帝自然欣然同意。
大秦初立，举国不宁，受到天庭命令的淳于越上表因安古制分封天下，一众儒生也齐齐上书，朝下诋毁始皇帝，眼见大秦气运日渐稀少，大秦丞相李斯上书始皇帝，意欲焚书，聚百家气运加身，无奈之下，始皇帝将除去法家典籍外其余百家典籍收集烧毁，聚集其中的气运融入大秦国运之中。
因此，其余百家力抗始皇帝，散播诬陷始皇帝，始皇帝暴怒。
“吾前收天下书不中用者尽去之。悉召文学方术士甚众，欲以兴太平，方士欲练以求奇药。去不报，徐市等费以巨万计，终不得药，徒奸利相告日闻。卢生等吾尊赐之甚厚，今乃诽谤我，以重吾不德也。诸生在咸阳者，吾使人廉问，或为訞言以乱黔首。”于是使御史悉案问诸生，诸生传相告引，乃自除犯禁者四百六十馀人，皆坑之咸阳，使天下知之，以惩后。益发谪徙边。事实上，坑儒，仅仅是为了震慑天下人，焚书才是解除大秦气运劫难的方式。
千万儒生被杀，诸子百家先贤大惊，了然前因后果后齐上九霄惊动六御天帝，要讨个说法，玉皇大帝雷霆震怒，兴兵百万欲灭大秦。
百万天兵天将十方来袭，始皇帝无可阻挡只能节节败退，幸得上古玄帝禹皇铸九鼎设九州结界方才阻挡一时，眼见九州结界因百余年前秦朝先祖移位，将一鼎落于汕水之中，遂九鼎只余八鼎，不复坚不可摧的特性，大惊之下始皇帝收集天下铜器铸十二钟卫辅助九鼎拱卫大秦江山，暂阻百万天兵一时，留的一线生机。
日夜疲惫的始皇帝两鬓斑白，内侍赵高见长生不死的陛下成了这个样子，也每日思索，妄图解此劫难，赵高也并非不自量力，这赵高原本为天庭玉皇近侍，因被始皇帝所救而跟随始皇帝，对始皇帝忠心耿耿，见大秦危难，思索百日的赵高自告奋勇重返天庭，寻求破局之法。
回到天庭的赵高，轻车熟路地来到了玉皇殿，盗走天庭至宝封神榜，逃跑时被天庭守卫发现，三万天庭守卫穷追不舍之下逃亡数月，身受重伤，等逃回九州结界内后，更是丧去了一身修为，此后再不能人道，成为阉人。
顾不上养伤的赵高觐见始皇帝，赵高虽损失惨重却也盗回宝图，献予始皇帝，始皇帝大喜，有感赵高忠义，对其倍加宠信，宫内宫外皆由赵高侍奉，至此，阉人即为皇帝内侍录入法典。
得到封神榜的始皇帝日夜炼化，三年后，终于炼化封神榜为己用，以其中百万天兵天将元神所威胁，得以掌控天庭百万天兵天将为己用，反上天庭。
毫无准备的天庭节节败退，六御大帝恨地牙根儿痒痒，无奈百万天兵被始皇帝胁迫，玉皇麾下再无可战之兵，仅余十万天兵。
天庭乃天道正统，受天道庇佑三元会，始皇帝无法攻入天宫，加上大秦几近油尽灯枯，遂休养生息。天庭与大秦休战。然而痛失百万天兵天将，又大失面皮的玉皇对始皇帝恨之入骨，派遣天照星徐福转世下凡，暗施黑手蛊惑始皇帝。
“陛下，贫道听闻海外有仙岛，名曰：蓬莱。岛上千年迷雾笼罩，人神皆不可入，千年生有灵丹妙药，食之可成就万事不灭圣人之尊，贫道参悟十余年，终得破雾入岛之法，贫道愿亲入蓬莱将神药献给陛下，以挡天帝窥伺我大秦。”急切地想要强大的始皇帝不查之下轻信徐福，按照徐福的要求交给了徐福三千童男童女。
始皇帝东巡时发现了刻有“始皇帝死而地分”的陨石和出言“今年祖龙死”的“仙人”，始皇帝大怒，想始皇帝堂堂运朝国主，与天齐寿，如果这陨石和那所谓的仙人所言为实，就意味着在这一年必然有什么意外，不怕一万就怕万一，始皇帝做足了充分的准备，以求万无一失。始皇帝听从了一名相卜者的建议，准备第五次巡游。岂料这相卜者为天庭奸细，东巡至平原津，一众天庭修士杀出，始皇帝自信一身修为，金口玉言一开，刺客纷纷倒毙，然其中一人泼出一瓶暗红色血水溅在始皇帝身上，顿时，始皇帝感到身上修为散尽，壮年之躯亦变得老态龙钟，命不久矣。
此人却是寻找仙岛的徐福！徐福出海后寻一小岛，将三千童男童女杀尽，取其鲜血炼制一味剧毒，可坏去始皇帝一身修为，斩断人皇根基。
被徐福以三千童男童女血坏去一身修为，始皇帝将要毙命之时，赵高、李斯赶到，岂料徐福法术惊人，李斯只能堪堪驱走徐福，却无法将其留下，失去修为的赵高无能为力。徐福深知天庭兔死狗烹鸟尽弓藏的尿性，遂逃至海外荒岛，开启扶桑小国，逍遥于法外千余年。
话说赵高李斯驱走徐福，但无法挽回始皇帝的性命，正当年的始皇帝变的好似残烛老人，深知自己再无侥幸，陨石上的预言已然成真，遂始皇帝留下遗诏，令公子扶苏即位，行至沙丘后驾鹤西去，葬于骊山地宫之中。