一、护法军政府的成立
1917年7月15日，段祺瑞在北京正式组阁：特任汪大燮为外交总长，段自兼陆军总长，刘冠雄为海军总长。17日继续发表阁员名单，特任汤化龙为内务总长，梁启超为财政总长，林长民为司法总长，张国淦为农业总长，曹汝霖为交通总长，范源濂为教育总长。这个内阁中，研究系占了五席，是外交、内政、财政、司法、教育。梁启超得到了以前求之不得的财政总长。
至于总统人选，段不愿意让黎复任总统，却也并不希望冯继任总统，他本想暗示北方军阀推举徐世昌为临时总统，可是他的计划还未开始，北方军人们不识段的心意，即纷纷电请代总统入京执行元首职权。倪嗣冲在电报中呼冯国璋为“我大总统”，呼黎元洪为“前大总统”。这样一来，段不好意思不让冯代下去，只好作顺水人情，他认为今后的总统只是一个高拱无为的元首，冯当了这个毫无实权的总统，反而比较在南京拥兵自重好得多，冯是在段这种心情下当了总统。
8月1日，冯国璋抵京就职，任命张一麐为秘书长，师景云为侍从武官兼军事办公处长，熊炳琦为侍从武官兼参谋长，张宗昌为侍从武官兼副官处长，殷鸿寿为侍从武官兼执法处长，侍从武官长仍为荫昌，总统府指挥使仍为徐邦杰，这两人是袁时代就担任这项职务，历事袁、黎、冯三位总统，可称三朝元老。
冯很认真地唱出“将相和”，他要北洋三杰团结，以重振北洋声势，他认为今后府院是一家，上下是一致，内外是一心。他紧握着段的手，亲切地说：“以后咱们再也没有什么府、院之争了。”他又对王士珍和段祺瑞说：“咱们三人从此要一条心，通力合作，在咱们三个人中间，无所谓总统、总理、参谋总长，”他的三杰一体论煞有介事。其实三人各有矛盾。根本无法“一体”。
段本来打算在冯入京后，即派段芝贵为江苏督军，小段在袁世凯时代是一等红督，做过湖北督军和奉天督军，其后虽以帝制余孽而休息一个时期，这次讨逆他又东山再起，有功于“再造共和”，段想用他代替冯为江苏督军，应该是说得过去的，因为同是北洋派。那知冯国璋也有他的安排。他在离开南京以前，就提出调任江西督军李纯为江苏督军，升任驻南苑的第十二师长陈光远为江西督军。原来李纯、陈光远和湖北督军王占元在北洋派中都是亲冯的。早在辛亥革命时，冯国璋统率北军第一军南下与革命军作战，第一军是由第六镇统制（即师长）李纯，第二镇协统（即旅长）王占元，第四镇协统陈光远等混合编成，由此以后，他们便逐渐形成一个小集团，就是后来赫赫有名的“直系”。直系名称是因为冯国璋是直隶人，这和段祺瑞的皖系是因为段祺瑞是安徽合肥人相同，不过参加这两系的军阀们，并不完全是这两省人，大都因为个人利害关系，并且在直、皖两系明争暗斗过程中，他们的成员互相变化，很难划分界限。
冯国璋不只是安排了江苏督军，同时又将一向由自己统率的禁卫军扩大为两个师，禁卫军是清朝末年成立的，辛亥年袁再起组阁，即以冯为禁卫军统领，民国成立后，冯仍继续统率这支军队，名称也不变。迨冯继任总统后，禁卫军改编为两个师，以王廷桢为第十六师师长，留在南京，与由江西调来的第六师师长齐燮元共同守卫江苏地盘，另以刘询为第十五师师长兼总统拱卫军司令移驻北京。这样的安排，他在北京当总统便有自己的军队，而在长江一带又有地盘。第六师师长齐燮元原任十二旅旅长，因前任师长周炳文患精神病，齐乃升任，这支军队一直驻防江西，它的前身是武卫右军，后改第六镇，再改第六师，段祺瑞、王士珍、吴禄贞、李纯都带过这支军队。
冯国璋做了总统后，曾表示尊重责任内阁制，对于段用人行政和决策的决定都不干涉，段对冯在态度上也比对黎时好得多。可是他们是两个实力派，冯颇有心机，段则刚愎自用，冯当然不愿意做一个和黎元洪一样的受气总统，段则决不肯放弃半点权力，因此两人的争执，一样尖锐化。
争执的第一遭，是军权，这也是历来总统、总理间的争执焦点。冯就任不久，就想恢复“大元帅陆海军统率办事处”，段当然不肯同意。段在国务院设立了“参陆办公处”，以取代袁世凯时代的“统率办事处”。
冯要过问全国大事，不愿做有名无实、像个泥塑的大总统，段在这一方面总算让了步，自6年10月8日起，每天派一位官员向总统报告政情。
可是，总统、总理之争，不是表面的，或是一件事情上让一点步就可以和缓，权力之争使这两位北洋巨头，裂痕愈来愈大。只是百废待兴，需要和衷共济，大家才暂时各自忍耐。
当前第一要务就是重新召开国会。段祺瑞当然不喜欢国会，但是既为民主共和国，就不能没有国会。梁启超建议在旧国会已被解散，新国会还未成立时，召集临时参议院代行国会立法权。这是仿效民国成立时在首都南京召集临时参议院作为过渡性的立法机关。今天讨平复辟，情况相同于民国成立时，已解散的旧国会当然不该再召集，只好由临时参议院修改《国会组织法》与《参众两院议员选举法》，然后根据这些新法召集新国会。段祺瑞既然憎恨旧国会，所以只要不召集旧国会，对于任何其他形式的立法机关都没有意见。如果召集临时参议院，其参议员的产生是由地方当局指派，而不是由人民选举，这样便可产生清一色的参议员。
于是段祺瑞用国务院的名义下令：
“《国会组织法》，暨《两院议员选举法》，民国元年，系经参议院议决，咨由袁前大总统公布。历年以来，累经政变，多因立法未善所致，现在亟应修改，着各行省蒙藏青海各长官，仍依法选派参议员，于一个月内到京，组织参议院，将所有应改之组织选举各法，开会议决。此外职权，应俟正式国会成立后，按法执行，以示尊重立法机关之至意。”
北洋派的封疆大吏纷纷复电随声附和，孙中山则表示了坚决的反对态度，孙说：只有恢复被非法解散的国会，才能真正符合《约法》精神，段祺瑞拒绝恢复国会而打算召集临时参议院，完全是破坏《约法》。西南军人都支持孙中山的主张。约法之争，后来成为南北战争的导火索之一。
接下来就是中国参战问题。黎、段之争和国会解散，肇因于段要对德宣战而黎反对所引起，如今段再掌政权，自然要贯彻这个主张。黎已下台，国会已被解散，段可以随心所欲去搞了，因此宣战案于8月4日提交国务会议通过，14日以总统命令正式公布。
北京政府宣布对德、奥宣战后，美国立即表示好感。同时中国驻美国公使顾维钧也向北京政府秘密报告，美国将以2亿银元借予中国，帮助中国出兵欧洲。可是段祺瑞早和日本有了密切的勾结，日本同样向北京政府提出愿意贷给同美国一样的借款，并且不要中国出兵欧洲。段需要钱，可是不打算用这笔钱去欧洲打战，而是用这笔钱完成他统一中国的美梦。这个美梦是北洋军阀所梦寐以求的，过去袁世凯未完成，段以袁继承人自居，当然希望能在自己手中完成。
不过中国向外国借款，根据民国2年英、法、德、日、俄五国银行团和中国政府的协定，不能单独向五国中的一国进行政治借款，更不能向五国银团以外的国家借款，现在德国既已除外，可是其他四国还在，因此段要和日本秘密借款，是需要费点周折的。
8月10日，日本藏相胜田迅速与中国亲日派的陆宗舆组成了中日合办的中华汇业银行，由陆为经理，这个银行以投资中国为基本业务。接着中国先向五国银行团提出申请，要借1亿银元的善后借款。这时欧战在紧急时期，英、法、俄三国都没有力量提供这笔借款，德国已成敌国自然除外，于是经协商后，就推由日本银行团先行如数拨借，待欧战结束，再由五国银行团拨还。8月28日，日本正金银行理事小田切万寿代表日本银行团垫付了1000万日元作为第一批善后借款的垫款，中国代表签约的是段内阁中财政总长梁启超，借款契约如下：
一、名目：垫款。二、金额：1000万元。三、利息：七厘。四、年限：一年。五、折扣：7％。六、担保：中国盐税余额。七、用途：行政费。八、用途稽核：依民国第一次善后借款项目办理。九、承借者：日本银行团。
此外，日本政府还以半公开或不公开的各种方式向北京政府大量投资，9月26日成立交通银行第二次业务借款2000万日元，由曹汝霖经手。10月12日成立吉长铁路借款650万日元，由满铁提供，以该路财产及收入为担保，以聘用日本技师及管理人员为条件。
中国参战后，协约国自然给中国政府一些报酬，9月8日协约国公使承认：（一）庚子赔款可以停付五年，停付期内不加利息，但是，俄国占有赔款总额26％，除其中10％可以缓付外，其余16％，仍须按期照付。（二）关税可以提高5％，但须先成立由有关与中国共同组织的委员会调查标准价格，然后厘定税则；中国在必要时期可以在天津周围20里内驻兵，但以防范敌侨为限。
就在段祺瑞忙着宣战，借款，扩充武力的时候，孙中山在广州成立了护法军政府。
孙中山一直站在反对复辟帝制，反对北洋军阀，为维护《临时约法》和国会而斗争的最前列。早在袁世凯死后第三天，孙中山即发表《规复〈临时约法〉宣言》，表示：“袁氏既去，当与国民共荷监督之责，不使谋危民国者，复生于国内”。1917年3月起，孙中山又接连发表声明或通电，反对对德宣战，维护国会职权。当段祺瑞和督军团怂恿张勋进京“调停”时，孙又揭露张勋将胁迫黎元洪解散国会、推翻约法的阴谋，并吁请西南各省督军“克日誓师，救此危局，作民保障”。西南军阀懂得，对他们威胁最大的乃是北洋军阀，因而在“府院之争”中，表示拥护黎元洪，支持国会，维护《临时约法》，反对北洋军阀专权擅政，客观上表现出对孙中山的支持。当同年4月段祺瑞逼迫国会通过“宣战案”，北洋八省督军企图以武力倒黎时，云南督军唐继尧即发出通电，反对武力干政，拥护总统和国会。6月11日，广东督军陈炳焜、广西督军谭浩明和驻粤滇军总司令李烈钧联名通电，宣布联合西南各省，兴师讨逆。6月20日，陈、谭两督军以国会被解散为由，宣布桂、粤两省“自主”，不承认非法内阁。
张勋复辟后，孙中山立即在上海召开会议，主张武力讨贼，并制定兴师北伐的军事计划。西南各省也同仇敌忾，纷纷组织军队，准备出师北向，戡定复辟逆流。，广东省长朱庆澜曾派人到上海和孙中山联系，同意以广州为护法的根据地。7月6日，孙中山偕同廖仲恺、章太炎、朱执信等人自上海乘“海琛”号军舰启程赴粤，准备以广东为基地，组织护法讨逆。但孙中山等尚未抵粤，张勋复辟丑剧即告结束。广东内部虽然复杂，可是对孙中山仍然欢迎。因此孙便于7月17日到广州，广东督军陈炳焜和省长朱庆澜都到江岸欢迎。且在黄埔公园举行了欢迎大会。
孙中山当即发表演说，揭破了复辟是北洋军阀所布置的政治圈套，他说：“段祺瑞引用段芝贵、倪嗣冲这些复辟派做讨逆军统帅，以逆讨逆，忠奸不分。今天的中国，不是复辟与共和之争，而是真共和与假共和之争。今天真复辟者少，假共和者多。”这真是一针见血的话。
7月22日程璧光和海军第一舰队司令林葆怿自吴淞率领所属舰支开赴广东，唐绍仪、汪兆铭、伍廷芳等同行。就是这一天，他们由海军舰队发出宣告，通电自主，他们提出佣护《约法》，恢复国会，惩办祸首三项主张。并称自《约法》失效，国会解散之日起，一切命令无所根据，应视为无效，亦不承认发布命令之北京政府。
这一举动使段祺瑞大为震动。段内阁为了紧急应变，立即调升第二舰队司令饶怀文为海军总司令，并以林颂庆为第一舰队司令，杜锡珪为第二舰队司令。7月25日段内阁并发表广东省长朱庆澜和广西省长刘承恩对调。朱庆澜以广东自主为理由，拒绝接受这个命令。
其时广东内部一直不稳，几种势力明争暗斗。桂系军人陈炳焜是广东督军，自居于统治者地位，但是省长朱庆澜也有兵权，他统率警卫军及地方派军人。他们之间是对立的，督军和省长对立，桂系军人和广东地方派军人对立。另外，在北江还有李烈钧在护国战争时带来的滇军两师兵力驻防，是国民党的基本武力。广东地方派军人有时和国民党联合以对抗桂系，有时又在南方与北方之间、国民党和桂系之间摇摆不定。
桂系是广东的实际统治者，对于滇军和地方武力便吝不予军费，逼得驻防各县的地方军纷纷就地筹饷。朱庆澜以省长名义发行救国公债，滇军则提印花税甚至扣留鸿安公司的鸦片以充军费。桂系便以此为理由打击滇军和朱庆澜。
桂系所搞的自主，完全是一种投机手段，他们认为自主是半独立，在半独立情形下，他们采取联冯倒段的策略。因为是半独立，对于北京政府的命令便根据自己的利益来决定应付办法。陈炳焜在孙中山到广州后不久即赶到梧州请示陆荣廷应该如何应付，陆认为抗拒孙会惹大反感，首先应该排斥朱庆澜而把地方武力夺过来。陈返穗后即照陆意思做，策动肇阳罗镇守使李耀汉驱逐朱，以省长职位饵李。朱在李耀汉的压迫下向省议会辞职，并要求准予将省长亲军20营交给陈炯明接管，这批亲军朱是从龙济光手上接收过来的，当时有兵额40营，接收后编为省长直辖的地方保安部队，其后被陈炳焜分出20营，余下的编为“省长亲军”，由陈炯明为司令。朱去职时把这批亲军改编为海军陆战队，仍以陈炯明为司令，名义上则属于程璧光的海军节制以免落入桂系手中。
尽管桂系对由孙中山组织军政府极不情愿，可是孙中山有滇军和一部分地方实力派的支持，同时他们也清楚，无论如何段祺瑞迟早会对南方动武的，而孙中山这块金字招牌非常有号召力，很值得利用，因而对孙中山的一切革命活动是默许的。这期间，国会议员在孙中山邀请下已纷纷南下，8月中旬，国会议员到广东的已有130余人，多数为国会中的政学会、益友社、民友社三系议员。8月18日孙中山在黄埔公园欢宴他们，席间大家决定贯彻护法主张，组织护法政府。
《国会非常会议组织大纲》于6年8月29日在广州议决公布：
第一条：国会非常会议，以现任国务议员组织之。
第二条：国会非常会议之议事，以参众两院议员会合行之。
第三条：国会非常会议至内乱戡定，《临时约法》之效力完全恢复时为止。
第四条：国会非常会议非十四省以上之议员列席，不得开议。蒙古、西藏、青海、华侨各选区以省论。
第五条：国会非常会议之议事，以列席过半数议决之。
第六条：国会非常会议之正、副议长，就现任两院正、副议长内推定之，正、副议长均有事故时，得选举临时议长。
第七条：国会非常会议得设各委员会。
第八条：军政府组织大纲，由国会非常会议制定，并宣布之。
第九条：国会非常会议于军政府有交议事件，或由六省以上之议员联合提议时，得随时开会议决。人民请愿事件经委员会审查后，得提出议决之。
第十条：本大纲有议员四十人以上之连署，得提议修改，以列席议员三分之二以上议决之。
第十一条：本大纲自宣布之日施行。
8月31日非常国会通过《中华民国军政府组织大纲》，并宣布如下：
第一条：中华民国为戡定叛乱，恢复《临时约法》特组织中华民国军政府。
第二条：军政府设大元帅一人，元帅三人，由国会非常会议分次选举之，以得票过投票总数之半者为当选。
第三条：《临时约法》之效力未完全恢复以前，中华民国之行政权。由大元帅行之。
第四条：大元帅对外代表中华民国。
第五条：大元帅有事故不能视事时，由首次选出之元帅代行其职权。
第六条：元帅协助大元帅筹商政务。元帅得兼任其他职务。
第七条：军政府设立各部如左：
一、外交部。二、内政部。三、财政部。四、陆军部。五、海军部。六、交通部。
第八条：各部设总长一人，由国会非常会议分别选出咨请大元帅特任之。
前项选举，以得票过投票总数之半者为当选，但遇总长缺位未经选举以前，大元帅得为署理之任命。
第九条：各部总长辅助大元帅执行职务。
第十条：元帅府及各部之组织，以条例定之。
第十一条：军政府设都督若干员，以各省督军赞助军政府者任之。
凡有举全省兵力宣布与非法政府断绝联系者，依前项之规定。
第十二条：本大纲至《临时约法》之效力完全恢复，国会及大总统之职权完全行使时废止。
第十三条：本大纲自宣布之日施行。
9月1日非常国会根据军政府大纲选举大元帅，孙中山在91票中以84票当选，次日补选元帅二人，陆荣廷以76票，唐继尧以93票当选。
9月10日军政府宣告成立，孙中山就大元帅职。非常国会并选出唐绍仪为财政总长、伍廷芳为外交总长、孙洪伊为内务总长、张开儒为陆军总长、胡汉民为交通总长。孙中山并以大元帅名义任命李烈钧为参谋总长、林葆怿为海军总司令、方声涛为卫戍总司令、李福林为亲军总司令、章炳麟为秘书长、许崇智为参军长、李耀汉为筹饷总办。
然而护法政府并未得到西南军人的支持，云南唐继尧不理不睬，而桂系陆荣廷更为冷淡。
9月8日唐来电不受元帅，非常国会和孙大元帅都去电劝勉，同时派章炳麟为劳军使，携带元帅印前往昆明，请唐接受。不久孙中山又发表唐继尧为川、滇、黔三省靖****总司令，唐态度仍不合作，甚至滇军师长张开儒被护法政府派为陆军总长，也不就职。
在非常国会选出陆荣廷为元帅的当天，陆致电非常国会表示自己的政见，反对另组政府，主张黎元洪总统复职，同时通电全国声明“以后广东发生任何问题，概不负责”。非常国会对陆这个态度未敢谴责，且于9月3日补作一项决定，迎接黎元洪南来继续执行职权，孙中山也通电表示迎黎的态度。
桂系的广东督军陈炳焜则表示另一种态度，他于9月8日招待广州报界，解释自己的立场，他说：“冯代总统的地位是合法的，段内阁的地位是非法的，所以我们反段不反冯。”至于在广州组织军政府问题，他说，“我不能表示赞成的态度，也不愿采取干涉的态度，但是广东人民不能担负军政府和非常国会的经费开支。”
孙中山并未因西南军阀的消极而停滞脚步，9月10日，正式宣誓就任中华民国军政府海陆军大元帅，发布就职宣言，表示“当竭股肱之力，攘除奸凶，恢复约法，以竟元年未尽之业，雪数岁无功之耻”。并随即以大元帅名义，下令讨伐段祺瑞等民国叛逆。护法的军政府设在广州的黄埔公园。
中山先生就是在这种扑朔迷离、耐人寻味的环境下成立的护法军政府，以其坚韧不拔的伟大毅力始终不放弃心中那神圣的崇高的革命理想。
护法军政府成立后，段祺瑞要下命令通缉孙中山和非常国会议长吴景濂，冯国璋不肯发表命令，因此由北京检察厅以“背叛民国”罪提起公诉，由司法机关行文全国，通缉孙中山。段不满意，至9月29日，冯终被迫下了通缉令。
护法军政府也下令通缉段祺瑞、梁启超、汤化龙、倪嗣冲四人以资报复。
护法军政府的成立给了段祺瑞一个强有力的用兵借口。