一、段祺瑞武力统一政策的彻底失败
在冯国璋与段祺瑞新一轮的府、院斗争中，于1917年11月22日免了段的总理一职，似乎略占上风，但是他低估了段的能力。下了台的段祺瑞鼓动新的督军团同冯国璋为难，无奈之下，冯国璋又任命段为参战督办。这样段祺瑞在幕后仍然能左右政府的一切行政，他的武力统一政策照样可以顺利进行。而冯国璋不得不违心的签署了对南方的讨伐令。
1918年3月28日，北军攻克湖南岳州，一时间主战派的声势如日中天。19日，以曹锟为首，包括长江三督在内，共有15省三特区的北洋军阀们发出通电，要求段祺瑞再起组阁，内云：“锟等互相约定，我公复任揆席，则同人誓当一致，共扶危局，否则亦惟从公高蹈，不问世事，全国安危，同人离合，均系我公一身。”
无奈之下，冯国璋于3月23日签署大总统令准署国务总理王士珍辞职，特任段祺瑞为国务总理。24日派张志潭为国务院秘书长。25日参陆办公处迁回国务院。27日令张敬尧为湖南督军兼署省长。28日令改海军总司令为特任，以蓝建枢为总司令。29日令陆徵祥复任外交总长，钱能训为内务总长，段芝贵为陆军总长，刘冠雄为海军总长，傅增湘为教育总长，朱深为司法总长，田文烈为农商总长，曹汝霖为交通总长兼署财政总长，吴鼎昌为财政次长。4月4日晋授曹锟勋一位，一等大绶宝光嘉禾章。授予张敬尧一等文虎章，二等大绶宝光嘉禾章。授予吴佩孚勋三位，二等大绶宝光嘉禾章。犒赏攻克岳州和长沙的将士各30万元。另以6万元赈济湘灾。
段祺瑞第三次组阁，重上前台，更加志得意满，觉得武力统一中国指日可待。岂不知月满则亏，此时正值他的政治生命的巅峰期，以后无论怎么走，都是下坡路了。
段内阁这次组织后，冯国璋是完全低头了，就是主和的实力分子长江三督也不敢唱反调，直系已完全屈服于皖系。这时政局中的大红人是徐树铮，他自己也踌躇满志，以段阁后台自居。有人说当时的北京政府，一切军国大计都在段手中，而段则一切取决于徐，他简直是内阁中的内阁，总理下面的总理。段祺瑞的成功靠的就是这位军师，但是段的失败也是徐树铮一手造成的。真可谓：“成也萧何败也萧何。”
段论功行赏，徐树铮应居首功，于是他到了北京，不仅段内阁的人事他有决定大权，对南军事也由他主持，同时他还包办了新国会的选举。4月7日另一皖系大将倪嗣冲来到北京，极力主张以临时参议院代行国会选举权，即日进行总统选举。可是徐树铮认为新国会在三四个月内就要成立，由新国会选举总统是合法的，因此不必提早总统选举，而且提早总统选举是不合法。
徐树铮这时策划的新国会就是后来著名的安福国会。
段祺瑞刚愎，可是他却宠信徐树铮。小徐才气高却不成熟，他做任何事都使人侧目，段的政治麻烦多数出在小徐身上。这一时期，小徐极力排斥直系，这是段所乐见的。可是他也不容段系中有其他的红人，靳云鹏和小徐都是名列段手下的四大金刚，靳云鹏当了参陆办公处主任，小徐是不高兴的，于是他专门和靳作对，靳只得请假不办公，军事大权便落到小徐的手中。国务院秘书长张志潭本是他推荐的，不知怎的他也不满意张，张也只得辞职。段的文武两大幕僚都和小徐闹翻，其不能容人，于此可见。奇怪的是，段也不能容人，可是却容一个飞扬跋扈的徐树铮。
徐树铮迫走靳云鹏后，段系内部便起了分化。
这时候，徐树铮想做直隶督军，他想把曹锟再升一级，升曹为两湖巡阅使兼湖北督军，调湖北督军为江苏督军，这样既解决了李纯，又打击了直系，更为自己开了一条路，实在是“一石二鸟”的如意算盘。他认为曹锟由一省督军上升为两省的巡阅使，又仍掌一省督军，应该会心满意足的，如果曹锟同意，自己的直隶督军便垂手可得。不料这个消息传出后，曹锟大为光火，认为这是明升暗降，故意调虎离山，因此4月4日打了一通电报给北京政府，请辞两湖宣抚使，在未获批准前先请假一个月，以便到信阳鸡公山养疴。当时北洋军人常用辞职或养病来威胁政府；与曹的行动配合的，是前线总司令吴佩孚亦致电北京，称因所部作战疲劳，请将全军调回直隶休息。这是表示吴部随时可以撤军北返。
曹锟是主战派的第一号大将，湖南的捷讯刚好挽回了北洋派威信，而吴部又是湖南战场上的主力，如果曹锟真的倦勤，吴部真的撤回，则段祺瑞武力平南的政策就功败垂成，付诸流水。因此，徐树铮这一遭碰了大钉子。段为了解释误会，特要徐树铮亲自跑到汉口来向曹锟道歉，劝阻曹锟不要辞职或请假，也劝曹令吴佩孚不要从战场上撤退。
徐树铮在汉口同时部署了新的作战计划，他打算把调往四川作战的奉军改调到湖南战场上，用以监视直军，以防直军作战不力或撤退。
段鉴于前方军事进行不如理想，而主战派内部又不和睦，乃决定自己“南巡”到汉口召集一次大规模的军事会议，会议的目的是消除前方厌战气氛，积极地打仗，同时要消灭主战派内部的裂痕，尤其是直皖两系的裂痕，从而促成北洋派的大团结，以便部署对西南五省的全面进攻。因为北京的政治形势已成一面倒，新国会召集后，总统即将改选，今后段将是北洋派唯一的领袖，所以更有必要先进行大团结工作。
段不顾阁员的反对，决定南巡，先发电给李纯、陈光远、张敬尧、张怀芝到汉口参加这个会议。4月20日段由京汉铁路南行，21日经过郑州，河南督军赵倜登车随行。22日抵汉口，本当在大智门车站下车，但是为了到刘园访问曹锟方便起见，改在循礼门下车。从循礼门到刘园的曹锟司令部，沿途军警林立，断绝交通，禁止临街偷望，真是十步一岗，五步一警。武汉人民第一次看到内阁总理的威风场面。
段祺瑞在汉口主持的军事会议，参加者有曹锟、张怀芝、王占元、赵倜四个督军，徐树铮当然也参加，其他各省江苏、江西、湖南、安徽、山西、陕西、奉天督军则派代表出席。
段在会议上说明团结北洋派的重要性和贯彻对南作战方针的决定，然后提出第四期作战计划，发交有关各省按照计划执行。关于总统问题，主战派内部存在不同的两种意见：一种是主张以临时参议院代行选举权，选举总统；一种主张迅速召集新国会以便如期进行总统的选举。段决定采取后一种办法。
曹锟和王占元联合请求恢复陈光远的原官，撤销王汝贤、范国璋二人的处分，对冯玉祥不究既往。这样一来，汉口的督军会议变成了对直系的缓和态度。这是因为曹锟态度大变。天下事就是如此奇怪，曹锟以直系的一分子，忽然转变为督军团盟主和主战派领袖，段祺瑞再起组阁，他是重要的一分子，现在他表示要对直系和好，也正符合段的北洋派大团结的要求，因此汉口会议便促成皖系对直系和善的决定。
汉口军事会议结束后，曹锟、张怀芝、倪嗣冲于4月26日联合电请政府迅速召集新国会。北京国务院于5月4日通电否认要以临时参议院代行国会的一切职权。
为了真的表示对直系的宽大，以达到北洋派大团结的目的，段又电约倪嗣冲、卢永祥两人先到南京等候。25日晚段由汉口动身，乘楚材军舰东下，因马力开得太足，撞沉了招商局的江宽号，溺死乘客近千人，楚材号负伤停驶，段换乘护送舰楚泰号鼓掉疾驰而去。26日在九江和陈光远见面。27日到南京和李纯见面。并且在李、倪、卢三人间做和事佬。27日晚由津浦路北返，28日回到北京。
段在南巡期间，全国掀起了反对中日密约的浪潮。原来段在任参战督办时，以参战为名和日本洽商借款，名义上是编练参战军，实际是拿日本借款进行个人建军工作，并以一部分作为征南战费和筹备新国会之用，这些交涉不要说冯国璋不知道，连北京外交部也不知道。段组阁后，日本更提出四项条件：（一）共同出兵西伯利亚，由日军指挥华军。（二）发行军用票。（三）临时管理中国交通、军械、实业、经济、教育、外交。（四）合组运输大同盟。日方要中国严守秘密。3月24日中日双方交换照会，消息当然关不住，于是全国便掀起了反对中日秘密外交以及反对继续用兵的高潮。段在武汉也受到压迫，武汉各团体和商会都派代表直接请愿停止内争，段自然不予接见。段的苦恼是刚好压制了直系主和，可是全国性的反战，使他“武力统一”的政策又受到打击。因此他的南巡，毫无成绩可言。
为挽回颓势，并间接打压直系各军，徐树铮以关内奉军副总司令的名义，在汉口设立一个奉军前敌总指挥部，把张作霖承认调出来的六个混成旅全部摆在湖南战场上。5月9****派奉军第二十七师师长孙烈臣、第二十八师师长汲金纯、第二十九师师长吴俊升到长沙，布置奉军入湘作战。5月24日，他又从北京赶回汉口来督促进行。但是这个计划引起了直（曹锟）、鲁（张怀芝）两军的极大反感，因此他们厌战的情绪更高。同时，这个计划又出人意料地引起了张作霖的反感。张作霖出兵是另有目的的，把入关奉军全部摆在战场上，显然与他的目的不相符合；他更不能容忍徐树铮公然视奉军为己有而任意加以调度，因此他召回了三个奉军师长，并且借口边防吃紧要调回已经开到湘东的奉军。
但是小徐并不因此而气馁。5月26****由汉口到长沙，27日又到衡阳亲自与吴佩孚打交道。他认为吴佩孚是一个真正打手，曹锟不过坐享其成，如果把吴佩孚拉过来，曹锟就成为一个无足轻重的角色了。
6月1日，徐匆匆由前方赶回北京来，向段建议加紧笼络吴佩孚以拆曹锟的台。段深以为然，立刻与吴直接通电话以示优异——内阁总理从来是很少和一个师长直接通电话的。6月3日北京政府任命吴佩孚为“孚威将军”。将军虽是一个有名无实的头衔，但在官制上是“特任”级，与督军并行，一个手握实权的军人加上这个头衔，就是候补督军，与督军下台后被任为将军的作用完全不同。
但是这次安抚的工作并没有收到预期的效果，吴佩孚到了衡阳之后（4月25日），就再也不向前进兵。6月15日，他和湘军（谭延闿、赵恒惕）成立了停战协定，8月7日发表了致李纯的阳电，大肆攻击段内阁的亲日政策，8月21日，再发表致冯国璋的马电，竟公然喊出“息战御侮”的口号来了。
直军前线全体将士也联名发表通电，力言湘省水患滔天，瘟疫流行，兵疲将惫，不堪再战。同时前线直军的五位旅长也联名发表请假的电报，这五位旅长是王承斌、阎相文、萧耀南、张学颜、张福来。所谓的请假就是怠工示威，五位旅长联名请假就是集体怠工。
新主和派的出现，显示北洋派内部的矛盾已经错综复杂极了。过去段祺瑞的皖系主战，冯国璋的直系主和，曹锟以直系大将而参加主战派，促成了段在冯段之争中操到胜券的主要原因。现在，正当南北战争的有利形势落入北军手中时，忽然原来的主战派全部转到主和派，实在是一桩极大的转变。由于主和势力大增，厌战情绪就像一种流行病一样蔓延到整个主战阵营来，连极端主战的倪嗣冲也不愿让他的安武军独当其冲，因此也请求北京把他的军队调回休息。
为什么主战的将军们在紧要关头上竟会主和呢？这也有实际因素，由于张敬尧部队的军风纪太坏，使北军在湖南完全不受欢迎。湖南人民憎恶北军，使北军在湖南的处境完全不利。另一方面南军在抵抗北军的战争主力完全未受损害，尤其是桂军元气完全未受伤害，如果北军进一步打到粤桂边境，则西南内部自会团结抵抗，则北军能否胜利实不可知。
更主要的是南征主力是曹锟的直军，浴血奋战之后，却为他人做了嫁衣裳，作战的动力没有了。而且四川、江西、福建、广东北军的战况都极其不利，不是失败就是僵持。因此湖南方面就显得很突出，侧翼暴露，再继续深入就太危险了。
6月，段祺瑞在天津召开会议，除了讨论军事，还研究了国会和总统问题。段祺瑞建议推举徐世昌为下届总统，他自己则表示不做副总统，倘若冯国璋愿意退为副总统，他也可以同意，否则他愿意和冯国璋同时下野。段出此途，表面上说，是为了团结北洋派，因为徐世昌是北洋的元老，且和直系有很深渊源，徐出山，直系不会反对，段和冯同时下台，直系也可心平。
督军团们在天津公推张怀芝为代表，于6月15日到北京，面谒冯国璋，请问冯能不能退而为副总统，冯表示“不为”，于是冯段两人都让出了副总统的位子，这一来，曹锟就有希望出任副总统职位了。曹锟是因为副总统已是指日可得，所以竟然由主和又转而主战，至于张怀芝厌战是因为想回山东老巢，不料他回到山东后，代理山东督军张树元一定要真除，不肯交还督军位子，他只好揖让，这一来他便落空了，于是只好向南方找地盘，因此他便也由主和转为主战。
张怀芝愿意赴南指挥军事，正好符合当时的需要，因为曹锟既然要当副总统，自然不愿赴南方，其他的主战的大将如张作霖、倪嗣冲等都不愿离开他的地盘，张怀芝在北洋派中资格颇老，而他已无庙可依，正好成为段对南第五期作战统帅的主要人选。虽然张不是能征惯战的良将，但总比派不知名或资格浅的人来得妥当，于是张怀芝便顺理成章地成为南征主将。
张怀芝虽然余勇可贾，愿意担任征南统帅，可是他还是色厉内荏，他必须找一个打手。这时候，当之无愧的是吴佩孚。6月20****又由天津到北京来报告天津会议的决定，于是他向段祺瑞悄悄地提出这个要求，段祺瑞正欣幸他愿意披战袍，亲上前线，自然立刻答应，就是这天，北京政府发表了下列几道命令：
特派曹锟为四川、广东、湖南、江西四省经略使。
特派张怀芝为援粤军总司令，吴佩孚为副司令。
22日特派李厚基为闽浙援粤军总司令，童葆暄为副司令。
24日令魏宗翰为陆军第九师师长。
28日令张树元护理山东督军兼省长。
曹锟由“两湖宣抚使”一跃而为“四省经略使”，在民国政府中这还是最大的地方官。印铸局特地替这个新官铸了两斤多重的银质狮纽大印，比特任官的印还要大。这一来便显示曹锟的地位是在各省督军之上，也就是副总统的候补人。表面上看起来段祺瑞很捧曹锟，其实是非常勉强的，段生平最重资格，以前看不起黎元洪，是因为他在满清只做到协统，曹锟以布贩出身，段怎会看得起他。曹锟在北洋派中本以“老实人”出名，可是这次反反复复，证明老实人也会玩花样，段在瞧不起曹的出身而外还加上对他的不信任。
段的私心想选一个文人出任总统，所以找到了徐世昌，既然不欢喜武人为总统，则又怎会欢迎武人为副总统？因此答应曹锟为副总统，只是一时权宜之计。
曹锟既为川、粤、湘、赣四省经略使后，竟留在天津私邸花园内饮酒看花，绝无南下之意。段想加重他对川、粤两省军事责任，而他却好整以暇，避重就轻。北京一再电促南下，他回电请先发欠饷，请划定经略使权限，绝口不提南下就职，请他到北京，他也不答允。
北京政府发表吴佩孚为援粤军副司令，担任了张怀芝的副帅，事先未曾征求吴的同意，段祺瑞认为曹锟态度已转变积极，吴没有理由会变的，所以不必一定先要征求吴的同意。怎知命令发表后，吴却置之不理，既不表示接受，也不表示拒绝，吴只是在衡阳饮酒赋诗。衡阳是彭玉麟的故居，吴颇慕彭的高风，仿彭画梅，对彭的后人爱护有加。端午节前夕，段祺瑞自北京急电，饬吴部进攻两广，且以广东督军为酬，吴在段的电报上批一个“阅”字。第二天端节，吴邀全军团长以上的军官和湘军将领派至衡阳的代表一块饮酒。这表示吴已正式和南军通款曲了。
段祺瑞的一番苦心又付之东流了。
正在节骨眼儿上，徐树铮又给老段捅了个大篓子。6月14日，徐树铮忽然在天津枪毙了陆建章。一个自封为副司令的退职军官，“先斩后奏”地杀了一个现任将军，这在当时是一件骇人听闻的凶杀案。
关于杀陆的原因，据徐树铮向政府报告说：
“迭据本军各将领先后面陈：屡有自称陆将军名建章者，诡秘勾结，出言煽惑等情。历经树铮剀切指示，勿为所动。昨前两日，该员又复面访本军驻津司令部各处人员，肆意簧鼓，摇惑军心。经各员即向树铮陈明一切，树铮独以为或系不肖党徒，蓄意勾煽之所为，陆将军未必谬妄至此。讵该员又函致树铮，谓树铮曾有电话约到彼寓握谈。查其函中所指时限，树铮尚未出京，深堪诧异。今午姑复函请其来晤。坐甫定，满口大骂，皆破坏大局之言。树铮婉转劝告，并晓以国家危难，务敦同袍气谊，不可自操同室之戈。彼则云我已抱定宗旨，国家存亡，在所不顾，非联合军队，推倒现在内阁，不足消胸中之气。树铮即又厉声正告，以彼在军资格，正应为国出力，何故倒行逆施如此？从不为国家计，宁不为自身子孙计乎？彼见树铮变颜相戒，又言：‘若然，即请台端听信鄙计，联合军队，拥段推冯，鄙人当为力效奔走。鄙人不敏，现在鲁皖陕豫境内，尚有部众两万余人，即令受公节制如何？’云云。树铮窃念该员勾煽军队，联结土匪，扰害鲁皖陕豫诸省秩序，久有所闻，今竟公然大言，颠倒播弄，宁倾覆国家而不悟，殊属军中蟊贼，不早清除，必贻后戚。当令就地枪决，冀为国家去一害群之马，免滋隐患。除将该员尸身验明棺殓，妥予掩埋，听候该家属领葬外，谨此陈报，请予褫夺该员军职，用昭法典。伏候鉴核施行”。
杀陆之后，徐树铮从长途电话中，嘱咐院秘书长方枢拟就一道命令，请冯国璋盖印发表命令全文如下：
“前据张怀芝、倪嗣冲、陈树藩、卢永祥等，先后报称陆建章迭在安徽陕西等处，勾结土匪，煽惑军队，希图倡乱，近复在沪勾结乱党，当由国务院电饬拿办。兹据国务总理转呈，据奉军副司令徐树铮电称：陆建章由沪到津，复来营煽惑，当经拿获枪决等语。陆建章身为军官，竟敢到处煽惑军队，勾结土匪，按照惩治盗匪条例，均应立即正法。现既拿获枪决，着即褫夺军职勋位勋章，以昭法典。”
冯国璋吓得心惊胆战，当天还拒绝盖印，却又感觉到自身也有危险，16日终于盖印发表。
陆建章于6月13日由上海到了天津，他是个主和派的幕后活动者，和各省北洋军阀都有一些直接间接关系，冯玉祥的主和，就和他有关，皖系早已把他当作一个危险人物。这次督军团又在天津开会，这个会议有不利于主战派的一种趋势，因此冯国璋暗中授意陆建章的长子陆承武把他的父亲叫到天津来，其目的是要利用陆建章说服曹锟重新回到直系来，与李纯合作，把督军团会议转变为有利于冯而不利于段的一种局面。
陆建章到天津后，徐树铮写信请他到驻津奉军司令部一谈。陆建章自恃为现任将军又是北洋派的老前辈，绝不怀疑会有人下他的毒手。他如约而往，徐树铮殷勤地请他到花园密室中谈话，当他走进花园的时候，就有卫士从后面开了一枪把他打死了。
事件发生后，李纯、陈光远都有电报质问北京政府：陆建章未经审判而被杀，死后又夺去官勋，此后军官人人自危，从何取得保障？
段赠给陆建章家属5000元，以表示北洋袍泽之旧情。徐树铮补发了一个通电，捏造陆建章在谈话中破口大骂总统和曹督军，表示陆死有应得，并非主战主和两派的斗争。皖系还顾虑到冯玉祥是陆的外甥女婿，因此以冯旅于14日攻占常德为理由，任为湘西镇守使，17日开复他的原官，22日又授以勋四位，以安其心。冯玉祥不仅绝口不提这件事，并且自告奋勇，愿意调往福建以打广东。
陆建章被杀，使两个人同时给人可怕的印象，第一个当然是徐树铮。他这年才39岁，且和陆建章的儿子陆承武是士官的同学，而陆承武的太太和徐树铮的太太也是同学，两家有密切的关系，徐树铮竟出此毒手，令人心寒。另一个是冯玉祥，他在陆建章被杀后，被任命为湘西镇守使和复职的旅长，又被授以勋四位，因此他绝口不提陆案，装得就像没有这件事一样。（由此可见冯玉祥的阴骘坚忍，直到八年之后当他真正掌握政权，便轻而易举的杀了徐树铮，为陆建章报了仇。）
眼看军事手段是无所作为了，于是皖系利用自己包办的国会开始从政治方面夺取权力。
1918年修正国会组织法于2月17日由王士珍内阁公布后，北京政府遂令内政部筹备国会事务局，依修正法筹备国会选举。段系为了要巩固国会的力量，逐由徐树铮幕后支持，组织安福俱乐部以谋操纵选举。安福俱乐部是由中和俱乐部蜕变的，中和俱乐部也是段系的国会组织。安福俱乐部于7年3月7日在北京安福胡同成立。其领袖人物为王揖唐、王印川、光云锦、刘恩格、黄云鹏、田应璜、克希克图等。
新国会选举在南北战争期间，粤、桂、滇、黔、川五省均反对，而湘、鄂、陕三省也因战乱之故，选举不能正常，实际得以选举的，仅十四行省。选举结果：安福系大获全胜，获330席次，旧交通系获120席次，研究系只获20余席次。旧交通系仍以梁士诒为领袖，朱启钤、周自齐、叶恭绰为巨头，龙建章、沈云沛、梁鸿志等俱是著名人物，尤其龙建章和叶恭绰称为交通系的龙虎二将。还有新交通系是在段祺瑞讨张勋时为段卖力的，其领袖曹汝霖、陆宗舆、丁士源等，中有很多系著名的亲日派。至于研究系在张勋失败后，联段以获政权，段组阁时阁员多为研究系，段的召集临时参议院、修改国会组织法都是研究系的主张，可是自6年11月段阁垮后即一蹶不振，所以新国会中只占20余席。
新议员选出后依召集令于1918年8月1日以前到北京报到，8月12日参议院解散，新国会成立，新国会因为是安福系所包办，故又称为“安福国会”。8月20日众议院选举安福系领袖王揖唐为议长，刘恩格为副议长，22日参议院选举旧交通系领袖梁士诒为议长，朱启龄为副议长。
这个国会的产生多是用不正当的手法，段内阁支出了1000万元的选举费，议员名单事前早经圈定。如山东划分为四个选区，每区发给选举费10。5万元，山东督军责成四个道尹按照圈定名单全部选出。又如王揖唐派他的侄儿王丙坤为湘江道尹，到湖南包办新国会的选举，指定周渤、罗正纬、王毅等十余人应当当选，由于投票结果，并未全部当选，张敬尧就用伪票纳入票柜。使原来圈定的人一榜及第。在江苏，5月20日江宁县进行众议员选举，全城公立学校停课一日，第一、第二两区投票所，有一群小学生奉命排队前往投票，从前门走进去，从后门走出来，再折回前门进去投票，如此反复循环多次。此外还有浮报选民，如扬属七县先一届选民为29。8万人，本届光是江都一县就有29。9万人；淮属八县先一届选民是18万人，本届仅阜宁一县就有25。28万人；仪征一县人口为10。8万人，但列入选民名册的就有10。04万人。
安福系的议员开会前每人先预支出席费300元。
众议院副议长刘恩格无籍名，原来他是奉天籍的议员，张作霖支持他，所以他非当选副议长不可。
8月12日“安福”国会开幕前，代总统冯国璋通电宣布不竞选总统。
皖系的行径终于招致其他派系的不满，首先是广东军政府的通电：
“溯自西南兴师，以至本军政府成立以来，于护法屡经表示，除认副总统代理大总统执行职务外，其余北京非法政府一切行为，军政府万无容忍之余地。乃者大总统法定任期无几，大选在即，北京自构机关，号称国会，竟将从事于选举。夫军政府所重者法耳，于人无容心焉，故其候补为何人，无所用其赞否，赞否之所得施，亦视其人之所从举为合法与否而已。苟北京非法国会，竟尔窃用大权，贸然投匦，无论所选为谁，决不承认，谨此布告，咸使闻知。”
8月7日在湖南的吴佩孚竟致电李纯，痛斥武力统一的亡国政策，反对包办民意的选举，和以外力为背景的内战。这是一篇动人肺腑的通电：
“兵连祸结，大战经年，耗款数千万，靡烂十数省，有用之军队破碎无余，精良之器械损失殆尽。至若同种残杀，尤足痛心。……此次奉命南来，明知阋墙之争非国之福，然为维持中央威信起见，势不得不借武力促进和平。……讵中央误听宵小奸谋，坚持武力，得陇望蜀，援粤攻川，直视西南为敌国，竟以和议为逆谋。……国亡于外敌，固军人之罪，国亡于内乱，亦军人之羞。此次中央平川援粤，实亡国之政策也，军人虽以服从为天职，然对内亦应权其轻重利害而适从之，非抗命也，为延国脉耳！……一、此次国会新选举，政府以金钱大施运动，排除异己，援引同类，被选议员半皆恶劣，此等国会不但难望良好结果，且必以司法机关受行政指挥而等赘疣，极其流弊，卒以政府不受法律约束，伪造民意，实等专制，酿成全国叛乱，若再以武力平内乱，是惟恐亡之不速也。二、我国对德奥宣战，若以兵力从事内争，重轻倒置，贻笑外人，日本乘我多难要求出兵，而丧权协定以成，内争不息，外患将不可图。三、内争年余，军费全由抵借，以借款杀同胞，何异饮鸩止渴……用人取德与才，不论党派，乃与此层相反，如傅以操切而祸湘，徐以违法而杀陆，政府赏罚倒置，而犹以叛逆责人，大张挞伐，岂得谓平！以上各理由，我军师旅团长俱表同意。近测南军心理，均不愿战。用特电达，请会同鄂赣两督通电南北提倡和平，使双方前敌各将士同声相应，大局转圜，当易生效力。曹经略使夙主和平，必赞成斯议也。”
这个电报对段的威信是一个严重的打击。以前长江三督虽然通电主和，却从没有这么毫不留情地骂段，甚至西南各省也没有骂过这么激烈。
8月21日吴佩孚又领衔发表请冯国璋下令主和的马电。
“大总统媾和宣战之权为《约法》所允许，对外尚然，而对内主和尤不得谓为非法。恳请我大总统仍根据《约法》之精神，颁布全国一致罢战之明令，俾南北军队留有余力一致对外。慎勿以摄职期满，轻思息肩。尤望我经略使与长江三督师仰体元首苦衷，俯念生灵涂炭，群出赞助，协谋宁息。至选举问题，虽非师长等所敢问，然新旧国会分立，南北既无统一精神，焉有真正民意！若当此兵戈未息之时，骤行选举，不但于法理不合，且恐促民国分裂……。”
马电没有得到冯的答复，不过长江三督有先解决时局后选总统的提议。段认为这一套都是冯的政治阴谋想拖延总统的选举，他嗾使张作霖发表敬电（24日）、倪嗣冲发表有电（25日），主张继续对南用兵，他自己也有敬电斥吴“师长职卑对大局无发言之权”。
段说吴职卑位低是不错的，他不过是个师长，可是由于驻防最前线，军风纪又好，现在一鸣惊人，自此开始，中外开始对这位蓬莱秀才、师长吴佩孚刮目相看了。
吴佩孚以一个师长竟发出狮子吼，使北方政局颇为震动，甚至使冯国璋和他的老长官曹锟都为之不安，曹锟有养电（22日）轻轻地斥吴：“吴师长通电，殊属不明事理。”后来曹听说段为此很生气，于是再有宥电（26日）训吴：“勿得轻信谣言，并饬遵照中央计划一致进行。本人定于二十四日由天津赴保定，即日南行。”曹发此电有他苦衷，因为他在天津，张作霖也在天津，这时天津的力量已落入奉军手中，奉军且在杨村增加兵力，而徐树铮则是个翻脸不认人的狠角色。所以吴佩孚接二连三通电，使他大受威胁，因为吴佩孚的帐一定都记在他身上，他乃一面通电斥吴，一面借口南行，离开虎口天津，而赴保定，保定是他的大本营，曹在保定比天津安全多了。冯国璋也发表宥电：“吴师长激于意气，……宜先互商妥洽，不可即行入名。”
可是吴佩孚依然继续通电，他发出养电（22日）把前致冯国璋的马电照录全文送交全国各报刊登。
吴一鸣惊人，使段大动肝火，乃发敬电（8月24日）。痛责吴不应“受人煽惑，不服从中央政府的命令。”敬电说：
“该师长军人也，当恪军人应尽服从之天职，不然，尔将何以驭下？责任内阁关系巩固国家之中枢，政令所由出，图私利者不能反对，不敢反对，阴使人反对之，是破坏国家，使人干犯纲纪，计非不巧，然而端人绝不为之。况春秋诛心，岂能逃千秋斧钺？尔何受其欺。尔从予多年，教育或有未周，予当自责，嗣后勿再妄谈政治也。”
同时，张作霖也有敬电（24日），倪嗣冲有宥电（26日）主张对西南作战到底。电文中当然对吴指责，同时也不满曹锟。曹锟身在北方，颇感为难，乃在保定补发宥电（26日），通报北方各省说：
“接吴师长马电，不胜气忿，当即发电申斥，文曰：马电悉，误会元首文电，居然通电主和，一意迳行，将军人天职全行忘却。……该师长等屡次坚持己见，竟以陆荣廷、赵恒惕之言为可信，牵动大局，此固国家之不幸，实亦鄙人德薄能鲜有以致之。鄙人一息尚存，决不忍坐视该师长等受人愚哄，陷国家于危亡。务宜速自醒悟，屏除浮言等语。锟赋性愚拙，惟知拥护中央，服务命令。今该师长等有此举动，谅系奸人挑拨，欲破坏我北洋团体，锟现在保定，即日南行，策划进行。”
皖系和主战派都破口大骂曹锟是北洋团体的内奸，是口是心非的小人。曹锟这时的处境，就和不久前李纯的处境一样，天天要忙于答复各方面的责难。他又有感电（27日）说：“昨接吴师长敬电，擅请撤兵，殊属不合，业经严辞责斥，电令恪遵命令，扼守防地，不得擅自调动。”
倪嗣冲也有感电（27日）劝吴佩孚以北洋团体为重，并且极力为武力统一政策进行辩护。他说：
“我国对外之患难，实由于内部之分裂，不求统一，断无能以对外之理。……长岳失陷后，麾下请缨，首催襄樊，继下长岳，转战千里，至于衡阳，功在当时，名垂后世，若遽主持和议，不惟麾下百战声名尽付流水，前此掷千万人之性命，糜数千万之军饷，所以争此尺寸之地者，不几为多事耶？”
吴佩孚在衡阳我行我素，完全不理会北方的反对和谴责。因为段祺瑞有敬电（8月24日）责吴说“尔从予多年，教育或有未周”句。他乃复以宥电（26日），称段为“我师”，自比“诤子”，他说自己通电主和乃是“仿照我师在孝感时通电主张宣布共和，实系由我师教育而来。”段的敬电中说“军人应尽服从之天职。”吴的宥电答复说：
“学生直接服从者曹使，间接服从者陆海军大元帅（指冯代理总统）。大元帅希望和平，通国皆知。经略使在汉表示和平，学生即根据实行，谨守服从，无以过之。”
吴这里干脆表示没有服从国务总理的必要。他在宥电中最引人注目的，是公开对张作霖攻击，他说：
“津议阳为去冯举徐，阴实倒阁复辟，干犯纪纲，莫此为甚。蛮军（指奉军）满布畿辅，雷震春、张镇芳、万绳栻、胡嗣瑷等遁迹津门，与某督秘密连系，是为明证。”
接着，吴又有俭电（28日）致段，否认主和是受人之欺，他说：
“倡议和平，实出学生本心，即非受人嗾使，亦非被人愚弄。……大势所趋，非和无以善其后，如果中央能欣念民主……毅然为和平之表示，西南必当就我范围，实在学生把握之中。……如蒙俯如所请，则南人不反，担保十年。后如无效，学生以一师之力，平之足矣。”
曹锟在保定仍只好训斥吴佩孚，因此8月30日电吴说：
“宥电悉，引经据典，大放厥词，施之于同等尚且不可，顾可于尊长之前妄发议论？宁不知芝揆（指段祺瑞）再造共和，淡于权利，只以大局所关，同人邀请，不得已再出东山，其所以不能遽事和平者，实因南人复反也。……来电谓宣战媾和为大总统特权，不知媾和者，乃对外，国内疆吏跋扈，武人肆虐，惟有出于讨伐之一途。又津议种种尤为无稽之谈。该师长信以为真，何愚暗至此。……芝揆素有含容，兼与该师长有师生之谊，应即具电婉言谢过。幸勿再逞意气，致贻他人以口实。是为至要也。”
吴佩孚对北方局势看得很真切，他了解段祺瑞今日在北洋派中，只是一个虚声号召的领袖，并没有强大而坚固的实力作后盾；至于那些雄赳赳气昂昂的督帅们，又都是些自私自利的纸老虎。吵吵闹闹是可以的，如果真刀真枪就不会来了。因此他虽只是一个师长，却气吞南北，把北洋派的前辈看得一文不值，所以他竟敢说：“如不允下停战令，师长等回防待罪，请即派员接替。”
曹锟不是不爱护吴，只因身在北方，不好表示偏爱，然而他何尝不知吴是自己的政治资本。但投鼠忌器，只好电斥吴，并且把电报照录下来通报北方各省。更发出世电（8月31日）表明自己淡于名利，暗示自己不希望做副总统。他在保定检阅军队，补充实力，请北京政府速拨发五百万元以备南下之用。
31日吴佩孚答复曹锟一电，表示坚决主和：“一俟和局告成，当北上请抗言之罪。”
北方军人中也不是全反对吴佩孚主和的，如第十九师师长杨春普即发出径电（25日）响应马电。第十九师原驻防江苏，刚调到江西。
吴佩孚把所有同情和响应他的通电都转交全国各报发表。
直到这时，段祺瑞才决定把武力统一政策推迟一步，8月31日国务会议决定命令前敌各军暂取守势。
同时，段发出世电（31日）宣布本人将在政府改组后引退，电云：
“往者滇黔诸省独立自主，祺瑞仰承明令，从事讨伐，方据全胜之势，忽倡调停之说，祺瑞引咎乞休。讵中央方从事调停，而长岳失势，荆襄扰攘。彼时祺瑞专事筹边，不愿再综政权，而大总统亲自敦促，我同袍函电交驰，迫不容己，重负仔肩。受任以来，仍以统一为职志，和平为希望，与大总统同心同德，备挽劫运。荏苒经时，而统一之局尚需时日，将士疲劳于外，人民疾苦于下。今值国会告成，组织大总统选举联合会，元首改任之时，即政局重新之会，祺瑞自应及时引退，遂我初服。……所有前敌各军队，希即明修战备，严防煽惑。倘有疏虞，危及国本，则前敌诸将领与任地方之责者。对于国家人民，皆有不可辞之咎也。”
段这通电报是在安福系操纵的国会已经开会，改选总统，合法倒冯的时机已经成熟时发出的，他先表示下野，以迫冯实践同时引退的诺言，可是他下台后，新选的总统是段操纵的，而段还保留了参战督办职务，所以段下台还是在台上，但是冯下台就是真的下台了。
冯段两人的斗争，在安福国会召开后，冯是失败了。
9月4日，安福国会组织两院选举委员会，到议员436人，徐世昌以425票当选为总统。据说投票前每位议员都领了出席费和一张徐世昌亲笔题名的照片，少数不受控制的议员则以每张票5000元收买，由安福系所办的华通银行付款。整个大选经费是从日本借款中提出的。议员们在投票后，段内阁分别不同身价聘他们为顾问、咨议，每月送干薪200元到1000元不等。
9月5日继续选副总统，两院议员到者仅88人，因人数不足流会。副总统本有四个人有希望竞选，是冯国璋、段祺瑞、张作霖、曹锟。冯、段已有承诺同时下野，张作霖亦自动放弃，于是只剩下曹锟一人。交通系主张不要选北洋军人，以免西南更走极端，俾让徐世昌发动和平。积极主张的是梁士诒，北洋部分军人认为梁是广东人，想促成南方人当副总统，可是梁士诒则说他是希望缓选副座以留待对统一和平有功之人。
徐世昌这年64岁，他是北洋的元老和重臣，本身不是军阀。在前清时代，外任总督，内握军机，民国时代则以超然姿态为政治上一大力量，因老成望重，而为北方泰斗。袁克定称他为活曹操，皖系在这个时候把他捧出来，只因为他是个文人，手中没有兵权，不会组织一个军事集团来争权夺利。同时由于徐世昌是超然派和元老，可以利用他瓦解直系。段祺瑞本人希望借徐世昌一顶帽子促成以段为中心的北洋派大团结。其实，段这个打算是大错特错了，徐世昌是个老狐狸精，是玩耍政治阴谋的斲轮老手，是透明的水晶球，他不会甘心做别人的傀儡和盖印机器。
徐世昌从当选总统那天起，就十分机密地指使旧交通系领袖梁士诒、周自齐等联合新国会中的非安福系分子，组织另外一个不公开的政治小集团，以对抗多数党的安福系。
1918年10月10日，徐世昌就任大总统，
徐世昌字菊人，直隶天津县人。早年随父亲到河南做塾师，因得与袁世凯订交，袁以钜赀助徐赴北京应试，1886年得中进士，授职翰林院编修。袁小站练兵时，延徐为总文案，后来步步提拔他做到首任巡警部尚书和第一任东三省总督。西太后去世，袁奉旨养疴，归隐洹上，而徐虽为袁党，却在宣统时代仍为红极一时之汉人大官，辛亥年老袁东山再起，徐亦为从中奔走最力之人。袁洪宪称帝前把徐从青岛迎入北京，担任国务卿。袁死后，徐归隐天津。他是个喜怒不形于色，圆滑得像个水晶球的政治人物。袁虽重用徐，可是却并不假以事权，徐对袁心怀怨恚而不外露。袁死后，他变成北洋派一致推重的老成硕望，和他有同样地位的，如张謇、如唐绍仪，虽和袁渊源甚深，可是在北洋派中则不受欢迎和拥戴。如是用现代政治术语来形容徐世昌，他在冯段之间是以太极权术来周旋这北洋系的二大派之间。段的要角安福系首领王揖唐便是徐的门人。段斗倒冯，自己却不愿居总统之名，乃推徐出山。
段祺瑞为了实行和冯同时下野的诺言，在徐世昌就职大总统后，即请辞职，专任参战督办。国务总理乃由钱能训代理。
老政客自然有他一套，他要主演“和平老人”，所以必需留下副总统一席给南方或是对和平有功的人，可是他不自唱，却嗾使旧交通系首领梁士诒主唱，于是使曹锟竞选副总统的美梦落空。皖系主张继续用武力对付南方，他要钱能训代理国务总理出面倡导和平。
不过，他却留给段一条路，让段进行他的参战借款和编练参战军，这是段的新生命线，段认为新的参战军练好了，就可以实现统一中国的美梦，老徐不去碰段的这一点。因此徐段之间还能相处。
段虽然把徐捧了出来，可是徐上台后并不是傀儡，自有一套作法，而其作法又大同小异于冯，仍要走和平之路，这是段所始料不及的。
冯在总统任内所坚持的政策并不错，也可说他正符合全中国人民的愿望，求取和平，他也许有私心，要和皖系主战派唱反腔，但毫无问题他的立场是对的。他下台后郁郁困居帽儿胡同。一年后，8年12月28日，这位北洋三杰，做过大总统的冯国璋寂寞地病逝，享年六十有二。他病危时召张一麐口授遗言给徐世昌，望和局早成，以不能亲见统一为憾。他殁后，全国下半旗三天哀悼。