南北和谈
徐世昌就任总统后大弹和平高调，同时欧战结束，全世界的主旋律也是和平。美国、日本等列强也都支持南北停战，日本甚至表示停止有碍于南北统一的对华借款，这一转变使列强在对华问题上的立场趋于协调一致。
国内各界要求和平的呼声也越来越强烈，部分议员以及社会名流还组织了各种呼吁和平的团体。
徐世昌为了配合国内外的形势，乃授意梁士诒组织一个政党，梁网罗了许多名流，先成立了一个“和平促进会”，非安福系的议员108人都参加了，其中包括研究系。安福系的机关报大骂徐世昌忘恩负义，不念安福系一手捧他做总统的大恩。
10月23日，社会名流熊希龄、张謇、蔡元培、王宠惠、庄蕴宽、孙宝琦、周自齐、张一麐、王家襄、谷钟秀、丁世峄、徐佛苏、文群、汪有龄、王克敏、王祖同、梁善济、籍忠寅、李肇甫、王芝祥、王贻书、王人文、林绍斐、由宗龙等24人，通电宣告成立“和平期成会”。这个新政党是各党派的大结合，包括国民党、政学系、研究系和拥护黎元洪、冯国璋的人士，甚至安福分子王祖同也被吸收，只缺少一个梁启超。梁也宣言，结束他个人的政治活动，“不惜以今日之我，与昨日之我宣战”！
和平期成会组成时，梁士诒的和平促进会就宣告结束，以避免双胞案，因梁的和平促进会受到主战派和安福系的共同攻击，徐世昌这时并不愿和段祺瑞正式决裂，所以和平期成会成立后，梁就结束了和平促进会，事实上旧交通系的人物已全部加入了和平期成会。
熊希龄一再声明，和平期成会这个组织没有政治意味，不受任何方面利用，然而和平运动根本就是一种政治运动，不受利用是做不到的。
和平期成会的声势不小，它竟在广州成立了分会，并且受到了桂系的支持，岑春煊、陆荣廷等都通电响应和平期成会的主张，桂系想借这个组织和北方取得间接的联系。
和平既然成为南北一致的要求，因此具体的实现步骤便是先选定和谈的地点。总统府美国顾问伟罗门向徐世昌建议，由南北国会选派同等数目的议员在上海组成联席会议，制定宪法，追认徐世昌为总统，并选南方领袖一人为副总统，宪法告成后，这个临时国会和南北国会同时解散，根据新宪法，改选新国会。这应该是很公平的一个解决时局，又顾及到事实的办法。
徐世昌觉得采取任何行动之前，必需先把北方军人们的意见沟通，免得将来意见分歧。所以他决定召集北方各省军人到北京来举行一次大规模会议，解决南北和平问题，裁军问题，军民分治问题以及各省不得擅自扣留国税问题。他叫财政部编制了财政收支月季表，分交各省参考，让各省军阀了解军费开支过大，收支无法平衡，借以使他们赞成裁兵。
这位老狐狸大徐，却害怕小徐（徐树铮）捣蛋，因此他于11月3日加徐树铮陆军上将衔，4日派他赴日本观操，这时小徐是段参战督办的参谋长，并兼西北边防筹备处处长。
徐世昌现在要解决的问题，正是前任冯国璋所努力的问题，而解决问题的方法，也是一样，要取决于各省军阀，这就是北洋时代的特色。徐认为自己不同于黎元洪或冯国璋的，是现在的和平工作，有国际背景在后面支持，因此他相信可以克服反对力量。
11月上旬，张作霖、陈光远、孟恩远、赵倜、倪嗣冲、张怀芝、卢永祥先后应召到了北京。随后王占元和阎锡山也到了，其他没有赶到的则派代表出席。这是北京的督军会议，也是自有督军会议以来，出席督军最多的一次。更难得的是长江三督中，陈光远和王占元都亲自出席，李纯则派代表参加，这都是空前的。可是却缺了一个更重要的大督军，就是曹锟，他因为副总统没有当选，赌气不肯前来，徐世昌则一再电催，一定要等他来后才开会，在千呼万唤之后，他于11月14日在情不可却中赶到北京。
11月15日，北京的督军会议在总统府集灵囿四照堂举行。段祺瑞也应邀参加。参加会议的，除八个督军外，还有绥远都统蔡成勋、淞沪护军使卢永祥、黑龙江、湖南、甘肃、陕西、江苏、四川等省代表，府秘书长，全体阁员以及参战督办处代表二人合共出席23人。
皖系军人曾在会议前向徐世昌提出了一个条件——“和平我们不反对，只反对梁士诒一手包办和平。”
会议开始，徐世昌在简短的开会词后即请段祺瑞表示意见，段说自己已经下野，未便参预国家大计，和平问题应请大总统主持。但不能采取对等和平，也不应该讨论国会问题。徐接着发言，推崇段主持对德宣战的功绩。也谈到恢复国内和平的重要。随后钱能训发言，强调应采取和平统一政策。倪嗣冲、曹锟则提出南方有无和平诚意的疑问？钱能训答复说岑春煊、陆荣廷都有和平诚意，少数反对派没有力量。因此，这一天的讨论一点火药味都没有。
11月16日北京督军会议继续第二次会议，议决：（一）如果南方不提出过苛条件，一致赞成和平统一的方针；（二）欧战停止，参战督办处改为边防督办处；（三）预筹各省善后；（四）收束军队，先从调查军队实数入手；（五）责成各省照章报解中央税收。
就在这一天，北京政府下令前方军队罢战退兵。钱能训代总理电劝南军撤退。
19日英、美、法、意、日五国驻广州领事，奉各该国政府训令，向广东军政府递送一项照会，劝告南方接受徐世昌的呼吁，罢战息争，照会全文如下：
“法、英、意、日、美诸国政府，因见此二年内中国内乱不停，大有分崩景象，甚为悬系。此项纷乱情形，不特与外国利益有损，且影响中国治安极大。因此所生不靖之情，反足鼓励敌人之气，而于大战紧急之转机中，妨碍中国与协约诸国实行合作。今该转机已成过时黄花，各国人民正盼环球各处人民达到安居乐业之时，中国未能统一，则各国人民应为之事，难于进行。兹法、英、意、日、美诸国政府对于中国大总统解决内乱之所设施，深滋冀望，对于南方各要人之态度，亦乐观其有欲和平了结之志趣。是以各该政府就此声明，对于北京政府及南方各要人，愿各废除私见及泥守法律之意念，一面谨慎从事，免除一切阻碍议和之行为，一面迅以慷慨和合态度，根据法律暨维护中国国民利益之热心，寻一两造和息之路，始克使华境以内平安统一，此各国政府之所殷盼者也。
此时法、英、意、日、美诸国政府虽声明其切实赞同双方欲解决向日分裂之争端，惟毫无最后干涉之策，亦无指挥或谏劝此次议和条件之意，故此项条件，必须由中国国人自行规定。各国政府只系尽其所能，鼓励双方于所望所行各事上，达议和统一之目的，但中国国民对于各国冀望重建之功，所肩之责，于中国历史上更为增大而已。特此劝告。”
22日南方通令休战。军政府七总裁岑春煊等电告徐世昌，全文如下：
“徐菊人先生鉴：护法军兴年余，双方相持，国是莫由解决。比者欧战告终，强权销灭，吾国亦有顺世界潮流，而回复和平之必要。美总统威尔逊，于本年九月二十九号为开募第四次自由公债之演说，实为国际及国内解决一切政争之根据，无论何国，均可赖之以为保证。世界各国，方将崇正义而永息兵争，岂吾国独不可舍兵争而求和平之解决？执事既令所部停战，本军政府亦令前敌将士止攻。惟彼此犹未实行接近和平谈判，玩日废时，殊属无谓。煊等特开诚心，表示真正和平之希望，认上海租界为适中之中立地点，宜仿辛亥前例，由双方各派等人数之代表，委以全权，克日开议。一切法律政治问题，不难据理而谈，依法公决，庶可富民利国，永保和平。特电表意，即希速复！”
徐世昌接到南方军政府七总裁来电，立即复电：
“广州岑云阶（春煊）先生，伍秩庸（廷芳）先生，林悦卿（葆怿）先生，武鸣陆干卿（荣廷）先生，毕节唐蓂赓先生（继尧），上海唐少川先生（绍仪），孙中山先生鉴：来电敬悉。生民不幸，遭此扰攘，兵革所经之地，膏血盈野，井里为墟，溯其由来，可深悯恻。欧战告终，此国彼国，均将偃戈以造和平，我以一国之人，犹复纷争不已，势必不能与世界各国，处于同等之地位。沦堕之苦，万劫不复。世昌同是国民，颠覆是惧，况南北一家人也，本无畛域可分，故迭次宣言，期以苦心谋和平，以毅力致统一。今读美总统威尔逊今年九月间之演说，所主张国际同盟，用知世界欲跻和平，必先自求国内息争，然后国际和平，乃有坚确之保证。爰即明令停战退兵，表其至诚，冀垂公听。固知诸君亦是国民之一分子，困心横虑，冒百艰以求一当，决无不可解决之端。今果同声相应，是我全国垂尽生机，得有挽救之一日也。世昌忧患余生，专以救世而出，但求我国依然比数于人，芸芸众生，得以安其食息，营其生业，此外一无成见。所有派员会议诸办法，已由国务院另电奉答，敢竭此衷，唯希明察！”
北京国务院亦电南方军政府云：
“读诸公致元首电，敬谂开诚表示，共导和平，至深佩慰。欧战告终，潮流方迫，元首鉴于世界大势，早经历颁明令，申正义而弭兵争，当为国人所共见。近于通令停战之后，继以筹议撤防，积极进行，实出渴望和平之旨。会议办法，前已详细荩画，李督秀山转商，兹承示双方各派代表，克日开议。筹谋所及，实获我心。所云代表人数，论省区版籍，不能无多寡之殊，惟为迅释纠纷，固可不拘成见，似可由双方各派同等代表十人，临时推定首席，公同协议。至会议地点，原定南京，本属适中之地，宁沪同属国土，焉有中立可言？且会议商决内政，不宜在行政区域之外，鄙意仍在南京，最为适宜。至来电所举辛亥前例，辛亥系因国事问题，不幸同时而有两国体，今则双方一体，论对内则同是国人，协商国政，固无畛域之分。论对外国交，只能有唯一政府，尤非辛亥之比。值此时局急迫，促进和平之意，彼此所同。亟当于会议办法，切实商决进行，其他枝节之论，宜从蠲弃，以免旷废时日。此间现正酌选代表为事先之筹备。尊处遴派有人，即希电示，以便双方派定，克期组织，俾法律政治各问题，日趋接近，速图解决，民国幸甚。”
由于和平声势太大，主战派不敢直接反对和平，只是重复段的原则：反对对等和平，反对取消安福国会。倪嗣冲说：“取消国会么？咱们的大总统就是由新国会选出来的，取消国会岂不就是取消大总统吗！”
南方滇桂两系和国民党一部分人士都迫切希望和平，可是他们希望的当然是对等议和，这是南北和谈的先决条件。南方议和总代表原定岑春煊，后来因岑当选了七总裁中的主席总裁，所以议和代表改推甫由日本回国的唐绍仪担任。这是一个很有趣的转变，辛亥革命后，唐就担任南北议和的总代表，可是那时他却是北方的总代表，他和徐世昌、梁士诒都是老朋友。尤其是梁士诒，他是最早提拔和赏识梁的人，由他代表南京，比较容易和北方谈。
11月20日，徐世昌致唐绍仪一电，把不久前冯段相争，最后相约下野，请他出来收拾时局的经过和盘托出，希望唐竭力促进南北和平。唐回电强调南北必需对等议和，代表人数必需相等，谈判必需公开。唐的回电中，称徐为“菊人兄”，徐接唐电，赌气不理他，乃要钱能训代为回电，唐接钱电大为不满，认为徐在摆伪总统的臭架子，不念老朋友交情。
和谈问题的先决条件，是参加人数和地点。段派认为北方是正统，所以和谈应以北方为主体。代表人数北方要多，地点也由北方决定。南方则认为要谈就要在平等地位上谈。
徐世昌和钱能训在段派的压力下，不得不力图避去对等讲和的形式，苏督李纯主张和谈地点在南京，徐钱即以此向南方提出，同时主张会议的名称不叫南北和会而叫善后会议。
李纯则建议称为南京和平善后会议。
代理国务总理钱能训经常与南方岑春煊、陆荣廷两人互通电报，彼此互称先生。南方军政府也承认钱内阁是北方的事实内阁。不过西南也有反对和平妥协的一派，国民党元老谭人凤就在漳州发出一个激烈反对的电报，同时有人在广州组织护法联合会，反对桂系包办和议。
11月23日岑春煊致电熊希龄，反对避去对等议和的形式。30日岑春煊等军政府七总裁联名致徐世昌电中，主张在上海租界内举行南北对等的和平会议。理由是：和谈应该在中立地带，上海租界是名符其实的中立地带，举行和议，可以避免来自各方的政治压力。钱又代表徐复电说：南京和上海同为国家领土，在国家领土上谈不到有中立地带，故仍以南京为和议地点为宜。不过和议代表双方可各占十人。至于对等议和的形式也难接受，辛亥年南北有两个不同的国体，现在则不然，所以不能相提并论。12月5日徐回答七总裁说，他对于会议的有关问题全没有成见，已交由国务院研究答复。
12月24日，唐继尧建议仿照辛亥年成例，在上海举行南北和谈，双方各派同等代表人数，南方代表人选由军政府主持选派，北方代表人选由徐菊老主持选派。
北方对和谈问题步调和态度都是不一致的，徐世昌和钱能训之所以坚持在南京开会，以及不用南北会议的名称，是力求避免主战派有所借口，而不利于和议的进行。
至于北方议和的总代表，徐世昌本属意于梁士诒，曹锟一系的人坚决反对，后来又属意于李纯，皖系也坚决反对。皖系希望以北京为开会地点，以安福系首领王揖唐为总代表，这当然离题太远了，王揖唐是安福国会的议长，以他为议和总代表，就是表示北京拒绝讨论国会问题的一种姿态。
这时还有一种折衷的意见，是建议以汉口为议和地点。
梁士诒在香港未北返时，曾和唐绍仪晤谈，当时也曾谈到北方议和总代表的人选，唐表示如果梁不能担任，则以朱启钤为宜。因此北方最后决定以朱启钤为议和总代表。
12月2日美、英、法、意、日五国公使一同到总统府提出和平劝告的正式文件，同时另一副本训令五国驻广州领事，向军政府投送。
五国劝告给徐世昌一个强有力的支持，在北方可以吓阻主战派的反对，在南方亦有迫和的作用。12月3日，就是五国劝告的第二天，徐世昌邀段祺瑞、曹锟、张作霖、张怀芝、王占元、倪嗣冲、孟恩远以及全体阁员到总统府开特别会议。徐把五国劝告的咨文给大家看，问大家意见，将军们这一天倒表现得十分合作，一致表示愿服从总统命令。于是徐世昌宣布，关于议和地点拟同意南方的要求，在上海开会。竟也得到与会人士的赞同。最后，徐世昌请与会人士疏通安福国会通过钱内阁，大家也唯唯诺诺。
12月6日，五国银行团以盐税余款450万元交给北京政府以维持军政开支，这当然是给徐世昌以支持，同时五国公使郑重表示，更大数目的善后借款，需要在中国南北统一以后才能实现。
12月14日众议院投票同意钱内阁，18日参议院也同意钱内阁，这是北洋老政客徐世昌对北洋军阀斗争中的一大胜利，这种胜利是黎元洪和冯国璋所未曾享受过的。12月20日徐以大总统明令发表特任钱能训为国务总理。
民国8年1月11日发表阁员名单：内务总长钱能训兼，外交总长陆徵祥蝉联，海军总长刘冠雄蝉联，交通总长曹汝霖蝉联，司法总长朱深蝉联，教育总长傅增湘蝉联，陆军总长靳云鹏新任，财政总长龚心湛新任，参谋总长张怀芝新任。
徐树铮赴日本观操，已于12月16日返国，他本反对议和，反对靳云鹏为陆军总长，可是时移势易，现在也不敢反对了。
新阁员就任后，发生一件极不愉快的事，1月31日为旧历除夕，新任陆军总长靳云鹏向新任财政总长龚心湛索300万经费，龚答无此款，靳就拍桌叫了起来：“没有钱你干个屁？”龚当然受不了，当天即递辞呈赴天津，钱能训派人请他回来，他提出两个复职条件：（一）收多少付多少。（二）武人不许开口骂人。要钱总理保证履行。龚和靳都是皖系，段祺瑞怕他们闹下去不可开交，乃命徐树铮调解，靳云鹏在段手下虽称温和分子，这时却很强硬，竟表示龚****就不干。龚心湛号称安福粮台，也不怕靳，最后龚的条件修改为：（一）军饷事不与陆军总长直接办理，（二）政费应减应付由总理支配。钱能训约田文烈、傅增湘、张怀芝出面做和事佬，邀双方杯酒释嫌，不过也只做到表面握手为止。
南北和会除了地点、人数、名称问题难以解决外，还有两个实际难题，一个是陕西省停战问题，一个是段祺瑞主持的参战军的存废问题。
关于陕西问题要从陈树藩说起，陈树藩是陕西安康人，在陕西军中当下级军官，一步一步地爬到旅长地位。民国1916年乘各地讨袁，陕西革命党人胡景翼发难活捉陕西将军陆建章长子陆承武，逐陆建章出关，陈树藩乃乘机率军由大荔驰至三原，组织陕西护****，自称总司令，进入西安，综管省政，向段祺瑞递门生帖，10月正式升为中将，取得督军地位，变成了皖系附庸军阀之一。
陈在陕西驱逐了省长李根源，俨然关中之王，克扣军饷，横征暴敛，勒种鸦片，声色自娱。由于他的胡作非为，陕人无不切齿。1917年10月耿直以警备军在省城举义讨陈，巷战两昼夜，失败走蒲城，死城下。郭坚亦在蒲城自立。11月胡景翼所部营长张义安举兵三原，击败陈树藩部下曾继贤、严锡龙军，进迫西安。1918年1月胡景翼在三原成立陕西靖国军。陈树藩打长途电话给胡说：“你不要把对付陆建章的手段对付我，你是认错人了。陆建章年过五十，腰缠千万。六年前我是一个穷学生，现在仍是一个穷军人，谁反对我，我就和谁拚命。”
陈虽大言不惭，可是陕西反陈的民军遍地皆是，曹世瑛率部自陕北来。卢占魁率蒙古骑兵数千人占榆城。高峻则占领白水、韩城及沿河诸县。樊钟秀则率河南民军战于省南，袭击潼关。张义安围省城，陈树藩伪称求和，张乃撤退至鄠县，陈树藩大军至，张义安措手不及战死，郑宝珊、董振五以余众退渭北。陈树藩乃向北京及邻省河南乞援。段祺瑞命河南镇嵩军统领刘镇华援陕，即以刘为陕西省长。
1918年6月，陕西靖国军公请在上海办报的革命元勋于右任回陕主持西北革命大计。于乃偕王玉堂取道山西渡黄河，向北经宜川、延长而抵三原，就任陕西靖国军总司令，以张钫为副司令，井勿幕为总指挥，下辖郭坚、樊钟秀、曹世瑛、胡景翼、高峻、卢占魁等六路。惠又光一旅则屯渭北省西。
10月中旬靖国军誓师讨陈，先渡渭水。渭南守将姜宏谋与胡景翼原有私交，即开城迎降，胡单骑入城接洽收编，不料乃是诈降，当场将胡扣留，并解往西安。
陈树藩颇懂政治，他不杀胡，却要胁胡写信给他的部下投降，胡也答应写信，但他在信中使用暗号，表示自己决不投降陈树藩，于是胡的部下便推举支队长岳维峻代理司令。陈树藩派员赴胡部招抚，又派第三旅旅长李天佐到板桥，均被靖****击毙。
11月下旬，靖国军总指挥井勿幕受于右任命迎叶荃军于西路，会商共同作战方略，归途经凤翔到兴平防地，陈树藩使民军内奸李栋材伪造郭坚的函件，邀井到兴平南仁村开会，井不疑有他，于11月21日轻骑前往，遂中计被杀，李栋材把井的首级带到西安去报功。
于右任令四路军副司令田玉洁裹帛为首，将井的遗体葬于泾阳。于有哭井勿幕诗：“十日才归先轸元，英雄遗憾复何言。渡河有恨收群贼，殉国无名哭九原。秋兴诗存难和韵，南仁村远莫招魂。还期破敌收功日，特起邱山拟宋园。”
陕西靖国军先后受到胡景翼和井勿幕两事的挫折，但仍继续有开展，南北和会召开时，陕西靖国军的六路军在陕西全境奄有广大的地盘。其分布是：第一路司令郭坚驻防乾县、武功、岐山、扶风、眉县。第二路司令樊钟秀驻防盩厔。第三路司令曹世瑛驻防交口、高陵、三原、乾城、洛川。第四路代司令岳维峻驻防泾阳、三原、富平。第五路司令高峻驻防郃阳、澄城、关山、兴市。第六路司令卢占魁驻防三原、高陵、同安、耀县。还有云南督军唐继尧所属川滇靖国军也进入平利、兴安、镇巴、紫阳一带。而陈树藩所保有的地盘，一天比一天小。
就和会来说，南北两军的主要战场在湖南，陕西不算是重要战场。可是因为湖南战场发生了变化，段祺瑞便想在陕西开僻第二战场，借以继续南北战争。所以在和谈进行前，他调遣大批北军投入陕西战场，以图在短期内消灭陕西民军。他称陕西靖国军为土匪，不承认为南军，并把陕西的军事行动说成是剿匪，以示与南北战争无关。
段派赴陕的军队是奉军许兰州部，和会召开时，又调第四混成旅张锡元部开入陕西，并令甘肃督军张广建出兵长武、邠县，与驻防凤县的陕南镇守使管金聚（第十五混成旅），以及由四川逃到汉中的刘存厚（兵力约有两师），合力进攻靖国军。这一来陕西境内的北军与靖国军双方兵力共达20万人，因此陕西全省成为一座满目皆兵的大军营。
和会召开前，南北双方都曾下过停战令，约束双方军队各守原防，一切问题留待和会处理。但是段祺瑞却要了一个花样，提出所谓南北两军占领区应当维持战争发生前的状态，这就是说，陕、闽、鄂西南三个地区内的南军都是在战争时期发展起来的，这些地区都应当退还北方。他又进一步提出所谓剿匪问题，诬蔑陕、闽、鄂三省南军为土匪，剿匪不是打南军，剿匪区域不应当划在停战区域内。
由于北方提出剿匪问题，南北双方于是又展开了“匪”与非“匪”的笔战。北方把郭坚、樊钟秀、卢占魁等都说成是土匪。南方质问说，难道于右任也算是土匪吗？北方承认于右任不是土匪，劝他快快离开匪巢。南方又质问说：“难道陈树藩所收编的王飞虎、白翎子、徐志毛等都不是土匪吗？”
南方议和代表到上海后，提出条件，要求全面停战包括陕西在内。李纯提出五项建议：（一）停战区域包括陕、闽、鄂三省。（二）北方援陕、援闽军队均停止前进。（三）双方议和总代表共同派员到陕西监视停战。（四）陕、闽、鄂三省由双方将领划定停战区。（五）双方在划定区域内剿匪卫民。
除了陕西停战问题外，还有一个是参战军问题。第一次世界大战已经结束，参战问题已不存在。可是段系的人已把参战督办改为边防督办，参战军改为边防军。同时把参战借款提用来编组边防军。徐树铮出长西北边防筹备处。西南方面在和谈前即提出撤消参战督办，停止参战借款，废止中日军事协定，解散参战军等问题。不过西南方面也知道，如果要北方履行这些条件，徐世昌是无能为力的，这样一来岂不是把问题更搞糟了。所以这些问题便不作先决条件而作为议题交付和会讨论。
中国派遣代表出席巴黎和会的人选问题也是南北双方争端之一，这也是对政府的权力问题之一。北京政府指定以陆徵祥为代表团团长，顾维钧、王正廷、施肇基、魏宸组为代表。这个代表团名单中只有王正廷一人是西南方面的，因此西南方面要求加派伍朝枢和王宠惠二人为代表。
前面曾提到北方议和总代表人选问题。本来徐世昌主张由李纯担任，皖系全力反对，梁士诒也被安福系反对，段想要王揖唐担任，王是安福系首领，西南护法就是反对安福国会，王揖唐自然不是一个适当人选，徐乃宣称王是众议院议长，与梁士诒是参议院议长同样不适宜于担任议和总代表。最后徐接受了梁士诒的意见，梁北返前在香港曾和唐绍仪见过面，唐表示朱启钤是个适当人选。徐乃提朱为总代表。王揖唐和朱启钤都是徐世昌的拜门学生，王后来变成段的私党，而朱则是旧交通系，所以和徐仍保持良好关系。
西南对于朱启钤为北方总代表，也有不满的声浪，非常国会中约有100名议员联名通电指责北方增兵陕、闽两省，缺乏和谈诚意。同时认为朱启钤是安福国会的副议长，又是洪宪王朝的帝制犯，因此反对。
南北双方既然在和谈前意见分岐而不能调和，因此和谈的进度非常迟缓。这时，五国公使在北京接触频繁，准备向南北双方提出措词严厉的第二次劝告。这个消息传出后，使段和主战派大感不安，南北的主和力量大为增加，议和问题才得急转直下。
1918年12月29日，北方议和代表团朱启钤、吴鼎昌、王克敏、施愚、方枢、汪有龄、刘恩格、李国珍、江绍杰、徐佛苏等十人由北京动身南下。而南方议和代表团唐绍仪、章士钊、胡汉民、缪嘉寿、曾彦、郭椿森、刘光烈、王伯群、彭允彝、饶鸣銮、李述膺等11人也于1919年1月25日到达上海。
上海和会是1919年2月20日上午开幕的，旧德国总会会场这天布置一新，南北总代表各引所属代表鱼贯入场，相对而坐，秩序雍容。其实双方代表多为旧识，如今相聚一堂，各有不同心情。
21日正式开会，南方总代表唐绍仪首先提出陕西停战问题，双方共同推定了久居陕西的山西人、旧国会议员张瑞玑到陕西监督停战。北方总代表朱启钤承诺立即电告北京政府切实办到陕西停战，如果不能办到，北方议和代表愿意全体辞职以谢国人。双方代表决议催促张瑞玑兼程赴陕执行监视职权。22日唐绍仪又提出停止参战借款，取消参战军和宣布中日密约等问题，朱启钤也承认电达北京政府请示。朱的态度颇为迁就，使得北方代表中的安福系分子大为不满，认为朱的意见不能代表全体，这是安福系暗中阻挠和议的第一步。
在和会开始时，西方外交团向北京政府质问：为什么世界战争已经停止，中国还要招募参战军？是不是用以对内作战？22日北京政府答复外交团说：中国已经进行和议，不会再有内战。
徐世昌借了外交团有压力，劝段将参战军移交陆军部管辖。段不置可否，因为陆军总长靳云鹏也是段系的大将，不过段的另一位大将徐树铮则表示反对。靳和小徐都是段手下四大金刚之一，正因为他两人势同水火，所以徐世昌便拉拢靳来对付徐树铮。
徐树铮毕竟足智多谋，向段献策，提出“保存参战军用以监督裁兵”。这样既可以拒绝南方取消参战军的要求，又免外交团的责难。段和小徐就用这个理由来拒绝交出参战军。其实这简直是强辞夺理，掩耳盗铃，不过这也是唯一可以借口的。
南方代表要求停止继续参战借款，段当然也不肯答应，徐世昌无力反对。因此，北京政府以财政困难，军费无着为理由拒绝了南方的要求。
至于陕西方面有没有停战呢？由于南方代表和陕西靖国军方而没有直接的联络，陕西靖国军和南方代表通消息只能用快邮寄递，唐绍仪在2月下旬所接到靖国军的报告还是1月上旬寄邮的。根据这些报告北军管金聚部由凤县攻占宝鸡，继续向凤翔进攻；陈树藩部集中武功，奉军由潼关、吊桥移向兴平、武功，刘镇华的镇嵩军则进攻盩厔；张锡元部则进攻渭南。这证明徐世昌虽然下过停战命令，但是陈树藩部阳奉阴违。而段祺瑞则继续透过参陆办公处调兵遣将。
2月25日唐绍仪因为陕西战争并未停止，所以向北方代表团提出严厉的质询，要求撤换反停战协议、破坏和平的陕西督军陈树藩。26日唐绍仪又接到靖国军1月中旬的报告靖国军在北军强大的攻势下，先后退出乾县、盩厔、郿县、扶风。同时北军还向凤翔、岐山、蒲城、富平进攻。南方代表团大为震动，乃宣布北方不履行停战诺言，从26日起停开正式会议，改开谈话会。同时郑重向北方声明，在北京政府未撤换陈树藩以前，不讨论其它案件。
就在这个时候，湖南善后协会也派出代表文鹿鸣、傅纯根到上海来向和会请愿，要求迅速撤换恶名昭彰、杀人放火的湖南督军张敬尧。他们在南北代表面前泣诉张敬尧的第七师在湖南的暴行，代表们无论南北，都为之感动。于是属于南方的湘籍代表充满了愤怒地提出撤换张敬尧的要求。
在和谈期间，北京政府正在发行“民国八年短期公债五千六百万元”，南方代表怀疑北京政府利用和谈为缓兵计，以筹措战费继续用兵，因此大为反对。
28日，北京政府提出了四个文件给上海和会，这些文件都是由于南方代表要求废止中日军事协定，所以北京把这资料提供和会参考和审查，四个文件是：
（一）中日军事协定文书。
（二）中日陆军共同防敌协定。
（三）中日海军共同防敌协定。
（四）解释欧战终止日期的补充文件，这一个文件是参战处参谋长徐树铮和日本代表乙东彦签订的。根据这个文件，中日两国的军事协定，要到中日两国批准对德和约时，战争状态才算终止。
段和小徐想用战争终止日期的拖后来拒绝南方提出废止中日协定。日本人当然愿意继续中日军事协定以达到侵占中国利益的目的。
2月28日，南方总代表唐绍仪在和谈的谈话会上向北方摊牌，他提出了三点质问：
（一）为什么陕西战争不但没有停止，反而北军还大举向靖国军进攻？
（二）为什么参战军不取消，反而大加扩充？
（三）中日军事协定尚有附件没有看到，北京政府不但无意废止这个协定，竟反而延长了这个协定的有效期？
唐绍仪很严肃地对北方代表表示，这三项问题请北方代表在48小时以内答复，不得拖延。同日，南方代表把一个节略送给外交团。
3月2日北方代表团因为北京没有回电，无法向南方代表团答复，只好向北京政府提出总辞职，因此上海和会遂正式宣告停会。
上海和会从2月20日到3月2日进行了11天，其中正式会议只开过五天，双方所谈问题可以用毫无进展四个字形容。
南方代表在停会后通电全国，有云：“陕西停战与参战军停募两事，证明北京政府一面言和，一面主战，此非谋和无诚意，即其威信不行，有一于此，和必无幸。”又说：“北京政府正发行八年公债五千六百万，向银行抵借，以二千万为各省军费，一千万归参战军。此案未经国会通过，不能承认。”
北京政府接到北方代表总辞职电，乃复电慰留。3月3日徐世昌重下陕西停战命令：
“陕西兵燹频年，疮痍满目，眷言民瘼，轸念殊深。亟应促进和平，早谋安集。前由国务院依照协定办法，通饬停战划防。已派张瑞玑驰往，监视区分，务在一律实行，克期竣事。各该将领，自应共体斯意，恪遵办理，倘或奉行不力，职责所在，不得辞其咎也。此令。”r/>陈树藩并不遵令，南方总代表唐绍仪且得于右任亲笔书函谓：
“陈树藩密奉参陆处电文，促令进攻，故北京运陕军械，或由参陆处或由汉阳兵工厂，次第出发，络绎不绝。”
全国对和会停止都很关心，抢救和会之声四起，有些团体提出要派代表监督和会进行。
可是南北双方都指责对方应负和会停开的责任。南方指责北方无和平诚意，北方则指责南方别有用心，并举出在和会召开前南军将领林葆怿、熊克武、于右任等分别就任闽、川、陕三省督军的事实作为南方无意谋和的证据。钱能训在通电中指责南方代表不应以对待敌国的最后通牒手段来对待本国政府，并说陕西战争已停，南方代表不应该偏听于右任的一面之词。
3月12日，陕西停战监督专员张瑞玑由北京启程，前赴西安。14日北京政府和日本政府同时公布了中日军事协定全文。北京政府认为这两个关键性的问题已经有了交代。希望南方代表恢复和会。但是14日南方代表发表第二次宣言，认为陕西战争并未停止，参战借款仍在支取，参战军仍在迅速扩充，中日军事协定时效延长，这都是对和谈无诚意的证据，因此和会重开无从谈起。
上海和会期间，各国驻华公使都密切予以注意，保持审慎的关怀。当和会中断时，西方国家极为不满。3月4日英国驻华公使朱尔典赴公府谒徐世昌，劝告恢复和谈，徐很诚挚地答复朱尔典说：“我们都是廿年的老朋友，彼此都是六十岁以上的人，贵公使一定相信本人盼和的心理最切。”5日法国驻华公使柏蒲谒徐时表示两点愿望，他希望第一中国政府勿因陕西局部问题而阻碍全局，第二希望中国国内和平和世界和平同时实现。尤盼能先在欧洲和约签订前实现。
西方外交因本打算联合五国提出第二次强硬劝告，可是日本驻华公使小幡借口未奉到本国政府训令，不肯参加。因此3月6日美国驻华公使芮恩施、英国驻华公使朱尔典、法国驻华公使柏蒲、意国驻华公使华雷联袂赴中国外交部谒见外交次长代理部务的陈箓，申述西方各国对中国和平的迫切愿望，劝告中国政府早日恢复上海和会，不要提出参战借款，不要将参战军投入内战。同时抗议北京政府，不应以盐税余款抵押八年公债。
这时候，段祺瑞的内外环境都很不利，他曾向徐请辞参战督办，徐又不敢贸然答应。3月6日时局的关键人物吴佩孚致电南方总代表唐绍仪，他指出和会破裂是由于某派（指安福系）作梗，东海（徐世昌）受困，威信不行，切望共谋良策，破除障碍，以维和局。
北京政府既不能战，又不能和，3月30日下令劝告和会重开，措词虽极审慎，南方代表为之大哗：“议和岂能以命令行之？”北京政府又想与西南实力派的陆荣廷、唐继尧单独媾和，当然也不能成为事实。外交团频频向徐催促续开和会，徐痛苦地说：“我一个人想和，和得了吗？”
自3月25日起，上海和会派赴西安监督停战的张瑞玑，由西安来电，报告陕西停战划界业已实现。张瑞玑是山西人，在陕西住过很久，是旧国会议员。此次出任陕西停战监督专员，是由南方代表所建议，他于3月12日从上海动身，22日抵达西安。抵西安后被陈树藩所收买，竭力为陈辩护，说陈未进攻陕西的靖国军，因此引起了南方代表的严重不满。
由于李纯的敦促恢复和谈，张瑞玑的陕西已经停战的电报4月1日到达上海，遂使和谈谈话会于4月7日恢复，从停开到恢复已过了37天。4月9日恢复正式会议。
和谈正式恢复后，南北双方代表都同意一项意见，为了避免来自各省人民团体的干预，南北双方代表相约不公布会议的内容。于是上海和谈变成了“扃门会议”。
南北双方代表同时决定把双方所要提出的问题，完全提出来，逐一谋求解决途径。
南方的条件是：取消中日军事协定，裁撤参战机构及其所属部队，停止继续支用参战借款，国会自由行使职权，善后借款南北分用，军政府所颁法令均应认为有效，湖南、陕西两省的善后问题。
北方的条件是：全国裁军方案“全国兵额规定为50师”，军民分治，地方自治，发展国民经济，进行善后借款。
国会问题是双方争论的焦点，南方标榜护法，广州军政府的政务会议确定“坚持维持法治”的最高原则，如果不恢复被非法解散的国会，南方的护法岂不变成空谈，如何能向国人交代，所以解散安福国会是在法统上必争的问题。可是安福国会已经不是段祺瑞一系的工具，也是徐世昌取得总统的法律根据，如果取消了安福国会也就取消了徐世昌的总统地位，所以尽管徐段之间对和谈有距离，有矛盾，可是在维持安福国会问题上，态度是一致的。当北方总代表朱启钤启程南下时，曾谒徐请示哪些条件可以接受和让步。徐答：“除了国会问题外，一切问题都可让步。”所以从表面上看，法统和法治问题是和谈的焦点。
不过，当时的南北双方都不重视“法”，南北军人所真正争的，还是权利、地盘、财富。所以国会问题并不真是和谈致命的焦点。因此李纯提出一个解决的方案，把民国6年国会被解散以前的宪法会议恢复，由旧国会议员在南京召开宪法会议的三读会，完成制宪过程，并且通过追认徐世昌为总统，然后公布宪法，解散南北两国会，根据宪法规定的国会组织法与国会议员选举法，进行选举，召集新国会。李纯的方案获得徐世昌的同意。这方案情理法都能顾到，既符合南方“维持法治”的要求，又保全徐世昌的总统地位，南北两国会则同归于尽，是个各进五步，各退五步的两全其美方案。
李纯这方案安福系是无法接受的，在北方代表团中，有安福系分子参加，他们就把李纯方案电告北京的安福国会。段和安福国会获知这个方案，为之大哗。4月12日，北京安福系总部根据北方代表方枢发来的密报，召集紧急会议，讨论对策，到会者一致痛斥徐世昌和钱能训出卖北方的行为。于是与会人士中有人主张撤换北方总代表朱启钤。有人则主张先推翻钱内阁。段祺瑞的重要策士曾毓隽则大骂徐世昌记恩负义，主张对总统提弹劾案。最后有人提议先礼后兵，推参议院议长李盛铎（这时梁士诒已辞去参议院议长，议长一职由李盛铎继任）去见徐，质问徐为何同意出卖北方的方案。同时安福国会参众两院同时邀请全体国务员出席答复质问。另一方面段计划召张作霖、倪嗣冲等到天津再举行一次督军团会议，准备向徐正式开火，但是曹锟反对，曹锟借口说在天津会议，将引起外交团出面干涉，才把这个会议孕死腹中。
徐世昌、钱能训在安福系愤怒地攻讦下，极口否认有取消安福国会的意图。
北京方面的激荡，使北方代表在上海不知所措，因为他们不知道从何谈起，向北京请示则得不到答复，在这种情形下，“扃门会议”也无可讨论，因此，从4月29日起，北方代表们只好全体称病，不出席会议，于是上海和会再度进入一个停顿时期。
在4月9日，以林葆怿、莫荣新领衔的西南全体将领曾经发出一个军人不干政的联名电报。北京参谋总长张怀芝、陆军总长靳云鹏首先通电赞成，接着曹锟、张作霖、倪嗣冲、王占元、张敬尧、田中玉等都一致响应。张作霖通电中说他拜读了这个佳电，不禁拍案叫绝。这是自有南北战争以来，南北军人从来未有的一次合唱。以前他们是“电战”，现在则是“电和”。军人造成民国的混乱就是干政，现在他们竟发誓赌咒说不过问政治了。这是因为北洋军阀想在上海和会形成僵局后，企图放弃公开议和，而想暗中和西南军阀秘密议和或局部议和的花招。
5月6日山东问题在巴黎和会失败，以及五四的大风暴，使南北代表有一致对外的需要，所以恢复了正式会议，可是会议仍毫无进展。5月13日南方总代表唐绍仪提出了八个条件：（一）绝对不承认巴黎和会处理山东问题的决议；（二）取消中日一切密约，并严惩缔约有关人员；（三）取消参战军或国防军；（四）撤换声名狼藉的督军；（五）和会宣告民国6年北京政府解散国会的命令无效；（六）和会选出全国知名人士组织政务会议，监督执行和会决议，至国会完全行使职权之日止；（七）和会已决未决之案，分别整理决定。（八）以上七项如得北方同意，则由和会承认徐世昌为临时大总统，执行总统职权至国会选出正式大总统之日为止。北方总代表朱启钤要求南方代表先撤回第五条，其余的从长计议，可是南方代表认为没有讨价还价的余地。因此和会再度破裂，南北代表都宣布总辞职，于是上海和会终告结束。