当全国反日运动激烈澎湃之时，山东又发生了麻烦。7月1日，日本宪兵在济南纬五路捕去了齐鲁大学学生王志谦。这一来简直是火上加油，已经如火如荼的学生运动，更添增了新的火药。当天下午济南学生千余人集合向山东省长公署请愿，要求省政当局立刻向日本领事严重交涉，立即释放王志谦，担保以后不再发生类似事件。省长沈铭昌立即派交涉员唐柯三前往交涉，请愿学生站在公署门外等候结果。直到天黑了很久，唐柯三才垂头丧气地跑回来说：日本领事不但不放人，还提出反要求，要求赔偿日商在这一时期因山东抵制日货所受损失，同时保证以后不再抵制日货，才释放王志谦。
唐柯三的消息同炸弹一样爆发，引起所有中国人无比的愤慨，佥认日本人这种霸道行为，只有把事情搞得更糟。
学生们决定不解散请愿队伍，一直到日本领事无条件释放王志谦为止。这时许多爱国市民也自动来参加，因此请愿队伍骤增为5000多人。沈铭昌再派唐柯三去交涉，同时对请愿群众表示，本人宁可牺牲省长职位，决不屈从日本人。沈的讲话赢得群众热烈而长久的掌声。
唐柯三再去日本领馆，由晚上10时半直到天明5时才拖着疲惫不堪的身体回来，他的彻夜交涉，总算带来一个勉强满意的消息，日本领事已把王志谦移送警察厅。沈铭昌即请学生代表赴警厅接出王志谦。
7月7日济南的日本侨民借口巴黎和约告成，举行提灯游行庆祝大会，这是示威和挑衅的行动。中国商店为了避免引起纠纷，就提早关门。不料夜幕低垂，灯火初上时，竟有不少日本浪人出现，公然在街上挨家挨户敲门，勒令他们开市，有一家泰康商店不开门，竟被浪人捣毁了全店。
日本人多数喝了酒，带着酒意在街上横冲直闯，有一批日人追赶一个英国人，英人逃入烟草公司，日本暴徒们竟然冲进去捣毁了英美烟草公司的门窗。这时日本领事接到电话，乘汽车赶来，才把一群日本浪人喝退。并向英美烟草公司道歉。公司向日馆提出赔偿损失的要求，日馆也一口承允。
山东交涉员唐柯三也到日本领事馆，要求对于日本浪人捣毁泰康商店事，照英美烟草公司的办法处理，可是日本领事馆却沉下脸孔来说：这案子还需要调查！
山东省会济南简直成为日本暴民的世界，这些暴民因为有日本领事作后盾，所以敢为所欲为。
山东各地都有日警或浪人侵害中国人，7月17日青州车站的日本警察进城捕去第十中学学生马忠怀，28日才释放出来。胶济铁路沿线村庄，经常有日本军警前来进行搜查，许多村民糊里糊涂便被捕去，官厅也不敢过问，因此村民们计划组织“联庄会”进行自卫。这一期间，日本人真的已把山东当做是日本领土了。
北京政府怕山东闹出麻烦，因此于7月25日宣布济南戒严，并派参战军第二师长，济南镇守使马良为戒严司令。另以屈映光署山东省长，撤换了沈铭昌。
马良是个莫名其妙的小军阀，他有一支“技术大队”，专门对付爱国的抗日活动，到处干涉人民开会，解散救国团体。7月22日，他在估衣市街走过，看见回教徒所开的店铺“金家铺”贴有爱国公约，立即派技术队的队兵到回教救国后援会去，把会址捣毁，拘捕了会长马云亭、会员朱秀林、朱春祥兄弟，给他们加了一个罪名是结党集会，扰乱治安。接着他又带领队兵，浩浩荡荡地前往山东师范学校，召集学生训话。他的演讲妙不可言，他说：“我是一个国技家，我有万夫莫敌之勇，因为我身怀绝技，所以我没有权利思想，如果我有政治野心，督军一职早已到手了。现在我之所以出头露面来维持社会秩序，是因为暴民倡乱。”他说得兴起，竟慷慨激昂大声咆哮说：“今天早上我拿获了三名倡乱的首领马云亭和朱家兄弟，我办起事来是铁面无私，马云亭虽是我的回教教友，我就先拿他们开刀。我警告你们，谁敢再扰乱治安，图谋不轨，你们可以看马云亭做榜样。”
马良认为参战军是靠日本贷款成立的，所以要“效忠”日本，他常对士兵训话时说：“一个人必须饮水思源，咱们参战军是靠日本人成立的，你们穿的是日本军服，用的是日本军火，我们不可以反日，反日的是暴民。”
马良所执行的戒严，简直就是镇压反日爱国活动，所以学生们群情激愤。
8月3日上午，济南各校学生代表300余人一同到督军署请愿，要求取消戒严，释放爱国分子，禁止军人替日本人采办粮食。马良听说学生在督军署请愿，立即派兵赶来驱散学生，扯碎了学生请愿书，并将为首学生刘文彦等16人拘捕。这一来，学生们同深愤慨，300多名学生一齐跟在被捕同学后面，愿意一同坐牢。军队们把被捕的16名学生押到第一师范，请愿学生随在后面，他们被隔在大门外，可是全都屹立烈日下，不稍后退。一直僵持到下午2时，马良乘马率军赶到，叫开了大门，把门外的300多学生一齐驱进学校的第一教室。
马良把300多请愿学生一齐驱入第一师范的第一教室后，他就跳上教员讲桌对学生训话。他大骂学生扰乱治安，破坏戒严令，受过激派的指使，而且男女混杂，不成体统。他的训话简直是胡说八道，令人不忍卒闻，于是有一位医科学生吴夏蒲起而抗辩。吴说：“我们没有受人利用，我们今天这样做，是受了良心的驱使，我们是爱国！”马良看到公然有人向他顶撞，大为光火，立刻喝令卫队把这个发言的学生抓出来打三十大手板，他那如狼似虎的技术队兵就恶狠狠地跑过去，用大刀压在吴夏蒲的头上，把他拉到讲台下，一五一十地打吴的手板，吴夏蒲被打得痛极而哭，于是全体学生也哭出声来。
马良听到学生们在哭，更是火上加油，大声叱责说：“不许你们哭，再哭就一齐挨打！”接着他命令士兵把吴夏蒲押下去，和已经扣留的16个学生关在一起，都用绳子绑了，等候枪毙。然后他气汹汹地大踏步而去。
马良离开第一师范就去督军署谒见督军张树元，要求批准枪毙17名请愿被扣的学生，借以收镇压之效。张树元虽然也是一个军阀，但却不敢枪毙学生，所以予以拒绝。于是马良回到第一师范，他当然不说督军不批准他枪毙学生，而说是他自己不忍心枪毙他们，要他们安分守己，不可胡闹。讲了一番废话，直到晚间7时，这17名被扣的学生才由山东省议会议长出面保释。
学生虽然死里逃生，可是早先被抓的爱国人士都遭了殃。8月5日山东回教救国后援会会长马云亭，会员朱秀林、朱春祥兄弟被严刑拷打后，判决枪毙，绑赴刑场执行枪决。
马云亭是位爱国的老人，须发皆白，年已七十有二，他是一位医生，平素待人和蔼可亲，无数穷苦老百姓都受过他的照顾。当他被五花大绑押赴刑场时，是一幕非常动人的镜头，他态度从容，没有畏惧，一边步行，一边向市民告别，他劝大家不要气馁，为爱国而死，死得其所，不要替他难过，他已近70岁的人，死期不远，如此而死，虽死犹生。又勉励大家爱国，献出力量来救国，人人都爱国救国，中国便得救了。他真是从容赴死，视死如归。济南市民流着眼泪，跟随他，听他讲演。
当他从容进入刑场时，有些市民失声而哭，他却既镇定，又庄严，使到行刑的刽子手都不忍放枪，第一个刽子手放枪时，竟双手震颤，换了第二个也是一样，最后由一个刽子手靠近他的背后，闭了眼放枪才完成这个悲剧。
这是个可耻的悲剧，马良杀害了伟大的爱国老人。
马良为了献媚日本人，杀害自己的同胞，杀害回教教友（马良和马云亭都是回教徒），这个血案震动了全国。因此由于济南的枪声，再度激起了全国各省市人民代表的请愿高潮。
8月23日，直隶、山东和北京的代表们联合大请愿，要求北京政府撤换马良，同时加以惩治。请愿代表们到总统府，徐世昌闭门不见，请愿人士则非见总统不可，相持到夜晚，北京政府出动大批警察，拘去代表38人。当天国务院通电各省，解释并非拘捕代表，而是“送厅安置，候查明来历，分别遣返。”同时替马良辩护说：“并无蹂躏学生，虐待学生情事。”又说：“人民向总统请愿，乃是非法行为。”
8月26日，北京、天津的代表32人进行第二次请愿，当晚露宿新华门外。27日北京学生也加入了请愿团。因此请愿者增至1000余人，都露宿在新华门外。28日大雨，请愿的人们遍身淋漓，可是却没有一个人离开，其中女学生多人也拒绝离开。请愿学生抽出400余人向国务院请愿，国务院派人向他们解释说：“马良在济南所行所为，有功无过，他所杀的都是土匪。至于在济南戒严，是防止日本浪人暴动，防止日本借口保护侨民，派兵占领济南，并非对付本国人民。”
全国各省的请愿代表陆继赶到北京，都集中新华门外，总统府陷于请愿代表的大包围中。因此新华门、西苑门、福华门和集灵囿的总统官邸都紧紧关闭起来。
北京政府内部，在对付请愿团应该采取哪一种方法展开了争论，徐世昌主张用和平方法处理，段祺瑞一派则主张用武力驱散请愿团。结果，徐世昌的主张获得通过。
28日下午1时，北京政府出动了大批军警，用两人夹一人的办法，将请愿代表领袖30余人夹往天安门集中，随后警察总监吴炳湘亲自前来劝告他们，要他们运用他们的影响力解散请愿团，这些领袖们当然拒绝。
晚上8时，又有一批军警到天安门，搜寻天津****副会长马骏，因此和死力掩护马骏的女学生们展开了一场争夺战，马骏终被夺走。11时警察厅派来汽车多辆将女学生们强迫推入车中，分别予以遣散，其余请愿代表则被带出天安门遣散。
马骏于30日才获释放。
北京政府为什么要抓马骏，因为他们眼中，马骏是个危险人物。当天津商界在6月10日宣布终止罢市时，第二天天津学生代表马骏等七人曾往市商会提出质问，于是天津又于12日罢市。所以北京政府便对马骏特别刮目相看。
北京政府对付请愿转趋强硬，9月3日，把京畿警备总司令部扩大为北京卫戍总司令部。同时，教育部严令学生不得集会结社，即使在学校内开会，也要遵守治安警察法，事前呈报警察厅，听候派员监视，如有违法，即予惩治。
相反的，各省的请愿行动也变得很积极。纷纷推派代表进京。北京政府曾密令各省当局阻止请愿代表进京，各省代表则使用各种秘密方式，逃过各省当局的耳目，向北京进发，先后到达请愿的目的地——北京。
9月30日，到达首都的，有江苏、湖南、湖北、江西、山东、直隶六省代表卅一人，秘密决定于10月1日上午先在中央公园集合，然后同赴总统府请愿。怎知这个消息却走漏了，当他们第二天早上分别到达中央公园时，军警们早已严阵以待，并且断绝了天安门一带的交通，代表们不能不变更计划，采取分批的办法，直接到新华门集中请愿。于是他们直奔新华门，到达后，即要求晋见总统，徐世昌仍不接见，派曾彝进出来和代表们谈话，曾说：“各位远来都很辛苦，你们请愿，把对象弄错了，现在是责任内阁制，依照《约法》的规定，人民请愿，并无向总统请愿的规定，所以请你们去国务院。”代表们回答说：“如果讲《约法》，《约法》上也没有规定不许人民向总统请愿的一条。现在国家到了这步田地，总统是一国最高元首，应该要处理重大问题的。”一方拒绝，一方一定要见总统请愿，便僵持了。请愿代表坚持不退，北京政府只得又出动警察，把31位代表全部挟往警察厅，限令他们于24小时之内离开北京，否则押返原籍，他们不肯具结，便一直扣留。
双十国庆快到了，全国学生准备借国庆在各地举行大规模的爱国讲演。北京学生定制了7万个馒头，上面印上“打倒军阀”的字样，准备在10月10日散发给听讲的群众。不料被警察机关发现，遂将全部馒头扣留。学生代表们到警察厅交涉，警察厅才予以发还。
10月10日，北京中等以上28校学生约5000人，从上午10点钟即分途在北京城内外演讲，北京的军警并没有加以干涉。12时，各路讲演队在中华门集合，军警阻止通过，警察总监吴炳湘亲自跑来劝告他们散队，他们又化整为零，分散到各处继续讲演。下午有部分学生在中央公园一带散发“打倒军阀”的传单。
在上海，也有盛大的国庆纪念。全上海市的商店都停业一天，晚上还举行提灯游行大会。
北京和上海的国庆活动，都没有发生事故，大约北京政府觉得国庆日总不好意思闹出什么不幸的事情吧！
北京和上海在8年国庆日虽然没有发生不幸的事情，可是天津却发生了。
天津市准备以大游行来庆祝国庆，10日早上，天津市民约四五万人都集中在南开大学的操场，准备出发游行。突然天津市的警察厅长杨以德派出了武装警察赶来阻止游行的群众出发。双方剑拔弩张，空气甚为紧张，学生代表出来交涉，担保没有意外发生，警察置之不理。双方相持约一小时，游行前队认为不冲是没有办法通过了，因此就一拥向前，强行通过，旁观的市民也大声疾呼，呐喊助威。这一来，激怒了警察，在你冲我阻的情况下，双方都失去了理智，警察先动手了，他们举起枪柄，向学生迎头乱打。
当然在这种失去理智的冲突中，学生被打伤的很多，可是游行队伍群情激昂，他们集中力量向前猛冲，警察的封锁线便被冲破，游行队伍先到天津警察厅，质问警察为什么持械伤人，阻止国庆游行？
天津警察厅长杨以德是存心要对付学生和群众，他早已布置了保安队、马队和武装警察一千余人在警察厅外重重把守，他没有出面接见学生代表，只是派人出来传话，他说：“你们不必和我找罗嗦，我就是这样办，你们要讲理讲法，可以到法院告状。”游行队伍知道杨以德蛮不讲理，于是折了回来转向直隶省公署去请愿，可是因为这天是假期，公署里没有人办公。
11日天津学生****抗议杨以德压迫学生和市民。杨却反控说在游行队伍中发现抗税标语和推倒政府的传单。
22日天津市民和学生代表万余人向省长公署请愿，要求撤换杨以德，直隶省长曹锐（曹锟的兄弟）亲自接见，向学生们表示歉意，并且慰问请愿群众，认为在这样寒冷的天气，大家为国事而辛苦，实在钦佩。关于撤换杨以德一事，表示“自有办法”。请愿的群众认为满意，当天就终止了****。
可是曹锐的支票并没有兑现，等了一个星期仍无消息。10月30日学生们举行了第二次请愿。曹锐仍然满堆笑脸劝学生们冷静地忍耐，再等等看，自己正在努力中。学生们体谅到省长不能直接罢免警察厅长，需向北京请示，而杨以德在北京又有靠山，所以对曹锐还是体谅。一直到第三次请愿，曹锐对学生的表示，好像有难言之隐。其实很简单，曹锐是直系，而杨以德是段系所支持。
11月19日，天津日领船津，公然致函北京政府农商部，抗议天津商会选出卞荫昌为会长，要求改选，因卞为救国十人团团长。天津市民对此极为忿怒，也要求北京政府向日本政府提出撤换船津领事的要求。
福建也是在日本势力范围下，其处境近似山东。
福州市有一个发国难财的商人，他是福州总商会会长黄瞻鸿——恒盛布店的老板。福州学生查出他在抵制日货期间私藏了大量日货，因此向他质问。6月14日，这位奸商堆着满面笑容邀请学生代表到他家里检查存货，怎知学生们受了骗，黄瞻鸿把学生们骗进家去，就关闭了大门，指挥家丁痛打学生，还加上匪徒行劫的罪名，向督军报告，16日福州学生千余人到省议会请愿惩办不法奸商，督军李厚基派兵把全体请愿学生带往第一中学予以监禁。李厚基向北京政府诳报被扣的全是匪徒，手持白旗，遍布街市，倡言杀人，为了防止日本派兵登陆，所以将这些匪徒悉数逮捕。
李厚基的诬告，引起了福州各界极大的愤怒，因此采取罢市****行动表示抗议，李厚基受到巨大的反抗，被迫于18日释放了拘押的学生，同时把奸商黄瞻鸿兄弟拿送检察厅拘留。几天后，又把黄氏兄弟送入陆军医院，然后偷偷放走了事。
6月20日，日本派来了三艘军舰到福州来示威，日本领事要求福建省当局取缔抵制日货，解散爱国团体，禁止各报发表抗日言论，否则日本将断然采取必要行动。
11月6日，学生表演新剧，剧中以日本侵害中国为主题，突有日本浪人跑来，跳到台上痛打演员。福州当局闻讯，派来大批军警，勒令学生停演。下午又有日本浪人百余名，身怀凶器入城挑衅。有七个青年会学生坐了人力车经过大桥头，被日本浪人拉下车来，施以毒打。其中三人被打得遍体鳞伤，另外四个学生拔足狂奔，日本人紧紧追赶，一直追到青年会，日本浪人竟公然在街上开枪，打伤了其中一个学生。青年会美籍教员段仿华闻声跑出来，日本人竟击以铁尺，段仿华被击，痛极倒地。警察闻声赶来调解，不料日人不由分说，竟开枪射击，而警察奉令不许对外人放枪，因此被夺去马枪二支。警察无法还击，只好大鸣警笛，大批警察赶到，日本人才慌张夺路逃走。警察当场捉到放枪的福田原藏，及身怀凶器，化装为中国人的与津良郎和三木小四郎三人。另七个日本浪人则逃到顺记菜店，被市民和警察包围，他们就跑到楼上开枪拒捕。子弹用尽了，他们把桌椅用具当作武器抛下楼来，有的爬到屋顶投瓦片。一直到警察奋勇登楼，他们才停止战斗，把他们的身份表示出来。原来他们是日本领事署的职员，其中一人就是领署警察长江口善海。因为他们有外交官身份，警察也不敢逮捕他们，只得电请外交交涉员转告日本领事署，请他们派人来把这十个肇事的日本浪人领回去。
在这次闹事中，由于警察不敢对日本人开枪还击，所以闹事的十个日本浪人，一个也未受伤。可是中国方面却有警察史孝亮胸腹部中四弹，马江海军学校学生刘祥开腿部中弹折骨，市民朱伊才弹穿肋骨，均人事不知。学生郑学谦、刘钟植均受刀棍重伤，黄玉苍受伤晕绝，所携现钞1000元被劫去。受伤者共计十人，均由日领派人到场认明。还有顺记西药店所受损失约3000元。
17日，福州各学校一致****，各商店一致罢市，抗议日本人的暴行。各界人士在省议会召开国民大会，要求督军兼省长李厚基向日本领事提出惩凶、恤伤等严重交涉。17、18两日福州街头上仍然发现日本浪人追打学生情事，美国领事要求派警保护各教会学校。这次福州事件，本来是日本人有计划要制造事端，作为侵略的借口，以便于开来炮舰直接镇压中国人民。所以凶案发生的当天，福州日领就电请日本政府火速派舰来援，19日日本政府命令佐世保第二十一驱逐舰出发，20日就有日舰两艘驶抵马江。
福州日人的暴行引起了全国的震动和愤怒，于是反日的爱国运动又如火如荼地在各地爆发，因为新的刺激，使原已要爆破的火山，缺口更增扩大。
21日，北京学生代表分途向外交部、教育部请愿。22日北京政府电令驻日代办庄景珂向日本政府抗议，并提出赔偿损失，抚恤伤亡，撤退在马江的日舰等要求。日本政府表示：对于赔偿和抚恤等问题，承认派员查明办理，至于撤退兵舰一事则不予接受。其理由是中国政府对民间排斥日货运动的取缔没有尽到力。同时日本驻华公使还向北京政府提出制止各地抗日排货运动的反抗议。
23日，日舰“嵯峨”、“樱橘”又开抵福州大桥下，并且鸣炮18响，派水兵登陆游行示威。北京政府在人民请愿游行和日本炮舰示威的双重压力下，真是左右为难，顾人民则怕得罪日本，顾日本则良心既不安，人民的愤怒更无法遏阻。在这种情形下，只得授权福州地方当局，令他们直接和日领交涉。福建督军兼省长李厚基认为北京中央政府简直是开玩笑，这等大事地方政府如何办得了交涉，自然是中央政府的事，中央政府万万不可以打太极，敷衍和推诿，所以一再要求，对于和日本交涉事宜还是请中央政府和日本驻京公使办理。
福建全省也和山东全省一样，学生和人民愤怒到了顶点，他们都了解政府在对外交涉上硬不起来，如果不挺身站出来，则日本人得寸进尺，最后必然吞吃了福建。
天下兴亡，匹夫有责，中国人民已实际体味到了。
福州凶案发生后，全国震动。11月23日，上海各界召开声援闽案大会，提出（一）惩凶、（二）撤领、（三）抚恤伤亡、（四）惩办日本领署参加暴动人员、（五）日本政府应向中国谢罪、（六）撤退日舰、（七）保证今后日侨不得携带武器、（八）取消日本在福州的领事裁判权。
27日，北京的闽籍学生在北大开会，高师学生刘庆平当场慷慨激昂，斩断手指，以示抗议。北大和闽籍学生代表，要求北京政府认真进行交涉。27日国务院通电各省，劝告人民对闽案应静候解决，“切勿别生枝节，致贻彼方口实。”
为了抗议福州日人的暴行，北京学生决定举行一次游行演讲示威运动。这次示威运动不****，参加的学生都是请假前来的。29日上午11时，北京中等以上34校学生三万余人在天安门集合，12时出发游行讲演，下午3时回到天安门集合散队，军警未加干涉。
上海学生自12月3日起停课四天举行爱国讲演，并且组织抵制日货委员会以抗议福州日人的暴动。
12月7日北京学生联合会、各界联合会、福建同乡会等17团体在天安门举行国民大会，与会人士约10万人，公推商会会长安迪生为主席，由于北京商会对抵制日货缺乏热情，因此这次大会故意推商会会长为主席，以迫他表明态度。下午1时开会时间已到，安迪生却无影无踪，没有出席，大会乃改提断指的刘庆平担任临时主席。群众们对于安迪生迟迟不到表示不满，在群情愤激中有人大呼推翻总商会。就在这个时候，安迪生率商界代表千余赶到，他站在台上代表商界全体，表示一致坚决抵制日货的人民公意。与会群众要求商会签字为信，安迪生承诺商界全体在三天内将现存日货封存不卖，群众认为不满，嘘嘘之声大作，几乎闹出事来。幸而大会主持人向到会群众说明，今天大会的目的是一致对外，劝大家冷静下来，不要引起内部纠纷。大会议决声援闽案各条，与各省市所提者大致相同，另外发表对世界各国的宣言，否认一切中日密约的效力。
由于这次大会的规模和结果，北京抵制日货运动才有了进一步的开展。北大成立了抵制日货委员会，从10日起派人到税关检查进口货。各业商人在商会集体宣誓，永远不进日货，并且用电报通知日本退货。日本工商界看出中国人抵制日货是有决心贯彻的，因此日本民间和商界才开始发出改善中日关系的要求。
日本对中国的侵略野心，是得寸进尺，不幸中国抗日的情绪，在民国初年只表现在民间，而政府的表现则是软弱无能，这给日本侵略者一种极大的鼓励。
这一时期，各省都发生军阀压制学生爱国运动，同时迁怒于教育事业。
12月1日福州****被福建督军李厚基封闭，因而福建旅京同乡会发起了驱李运动。12月10日南昌学生宣布****以抗议江西督军陈光远派兵解散学校，****了两个星期。直到23日才恢复上课。24日济南****也被查封，山东督军张树元派兵监视各校，禁止学生外出，兵士打伤了夺门面出的学生多人，于是激起了24日全市各校****的风潮。学生提出恢复****、撤退军警、惩凶恤伤等条件。
北京方面，学生运动益趋扩大，12月15日北京小学以上学校教职员步湖南后尘，因生活困难而宣布全体停职。不过他们除了经济要求而外，还有政治要求，要求撤换当时的教育总长，安福系走狗傅岳棻。31日小学以上各校校长也加入了停职行列。
1920年1月5日，北京各校教职员更整队到教育部向傅岳棻部长“献旗”，旗上大书“寡廉鲜耻，恋栈不去”八个大字。9日国务总理靳云鹏在接见教职员代表时答应发教职员薪金时不搭发纸币，并在短期内撤换傅岳棻，12日停职风潮才告平息。
1920年1月1日，济南学生在取得官方同意后，假座大舞台表演话剧，不料又有武装警察前来干涉，当场引起冲突。学生被打伤了七八十人，全体演员均被捕去。济南****为此召开会议讨论对策，那位克星马良却又杀气腾腾地带领一批打手赶到。他像以前一样，站在台上向学生训话。他说：“你们不要以为自己了不起，只有自己才爱国，当官的人都不爱国，要知道做官的人，也做过学生，我从前做学生时就是一个爱国者。你们不要上那些政客的当，政客一天到晚好事不做，搞风搞雨，专叫你们搞坏事，你们看，福建的学生不是自白让日本人打死，山东和福建一样，都在日本势和范围内，日本人都带了手枪，打死你们几个，你们还不是白死。我看你们还是乖巧一点，不要瞎闹事。”
马良大发一番议论后就走了，他走后，****立刻提出撤换警察厅长金荣桂、教育厅长袁立意，同时要求政府恤伤。政府若不接受，即进一步采取对付手段。1月3日济南全体教职员宣布“同盟罢工”为学生后援。这时候，山东督军已换了田中玉，田督军刚到任，不愿意让事态扩大，因此接受了学界的要求，撤换警察厅长。
1月19日济南各校复课。
爱国运动和学潮此起彼落，山东学潮因新督军上任而有了收获。天津又发生了新事件，本来天津学生要求北京政府撤换杨以德，不但未获批准，杨以德反而受到北京政府赏识。另一方面，天津日本领事船津要求天津方面取缔学生检查货物，1月24日杨以德就奉命维谨地逮捕了学生代表八人、各界代表七人，查封了****和各界联合会。29日天津学生5000余人又一次向省长曹锐请求撤换杨以德，释放被捕代表，恢复****与各界联合会。曹锐竟把省长公署大门关闭起来，拒绝接见学生代表，学生代表想从门槛下蛇行而入，俾进入内将大门打开，门内军警却先将大门打开，呼跃而出，打伤学生50余人，并将学生代表四人绑缚游街。天津学潮发生后，1月31日北京39校学生万余人冒雪游行表示抗议，上海各界也召开国民大会，发表了声讨段祺瑞、徐树铮等人的宣言。段祺瑞是主张对学潮采取强烈压制行动的，因此他对山东的马良、天津的杨以德都予以称赞，面斥靳云鹏办事糊涂，毫无办法，致使学生气焰嚣张，无法无天。
2月1日北京军警举行秘密会议，段芝贵提出了直接行动的计划。会议决定由军警当局联名质问教育部有没有办法制止学潮，如果没有，他们将采取激烈行动。2日教育部长傅岳棻召集校长会议，把军警当局质问函分发与会校长阅读，劝告各校校长自行约束学生，不然的话，闹出麻烦，教育部是无能为力的。
北京学校从1月31日大游行以来已没有上课，各校校长接到靳云鹏的秘密通知，知道军警方面要采取直接而强烈的行动，因此劝告学生暂避风头，让校长们出面交涉释放天津被捕学生。3日下午，校长代表到国务院交涉，靳表示在目前情形下，政府殊不便释放天津学生，并且暗示说，山东问题将和日本直接交涉。校长们指责靳云鹏身居国务总理不应任人摆布。靳也反唇相讥，引起了一场口角，不欢而散。
2月4日，外交部代理部长陈箓在国务会议上提出了日本公使交来的抗议，会议通过了对学潮的处理，将采取严厉手段。
可是学生并没有退缩，2月4日北京演讲的学生更增至七八千人，光是前门一区就集中了3000人左右。他们站在通衢大道上大声疾呼，指责北京政府是一个卖国政府，人民必须勇敢地站立起来，不许他们卖国。这时突然有一批军警乘坐汽车向人丛中冲入，有些人因闪避不及而被汽车撞倒，激起了公愤，当场捣毁了这部汽车，军警乃即出动，用刺刀和枪柄打伤了学生十余人，并且逮捕了学生1600余人送往天安门拘禁，这些被捕学生，到晚间才被释出。
2月5日，北京学生继续出动七八千人到街头演讲，北京政府事先已调来第九师兵士2500人张幕于中华门内，当学生集中时，军队即出动袭击，打伤了学生数十人，并逮捕了学生代表43人。
当天晚上，北京军警当局徐树铮、段芝贵、王怀庆、吴炳湘和安福系重要分子曾毓隽等，在北池子日本人大仓的住宅开会，日本人参加这个会议的，有公府顾问青木中将、参战军督练官坂西中将和资本家大仓。这次会议决定强硬的行动，不理北京政府和平解散的命令，直接采取严厉行动，取缔学潮。当晚就将所捕学生43人移交北京卫戍司令部收押，不许亲友探望。
2月6日，北京处于军警的直接控制，各校均由军警把守，不许学生外出，电话线也被割断，北大、高师两校受到更严密地封锁。前门一带军警林立，全城各主要路线也都布满了警戒哨，如果发现演讲学生，即行逮捕。因此学生们无法进行活动，预定举行的国民大会也无法召开，校长代表想到国务院交涉释放前一天被捕的学生，也被军警阻止。
同时，在强硬派的压力下，北京政府发布了“严厉取缔和镇压学潮的命令”。全文如下：
“近年以来，学潮颓靡，法纪不张。以诸生隽异之姿，动辄聚众暴行，自由行动，国家作育英髦，期望至切，迭经明令剀切诰戒，申明约束，深冀其濯磨砥砺，勉为异日致用之才，诸生等果知自爱爱国，当亦憬然悔悟。乃据京师警察厅报告，本月四日，京师各校学生，有在前门外排列演说，阻断交通，并有击毁车辆毁伤行人情事。而日前直隶省长，亦有学生包围公署，击伤警卫，不服制止之报告。似此扰乱秩序，显干法纪，著莪之选，沦于榛棘，甚为诸生惜之！自来学生干政，例禁綦严，诚以向学之年，质性未定，纷心政治，适隳学业。抑且立法行政之责，各有专属，岂宜以少数学子，挟出位之思，为逾轨之举。在国家则有妨统驭，在诸生亦自败修名，在政府虽爱惜诸生，而不能不尊重法律，须知国家生存，全赖法律之维系，学生同属国民，即同在法权统治之下，负执行法律之责者，讵能以学生干法，置之不问？兹特依据法律，再为谆切之申告，自此次明令之后，应即责成教育部，督饬办学各员，恪遵迭令，认真牖导。凡学生轶出范围之举，立子从严制止，总期销弭未萌，各循矩矱。其有情甘暴弃，希图煽乱者，查明斥退，情节重大，构成犯罪行为者，由司法官厅依法惩办。办学各员，倘有徇庇纵容，并予撤惩。总之军纪所在，不容凌蔑，政府以国家为重，执法以绳，决无宽贷，其共懔之！此令”。
令下后，又饬京师警察厅，根据自治警察法条例，布告将北京中等以上学校学生联合会，暨北京小学以上学校教员联合会，一体解散。
2月7日是星期天，因此形势较为和缓，各校驻军撤退，由警察和便衣来接替，电话也恢复通线，不过中等以上学校学生则仍被禁止外出。各校学生乃秘密决定自下星期一起改为上午上课，下午出外演讲，并且约定寒假不回家，以倾全力进行爱国活动。
10日，出外演讲的学生却都受到驻校军警的干涉，11日学生们改为分散出发，每组只有二三人，可是也不能逃避军警的耳目。从17日起，学生决定停止演讲，恢复全天上课。
15日，北京****、教联均被查封。
北京政府在这时期陷入了风雨飘摇的地位。9日起，靳云鹏不敢到国务院办公。13日陆徵祥、陈箓请求辞职，外交部因无人负责而停止办公。17日陈箓被劝回部，以应付对外事务。
3月5日，卫戍司令部把已被捕的学生代表43人移送至法院。4月7日由校长保释了学生代表方豪、王名烈、夏秀峰三人。由于法院不许其他学生交保，北京学生又展开了集体自首，第一批自首者189人，第二批自首者246人，第三批自首者588人。北京检察厅对于自首的学生一概不予接受。
五四运动波及之广，参与之众，热情之高，开近代史之先河。自民国以来，郁积在广大爱国青年与民众心中的屈辱，愤懑，借机一下子喷薄而出，势不可挡。当时的民国政府也是头一次遇到这种民众自发的，狂暴的爱国集会，有些无所适从，再加上政局动荡，举措失当，使一场轰轰烈烈的伟大爱国运动蒙上了巨大的悲情色彩。塞翁失马焉知非福？也是从这一刻起，唤醒了无数沉睡的民众，认识了北洋政府的本质，一大批有志于改造，复兴我们民族的青年革命者应运而生，一轮崭新的革命运动即将开始。