谈到福柯所采用的研究方法，应当说它是充沛的想像力与经验研究这两种东西的结合。他说：“在很长时间里，我陷入一种矛盾，一方面是对巴塔耶和布朗肖的迷恋，另一方面是对诸如迪梅齐尔和列维一斯特劳斯等人的实证研究的兴趣。”“注释1”一方面是想像与虚构，另一方面是经验研究，这两种激情构成了福柯所有作品的基调。
福柯把自己的研究方法之一概括为考古学。福柯做研究所使用的方法是大量使用档案中无名者的生活资料，一种历史上芸芸众生所发出的匿名的“嗡嗡”声。他所寻找的是话语的原始形态，而不是被加工后的形态，即被他称为“一种言说中无止境且失序的巨大嗡嗡声浪”的话语状态。他在《言说的秩序》的开头与《何为作者？》的结尾都提到过这种匿名的“嗡嗡声浪”。
福柯的好友及传记作者德勒兹指出，他所做的是“无参考点之言说”，“这位档案学者极力避免去摘引名人之言。因为他所选取的基础词汇、句子及命题并非根据发出它们的结构或作者主体，而是根据它们在某一整体中所发挥的简单功能：例如，疗养院或监狱的拘禁规则；军队或学校的规训法则……词汇、句子及命题，必须在与特定问题有关的权力（与反抗）播散点附近选取。例如：关于十九世纪‘性特质’，应去搜寻在忏悔亭周遭所交换的词汇及句子，在宗教问答手册中所堆叠的命题，而且还要考虑诸如学校、出生或结婚统计机构等其他聚集点……这就是‘人们的话语’，根据不同状况而采取特定态势的匿名嗡嗡声。”“注释2”福柯考古学方法所考察的对象是大量的原始档案，他像一位挖掘古墓的传统考古学者那样，在积满尘土的档案堆中执着地挖掘着，从被大多数学者忽视的故纸堆中发掘出有意义的资料，从匿名的嗡嗡声浪中过滤出历史的足音。因此，德勒兹会称他为档案学者。
福柯是这样谈到自己的考古学方法的：“我们必须获得某一时期的所有档案。从严格意义上讲，考古学就是研究这种档案的科学。”“注释3”在福柯所研究的癫狂这个具体个案中，他使用的方法就是研究当时的所有档案，从中探索癫狂者和他们的非理性欲望的沉默是如何形成的。他说：“我的目的不是撰写精神病学语言的历史，而是论述那种沉默的考古学。”“注释4”在谈到他研究规训与惩罚的方法时，福柯也说过他使用的方法是考古学。他说：“只有研究干预人的肉体、行动和行为方式的权力机制，才能建立人文科学考古学。”“注释5”
德勒兹重新划分了哲学的阵营：一个阵营中的人们怀有对非物质性的永恒真理的信念；另一个阵营中的人们则思考发生在物体表面的事件的哲学。前者关注幻象背后的本质的真理；后者关注幻象、事件及其最微不足道的细节。所谓事件是指“纯粹差异”的效应，是“物体冲撞、混合与区分”造成的效应。福柯的考古学在这一划分中显然属于后者，它关注细节，关注幻象，但却并不试图发现“本质的真理”。福柯说：“说到底，这个世纪最迫切需要思考的，就是事件和幻象。”“注释6”
总的看来，福柯的考古学的目标是“打破中心，即不给中心以特权”，拿精神病学来说，几百年来，占据中心地位的始终是医学界或学术界关于精神病的话语，而福柯的考古学所挖掘的却是癫狂者的话语及其沉默的状况，用这种方法来确立差异意识，即认识到：“我们是差异。我们的理性是话语的差异，我们的历史是时间的差异，我们的自我是面具的差异。”“注释7”在福柯那里，世间的万事万物就像它们所呈现出的千姿百态那样，有着无数的差异。在它们的背后，并不存在一个同一的本质或真理。这就是他的考古学方法的基调。
“注释1”同上书，第58页。
“注释2”德勒兹，第72页。
“注释3”转引自刘北成，第66页。
“注释4”同上书，第66～68页。
“注释5”转引自刘北成，第225页。
“注释6”同上书，第197页。
“注释7”同上书，第164页。