万历二十七年闰四月丁酉，都察院左都御史温纯等疏请申饬宪纲，其中“恤刑狱”一款略曰：“国家设三法司，又使御史巡视五城焉，都城内外民杂讼繁，欲轻重得其平也。然有宜重而轻者，如以人命付兵马司是也。此辈智阁识短，即利啗势惕，皆可使之轻重其情。宜专遣刑部司属复简，或分责顺天府推知鞫讯。此重狱之当议者。”这段话应可证明巡城御史于京师刑名案件并无司法审判权。
十一顺天府
（一）顺天府组织
《明史·职官志》曰：“顺天府即旧北平府。洪武二年置北平行省。九年改为北平布政司，皆以北平为会府。永乐初，改为顺天府。十年升为府尹，秩正三品，设官如应天府。”
顺天府设“府尹一人，府丞一人，治中一人，通判六人，推官一人，儒学教授一人，训导一人。其属，经历司，经历一人，知事一人，照磨所，照磨一人，检校一人。所辖，宛平、大兴二县，各知县一人，县丞二人，主簿无定1，典史一人。”顺天府下五州二十二县，其中宛平县及大兴县由顺天府直接管理。
宛平县及大兴县称为京县，其余二十五州县称为直隶州或直隶县。顺天府“畿内郡县亲领于六部，故曰直隶。而顺天府在辇毂下，与内诸司相颉颃，不以直隶称。”
（二）顺天府职权（有关司法审判部分）
《明史·职官志》曰：“府尹掌京府之政。宣化和人，劝农问俗，均贡赋，节征徭，谨祭祀，阅实户口，纠治豪强，隐恤穷困，疏理狱讼，务知百姓之疾苦。……推官理刑名，察属吏。二县职掌如外县，以近涖辇下，故品秩特优。”顺天府所属推官专司审判，与外府推官相同。
顺天府为“四方之首，表仪所系。”京府府尹品秩为正三品，外府知府品秩为正四品，京府品秩优于外府。顺天府位于辇毂之下，五方杂处，“京兆之难治，遂为天下最矣。”明代顺天府府尹之权小于前代，明人于慎行曰：
“自汉、晋以下，京兆之权最为要重，至唐、宋犹然。……乃今之京尹，养望待迁，几成散局。”
顺天府所辖宛平及大兴两京县，笞杖罪案件可自理，徒罪以上案件应申报顺天府，奏闻皇帝，送刑部或都察院审理。其余二十五州县刑名案件审理程序与各省所属州县同。
十二巡按御史
（一）巡按御史设置沿革
明初，明太祖并未派遣监察御史巡视直隶及各省。洪武十年（１３７７）秋七月乙巳，始“诏遣监察御史按州县。”所谓“巡按”是指“分巡按治”。巡按御史之本职为都察院监察御史，巡按御史为其差事，或系大差，或系中差。
明初，除十三省各遣巡按御史一1外，南北直隶所遣巡按御史或为二1，或为三、四1，并无一定。正统十四年（１４４９）十一月辛巳，“畿内顺天等八府例命监察御史二1巡按，至是都察院从国家多事，请暂增二1。每1分巡二府。从之。”由本项记载可知，正统十四年时，北直隶巡按御史多至四1。
明代中期定制以后，“在外巡按，北直隶二人，南直隶三人，宣大一人，辽东一人，甘肃一人，十三省各一人。”北直隶二人系顺天及真定巡按御史，南直隶三人系应天、苏松及淮扬巡按御史。“巡按顺天、真定、应天、苏松、淮扬、浙江、湖广、江西、福建、河南、陕西、山东、山西、四川、云南、广西、广东、贵州等处御史。……俱大差。辽东、宣大、甘肃三处巡按史，……俱中差。”
巡按御史出巡期间为一年，一年届满，须差官更代。《大明会典》曰：“凡巡按御史，一年已满，差官更代，本院（都察院）引御史二1，御前点差一1。”巡按御史系代表皇帝出巡直隶及各省，品秩虽低（正七品），权力却大，凌驾都布按三司之上。为免循私，明代定有巡按御史差遣回避原则。
《大明会典》定曰：“凡分巡地面，果系原籍，并先曾历仕寓居处所，并须回避。”
（二）巡按御史职权（有关司法审判部分）
《明史·职官志》曰：“巡按则代天子巡狩，所按藩服大臣、府州县官诸考察，举劾尤专，大事奏裁，小事立断。按临所至，必先审录罪囚，吊刷案卷，有故出入者理辩之。”依此，巡按御史有“举劾”及“审录罪囚”两项职权。事实上，巡按御史有关司法审判之职权颇多，兹分述如下：
１受理军民词讼案件《大明会典》定曰：“凡受军民词讼，审系户婚田宅斗殴等事，必须置立文簿，抄写告词，编成字号，用印关防，立限发与所在有司，追问明白，就便发落，具由回报。若告本县官吏，则发该府。若告本府官吏，则发布政司。若告布政司官吏，则发按察司。若告按察司官吏，及伸诉各司官吏枉问刑名等项，不许转委，必须亲问。干碍军职官1，随即奏闻请旨，亦不得擅自提取。”
巡按御史受理军民词讼案件，或系已结案者，或系未结案者，均得“立限护与所在有司，追问明白，就便发落。”巡按御史所受理之军民词讼案件，有系状告都布按三司官1或府州县官1者，应依《大明律》第５条（职官有犯）
规定办理。
２奉旨审判职官案件
《大明律》第５条（职官有犯）规定：“凡京官及在外五品以上官有犯，奏闻请旨，不许擅问。六品以下，听分巡御史、按察司并分司取问明白，议拟闻奏区处。若府州县官犯罪，所辖上司不得擅自勾问。止许开具所犯事由，实封奏闻。若许准推问，候委官审实，方许判决。”五品以上官1犯罪，巡按御史应依本条规定奏闻皇帝，请旨提问审理。六品以下官1犯罪，巡按御史得自行提问审理。《明史·职官志》所称“大事奏裁，小事立断。”即此之谓也。
关于巡按御史奉旨审理文武职官案件，有系巡按御史奏闻皇帝请旨者，有系皇帝交审者，其情形不一。前者多逮赴北京法司审理，后者多系由巡按御史单独审理，巡按御史司法审判权之重，于此可见。兹举例说明如下：
例一：景泰二年（１４５１）四月辛巳，“直隶密云中卫军奏，镇守指挥佥事张兴擅役军旗采木，以造私室，及克减军粮诸罪，事下法司，请令巡按御史按实以闻，从之。”
例二：弘治八年（１４９５）六月己巳，“虏入密云境，杀掠军民、男、妇，死伤者十有四人，焚毁庐舍。下巡按御史问拟守备等官，指挥孙永、王寿二人充军；分守署都指挥王志及把总管操指挥刘宽、高寿等八人，俱赎杖还职。都察院复奏，永等俱情轻律重。命永、寿免充军，各降二级带俸差操，志革去署职，余如所拟。”
３审录直隶及各省罪囚
巡按御史对于直隶及各省各府州县监禁中之罪囚（或已在府州县结案，或未在府州县结案）得加以审录。《大明会典》定曰：“凡至按临处所，先将罪囚审录，卷宗吊刷。”吊刷亦称照刷，巡按御史得照刷府州县六房文卷，刑房文卷自得照刷之，照刷时应依洪武二十六年（１３９３）所定“六房照刷事例”
办理。
４审决直隶及各省死罪人犯
直隶及各省死罪人犯奉旨定谳后，除决不待时者外，其余死罪人犯监候待决。《大明律》第４３５条（有司决囚等第）规定：“直隶去处，从刑部委官，与监察御史；在外去处，从布政司委官，与按察司官，公同审决。”惟弘治二年（１４８９），“令法司每年立秋时，将在外监候一应死罪囚犯，通行具奏。转行各该巡按御史，会司都布按三司，并分巡分守。南北直隶行移差去审刑主事，会同巡按御史，督同都司府卫从公研审，除情真罪当者，照例处决。果有冤抑者，即与辩理。情可矜疑者，径自具奏定夺。”此项敕令与《大明律》规定稍有差异。
十三其他
明代京师案件系由刑部或都察院审理，再由大理寺复核。直隶及各省案件系先由刑部或都察院复核，再由大理寺复核。惟明代中央之司法审判权并非三法司所独占，而系分散于中央各部院，依京师、直隶或各省案件之类别与性质，各部院得分别行使其司法审判权。除上述一般情形外，如遇重大案件，皇帝常谕令多官会审或派遣钦差大臣赴外省审理案件。兹将上述两种特殊情形分述如下：
（一）多官会审
明代重大案件发生时，皇帝常谕令多官会审。各部院会审或系初审，或系复审，其情形不一。其组成形式多种多样，并无一定：
１皇亲、公、侯、驸马、伯、内阁大臣、科道官会审。
２公、侯、伯、五府、六部、都察院官会审。
３公、侯、伯、五府、六部官会审。
４司礼监、驸马、五府、九卿、科道、锦衣卫官会审。
５三法司、锦衣卫、五府、六部、科道官会审。
６五府、六部、都察院官会审。
７锦衣卫、科道官会审。
８三法司、锦衣卫官会审。
上述各种组成形式，兹举例说明如下：
１皇亲、公、侯、驸马、伯、内阁大臣、科道官会审。
正德十五年（１５２０）十一月乙丑，“赐宸濠死。先是，有旨召皇亲、公、侯、驸马、伯、内阁大臣、科道官俱至通州议宸濠狱。”
２公、侯、伯、五府、六部、都察院官会审。
宣德三年（１４２８）闰四月戊申，“交趾总兵官成山侯王通等还京师。文武群臣劾奏通，……等违命擅与贼和、弃城旋师之罪。上命公、侯、伯、行在五府、六部、都察院等衙门官同鞫之。”
３公、侯、伯、五府、六部官会审。
宣德五年（１４３０）三月丁卯，“应城伯孙杰有罪，下狱。……上命行在都察院俟杰归，治之。至是归……命公、侯、伯、五府、六部大臣鞫之。”
４司礼监、驸马、五府、九卿、科道、锦衣卫官会审。
嘉靖二十五年（１５４６）十月癸亥，“代府和川王府奉国将军充灼等谋反伏诛。……上命械充灼等来京，至午门前，命司礼监、驸马、五府、九卿、科道、锦衣卫官会审具服。”
５三法司、锦衣卫、五府、六部、科道官会审。
正德三年（１５０８）九月辛酉，田州府土官知府岑猛叛，牵连兵部尚书刘大象，“令三法司、锦衣卫仍会五府六部科道官鞫处。”
６五府、六部、都察院官会审。
永乐二年（１４０４）夏四月甲申，南直隶安庆府民诽谤皇帝，刑部拟罪奏闻，“命五府、六部、都察院共讯其实。”
７锦衣卫、九卿、科道官会审。
万历三十一年（１６０３）十二月壬午，京师捕获可疑男子一人，牵连在京职官，“锦衣卫管卫事王之祯具狱词以上。有旨：令同九卿、科道严鞫之。”
８三法司、锦衣卫官会审。
天顺八年（１４６４）四月乙巳，“太保、会昌系孙继宗等奏遂安伯陈韶阻挠军务。上命三法司、锦衣卫于午门前会鞫之。”
上述八种组成形式并不能完全涵盖多官会审的可能组成形式，多官会审有时称为多官会议，有时称为多官拟议，有时称为廷臣会议，有时称为廷臣会鞫，有时称为百官会鞫，名称并无一定。其中第八种组成方式，除去锦衣卫，即系三法司会审，后来成为清代中央司法审判的主要形式。
（二）派遣钦差大臣赴外省审理案件明代遇有各省重大案件时，皇帝常派遣钦差大臣赴外省审理。三法司堂官、司官，锦衣卫官1，刑科给事中，甚至司礼监太监，均有可能奉旨担任钦差大臣赴外省审理案件。兹举例说明如下：
例一：天顺二年（１４５８）秋七月辛卯，“宁王奠培在景泰时为弋阳王奠壏讦其反逆诸罪于巡抚佥都御史韩雍，雍同三司、巡按官以闻，朝廷遣中官方伯乐及佥都御史俞俨往复之。”
例二：成化十九年（１４８３）三月甲辰，“下巡抚河南右都御史孙洪于锦衣卫狱。……命刑部1外郎章锐等往会镇守、巡按等官杂治。”
例三：弘治十七年（１５０４）十一月乙未，巡按御史王献臣因事被逮，“上命大理寺右少卿吴一贯及锦衣卫指挥使杨玉往会交代监察御史余濂勘问。”
例四：正德十一年（１５１６）九月辛巳，代府镇国将军国聪温等恣横为虐，“敕太监张淮、都御史王璟、锦衣卫指挥使陆宣往按之。”