（三）若故出入情弊显然，具奏，（奏闻皇帝，）连原问官吏提问。
上述第一种处理方式，即由刑部具本，发大理寺复核（即复拟），是最常见的处理方式。上述第二种处理方式，即由刑部驳回原问衙门改正再问，较为少见，兹举一案例说明如下：
案例：成化四年（１４６８）夏四月丁未，浙江黄岩县民应昌、俞楷因私9聚众各五百余攻斗，有司执四十一人坐以徒，巡按御史张谓情重法轻，驳之。
即而，知府阮勤议比强盗得财律，具以闻。事下，刑部以为律有正条，而等所议轻重失宜，宜令重鞫，必求至当。从之。
关于刑部驳回原问衙门改正再问一事，《大明会典》定曰：“在外问刑衙门罪至大辟者，皆呈部详议。议允，则送大理寺复拟，复拟无异，然后请旨施行。其情法未当及已送寺驳回者，俱发回所司再问”依本项规定，除情法未当者（指情词不明，或出入人罪失出入者），刑部应发回原问衙门改正再问外，经大理寺驳回者，刑部亦应发回原问衙门改正再问。
直隶及各省徒流死罪案件，刑部复核后，“比律允当者，则开5由具本，发大理寺复拟。”刑部移送之直隶及各省徒流死罪案件，由大理寺左右寺依其职掌分别复审，明人谓之“审录参详”《明史·职官志》曰：“（大理寺）左、右寺分理京畿、十三布政司刑名之事。”明成祖永乐年间至明神宗万历八年，大理寺右寺分管直隶及各省刑名案件。《大明会典》定曰：“万历九年，以二寺事务繁简不均，题准，以刑部十三司、都察院十三道分管衙门，分左右二寺审谳。今左寺审浙江等六司道，右寺审江西等七司道。”
万历九年后，大理寺左右寺分理十三布政司之刑名案件，左寺分管刑部浙江、福建、山东、广东、四川、贵州六司复核之刑名案件。右寺分管刑部江西、陕西、河南、山西、湖广、广西、云南七司复核之刑名案件。至于由刑部十三司带管之南北直隶刑名案件，不论所带管之司分，统由右寺复核。
大理寺左右寺各设寺丞、寺正、寺副及详事等官，大理寺左右寺官1复核刑部移送之直隶及各省刑名案件时，应依《大明律》及《问刑条例》复核。
复核时亦应注意前已述及之四项断罪原则。
关于大理寺复核刑部移送之直隶及各省刑名案件之基本原则，洪武末年编定之《诸司职掌》已有规定。《诸司职掌》定曰：
凡在外都司、布政司、按察司，并直隶卫、所、府、州一应刑名问拟完备，将犯人就彼监收，具由申达合干上司。都司并卫所申都督府，布政司并直隶府州申呈刑部，按察司呈都察院，其各衙门备开招罪，转行到寺详拟，凡罪名合律者，回报如拟施行。内有犯该重刑，本寺奏闻回报。
不合律者，驳回再拟。中间或有招词事情含糊不明者，驳回再问。
《大明会典》所载洪武二十六年定例之文字与《诸司职掌》所定大理寺复核程序之文字，完全相同，兹不赘引。《诸司职掌》所定大理寺复核程序，基本上沿用至明末。
依照《诸司职掌》之规定，大理寺左右寺复核刑部移送之直隶及各省刑名案件时，可以有下列三种处理方式：
（一）凡罪名合律者，回报（刑部）如拟施行。内有犯该重刑，大理寺奏闻（皇帝）回报（刑部）。
（二）不合律者，驳回（刑部）再拟。
（三）招词事情含糊不明者，驳回（刑部，由原问衙门）再问。
上述第一种处理方式，即由大理寺回报刑部如拟施行。其中徒流罪案件，大理寺复核认为罪名合律者，即可结案，由刑部转知原问衙门施行。至于死罪案件，须由大理寺奏闻皇帝奉旨依议后，回报刑部，如拟施行。上述第二种处理方式，即由大理寺驳回刑部再行定拟（再拟）。上述第三种处理方式，即大理寺驳回刑部，请原问衙问再行审问（再问）。后面两种处理方式较为少见。
刑部与大理寺同为法司，两衙门复核意见不同在所难免，隆庆三年（１５６９），刑部与大理寺曾因适用《大明律》意见不同一事，两衙门发生争执。
隆庆三年正月己巳，大理寺左少卿王诤言：“我朝设刑部以掌刑名，又设大理寺以评审之，本以相济而非以相病也。今问刑官不能输心服善，多务求胜，每每违背律例独任意见，或曰难以照常发落，或曰合比某事拟罪，自创一例，略无顾忌。臣请以近事一二征之。”
大理寺左少卿王诤所言之事，其内容如下：
其一：“律文所谓：‘凡奉制书有所施行而违者，杖一百。’本指制诰而言，今则操军违限，守卫官军不入直，开场赌博，概用此律。臣尝驳之，则执称律例皆制书也。然则《大明律》皆不必用，独用制书有违一句足矣！”
其二：“律文犯奸条下所谓：‘买休卖休和娶人妻’者，本指用财买求其夫，使之休卖其妻，因而娶之者言也，故律应离异归宗，财礼入官。至若夫妇不合者，律应离异，妇人犯奸者，律从嫁卖，则后夫凭媒用财娶为妻者原非奸情，律所不禁矣。今则概引买休卖休和娶之律，悉令离异，财礼入官。臣尝驳之，则又执称买休卖休和娶人妻原不系奸情。然则何为载于犯奸条下也？”
其三：“律文所谓：‘不应得为而为之者，笞四十，重者杖八十。’盍为律文该载不尽者方用此律也？若所犯明有正条，自当依本条科断。今人之所犯有手足殴人成伤者，应笞三十，以他物成伤者应笞四十，此罪名之当得者也，今之议罪则曰：‘某除殴人成伤轻罪不坐外，合依不应得而为之，事理重者律，杖八十。’夫既除殴人轻罪不坐，则无罪可坐矣！而又坐以不应得为，臣不知其所谓不应得为者何事也。人命至重，宪典昭然，恐不应附会偏执如此。”
对于王诤的法律意见，上“令刑部、都察院公议以闻”，刑部尚书毛恺执奏部拟皆是：
买休卖休，及本夫卖无罪之妻为义绝，本妇从嫁卖之命为失节，买休人娶有夫之妇为苟婚，故彼此俱罪本妇归宗也。若犯奸，自有正律，不当傅此。京操班军违限，乃题准事例，非制书有违而何？事变无穷，律文有限，则有不应得为而为之律，盖成法也。事有情重律轻者，则难以照常发落；罪有律无正条者，则比附律条奏请，亦成法也，而曰：“自创一例，略无顾忌。”何耶？
上述大理寺与刑部关于适用《大明律》意见不同的争执，就法言法，大理寺的法律意见较为合法妥当。当时这项争执，“都察院左都御史王廷、刑科左给事中陈行健等皆以诤议为是。”最后的结果是，“上乃命更议买休卖休律，而戒恺等今后问拟评驳务协心详审，以副朝廷钦恤之意。”
明代三法司中，刑部之权较重。明代末年，部权尤重，刑部已渐凌驾都察院与大理寺之上。大理寺虽职司驳正，有权复核刑部及都察院移送之刑名案件，但刑部每每不予尊重。明代中期以后，这种情形日趋明显。嘉靖四十二年（１５６３）四月，刑科都给事中李瑜纠大理失平反之职，言：“国家设大理寺以审谳，盖付之以天下之平也。近闻该寺谳囚，非不间有参驳，苟见该部执拗，即以无词复之。甚至狱词已付廷评，而该部意有出入，辄复追改，寺臣亦径从之。此于政体果安在哉？”
对于大理寺的驳回再问，直隶及各省问刑衙门亦多弁髦视之，不8认真再行审问。成化年间，“给事中白昂言：‘大理寺审录有词称冤人犯，驳回在外衙门再问，多偏执己见，不与辩明，或用非法重刑，锻炼成狱。囚人虑其驳回，必加酷刑，虽有冤枉，不敢再言。今后有问招不明，拟罪不当者，俱乞改调相应官1问理，不许锻炼成狱。违者，虽无赃，亦依律问罪。’从之。”
上述成化年间给事中白昂奏陈之事，应系成化七年（１４７１）之事，《明会要》所载较详：
成化七年，刑科给事中白昂等奏言：“大理寺审录有词称冤人犯，驳回再问者多，行移调问者少。及巡抚、巡按官并在外衙门详议所属申详囚犯，内有情弊者，亦皆驳回再问。致被偏执己见，不与辨明，多用非法重刑，锻炼成狱。囚人虑其驳回必加酷刑，虽有冤枉，不敢再言。今后乞命在内法司，使遵诸司职掌事例行之。在外参审所属申详囚犯，中间如有问招不明，拟罪不当，及有词称冤者，俱听改调别衙门问理，不许仍行原问官问理。
依刑科给事中白昂等之奏言，直隶及各省巡抚、巡按官并在外衙门详议所属申详囚犯，如有情弊，多驳回原问衙门再问。依此可以推断，大理寺复核刑部所移送之直隶及各省案件，遇有招词事情含糊不明，驳回再问者，直隶及各省巡按、巡抚或按察司，亦多驳回原问衙门再问。驳回再问时，原问衙门多偏执己见，不与辨明。故白昂等乞令在外问刑衙门遇有问招不明等情事时，应改调别衙门问理，此即所谓“行移调问”。
四都察院复核程序（附大理寺复核程序）
明代三法司中，都察院的地位非常重要，都察院是兼理刑名的中央司法审判机关。刑部与都察院是“平行的两组司法审判系统”，一组是刑部与大理寺，另一组是都察院与大理寺。第一组以民人案件为主，兼及职官案件。
第二组以职官案件为主，兼及民人案件。
都察院与大理寺形成另一组的司法审判复核系统，是明初历史演变形成的结果，是逐渐形成的，而不是一次确立的。洪武十年（１３７７）秋七月乙巳，“诏遣监察御史巡按州县。”洪武二十六年（１３９３）定，“（都察院）其属有十二道监察御史。凡遇刑名，各照道分送问发落。其有差委监察御史，出巡、追问审理、刷卷等事，各具事目，请旨点差。”此所谓“出巡、追问审理”，即系钦差监察御史审理直隶及各省刑名案件的依据。
明初，巡历直隶及各省所属各府州县一事，并非巡按监察御史所专属，按察司分巡官亦有权巡历。《大明会典》定曰：“国初，监察御史及按察司分巡官，巡历所属各府州县，颉颃行事。洪武中，详定职掌，正统间，又推广申明，着为《宪纲》及《宪体》、《相见礼仪》，事例甚备。迨后按察司官，听御史举劾，而御史始专行出巡之事。”按察司官听御史举劾一事，应系正统末年之事。正统末年后，巡按监察御史始专行出巡之事。
洪武末年编定的《诸司职掌》规定“钦差监察御史出巡追问”事宜。《诸司职掌》定曰：
凡在外军民人等赴京，或击登闻鼓，或通政司投状，陈告一应不公冤枉等事。钦差监察御史，出巡追问，照出合问流品官1，就便请旨拿问，带同原告，一到追问处所。着令原告，供报被告干连人姓名、住址立案。令所在官司，抄案提人。案验后，仍要抄行该吏书名画字。如后呈解原提被告人到，不许停滞。即于来解内立案，将原被告当官引问，取讫招供服辩，判押入卷，明立文案。开具原发事由，问拟招罪，照行事理。除无招笞杖轻罪，就彼摘断，徒流死罪，连人卷带回审拟，奏闻发落。余并与问拟刑名同。
《大明会典》将上述规定称为“追问公事”。《大明律》第５条（职官有犯）
规定：“凡京官及在外五品以上官有犯，奏闻请旨，不许擅问。六品以下，听分巡御史、按察司并分司取问明白，议拟闻奏区处。”在外军民人等赴京，或击登闻鼓，或赴通政司投状，呈告冤枉等事。各衙门奏闻皇帝后，视案情钦差监察御史出巡追问。这种案件多系直隶及各省案件，又多牵涉职官犯罪案件。案件如牵涉五品以上官1，钦差监察御史依《大明律》须请旨拿问。
钦差监察御史应带同原告齐赴追问处所，问明原告及被告后，问拟招罪。笞杖罪案件，钦差监察御史即可断罪结案。徒流死罪案件，钦差监察御史须连人卷，带回京师由都察院审拟（复核），奏闻皇帝发落。
在《诸司职掌》一书“追问”条目下，其最末一句为“余并与问拟刑名同”。
换言之，洪武年间，钦差监察御史赴直隶及各省追问公事时，徒流死罪案件，应带回京师都察院审拟（复核），颇为耗费人力。此时，钦差监察御史带回京师之直隶及各省案件，即成为京师案件，应依京师案件审判程序审理。故曰“余并与（都察院）问拟刑名同”。
宣德以后，皇帝定期派遣监察御史巡按府州县成为定制，原则上一年一更。皇帝钦差监察御史赴直隶及各省追问公事之事因耗费人力，渐少派遣，遇有此类案件（如上述京师之鼓状或通状案件），皇帝多发交直隶及各省巡按御史审理。此时，巡按御史成为初审机关，都察院则成为复核机关。巡按御史所审理者多为职官犯罪案件，申报都察院复核者亦多为职官犯罪案件。
直隶及各省职官犯罪案件发交到院时，由都察院十三道依其职掌分别审理。《大明会典》定曰：“（都察院）十三道，各理本布政司及带管内府监局在京各衙门、直隶府州卫所刑名等事。”
都察院十三道分理十三布政司之刑名案件，某道即掌理某布政司之刑名案件，如浙江道即掌理浙江布政司之刑名案件，其他各道亦同。至于南北直隶刑名案件，由都察院十三道带管，兹列表说明如下：
都察院十三道复核南北直隶（各府）案件职掌分配表都察院十三道南北直隶各府
１浙江道南直隶庐州府
２江西道直直隶淮安府
３福建道南直隶常州府、池州府
４四川道南直隶松江府、广德州
５陕西道南直隶和州
６云南道北直隶顺天府、永平府、广平府
７河南道南直隶扬州府，北直隶大名府
８广西道南直隶安庆府、徽州府，北直隶保定府、真定府
９广东道北直隶延庆州，南直隶应天府
１０山西道南直隶镇江府、太平府
１１山东道南直隶凤阳府、徐州、滁州
１２湖广道南直隶宁国府
１３贵州道南直隶苏州府，北直隶河间府、顺德府
都察院十三道各设监察御史若干1，均系法官。都察院十三道官1复核直隶及各省职官犯罪案件时，应依《大明律》及《问刑条例》复核。复核时亦应注意四项断罪原则，均如同刑部十三司复核直隶及各省刑名案件之情形。
依照《诸司职掌》的规定，刑部十三司复核直隶及各省刑名案件时，可以有下列三种处理方式：
（一）比律允当者，则开5由具本，发大理寺复拟。
（二）其有情词不明，或出入人罪失出入者，驳回改正再问。
（三）若故出入情弊显然，具奏，连原问官吏提问。
笔者认为，上述刑部十三司复核直隶及各省刑名案件的三种处理方式，基本上，都察院都可以准用。
都察院复核之直隶及各省职官犯罪案件，有由镇巡官申报者，有由按察司申报者，有由巡按御史申报者，其情形不一。兹分别举例说明如下：
（一）由镇巡官申报者例一：正德七年（１５１２）十二月壬戌，“初辽东三卫鞑子为恍惚鞑子所逐，驱其牲畜入境以避难，守备宁6部指挥佥事马骠与百户钱成谋邀杀之，而分取其所有，诡称犯边，以希升赏。即而三卫丑类夷人叩边索偿，镇巡官审诘，具得其实情以闻。都察院议：‘三边夷人为边境藩篱，骠等贪利妄杀，开惹衅端，法不可贷，当斩。’狱上，得旨：‘骠、成依律处决，官舍听骠指使者，俱发边卫充军。’”（本案系职官犯罪案件）
例二：正德元年（１５０６）六月己巳，“四川松藩副总兵韩雄克减赏番布帛。
致番夷截路杀伤守备官军，令千户马昂督敌而昂临阵先退。镇巡官劾奏逮问，昂坐斩，雄当充边军。都察院复奏，得旨：‘昂如拟，雄并妻子谪陕西固原卫。’”（本案系职官犯罪案件）
例三：正德十一年（１５１６）六月庚午，“山东平原县人胡文智以妖术往来卫、辉等处，……将图不轨，为辉县知县朱卿所收捕，逮赴河南镇巡官鞫问，得实，都察院议复，文智、德厚、端、净和皆凌迟枭首，族属财产没官。伯川等四十九人以谋叛未行，坐绞及流者有差。”（本案系民人谋反犯罪案件）
（二）由按察司申报者：