如弘治以后编纂的历朝《大明会典》，仅附述内阁于翰林院条目下。明代官书漏未单独论述内阁，并非偶然，实系因内阁并非典制下的丞相机关，不便单独论述。清人修《明史》，于《职官志》中列有“内阁”条目，系清人论述明代政治制度实事求是的作法。
中国秦汉两代均设丞相，西汉末年设尚书台，渐分丞相之权，魏晋南北朝因之。唐代行三省制（尚书省、中书省及门下省），尚书省为最重要的政务机关，尚书令等三省长官即丞相。唐高宗龙朔三年（６６３）废尚书令一官，左右仆射等三省长官为丞相。宋沿唐制，亦设尚书省，左右仆射等三省长官仍为丞相。元代不设尚书省，六部改置中书省之下，以左右丞相领之。
吴元年（元顺帝至正二十四年，１３６４）甲辰正月，朱元璋“即吴王位，建百司官属，置中书省。”中书省设左右相国（正一品）等官，同年“命百官礼仪俱向左，改右相国为左相国，左相国为右相国。”洪武元年（１３６８），明太祖承元制，“设中书省，置左右丞相（正一品），平章政事（从一品），左右丞（正二品），参加政事（从二品），以统领众职。”
洪武十三年（１３８０），左丞相胡惟庸谋反，是年“正月，（御史中丞）涂节遂上变，告惟庸。御史中丞商暠时谪为中书省吏，亦以惟庸阴事告。帝大怒，下廷臣更讯，词连（陈）宁、（涂）节。延臣言：‘（涂）节本预谋，见事不成，始上变告，不可不诛。’乃诛惟庸、（陈）宁，并及（涂）节。”洪武“十三年正月，诛丞相胡惟庸，遂罢中书省。其官属尽革，惟存中书舍人。”自秦汉以来，长达一千五百余年的丞相制度至此终结。
明太祖罢中书省，废丞相，国家政务统归六部，凡事皆亲自裁决。明太祖为恐后代子孙复置丞相，洪武二十八年（１３９５）敕谕群臣曰：“自古三公论道，六卿分职，自秦始置丞相，不旋踵而亡。汉唐宋因之，虽有贤相，然其间所用者，多有小人，专权乱政。我朝罢相，设五府、六部、都察院、通政司、大理寺等衙门，分理天下庶务，彼此颉颃，不敢相压，事皆朝廷总之，所以稳当。
以后嗣君并不许立丞相，臣下敢有奏请设立者，文武群臣即时劾奏，处以重刑。”
明太祖由于胡惟庸谋反案件的影响，决心废除丞相制度，但丞相制度有其客观上的必要性，即便是一时废除了，日久之后，又以另一种名义出现。
明宣宗以后，中书省改以内阁名义出现，左右丞相改以内阁大学士名义出现。
所谓丞相制度有其客观上的必要性，是指国家政务（含司法审判）繁钜，皇帝无法一一处理，需要有人协助处理政务。明太祖洪武年间政务繁钜之情形，《明太祖实录》载：
（洪武十七年九月）己末，给事中张文辅言：“自九月十四日至二十一日，八日之间，内外诸司奏，凡一千六百六十，计三千三百九十一事。”上谕廷臣曰：“朕代天理物，日总万机，安敢惮劳？但朕一人处此多务，岂能一一周偏，苟致举有失宜，岂惟一民之害，将为天下之害，岂惟一人之忧，将为四海之忧。卿等能各勤厥职，则庶事未有不理。”
明太祖本人精力过人，尚可亲自裁决国家政务。各部院衙门题奏本章，均系亲自处理，不假手他人，国家重大政务亦经由“御门听政”加以裁决。万历年间大学士高拱即曰：“祖宗旧规，御门听政，凡各衙门奏事，俱是玉音亲答，以见政令出自主上，臣下不敢预也。”但明成祖以后，历朝皇帝均不得不借重内阁，由内阁大学士等官协助处理政务。笔者认为，“明代内阁大学士之性质有类于皇帝之秘书，内阁大学士并非宰相，但就事实言之，内阁大学士如获得皇帝之信任与授权，则不啻真宰相。”
二内阁的设置沿革与组织
洪武十三年，明太祖罢中书省、废宰相。同年九月置四辅官，以儒士为之。此一四辅官制度运作不良，洪武十七年（１３８４）即被废弃。洪武十四年十二月丁巳，明太祖为处理题奏本章，曾命翰林院及春坊等官“考驳诸司奏启以闻”。惟当时并无内阁之名，翰林院官及春坊官亦非内阁成1。
洪武十五年（１３８２）“仿宋制，置华盖殿、武英殿、文渊阁、东阁诸大学士，又置文华殿大学士，以辅导太子。秩皆正五品”。上述诸大学士“皆侍左右，备顾问，然不得平章军国事”。
明惠帝建文四年（１４０２）七月，燕王朱棣即帝位，始设内阁。《明史·职官志》曰：“成祖即位，特简解缙、胡广、杨荣等直文渊阁，参预机务。阁臣之预务自此始。然其时，入内阁者皆编、检、讲读之官，不置官属，不得专制诸司。诸司奏事，亦不得相关白。”
明宣宗宣德年间，置内阁官属。《明史·职官志》曰：“宣德间，内阁置诰敕、制敕两房，皆设中书舍人。”宣德年间，内阁建立条旨制度（即票拟制度）。明英宗正统以后，票拟之权专属于内阁。《翰林记》即曰：“自正统后，始专命内阁条旨。”
明英宗复辟后，天顺年间逐渐形成首辅制度。首辅有“独票”之权。明孝宗弘治年间，内阁阁臣已班列六部尚书之上。明武宗正德年间，内阁阁臣得兼掌部院政务，得直接处理部院工作。明世宗嘉靖中叶，出现权相，“遂赫然为真宰相，压制六卿矣”。明神宗万历初年，张居正当国，内阁首辅的权力达于颠峰，此后即由盛而哀。
关于内阁的组织，可分为：（一）内阁大学士，（二）诰敕房及制敕房来说明。兹分述如后：
（一）内阁大学士
内阁大学士系内阁之主体，《大明会典》曰：“华盖殿大学士、武英殿大学士、文华殿大学士、文渊阁大学士、东阁大学士，俱洪武中设，职正五品，班在学士上。”可知洪武年间原系四殿一阁。“洪熙中，又添设谨身殿大学士。”四殿二阁从此定制。《春明梦余录》曰：“其内阁诸殿次第，自正统间始定。”即依次为华盖殿、谨身殿、文华殿、武英殿、文渊阁与东阁。嘉靖四十一年九月，三殿改建完成，华盖殿易名中极殿，谨身殿易名建极殿。四殿二阁之次序即变更为中极殿、建极殿、文华殿、武英殿、文渊阁、东阁。四殿二阁未必均有大学士，每一殿阁亦未必系大学士一人。
明代内阁阁臣之权力（含司法审判权），历朝均不断扩张，阁臣之地位亦不断提高。提高地位之方式主要有二：
１阁臣本职为内阁大学土，而以品秩较高之他官（如尚书、三孤等）加之。
２阁臣本职为品秩较高之他官（如尚书、都御史等），而兼任内阁大学士。
（二）诰敕房与制敕房
《大明会典》曰：“国初，中书省设直省舍人，从八品。洪武九年，改中书舍人，正七品。后中书省革，更定为从七品，职专书写诰敕、册符、铁券等事，共额设二十1，无正副，例推年深者一人掌印。”明初，内阁与中书舍人（或称中书科）并无隶属关系，后内阁地位不断提升，中书舍人遂成为内阁之属下。“宣德间，内阁置诰敕、制敕两房，皆设中书舍人。”惟内阁大学士仍掌诰敕。“正统后，学士不能视诰敕，内阁悉委于中书、序班、译字等官。”正统以后，诰敕房及制敕房隶属于内阁一事即已确定。至于内阁二房中书舍人之1额，《大明会典》曰：“内阁，诰敕、制敕二房分直者，无常1。”
关于内阁诰敕房与制敕房的职掌，《明史·职官志》曰：
１诰敕房舍人，掌书办文官诰敕，番译敕书，并外国文书、揭帖，兵部纪功、勘合底簿。
２制敕房舍人，掌书办制敕、诏书、诰命、册表、宝文、玉牒、讲章、碑额、题奏、揭帖一应机密文书，各王府敕符底簿。
从内阁二房业务分工的情形来看，制敕房处理“题奏、揭帖一应机密文书”，大多数有关司法案件之题本均应经过制敕房处理，其他有关国家政务之题本亦同，故内阁之制敕房颇具重要性。
三内阁有关司法审判的职掌
有明一代，内阁始终不是典制下的丞相机关，故明代所修官书（如《大明会典》），从未单独论述内阁，内阁职掌自亦无记载。惟明人所着笔记、掌故等书（如《春明梦余录》等书）有不少有关内阁职掌的记载，从这些史料中可以得知内阁职掌的大概情形。清人所修《明史》，大体记述了明代内阁大学士的职掌，是研究明代内阁职掌的重要史料。
《明史·职官志》曰：
中极殿大学士（旧名华盖殿），建极殿大学士（旧名谨身殿），文华殿大学士，武英殿大学士，文渊阁大学士，东阁大学士（并正五品），掌献替可否，奉陈规诲，点检题奏，票拟批答，以平允庶政。凡上之达下，曰诏，曰诰，曰制，曰册文，曰谕，曰书，曰符，曰令，曰檄，皆起草进画，以下之诸司。下之达上，曰题，曰奏，曰表，曰讲章，曰书状，曰文册，曰揭帖，曰制对，曰露布，曰译，皆审署申复而修画焉，平允乃行之。……大典礼、大政事，九卿、科道官会议已定，则按典制，相机宜，裁量其可否，斟酌入告。
从上述《明史·职官志》的记载，可以得知内阁大学士有下列与司法审判有关的职掌：
（一）献替可否
皇帝在处理国家政务（含司法审判）时，内阁大学士得主动针对重大司法案件，向皇帝表示处理意见，皇帝在裁决重大司法案件时，亦常征询内阁大学士的处理意见。内阁大学士的处理意见，常左右皇帝的裁决。就狭义言之，内阁大学士对三法司司法案件题本的处理意见，并非司法审判。但就广义言之，内阁大学士对三法司司法案件题本的处理意见，仍系司法审判的一部分。内阁大学士协助皇帝处理司法案件，是协助皇帝行使最高的司法审判权。
（二）票拟批答
宣德以后，内阁大学士即已取得对各部院衙门题奏本章的票拟权。正统以后，内阁大学士取得票拟权的专属权力。内阁大学士在各部院衙门题奏本章上，以小票墨书处理意见，浮贴其上，呈皇帝裁决。皇帝或御笔亲批，或交司礼监秉笔太监等代为批示，均称为“批红”。票拟权是拟办权，批红权是裁决权。内阁大学士在皇帝与各部院衙门之间，有“承上启下”的关键作用，内阁大学士如能得到皇帝的信任与授权，内阁大学士的票拟权即有类于皇帝的批红权（最高裁决权）。就司法审判而言，内阁大学士的票拟权即有类于皇帝的最高司法审判权。
（三）参与大政事
依明代典制，朝廷遇有大政事（含司法审判）时，皇帝常敕令五府、六部、九卿、翰詹科道等官会议，研商如何处理皇帝交议案件（含司法案件），会议已定之后，内阁大学士则按典制（指《大明会典》、《诸司职掌》等），相机宜，裁量九卿会议处理意见之可否，斟酌案情，奏闻于皇帝，俟皇帝裁决。
上述内阁大学士的职掌，即系内阁之职掌。其行使通常系以内阁大学士个人之名义行之，换言之，个别行使职权。内阁大学士协助皇帝处理政务，常有不同意见，通常首辅的意见最受皇帝重视。
上述内阁大学士的三项职掌，并非截然不同的三项权力。其中“献替可否”与“参与大政事”基本上是类似的权力，而这两项权力通常又需经由“票拟”呈现出来。事实上，票拟权才是内阁大学士最重要的权力。明代内阁大学士的票拟，景泰以前，原为“分票”，天顺年间，首辅制度形成后，变成“独票”。明代内阁大学士相互间的斗争，不但是争首辅职位，也是争票拟权的独揽。
内阁大学士之主要职掌，系为皇帝处理题本，大多数有关司法审判之题本均经由内阁大学士处理。透过票拟，内阁大学士得以参与司法审判，内阁大学士得以审核三法司所定拟之判决是否允当或合法。内阁有关司法审判题本之处理程序，系明代中央司法审判程序之重要环节。
明代公事主要分为题本与奏本。《大明会典》定曰：“凡内外衙门，一应公事，用题本。其虽系公事，而循例奏报奏贺，若乞恩认罪、缴敕谢恩，并军民人等陈请建言申诉等事，俱用奏本。”明代在外衙门（指直隶及各省）之题本及奏本，均须经由通政使司，进呈皇帝，在京衙门之奏本亦同，故《明史·职官志》曰：“凡诸司公文（指题本）、勘合辨验允当，编号注写。……凡在外之题本、奏本，在京之奏本，并受之，于早期汇而进之。”明代在外直隶及各省题本与在京各部院衙门题本，两者之处理程序稍有不同。为便于了解起见，兹列表分述如后：
甲、直隶各省题本处理程序表（依宣德后典章制度应有之程序）
顺序机关工作项目
１直隶各省将题本送通政使司。
２通政使司１校阅题本。
２将题本送司礼监（文书房）。
３司礼监１司礼监（文书房）将题本呈送秉笔太监及掌印太监。
２司礼监将题本呈皇帝。
４皇帝亲览题本。（事实上多交由司礼监秉笔太监代为处理）
５司礼监１司礼监秉笔太监代为处理（或发交或不发交内阁）。
２司礼监（文书房）将题本发交内阁。
６内阁１内阁大学士票拟。
２内阁大学士将题本及票拟送司礼监（文书房）。
７司礼监
１司礼监（文书房）将题本及拟呈送秉笔太监及掌印太监。
２司礼监将题本及拟呈皇帝。
８皇帝亲批题本（事实上多交司礼监秉笔太监代为批红）。
９司礼监１司礼监秉笔太监代为批红。
２司礼监（文书房）将已批红之题本（红本）发交内阁。
１０内阁内阁将已批红之题本（红本）交六科。
１１六科１科钞（事属某部者，即由某科钞，交某部）。
２六科将已批红之题本（红本）交各部院。
１２各部院奉旨该衙门议奏、知道或如何者，依批红办理。
直隶各省题本如奉旨该衙门知道者，大多数即系结案，各部院亦无需再行拟办，各部院衙门无需进行第二阶段处理程序。反之，直隶各省题本如奉旨该衙门议复或如何如何者，则各部院衙门必须进行第二阶段处理程序。
直隶各省题本处理程序两阶段的起讫点如下：
第一阶段：通政使司-司礼监-皇帝-司礼监-内阁-司礼监-皇帝-司礼监-内阁-六科-各部院。
第二阶段：各部院-司礼监-皇帝-司礼监-内阁-司礼监-皇帝-司礼监-内阁-六科-各部院。
前述处理程序表系直隶各省题本第一阶段处理程序，直隶各省题本第二阶段处理程序，实即各部院题本处理程序，将并入各部院题本处理程序中讨论。
直隶各省题本第一阶段处理程序中，内阁大学士之票拟极为简单。明代罢中书省，国家政务归于六部，内阁大学士亦不能于各部院衙门处理直隶各省题本前，表示具体处理意见。故内阁大学士在票拟直隶各省题本时，多仅票拟“该部知道”或“该部议奏”等文字。至于有关司法审判的题本，亦即“刑名本”，此等题本多奉旨“刑部议奏”、“刑部核拟具奏”或“三法司核拟具奏”。此等题本如奉上述谕旨，则须进行第二阶段处理程序。
乙、各部院题本处理程序表（依宣德后典章制度应有之程序）
顺序机关工作项目
１各部院将题本送司礼监。
２司礼监１司礼监（文书房）将题本呈送秉笔太监及掌印太监。
２司礼监将题本呈送皇帝。
３皇帝亲览题本（事实上多交由司礼监秉笔太监代为处理）。
４司礼监１司礼监秉笔太监代为处理（或发交或不发交内阁）。
２司礼监（文书房）将题本发交内阁。
５内阁１内阁大学士票拟。
２内阁大学士将题本及票拟送司礼监（文书房）。
６司礼监
１司礼监（文书房）将题本及拟呈送秉笔太监及掌印太监。
２司礼监将题本及票拟呈皇帝。
７皇帝亲批题本（事实上多交由司礼监秉笔太监代为批红）。
８司礼监１司礼监秉笔太监代为批红。
２司礼监（文书房）将已批红之题本（红本）发交内阁。
９内阁内阁将已批红之题（红本）本交六科。
１０六科
１科钞（事属某部者，即由某科钞，交某部）。
２封还执奏（凡制敕宣行，大事复奏，小事署而颁之，有失，封还执奏）。
３驳正（凡内外所上章疏下，分类抄出，参署付部，驳正其违误）。
４六科将已批红之题本（红本）交各部院。
１１各部院遵奉谕旨执行。
直隶各省题本与各部院题本处理程序小有差异，但效力不同。前者多仅具程序性，因直隶各省题本批红后，尚有待各部院进一步处理。后者多具实质性，因各部院题本批红后，各部院即应遵奉谕旨执行，批红之谕旨即系皇帝对于国家政务之最终裁决。