诊所法律教育同时包含上述多元价值目标，彼此间有时会发生矛盾和冲突，这就需要教育者根据诊所教育的规律进行价值选择和协调。
诊所法律教育价值的冲突包含两种情形，即诊所教育内在价值之间、诊所教育内在价值与外在价值之间的矛盾。如诊所教育的独立性、个性化的目标与合作要求的矛盾。诊所教育为教学主体提供了施展自己才能的空间以及因材施教、因人施教的机会，以保证个体、个性化的发展。
但是法律职业的特性要求职业者在工作中须具备合作精神，善于与他人沟通、交际。个性发展价值与合作价值的矛盾存在于诊所法律教育过程中，两者此消彼长、互为前提。
一、创新与合作的冲突与协调
１．创新与合作的一致性
创新与合作都属于诊所法律教育的内在价值，两者具有一致性。
首先，两者是相互包含、相互制约的。创新作为满足诊所教学主体需求的一种价值，其中内含着合作的精神。从某种意义上说，合作所追求的是以最经济的方式来实现创新的目标；反过来，创新对于合作具有一定的影响。其次，创新与合作是相互依存、相互支持的。创新作为诊所法律教育的单一目标具有多方面的局限性，需要与合作价值目标形成互补。
２．创新与合作的冲突
创新与合作都是诊所法律教育应当促成实现的价值，这两种价值可以和谐共存，但又经常处于冲突之中。创新突出个性，而合作强调共性，两者之间的冲突表现在以下两个方面：
第一，对合作的注重在一定程度上限制了创新的实现。
第二，一般情况下，诊所法律教育创新性的增强会导致合作性的降低。创新追求的是个人才能的发挥，创新性的增强对合作的需求就会减少。
３．创新与合作的协调
创新与合作既然存在矛盾，那么，对创新和合作的评价和选择，就成为诊所法律教育需面对的问题。创新是社会发展的动力，是法学教育、诊所法律教育目标之一，合作是现代社会对法律人才基本素质的要求，两者之间发生冲突时哪一个优先，不是一个理论问题，而是一个实践问题。要把握好两者之间的关系，必须坚持以下两点，即创新为基础，合作为关键。
（１）创新为基础。创新和合作都是设计和评价诊所法律教育的内在标准和尺度，不过，培养学生的创新意识是诊所法律教育的生命力所在。缺乏创新力的诊所法律教育，可能危及诊所法律教育本身的存在。
（２）合作为关键。２１世纪是知识经济时代，科技的快速发展，使专业分工越来越细，对法律人才的专业要求越来越高，只有加强合作，才能适应现代化社会的要求，因此合作精神的培养、积累是法律职业者必须注重的问题。合作技能的掌握、实施也成为诊所法律教育的一个关键问题。
二、诊所法律教育内在价值与诊所法律教育外在价值的冲突与协调１．诊所法律教育内在价值与诊所法律教育外在价值的一致性诊所法律教育内在价值与诊所法律教育外在价值之间存在着对立统一关系。因为两者都是一个总括概念，各自包含着多种不同的价值类型，要阐明两者之间的关系，必须先作宏观把握，然后进入微观分析。
具体说来，诊所法律教育内在价值与诊所法律教育外在价值的一致性，表现为诊所教育的创新性与诊所教育质量之间的联系、诊所教育的职业性与诊所教育实践性、社会性之间的联系。
（１）诊所法律教育的创新性、开放性能够保证诊所教育的质量。
诊所法律教育是开放的，且富有创造性，诊所教育在课堂教学和实践等方面注重学生法律思维的训练，把培养学生良好的法律思维品质放在诊所教育的重中之重。
（２）诊所法律教育的职业性（知识、技能）能够保证诊所教育实践功能的实现。良好的法律思维品质是法律职业训练和法律职业综合能力的基本要素之一。诊所法律教育将培养法律职业技能作为教育目标之一，法律职业技能训练是诊所法律教育的重要内容之一，通过职业技能的训练，使学生有机会学习律师的职业技巧，有机会体验怎样从实践中学习，并在实践中加深对法律的理解，锻炼提高实际操作能力，使法律理论的学习与法律实践的培训相结合，知识的传授与能力的培养相结合。
（３）诊所法律教育的职业性（职业责任）能够保证诊所教育社会功能的实现。诊所法律教育为学生提供了代理法律援助案件的机会，一方面，使学生在办理案件过程中，锻炼自己的动手能力，体验理论与实践结合的魅力；另一方面，为社会弱者提供了法律援助，使诊所教育成为法律援助的一种补充模式，实现其服务于社会的功能，同时，学生在代理案件中，亲身体验职业责任之重要，并通过为社会弱者提供法律服务，不断提升其职业责任感。
２．诊所法律教育内在价值与外在价值的冲突与协调
（１）专业教育与职业教育的冲突与协调。专业知识与职业技能的一致性。知识的获得与职业技能的培养分别属于诊所法律教育的内在价值和外在价值，但两者具有一致性。首先，两者是相互包含、相互制约的。知识的获得作为诊所教学主体需求的一种价值，其中包含着对职业技能的追求。从某种意义上说，职业技能的培养所追求的是以最直接的方式来实现知识的价值。反过来，专业知识对于职业技能具有一定影响，即专业知识的掌握对于职业技能的发挥有重要影响。
其次，专业知识与职业技能是相互依存、相互支持的，两者的价值目标形成互补；专业知识与职业技能的冲突。传授专业知识和职业技能都是诊所法律教育应当促成实现的价值，这两种价值可以和谐共存，但又经常处于冲突之中。专业知识突出对基本理论的学习，是诊所教育的基础，职业技能强调职业技巧的掌握和运用，是诊所教育的体现。两者之间的冲突表现在以下两个方面：第一，对知识的注重在一定程度上限制了对职业技能的培养；第二，对职业技能的训练的加强往往会忽视对专业知识的掌握；专业知识与职业技能的协调。对专业知识和职业技能的评价和选择，是诊所法律教育必须面对的问题。理论知识是法学教育的基础，职业技能是现代社会对法律人才的基本要求。诊所法律教育是以培养学生综合素质为目标的教育，要求学生像法律职业者那样发现问题、思考问题、解决问题，这是对法律理念、法律思想、法律理论不断思索、提炼、升华的过程；是学生感受、理解知识产生和发展的过程；是对职业技能、职业素质的运用、体验的过程。因此，法律知识的学习是诊所法律教育的基础，职业技能和职业素质的学习是诊所法律教育的体现；诊所法律教育既注重对法律职业技能的培养，又注重对法律知识的传授。通过诊所法律教育，开发学生认识自我、发展自我的能力，从接受知识、运用知识到发展知识，使职业教育与专业教育互为促进、互为弥补，得到完美结合。学生通过诊所法律教育，更深刻地了解社会，理解法律的真谛。由此可见，诊所法律教育不仅包括了法律理念、法律思想、法律理论和法律思维的教育，还包括了职业技能和职业素质的教育。
（２）以人为本还是以社会为本的冲突与协调。冲突。诊所法
律教育的内在价值注重个性的发展和完善，其外在价值注重社会功能的实现。诊所法律教育的发展受美国实用主义的影响，以人为本位价值成为诊所教育的主题。注重诊所法律教育的个性发展与完善（以人为本位），在一定程度上限制了诊所教育社会功能的实现。以人为本位固然是诊所教育的价值目标，但以人为本位并不是不计一切代价而进行的，对以人为本位的追求必然要受到以社会为本位的制约；协调。
以人为本，是创新能力之保证；而创新能力的发挥，是法律服务于社会的具体体现。诊所法律教育中有许多价值是在综合了以人为本位与以社会为本位双重价值目标确立的。比如对职业责任、教育质量（教学、办案）的要求，能够保障诊所教育社会功能的实现；合作完成法律实务，既鼓励个人创造性的发挥，又要求个体之间的合作，互相沟通，用最恰当的方式把自己的思维结果准确、高效地表达出来，这是现代社会对法律人才的要求。
综上所述，通过法学教育理念，我们可以透视诊所法律教育的价值。研究诊所法律教育价值，使诊所法律教育紧密围绕着法学教育和诊所法律教育的理念展开，使人们更深刻地认识诊所法律教育的价值与价值观，从而更全面地了解诊所法律教育价值与诊所法律教育目的和模式的关系。