得知袁崇焕被抓的消息之后，后金部队立刻卷土重来，十二月初一攻克良乡，紧接着迫近永定门。负责永定门防线的武经略满桂原本打算采取袁崇焕的防守策略，但是皇帝朱由检不断催促他出兵决战，无奈之下，满桂只得与总兵孙祖寿、麻登云、黑云龙等人率骑兵、步兵四万列阵迎敌。这一战从黎明开始打响，皇太极令部队冒穿明兵服装，拿着明军旗帜，一时之间，明军不分友敌，登时大乱，满桂、孙祖寿全部战死，黑云龙、麻登云被擒。
十二月初二，打败了满桂的部队之后，皇太极决定一鼓作气拿下北京。就在这时，接到袁崇焕书信的祖大寿、何可纲还兵救援。当祖大寿接到袁崇焕的狱中亲笔信时，全军都痛哭起来，祖大寿的老母亲已经80多岁了，当时跟儿子在一起，问明了大家痛哭的原因，就对大家说：“督师现在还没有死，何不杀敌立功，再向皇上要求保住督师的命？”众将士以为这样做很对，当天就回师入关，奋勇杀敌，希望能用战功来保住他们所敬爱的主帅的性命。此时经过一天的战斗，后金军已经是人困马乏，而宣府、大同的勤王部队也都逐渐向北京靠拢，皇太极感觉自己的作战意图已经基本达到，于是下令取道冷口返回辽东。由于山海关、宁锦一线仍在明朝掌握中，加之后来的孙承宗御敌有方，北京有惊无险。
后来，祖大寿在又在收复永平等四城的战役中立下了相当的功勋。崇祯认为袁崇焕和他的部下还是愿意抗金的，疑心稍微消释了些，想再启用袁崇焕，并且还说过“守宁远非袁蛮子不可”的话。当兵科给事中钱家修上疏为袁崇焕伸冤时，崇祯也有“袁崇焕讯问明白，即着前去边塞立功，另拟擢用”的批答。可见袁崇焕不但可能不死，而且还可能再次被任用。
但是，因为这个案件，除了敌人的诡计以及某些人对袁崇焕个人不满以外，还被仇恨东林党的人所利用，作为朝廷党争的工具，所以问题就变得非常复杂了。
党争之祸
后金退兵后，明廷开始审查袁崇焕一案。
袁崇焕蒙冤下狱之后，朝野群臣立刻分成两派，以内阁首辅钱龙锡、大学士成基命、吏部尚书王来光为代表的挺袁派，接连上疏，希望能救出袁崇焕。袁的部属、总兵祖大寿上书，愿削职为民，为皇帝死战尽力，以官阶赠荫请赎袁崇焕之“罪”，另一个部属何之壁曾率领家中40余口，到北京来请求代替袁崇焕监禁，让袁崇焕能够去抗击金兵。关外吏民听到袁崇焕被捕的消息，更是天天到督抚孙承宗处哭号，请求代为申雪。
与挺袁派直接对立的是以内阁大学士温体仁和吏部尚书王永光等为代表的杀袁派。这两人本来就属于阉党的余孽，其中温体仁还算是毛文龙的老乡。他们利用崇祯对袁崇焕的怀疑并且利用袁崇焕杀毛文龙以前曾和东林党人钱龙锡商量过这件事为借口，引其同党御史高捷等人猛烈攻击袁崇焕，诬称他暗中与后金议和，擅杀毛文龙，引清兵入京，企图兴起大狱。他们商量好，指袁崇焕为“逆首”，钱龙锡等为“逆党”，想再立一个“逆案”（后因兵部尚书梁廷栋胆小，不敢出头而罢。），和前述的“钦定逆案”相抵，对东林党人实行打击、报复、排挤，并乘机翻案。袁崇焕虽不是东林党人，但已经成为他们所倚重的“长城”。这种关系，阉党余孽也是心知肚明。因此，阉党余孽、朝廷奸臣借袁崇焕案诬劾钱龙锡，制造钱龙锡案；又以钱龙锡案来铁定袁崇焕案，并借此打击东林内阁，以图翻案夺权，重掌朝纲。
自从魏忠贤倒台以后，崇祯大量任用东林党人。当时连续担任内阁首辅的李标、韩爌、成基命以及大学士钱龙锡、左都御史曹于汴等都是东林党人。他们在崇祯二年（1629年），在崇祯的直接指挥下，主持确定魏忠贤逆案，把阉党分子262人分为六等治罪，称为“钦定逆案”，颁行全国。崇祯帝严惩魏忠贤阉党后，“忠贤虽败，其党犹盛”，阉党余孽温体仁、王永光、高捷、袁弘勋等，遍布京城。他们对正直的朝臣，既恨之入骨，又日图报复。
崇焕下狱，正好给他们一个“欲以疆场之事翻逆案”的机会。因此，温体仁和王永光这二人和其他阉党余孽高捷、袁弘勋、史范土等人，纷纷上疏主张杀袁崇焕。同时，他们大造舆论，讲袁崇焕杀毛文龙是由钱龙锡主使，以袁崇焕案牵累钱龙锡。
毛文龙也是阉党，浙江杭州人。在他生前，每年从朝廷领来上百万的饷银，大半不出都门，而由他送给有势力的阉党官僚。毛文龙本为明军中级都司一类的官员，因援朝鲜而逗留辽东。明朝之所以重视毛文龙，实则想依恃他牵制后金，保卫朝鲜“友邦”不受后金吞灭。但毛文龙本人在皮岛，完全是经营自己的独立王国。他手中号称几十万的“兵员”，其实绝大多数是明朝辽东难民。他不但谎报兵数，套取兵饷自肥，还不时地与朝廷吹些大话，如他在天启三年（1623年）曾上书兵部，说“得饷百万，明年可以灭奴。”实际上他根本做不到。两年之后，他又说：“两年之间，有不平辽灭奴，复三韩之旧业，甘治欺君诳上之罪。”等等，通过此种手段他不断地向朝廷要饷。此外，他还利用皮岛的地理优势和军队的特权，做些生意赢利，经营的商品中也有不少是违禁品。他还代朝廷征收过往商贾的商税，但不上缴。此外，毛文龙还不断与后金密谋，想要袭取朝鲜，并为后金攻下山东。由于努尔哈赤突然病死，联系中断，而毛文龙在皮岛的兵民数十万皆靠内地及朝鲜供给，他害怕自己被切断供应，所以暂时未叛。
袁崇焕任蓟辽督师后，对毛文龙冒饷、徇私以及潜通后金一事一清二楚，为了整肃军纪，袁崇焕准备拿毛文龙开刀。崇祯二年（1629）五月二十九日，袁崇焕以督师身份赶赴皮岛附近的双岛。次日，毛文龙从皮岛来船上谒见袁督师，袁崇焕虚意慰劳。六月初三日，袁崇焕以阅兵为名登上皮岛，暗示毛文龙告老还乡，但遭到毛文龙的婉拒。六月初五日，袁崇焕历数毛文龙十二大罪，用尚方宝剑把他杀了。
虽然袁崇焕的官阶比毛文龙要高一点，但两人都是三品以上的大员，都有皇帝赐给的尚方宝剑（对辖内三品以下的官员可先斩后奏）。但袁崇焕斩杀毛文龙，却是越权之举。因为尽管袁督师有尚方剑，但是朝廷并没有授予他杀总兵、杀左都督将军的特权，何况毛文龙也有尚方剑！这一点袁崇焕本人也十分清楚，因此，他在诛杀毛文龙后，立即上疏为自己开脱，并向朝廷请罪。崇祯听到这个消息，非常震惊。崇祯虽对袁崇焕先斩后奏的举动不满，但因重用袁崇焕，要依靠他实现复辽的宏愿，于是温和地下旨褒奖。不久，朝廷又传谕公开毛文龙的罪状，以安定袁崇焕的心。崇祯帝虽然没有追究，甚至还“优旨褒答”，但心中疑虑是难免的。袁崇焕后来被崇祯所杀的命运，无疑与他擅杀了毛文龙有很大的关系。
毛文龙被袁崇焕杀死以后，经常受他贿赂的阉党残余失去了一笔重大的财源，当然恨袁崇焕入骨。阉党分子采用各种卑劣手段，散布种种流言，安排重重陷阱，一定要坐实袁崇焕叛逆之罪，置他于死地，以便进一步陷害东林党人。他们用袁崇焕之事来攻击钱龙锡说，不但袁崇焕斩杀毛文一事是由钱龙锡主使，与后金议和诸事也都是钱龙锡幕后指使，要求皇帝治其罪。为此双方吵得不可开交。
袁崇焕案牵出钱龙锡案，使东林党受到阉党余孽毁灭性的打击。崇祯二年（1629年）十一月，孙承宗出镇山海关；十二月，首辅大学士钱龙锡罢职；三年（1630年）正月，首辅大学士韩爌致仕；三月，大学士李标致仕；九月，首辅大学士成基命辞职。而在这个过程中，阉党余孽周延儒、温体仁等先后入阁，开始形成以周延儒、温体仁为首的反东林内阁。这标志着东林内阁垮台，奸党余孽重新掌控内阁和六部。这样以来，温体仁之流更不能放过袁崇焕了。
此时，永平等四城已在五月中旬收复、战争形势暂时稳定下来。因此，奸党余孽又利用这一时机，肆无忌惮地攻击东林党，想早点把袁崇焕杀了，把“罪案”确定下来。崇祯三年（1630年）八月初六日，山东道御史史范上疏，造谣说钱龙锡曾接受袁崇焕数万两银子的贿赂。崇祯帝闻之大怒，令有关衙门五日内查明。
虽然当时朝臣十之七八了解袁崇焕的冤枉，但是因为温体仁、梁廷栋等正得到崇祯的信任，为袁崇焕申冤的话说不进去；并且替袁崇焕申冤的人如御史罗万爵等，又纷纷被加罪，大家都怕被加上“逆党”的罪名，不敢冒险援救。这样一来，袁崇焕就非死不可了。崇祯三年（1630年）八月十六日，崇祯在平台召见群臣，宣布处死袁崇焕，同时谴责钱龙锡私结边臣，蒙隐不举，令廷臣议罪。
袁崇焕死后，崇祯帝思前想后，总觉得钱龙锡没有逆谋的迹象，所以，最终还是手下留情，没有立斩。而是免钱龙锡死罪，戍定海卫。钱龙锡能从崇祯帝手中捡回一条命，也实在难得！
袁崇焕和钱龙锡都是党争的牺牲品，而在这场你死我活的党争中，崇祯帝却站在了阉党余孽的立场上。这也标志着崇祯新政的结束，中兴之梦随之破灭。
崇祯之所以杀死袁崇焕，归根结底，也并非是上了皇太极的当这么简单。袁崇焕下狱是崇祯二年（1629年）十二月，处斩是三年八月，中间有近九个月的时间，如果要慎重审讯，反间不难破解。从袁崇焕所定之罪“擅主和议、专戮大帅”我们可以看出，皇太极的反间计起到的只是一个促进作用，并不是此案的主体。
袁崇焕之死，有着多层面的、极复杂的原因，最重要的是政治原因，皇太极的反间计则是其诱因，阉党的排构是其外因，崇祯帝的刚愎暴戾则是其主因。此外，与袁崇焕致命的官场幼稚病及其孤耿廉直狂傲不羁的性格也有关系。
性格决定命运
袁崇焕在奏疏中，陈述自己的性格称：“臣孤迂耿僻，原不合于边臣旧格。”孤迂、廉直、耿僻、狂傲是袁崇焕重要的性格特征；而年轻的崇祯皇帝则刚愎暴戾，褊狭、猜忌、刻薄是其性格的特征。二人之间的性格矛盾，也决定了袁崇焕的悲剧命运。
崇祯即位之际，国家早已积重难返，国事日非，朝上“在廷则门户纠纷。疆场则将骄卒惰。”民间“兵荒四告，流寇蔓延。遂至溃烂而莫可救。”忧愤之中的崇祯，不免“临朝浩叹，慨然思得非常之材，而用匪其人，益以偾事。”愈是如此，崇祯的褊狭愈强烈。