虽然诺贝尔去世前的口头遗嘱已成谜团，但是这并不妨碍他那令人咋舌的巨额财产的分配。因为他早已于去世前一年就拟好了遗嘱，并保存在瑞典斯德哥尔摩的恩斯吉尔达银行。1896年12月15日，在诺贝尔辞世后的第五天，他的两个侄子和私人助手拉格纳·索尔曼接到了银行发来的电报。
1897年公之于众的遗嘱全文如下：
签名人阿尔弗雷德·诺贝尔，在经过成熟的考虑之后，就此宣布关于我身后留下的财产的最后遗嘱如下：
（列举了给予个人的馈赠之后）
我所留下的全部可变换为现金的财产，将以下列方式予以处理：这份资本由我的执行者投资于安全的证券方面，并将构成一种基金；它的利息将每年以奖金的形式，分配给那些在前一年里曾赋予人类最大利益的人。上述利息将被平分为五份，其分配办法如下：一份给在物理方面作出最重要发现或发明的人；一份给作出过最重要的化学发现或改进的人；一份给在生理和医学领域作出过最重要发现的人；一份给在文学方面曾创作出有理想主义倾向的最杰出作品的人；一份给曾为促进国家之间的友好、为废除或裁减常备军队以及为举行与和平会议作出过最大或最好工作的人。物理和化学奖金，将由瑞典自然科学院授予；生理或医学奖金，由在斯德哥尔摩的卡罗琳医学院授予；文学奖金，由在斯德哥尔摩的科学院授予；和平战士奖金，由挪威议会选出的一个五人委员会来授予。我明确的愿望是，在颁发这些奖金的时候，对于授奖候选人的国籍丝毫不予考虑，不管他是不是斯堪的纳维亚人，只要他值得，就应该获得奖金。
这是我唯一有效的遗嘱。在我死后，若发现以前任何有关财产处置的遗嘱，一律作废。
诺贝尔早在1889年就动了立遗嘱的念头。他曾经写信给朋友，要求介绍一位合格的瑞典律师给他，好咨询一些关于遗产分配的建议。他最早的一份遗嘱立于1893年，把大部分财产用来奖励科学研究领域的优秀人物，也特别设立了给推动世界和平的杰出人士的奖金。他当时的思路是把这些财产拿来直接分配，在30年内分配完毕。因为按照他悲观的想法，要是人类在30年内还不能解决世界和平的问题，那人类就没什么希望了，一定会倒退回蛮荒状态。
目前我们看到的、并严格按照它来设立诺贝尔奖金的这份遗嘱，是1895年11月27日阿尔弗雷德·诺贝尔在巴黎拟定的，遗嘱用瑞典文写成，下面有4位瑞典朋友作为见证人的签名。
遗嘱指定的执行人是他的私人助手拉格纳·索尔曼和另一位瑞典工程师鲁道夫·利烈克维斯特。索尔曼26岁，利烈克维斯特40岁，两人之前从未谋面。
遗嘱的执行遭遇了空前的争论和困难。这些阻力来自方方面面。
首先，是来自舆论方面的压力。遗嘱一经报纸刊登宣传，马上就有人指责阿尔弗雷德·诺贝尔作为一名瑞典人，却把遗产留给不论任何国籍的人，有不爱国之嫌。就连瑞典国王也附和这一论调。因为诺贝尔和平奖是授权挪威国会评选而非瑞典国王，这让瑞典国王觉得受到了伤害和轻视。当时瑞典和挪威是一个国家，共同尊奉瑞典国王为国家元首。但挪威正在搞着轰轰烈烈的独立运动，挪威地方民众成立了国会，经过长期斗争，瑞典国王在挪威的大部分权力都被国会夺取了。如今这个阿尔弗雷德也公然承认挪威国会的权威，这让瑞典国王的脸面往哪里放？另外，还有人指责，阿尔弗雷德生前是一个战争贩子和唯利是图的商人，他设立和平奖金，完全是对世人的嘲弄和对和平事业的侮辱。最起码，也是一种沽名钓誉的行径。一时间，种种流言蜚语四处散布。
其次，是遗产的法定继承人——阿尔弗雷德的两位侄子，罗伯特的长子海尔玛和路德维希的长子艾曼纽尔对遗嘱感到失望，他们曾经看过1893年的遗嘱，知道如果按照那份遗嘱，他们可以分到庞大的财产。可如今，除了一些零碎的纪念品和赠送之外，他们几乎什么也得不到了。他们早就预料到叔父会捐一大笔钱来设立基金，鼓励科学进步和和平事业，然而他们没有想到叔父居然捐得这么彻底。尤其是路德维希家，受到的影响最大。因为诺贝尔兄弟石油公司中属于阿尔弗雷德的股份也在遗产之列，必须兑换成现金，从公司的资金中取走。长期以来这家公司的控制权一直掌握在路德维希手中，路德维希去世后他的长子艾曼纽尔继承了公司。如今艾曼纽尔和他的家人要么凑钱买下这一部分股份——这笔巨款可不是那么好凑出来的；要么把股份卖给别人换取现金。但这样一来就会丧失对公司的控股权。无论如何，这对艾曼纽尔都是一个巨大的损失。
再次，是法律上的技术问题。定居在瑞典的罗伯特家这一支的继承者在1898年向瑞典法院提出诉讼，要求获得自己作为法定继承人的权益。诉讼的被告是遗嘱执行人、挪威国会、瑞典政府和三个授奖机构。因为阿尔弗雷德在拟定遗嘱时犯下了一个疏忽，他只说明把遗产兑换成现金，成立一个基金会，用来对杰出人士进行奖掖，却忘了添上一句：该基金会即全部遗产的合法继承人。虽然从遗嘱的上下文来看，这个意思非常明显，但是少了这一句话，就足以形成法律上的漏洞。而且，基金会在阿尔弗雷德立遗嘱的时候还没有成立，从法律上讲也是不能继承遗产的。阿尔弗雷德要是在天有灵知道了这桩法律纠纷，大概又会气得热血沸腾，写一部叫做《继承细菌》的小说来讽刺刻板无味的法律条文吧。幸亏艾曼纽尔深明大义，虽然这份遗嘱对自己造成的损失最大，但他还是理解叔父的良苦用心，愿意尊重叔父的遗愿。他宣布对遗嘱没有任何异议，只是为了让遗嘱能够真正执行下去，必须做出一些附加的细则解释，这些解释应该在他们这些诺贝尔家族后代全体同意之下做出。艾曼纽尔的态度影响了罗伯特的长子海尔玛及其家人，他们对遗嘱执行人的诉讼最终也以庭外和解告终，协商的结果是，在阿尔弗雷德逝世之后、基金会成立之前这一段时间内，遗产产生的利息归两位侄子所有。
最后，是基金会的具体操作问题。诺贝尔的财产如此庞大，分散在世界各地，要清算清楚并且一一兑换成现金集中起来可真不是一件容易的事情。更何况这只是执行遗嘱的第一步，下面的麻烦事更多呢。要把这些现金重新投资出去，并且要确保安全和稳定的收益，这也并非易事。另外，各个奖项的授权评选机构的态度也不尽相同，一开始，瑞典皇家科学院和卡罗琳医学院都准备拒绝承担这项使命。因为这项使命非常复杂，要在全世界范围内筛选甄别，对于国土面积不算太大的瑞典国内的科研机构来说，确实有点力不从心。这两家机构都担心这项艰巨的工作会打乱他们正常的运行。还有，诺贝尔一生居无定所，他在瑞典的斯德哥尔摩、俄国的圣彼得堡、法国的巴黎和意大利的圣雷莫都居住过，晚年则回到瑞典的博福尔斯居住，到底选择哪个地区的法院来对遗嘱进行认证，这也是个问题。这些头绪纷繁的麻烦事让两位遗嘱执行人焦头烂额，一直忙碌了两三年。最终一切都尘埃落定：遗嘱认证选择在博福尔斯地方法院；各个奖项授权评选机构在1897年3月也被说服承担这一光荣的任务；资金被集中起来并进行了安全的投资；最后在1900年6月20日，瑞典政府批准了基金会的成立，制定了严格的组织规章，由瑞典国王于同年的6月29日颁布。至此，诺贝尔的遗产才算真正完成了继承手续，诺贝尔基金会成立了。
另外值得一提的是这场遗产风波的另一位“继承人”惹来的闹剧。阿尔弗雷德的情人索菲亚虽然结了婚，但纯粹是一种形式。她的丈夫很快离开了她到外地独自生活，后来溺死在水里。索菲亚则继续过着她那种一面任意挥霍一面顾影自怜的生活，而且他们两口子都从不同的方面试图敲诈诺贝尔的钱，一直写信希望阿尔弗雷德能够提高年金的数额，或者直接给予额外的资助。阿尔弗雷德生前对这些求助一概置之不理。现在他去世了，索菲亚又找上门来。阿尔弗雷德在索菲亚结婚的时候写过一封信给她，希望她在成为别人的妻子之后，住在离自己的故乡不远的地方，“应该不会是完全没有良心的”。可这个希望，也被索菲亚毫不在意地糟蹋了。她在1897年通过律师与诺贝尔遗嘱的执行人接触，说18年来的种种证据表明，自己是阿尔弗雷德实际上的妻子，有权继承遗产，并且威胁说，如果不满足她的要求，她就要将诺贝尔给她的216封信的原件出版权和一幅诺贝尔难得一见的肖像画卖给出版商。为了避免可能出现一场丑闻，执行人有条件地买下了这些信件和肖像，代价是：给索菲亚的年金将继续发放，此次交涉的费用全部由基金会承担，索菲亚必须保证阿尔弗雷德·诺贝尔的清白名声将来不再遭受任何讹诈。
管理诺贝尔基金会和奖金颁发机构的章程十分复杂并且严格，因此我们有必要详细介绍一下这些章程，以及在获奖者评选过程中的具体规则。
首先，受这一章程制约的机构就为数众多。它们是：