抗日战争进入相持阶段之后，日本帝国主义对国民党的方针，由过去的以军事打击为主政治诱降为辅，改变为以政治诱降为主军事打击为辅，基本上停止了对正面战场的战略进攻，使国民党军队取得了退守西南、西北的喘息之机。自抗战开始到武汉沦陷：国民党正面战场连续溃败，丧失了大片国土，而敌后战场，共产党领导下的八路军、新四军及抗日根据地却不断发展，不仅成为日军的心腹大患，而且为国民党所嫉恨。在日本的政治诱降下，国民党反共活动酝酿发生，成为妥协投降的一个步骤。
1938年11月25日，蒋介石在南岳军事会议上提出了“政治重于军事，民众重于士兵，精神重于物质，游击战重于正规战”的战略方针，计划派出1/3的兵力约60个师重返华北和华中，并准备在“游击战争”的名义下，向八路军“收复失地”。反共磨擦事件遂时有发生。1939年1月下旬，国民党召开五届五中全会，秘密通过了《防止异党活动办法》，制定了“溶共、防共、限共、反共”的方针，标志其政策重心由比较积极的联共抗日，转向消极抗日积极反共。6月，国民党秘密颁发《共党问题处置办法》，否认陕甘宁边区和晋察冀边区，规定“八路军新四军之军政、军令必须统一于中央”等等。于是，反共磨擦愈演愈烈，磨擦地域遍及陕西、甘肃、宁夏、山东、山西、河南、河北、湖南、湖北等省。在陕甘宁边区，从1938年12月至1939年10月，国民党共制造了150多起磨擦事件，其中军事进攻约28起，并构筑西起宁夏，南沿泾水，东迄黄河，绵亘千里的封锁线，对边区形成三面围困。在华北，山东国民党反共军队流行着“宁匪化，勿赤化”、“宁亡于日，勿亡于共”、“日可以不抗，共不可不打”3个口号。仅1939年6月至12月，国民党军进攻山东八路军即达90次，杀害官兵1350人，扣押官兵812人。山西阎锡山于1939年3月宜川秋林会议上，则公开叫嚣抗战前途是“中日不议而和，国共不宣而战”，要“困死八路军，消灭决死队，取消牺盟会”。11月，阎锡山派代表与日军进行临汾谈判，并委陈长捷为总司令，预谋先消灭决死二纵队，再图其余，口号是“扫荡晋西南、掌握晋西北、磨擦晋东南”。
为消除磨擦，团结抗战，中共及时采取有节制的措施，以防时局逆转。1939年2月10日，当河北等地磨擦日趋激烈时，中共中央一面指示与蒋介石谈判，一面下令八路军“对非理进攻，必须反击，决不轻言让步”。7月7日，中共发表《为抗战两周年纪念对时局宣言》，提出“坚持抗战到底，反对中迩妥协，巩固国内团结，反对内部分裂；力求全国进步，反对向后倒退”三大政治口号。8月16日，中共中央军委发出关于反磨擦中局部武装冲突的指示，八路军、新四军的立场是明确的自卫原则；“人不犯我，我不犯人；人若犯我，我必犯人”，并于9月16日，由毛泽东对中央社、扫荡报、新民报三记者谈话中，昭示天下。10月，三五九旅由华北调回边区，加强反击力量。
然而，蒋介石一意孤行。1939年11月，国民党召开五届六中全会，由五届五中全会以政治限共为主，军事限共为辅，发展到以军事限共为主，政治限共为辅，颁发《处理异党实施办法》，并以国民党中央军直接对付八路军。土939年12月至1940年3月，掀起了第一次反共高潮。
1939年12月1日，阎锡山诬指新军叛变，大举“讨伐”，制造了晋西事变。6日和9日，毛泽东两电八路军总部，指出晋西事变是山西旧派对抗日的叛变。要坚决应付事变，但不提反阎。集中反对阎部下最反动分子。遵照中央指示，八路军晋西支队在新军中提出“拥阎抗日讨逆”的口号，并在调停未遂后予以回击，取胜后向晋西北转移。16日，晋省第二行署主任赵承绶秉承阎锡山旨意，部署进攻晋西北八路军三五八旅和决死四纵队。23日，中共晋西北地区党委成立“晋西北拥阎抗日讨逆军总指挥部”，由续范亭任总指挥。1940年1月，三五八旅开始反击，赵承绶部几近全军覆灭。2月初，贺龙、关向应奉中央军委指示率一二○师主力回师晋西北指挥作战，进一步肃清了反共势力。
阎锡山旧军溃败后，中共从抗战大局出发，主动提议休战。2月25日，王若飞、萧劲光持毛泽东信函至秋林，向阎锡山表明中共关于新旧军团结拥阎抗日的主张。4月初，经过谈判，双方达成协议，新旧军以汾阳经离石至军渡的公路为晋西北与晋西南的分界线，以汾河为晋东南与晋西南的分界线。从此，晋西北成为中共领导下的抗日根据地。
晋西事变之际，国民党军队开始进攻陕甘宁边区。1940年1月，国民党绥德专员何绍南集中5县保安队，准备袭击八路军。毛泽东发表谈话，警告顽固派要“收敛一点，不要太横行霸道了”。八路军三五九旅严阵以待，并召开群众大会，公布何绍南罪状.2月5日深夜，何绍南率部潜逃。八路军以牙还牙，乘胜收复绥德、米脂、葭县、关堡、清涧5县（国民党先后侵占边区枸邑、宁县、镇原、正宁、淳化5县），使陕甘宁边区与晋西北抗日根据地连成一片。
在太行山区，盘踞在冀南的国民党第三十九集团军总司令石友三率部进攻八路军。2月，八路军集中25个团组织冀南战役，歼灭石部5千余人，石余部渡过漳河，逃往清丰，与新八军高树勋及在平汉路以西的第九十七军朱怀冰部、新五军孙殿英部等相呼应，准备卷土重来。经分化争取后，孙、高等部持观望态度，八路军遂决定专打反共最力之石、朱两部。
3月4日，八路军集17个团的兵力发起卫东战役，石部溃逃鼠窜。3月5日，一二九师集13个团的兵力发起磁武涉林战役。8日，战斗结束，歼灭朱怀冰军部及两个师千余人。至此，第一次反共高潮基本被打退。
3月5日，毛泽东致电蒋介石、程潜、胡宗南，重申停止内战、团结抗日的主张。5月，朱德与国民党第一战区司令长官卫立煌举行谈判，中共作了让步，退出林县、长治、壶关等大片地区，双方以临屯公路及长治、平顺、磁县之线为界，界南为国民党活动地区，界北为八路军活动地区。
3月11日，毛泽东在延安党的高级干部会议上，作了《目前抗日统一战线中的策略问题》的报告，总结了打退第一次反共高潮的斗争策略经验。提出了“发展进步势力，争取中间势力，反对顽固势力”的策略总方针，及“以斗争为达到团结一切抗日势力的手段”。指出，“以斗争求团结则团结存，以退让求团结则团结亡”，并指出斗争的原则；一是自卫原则，“人不犯我，我不犯人，人若犯我，我必犯人”，即斗争的防御性；二是胜利原则，“不斗则已，斗则必胜”，“决不可举行无计划无准备无把握的斗争，也决不可同时打击许多顽固派，而是利用矛盾，择其最反动者首先打击之”，即斗争的局部性；三是休战原则，“决不可无休止地每日每时地斗下去，决不可被胜利冲昏自己的头脑”，“要适可而止”，即斗争的暂时性。12月25日，中共中央对党内作出《论政策》的指示，进一步指出抗日民族统一战线政策，不是一切联合否认斗、争，又不是一切斗争否认联合，是既联合又斗争，是利用矛盾，争取多数，反对少数，各个击破，是有利、有理、有节。对于反共顽固派是革命的两面政策，即对其尚能抗日的方面是加以联合的政策，对其坚决反共的方面是加以孤立的政策。这一策略原则，既反对了右的倾向，又反对了“左”的倾向，维护了国共合作，坚持了抗日民族统一战线，为以后粉碎国民党第二次、第三次反共高潮奠定了正确的斗争策略，保证了抗日战争的胜利发展。