抗日战争爆发后，中共中央派张文彬到广东，改组并加强中共中央临时南方工作委员会，恢复和重建广东党的组织。1937年底，中央派廖承志在香港建立八路军办事处，从事统战工作，并组织港澳同胞和海外华侨支持抗战。1938年4月，成立了由张丈彬任书记的中共广东省委。从此，广东人民的抗日运动得到了进一步的发展。
1938年10月，日军大举进犯华南。在中共东莞中心县委的领导下，先后成立了东莞常备壮丁队和东莞模范壮丁队。在增城，阮海天组织了广东民众自卫团增城县第三区常备队。与此同时，中共广东省委决定成立东南特委，以加强对广州至香港间地区开展抗日游击战争的领导。廖承志根据中央关于在东江敌后开辟抗日游击区的指示和省委的决定，派曾生等率领一批共产党员和积极分子，由香港回到惠阳坪山，成立中共惠（阳）宝（安）工作委员会和由曾生任总队长的惠宝人民抗日游击总队。在游击总队的不断打击下，日军先后撤出惠阳和淡水。通过民众选举，成立丁东江地区第一个抗日民主政权——惠阳县第二区行政委员会，并相继成立了各乡抗日民主政权，揭开了广东敌后抗战的序幕。
1959年初，东莞模范壮丁队、常备壮丁队和宝安县政治大队等，经过整顿改编，成立东（莞）宝（安）惠（阳）边人民抗日游击大队，由王作尧任大队长。以上两支队伍共200余人，在广九铁路中段和宝（安）太（平）公路沿线开展敌后游击战争。
在海南岛，1938年10月广州沦陷后，中共琼崖特委和琼崖工农游击队与国民党琼崖当局达成合作协议，琼崖工农游击队改编为广东民众抗日自卫团第14区独立队，队长冯白驹，下辖3个中队，约300余人。1939年2月10日，日军由海南岛北部登陆，第二天，独立队即派出第一中队奔赴海口以南南渡江之潭口渡，打响了琼崖人民抗战的第一枪。尔后，独立队开赴琼（山）文（昌）革命老区，开辟抗日根据地。14日，日军在三亚湾登陆，问全岛推进。独立队坚持开展游击战争，不断袭击敌人，于3月底扩编为独立总队，发展到1000余人。独立总队坚持深入农村，组织农民协会、妇救会、青抗会等各种团体，建立军械厂、医务所，创办《抗日新闻》，建立了琼文抗日根据地。
随着华南敌后游击战争的不断发展，1939年2月，成立了由林平任书记的中共东江特委，以加强领导。4月，为适应国共合作团结抗日，东宝惠边游击大队（增城阮海天部加入）改称为第四战区游击纵队指挥所第四游击挺进纵队直辖第二大队；5月，惠宝游击总队改称为第四战区游击纵队指挥所第三游击挺进纵队新编大队。同时，中共中央派延安警备区参谋长梁鸿钧等赴东江，成立东江军事委员会，以加强领导。至年底，东江两支抗日武装迅速发展到700余人，初步打开丁东江敌后游击战争的局面。
正当华南敌后游击战争和抗日根据地发展之际，国民党扔起了第一次反共高潮。1939年6月，国民党派吴道南入琼任广东省第九区行政督察专员兼守备副司令，吴道南大幅度削减琼崖独立总队的军饷，并要琼崖独立总队缩减至3、4百人。至12月，完全断绝琼崖独立总队的军饷和有限的弹药供给，并不断制造磨擦，企图挑起军事冲突消灭琼崖独立总队。为坚持独立自主开展游击战争，中共琼崖特委决定在继续坚持琼文抗日根据地斗争的同时，到接近五指山区的儋县纱帽岭一带建立新的抗月根据地。
1940年2月，中共琼崖特委和独立总队领导机关率西路主力抵达澄迈、临高、琼山交界处的美合地区，发动群众、清国除霸，组织各乡“农民抗日救国会”，成立中共美合特区区委，开创了美合抗日根据地。9月，中共中央派庄田、覃威等军事：于部入琼。整编部队，建立总队指挥机构和政治委员制度，全总队下设两个支队另两个大队，琼文地区部队为第一支队，美合地区部队为第二支队，共3000人，冯白驹任总队长兼政治委员，庄田任副总队长。12月15日，国民党顽军分五路向美合奔袭合围，经两天激烈战斗，中共琼崖特委决定撤出美合村。特委机关、总队部和特务大队撤回琼文根据地，第二支队和第四大队转移至儋临和昌感地区活动，并组成一留守处在美合地区坚持斗争01941年2月，中共琼崖特委认真总结了“美合事变”的经验教训，调整和充实了特委领导班子，冯白驹复任特委书记，李明任副书记，并决定成立中共琼崖特委军事委员会，冯白驹任主席，李明、庄田为委员。琼崖的抗let游击战争进入了一个新的阶段。
在第一次反共高潮中，广东国民党顽固派于1940年3月就对东江地区新编大队和第二大队发动了进攻。新编大队和第二大队突围后向海陆丰地区转移，沿途不断受到围攻，部队损失惨重，由700多人骤减至100余人。5月8日，中共中央指示曾生等部，必须大胆坚持敌后抗战，指出向国民党后方行动的政策，在政治上是错误的，在军事上必归失败。根据中央指示，部队返回东宝惠敌后，并决定将新编大队和第二大队合编为广东人民抗日游击队第三大队和第五大队，曾生和王作尧分任大队长，林平兼任两个大队的政委，梁鸿钧负责军事指挥。从此摆脱国民党的约束，独立自主地开展游击战争，各自进入东莞县之大岭山区和宝安县之阳台山区，建立抗日根据地。东江人民的抗日武装斗争展开了新的一页。
太平洋战争爆发后，日军于1941年12月18日占领香港。广东人民抗日游击队立即派出小型武装进入港九地区。1942年初，成立港九大队，开展港九市郊的游击战争。根据中共中央指示，经过3个月的特殊战斗，营救出民主人士、文化界知名人士何香凝、柳亚子、邹韬奋、茅盾、夏衍等，国民党政府驻港重要官员陈汝棠、余汉谋夫人等及包括英国军官赖特上校在内的英美印度等国的军政人员和国际友人共800余名，受到国内外的广泛赞誉，激励港九工人和知识青年纷纷回粤参加抗战。）942年春，中共南方工作委员会召开会议，明确了长期坚持敌后抗战的方向，决定成立以林平为书记的广东军政委员会，并将广东人民抗日游击队扩编为广东人民抗日游击总队，总队长梁鸿钧，政委林子，部队统一整编为一个主力大队和东莞、惠阳、宝安、港九四个地方大队。东江地区的游击战争走上进一步发展的道路。
12月3日，根据中共中央的决定，游击总队改称为广东人民抗日游击队东江纵队，曾生任司令员，林平任政治委员，王作尧任副司令员兼参谋长，并发表《东江纵队成立宣言》。东纵的成立，在国内外产生了巨大的影响，部队发展迅速，不到半年即扩大到6000多人。东纵还陆续派出部队，挺进粤北、粤赣边区和岭东韩江地区，开辟了大片新的抗日根据地。到1945年上半年，东纵已发展到1.2万人，有力地推动了华南敌后抗日战争的发展。
与此同时，琼崖抗日游击战争也有了新的发展。1941年6月10日，中共琼崖特委在琼文根据地树德乡召开人民代表会议，宣布成立琼崖东北区抗日民主政府，并按“三三制”原则组成政府机关。太平洋战争爆发后，日军加紧蚕食、扫荡琼文根据地。1942年秋，敌出动飞机狂轰滥炸，把10多个村庄夷为平地。1942年冬，敌集重兵于琼文地区，再次发动更为猖狂的大扫荡，并实行三光政策。据此严峻形势，中共琼崖特委决定冯白驹率少数部队在琼文根据地坚持内线斗争，主力拉出外线，打击败人，并创建新的抗日根据地，1943年冬至1944年春，特委决定成立东、西、南3个军政委员会，统一领导各地区党政军。并对5个支队作了新的军事部署，各自形成一个游击区，从而为开辟五指山中心根据地打下了基础。1944年3月，琼崖抗日独立游击总队改称为广东省琼崖人民抗日游击独立纵队，冯白驹任司令员兼政治委员，庄田任副司令员，下辖4个支队，共4000余人。琼崖纵队在8个县建立了县一级抗日民主政权，还在余下的8个县建立了区、乡一级的抗日民主政权，根据地人口达150万。1945年夏，琼崖纵队组成挺进支队，在“白保乐人民解放团”的配合下，进军白沙县。8月8日，白沙县抗日民主政府宣告成立，标志着以五指山为中心的抗日根据地的建成。琼崖纵队已发展到7700多人，为抗日战争在海南的胜利奠定了基础。
华南人民抗日武装，被中共中央统称为华南抗日纵队，它与八路军、新四军并誉为“中国抗战的中流砥柱”。华南抗日纵队所开辟的华南敌后战场，亦与八路军、新四军所开辟的华北、华中敌后战场，并列为中国抗战的三大敌后战场。华南抗日纵队及华南敌后战场，在祖国的南疆坚决地抗击了日本侵略者，为抗日战争的胜利作出了不可磨灭的贡献。