东汉末年，皇室统治衰微，东汉政权已经名存实亡。在镇压黄巾军起义的过程中，各地豪强军阀势力迅速发展起来，北方黄河流域连年混战割据，秦汉以来确立的君主专制中央集权统一国家逐渐瓦解。公元220年，曹操之子曹丕代汉称帝，改国号为魏；公元221年，刘备在成都称帝，国号为汉，史称蜀汉；公元229年，孙权在建业（今江苏南京）称帝，建立吴国。三国鼎立的局面正式形成。公元265年，司马炎代魏称帝，建立西晋政权，并于280年统一全国。但是，随着周边少数民族的大规模内迁和各种社会矛盾的日益激化，西晋王朝仅维持了短暂的统一便告灭亡，黄河流域再次陷入分裂、割据与战乱之中。公元317年，晋王司马睿重建晋朝，并避乱南迁，史称东晋。而北方进入了十六国时代，匈奴、鲜卑、氐、羯、羌等少数民族先后建立了二十多个大小政权。公元439年，黄河流域暂时归于统一。自公元420年到公元589年的南朝时期，先后经历了宋、齐、梁、陈四代政权。而北朝从公元386年起，经历了北魏、东魏、西魏、北齐、北周五代政权。公元581年，北周大将杨坚建立隋朝，并于589年再次统一全国，结束了长期分裂、割据、战乱、动荡的时代。
在三国两晋南北朝近四个世纪的历史进程中，仅西晋有过三十年左右的短暂统一，其余绝大部分时间都处于分裂、割据与对峙之中。为了巩固王权，扩大势力范围，许多政权都进行了立法活动，促进了法律制度的持续发展和逐渐完善。只是这一时期制定的法律很少有能适用于全国的。但自汉代以来引礼入律的不断发展，使这一时期的法律制度出现了进一步的儒家化趋势。同时，这一时期的法制建设具有明显的承前启后的性质，是传统法律制度从秦汉早期向隋唐成熟完备发展过渡的重要阶段。无论是立法活动、司法制度，还是法律形式、法典体例、法律内容，在该时期都发生了很大的变化，并因而对后世法律制度的发展产生了深远的影响。
三国两晋南北朝时期的司法制度，基本上沿袭东汉，同时也发生了一些新的变化。
（一）司法机关体系
在这一时期，司法机关的设置基本上继承东汉旧制，中央也大都以廷尉为最高审判机构。当然，也出现了一些新的变化，如孙吴曾设大理，北周改称秋官大司寇，北齐则改设大理寺。值得提及的是，魏明帝曾采纳卫凯的建议，首次在廷尉中增设律博士一职，负责教授法律和培养司法官员，这是我国最早设置的专门从事法律教育的机构。这项制度被西晋以后的政权所继承，并在北齐时将人数从一人增至四人，表明统治者已经比较重视法律教育，开始注重对司法人员专业技能的培养。地方仍实行司法与行政合一、行政机关兼掌审判职能的体制。自东汉末年起，州变为一级地方行政机构，地方司法审级增加至州、郡、县三级。
（二）诉讼审判制度
三国两晋南北朝的诉讼审判制度既表现出对东汉审判制度的继承，又有所创新。
首先，皇帝参与审判录囚。这一时期，封建君主对司法审判权的控制进一步加强，皇帝往往直接干预或亲自参加审判活动。如魏明帝不仅非常重视立法活动，专门组织制定曹魏基本法典《新律》，还十分关注司法审判活动。公元229年，魏明帝改平望观为听讼观，并将其变成凌驾于廷尉之上的临时最高法庭，“每断大狱，常幸观临听之”。南朝宋武帝经常听讼决狱。为了加强对各级司法机关司法审判活动的监督检查，当时还普遍实行录囚制度，许多皇帝不仅亲自参与这一活动，还经常钦派亲近大臣前往各地审录囚徒。南北朝时期，皇帝还通过案验制度监督检查各地的司法活动。由此，便形成了一套自上而下逐级检验监督的案验制度。通过皇帝亲自干预或直接参与审判录囚以及逐级案验，加强了上级对下级、中央对地方、专制君主对地方各级机关司法审判的监督与控制。
其次，改进上诉直诉制度。曹魏时，为了简化诉讼审判程序，曾一度改变汉朝的上诉直诉制度，规定两年以上的案件，家人不得乞鞫上诉。两晋时又恢复上诉制度，规定判决结果须向当事人宣读，如果当事人对判决不服，则允许其上诉。北魏律则明确规定，对判决结果有疑问或诉冤不服者，应该重新审理复核。在这一时期，不仅改进了上诉制度，还建立了直诉制度。从西晋时起，在朝堂外悬登闻鼓，允许有重大冤屈者击鼓鸣冤，直诉中央甚至皇帝。北魏太武帝时，也在京城宫门外悬设登闻鼓，允许击鼓鸣冤，直诉朝廷。上诉直诉制度加强了上级司法机关对下级司法机关的监督监察，有利于发现或纠正冤假错案。
最后，改善死刑复奏制度。这一时期，为了慎重对待和处理死刑重罪，开始逐步完善死刑复奏制度。公元236年，魏明帝曾下令廷尉及各级狱官，对要求恩赦的死罪重囚，要及时奏闻朝廷。公元463年，宋孝武帝规定，凡是死刑重犯必须上报朝廷，由有关官员听察。北魏太武帝时也明确规定，各地死刑案件一律上报奏谳，由皇帝亲自过问，须无疑问或冤屈方可以执行。死刑复奏制度对后世的司法审判和刑罚执行制度产生了直接的影响，并在隋唐时发展为死刑三复奏与五复奏制度。同时，该时期还盛行刑讯逼供酷法。在“刑乱国用重典”思想的指导下，司法制度带有明显的军事化、军法化倾向，盛行重枷、测枷、测罚、测立等刑讯逼供酷法。北魏孝文帝时，一些司法官员不惜动用重枷刑讯逼供，甚至将石头缒在犯人脖颈上，勒入其皮肉。南朝梁武帝时，创立“测罚”逼供法，对拒不招供的犯人，先断食三天，再由其家人送粥进食，如此循环使用，直至其招供。陈武帝时，又发明了野蛮的“测立”逼供酷法，对受审者鞭打二十、笞捶三十，强迫其戴上枷械刑具，站立在顶部尖圆、仅容两脚的一尺高的土垛上，如此折磨逼供。这些刑讯逼供酷法均反映了当时司法制度的野蛮黑暗。