沃伊切赫教授离开之后，哥白尼继续在克拉科夫大学求学。但是当时在天文学系初级阶段的学习已经可以结束了，他需要针对自己进行专门的学习，比如主修天文学、数学、医学和法学。
在克拉科夫大学，哥白尼学习了许多深刻的天文学知识，并且同人文主义结下了不解之缘。学习期间，他因为擅长社交，结识了许多朋友。
特别使他感到惋惜的是，尊敬的沃伊切赫老师一年前离开了克拉科夫大学。一些对大学乃至对整个克拉科夫知识界都具有关键影响的人物，也陆续离去了。
使哥白尼终生难忘的卡利玛和不久前溘然长逝，其他许多杰出人物先后漂流国外。
正当这个敏感的时节，舅舅瓦兹罗德突然来到了学校。
“什么？要中途休学？舅舅，为什么呢？”哥白尼和哥哥安杰伊满脸疑惑，大学都还没有毕业，为什么要中途休学呢？
原来，对于两兄弟的前途，舅舅有了更加实际的安排，他希望两个兄弟能够成为忠于他本人的，代表瓦尔米亚教区利益，为他服务的，具备高深学识的顾问、法律专家或者医术高明的医生。
为此，瓦兹罗德积极筹划，准备送兄弟俩去意大利留学深造。
意大利，一个令人向往的国度。它不仅以美丽的自然风光和辉煌的文学艺术著称于世，而且是当时“文艺复兴”运动的发源地。
可是正是因为这样，意大利的大学比克拉科夫的大学更加优秀。自然那里大学的学费也就更加昂贵，即便是以瓦兹罗德的财力，要想同时支持两个外甥一起留学，也有很大的压力。
不过对于这一点，精明能干的瓦兹罗德早有准备，他利用自己的影响，为两兄弟在瓦尔米亚主教区谋得神甫的职位，然后，他们可以获得神职人员的固定收入。
可是，孩子们是否同意呢？
一向比较民主的舅舅并不想自作主张完全替孩子们做决定，在进行谋划以前，他先征询了两个外甥的意见。
这一天，瓦兹罗德将两个孩子找来，向两兄弟问道：“你们将来要做什么样的人呢？”
“天文学家，数学家或是医生都可以。”哥白尼不假思索地脱口而出。
“如果我把你们举荐当神甫，怎么样？”舅舅询问道。
“这个，我们还真没想过。”两个兄弟面带难色地回答。
瓦兹罗德说：“你们若当了神甫就可以获得三年有薪假期去意大利学习各种知识。为了学习，你们是不是可以考虑一下呢？”
“那好！”两兄弟对视了片刻，点头应允。
在两兄弟中，安杰伊首先当上了神甫，但是哥白尼的神职位置则遭到了不少的挫折。
当时，教区内本来有一名神甫去世了，神甫会有了一个空缺。瓦兹罗德为争取这个席位付出了很大的努力，本来以为这个空缺正好由哥白尼补上的，谁知道就在这个月教皇派人占据了这个席位。
无奈之下，瓦兹罗德只能另外寻找机会为哥白尼安排。直至1497年，才为哥白尼空出一个神甫席位。
正是因为担任主教的舅舅的努力才使哥白尼获得神甫职位。但这件事并未损害哥白尼的声望，因为任人唯亲、搞裙带关系已成为当时普遍盛行的现象。
不仅神甫，就是教会的最高机构里也有许多人是靠了亲戚关系才谋得职位的。
主教们曾不止一次把主教和红衣主教的头衔授予自己的私生子。后来，这种现象逐渐在教会中引起不满和愤慨，并成了宗教改革派手中的重要把柄。
担任神职人员，究竟是哥白尼本人的意愿，还是舅舅瓦兹罗德的旨意，一直是很难回答的问题。哥白尼大概没有接受高级教士职称，只是当了一位世俗式的神甫。
担任神职人员为哥白尼这位破产市民的儿子提供了重要的社会晋升、继续学习和发展个人科学爱好的机会。
波兰历史上曾有不少市民子弟借助宗教外衣去享受神职人员的特权，并利用这一特权从事自己的事业。
哥白尼兄弟俩的情况尤其如此，因为当时波兰对科学和艺术的庇护是很有限的，只有为数极少的人才能得到这种庇护。
哥白尼在等待神甫位置的这一段日子中，是十分难熬的。没能够当上神甫，就意味着他失去了固定的收入，也就失去了留学意大利的昂贵学费。
但是哥白尼内心深处又是希望能够早早地出国，学习到更多更先进的天文学知识。
瓦兹罗德的心中也十分焦虑。青春是短暂的，他让两个外甥中途休学回家，就是希望他们能够到意大利深造，可不是这样在家里白白虚度青春。
不过哥白尼有一个团结的家庭，当年，他们父母双亡之后，面临着家庭四个孤儿的艰难成长局面，二姐毅然选择了嫁给富商，缓解了这个家庭的压力。
而现在，为了能够让更加专注于学习的小弟哥白尼能够有机会先出国留学，哥哥安杰伊在经过了一段时间的思考之后，对舅舅说道：“先让小弟去意大利留学吧。他比我好学，我现在已经有了职位，能够用自己的力量帮助他完成学业。”
“那你自己呢？”瓦兹罗德反问道。
“我可以晚几年再出去。弟弟是我们家学习成绩最好的、最有希望成才的一个。爸爸妈妈都不在，我已经有工作，我有责任帮助弟弟成才。”安杰伊深情地说道。
同样都是二十来岁的青年，只是因为出生在哥白尼前面几年，安杰伊毅然扛起了一个兄长的责任。
其实，他们这个年纪正是求学的最好时机，如果晚几年再留学，精力和学识肯定不如现在。
安杰伊作出这个决定，该是付出了多大的代价呀！
“哥哥！”哥白尼哽咽得说不出话来。
“小弟，去意大利要专心学习，用你最好的学习成绩来报答我。”安杰伊拍拍哥白尼的肩膀说道。
兄弟情深，安杰伊的话让瓦兹罗德十分感动，他仔细地考虑过后，决定同意安杰伊的请求。
于是，他们积极准备，做好让哥白尼留学意大利的各项准备。
但是，就在这个时候，发生了另外一件事情，使得哥白尼不得不改变计划，原本醉心于天文学的他不得不先学宗教法典。
当时，罗马教廷发动“十字军东征”时建立的一个骑士团，即十字骑士团，盘踞在波兰以北。他们经常侵犯波兰边境，烧杀抢掠，还振振有词地为自己的侵略行径辩护。
一个星期天的下午，瓦兹罗德接到了十字骑士团统领的信，让他去教区参加谈判。
“舅舅，十字军要你去参加什么谈判呢？”哥白尼正好看到信件，他疑惑地问道。
“哎！”瓦兹罗德叹了一口气，说道，“上周，十字骑士团有个教士在我的教区内殴打一名教授，被我扣留了。这不，十字军的统领都把信件送到我家门口来了。”
这本来只是一个小案子，可是十字军统领为了霸占波兰的出海口，企图割断波兰和东北海岸的关系，故意耍威风，小题大作，甚至冠冕堂皇地将信件送到主教家门口。
瓦兹罗德早就看穿了十字军的野心，所以他是坚决不会妥协的。
哥白尼看完信件以后，说道：“舅舅，他们将谈判地点设在教区，等于是把你看成了砧板上的鱼肉，千万不能答应。不如我们请他到市区来谈判，让他们坐吃哑巴亏。”
“好，就按照你说的办。”
第二天，十字军气势汹汹地就冲进城里来了，为首的十字军统领骑着高头大马，一路耀武扬威地跑了过来。
十字军统领一到谈判会场就咄咄逼人地问道：“瓦兹罗德主教，我的教士究竟犯了什么罪，你竟然将他扣留了起来？我警告你，教皇给了我们骑士团特权，别说他没有犯罪，哪怕他杀人放火，那也只能是我们骑士团内部处理，轮不到你插手！”
“哼！你所谓的那些特权早已经过时了！那名教士竟然在我的教区内殴打平民，那就要接受教会的制裁。”瓦兹罗德正义凛然地说道。
“瓦兹罗德！你好大的胆子，竟然敢不遵从教皇的法旨，信不信我立马杀了你？”十字军统领气得浑身发抖，“砰”的一声就把腰间的长刀拔了出来，劈到谈判桌上，把桌角都砍掉了。
“公道自在人心。你如果不相信，可以自己去问教皇。还想用武力解决问题，我们波兰人民奉陪到底！来人哪！”
伴随着瓦兹罗德坚定的话语，早已经埋伏在四周的军队冲了出来，将十字军包围了起来。
“哼！这次算你狠，我们走！”十字军统领害怕了，他丢下一句狠话，就带着十字军溜走了。
和十字军斗争真的是一件相当累人的事情，不但要在战场上打仗，还要在谈判桌上论理，而且他们动不动就搬出教皇的法旨。
可是实际上，教会的法旨朝令夕改，一天一个说法，根本没个准头，这也就给十字军混水摸鱼提供了条件。
为了战胜十字军，必须精通法律，因此瓦兹罗德决定让哥白尼去意大利学习法律。
哥白尼把学习教会法当做自己义不容辞的责任。他说：“没有任何义务比得上对祖国的义务那么庄严，为了祖国献出生命也在所不辞。”
哥白尼虽然没有经历过托伦独立战争，但是他明白，十字军是波兰的死敌，必须要斗争到底。为了祖国，他决定暂时放弃天文学，先专心学好宗教法典，回来帮助舅舅对抗十字军！