说真的，哥白尼很愿意在舅舅身边开始他的教职工作，这样可以常常得到舅舅的指点，而且能给舅舅当医生，哥白尼的医学知识正可以学以致用。
更重要的是，哥白尼需要有一段时间来整理他在意大利学习期间所收集到的大量的天文学资料，并总结自己的研究成果，在舅舅身边，才能有自由支配时间。所以，哥白尼毫不犹豫地答应了下来。
为瓦尔米亚主教这样高贵的人物担任保健医生，使哥白尼成了这一地区最有名气的医生之一。
在15世纪，作为医生的哥白尼，他的知名度要远远超过作为天文学家的哥白尼。
这一方面是因为哥白尼是瓦尔米亚主教这位高层人物的保健医生，另一方面是因为他的医术在当时确实是比较高超的。
哥白尼不仅是舅舅的保健医生，也是舅舅的秘书、顾问和心腹。舅舅常常把最复杂和最棘手的问题交给他去处理。
哥白尼乐于为所有患者治病，不管其贫富和门第如何。他关心穷人的疾苦，免费为他们看病，有时甚至还主动送药给他们。
与此同时，也有许多知名人士慕名到哥白尼这里求医。请哥白尼治病的知名人物，除舅舅外，还有瓦尔米亚主教的继承人卢兹扬斯基、著名的人文主义者丹蒂谢克、海乌姆诺主教铁德曼等。
1512年2月8日，哥白尼陪舅舅到克拉科夫参加了齐格蒙特·斯塔雷国王同匈牙利的公主扎波姚·鲍尔鲍劳的结婚典礼。
在豪华隆重的婚礼上，哥白尼见到了五彩的鲜花，美丽的皇后和全国的达官贵人，这些都给他以新鲜、激动和振奋的冲击。因为作为教会的人，是不能结婚的。
越得不到的才越显得珍贵，何况是举国欢腾的国王婚礼呢！
但是就在这个关键性的时刻，主持婚礼的提卡斯主教突然昏倒了，只见他四肢抽搐，口吐白沫，样子很吓人。
“快找医生！快找医生！”
在场的人都很惊慌，求救声传遍了礼堂。国王和他那披着婚纱的新娘手足无措地站在他旁边。
哥白尼虽然从未碰到过这种情况，但他并没有惊慌，他沉着地解开了主教的衣服，指挥人把主教抬到了床上，随后便开始进行抢救。
在场的人都以为主教没救了，可是哥白尼居然使主教又醒了过来。
“哥白尼，你真是神医啊。”
人们纷纷夸赞道，就连国王和皇后也都为哥白尼高超的医术所折服。从那以后哥白尼更是名声大振，慕名找他看病的人更多了，其中很多都是当时的知名人士。哥白尼作为一名医生的声望已经超出瓦尔米亚地区，甚至也超出了波属普鲁士的疆界。
阿尔布雷希特大公曾经向弗龙堡神甫会提出请求，希望能把哥白尼派到大公的首府克鲁莱维茨去。
为了给自己患病的朋友普鲁士大公看病，医生天文学家哥白尼不得不乘马车奔波往返。
盛名之下的哥白尼并没有因此而忘乎所以。作为一个医生，他最大的特点便是对病人极其负责。
赫尔斯堡的主教费贝尔患心绞痛和风湿痛，哥白尼专程前去为他治疗。但是疗效总是不明显，于是哥白尼便约了其他内行的医生一起会诊。
从1529年至1537年间，哥白尼不断地寻找有经验的医生进行会诊，后来先后听说普鲁士公爵的私人医生和波兰国王的御医在治疗这类病上有高招，于是又赶紧写信求教。
哥白尼对医学理论有很大的兴趣，为了不断丰富自己的医学知识，他购买了大量医学书籍。
不管是富人还是穷人，都很喜欢哥白尼。因为他的心地总是那么善良，无论是谁有了困难，他都会伸出救援之手。
据传古希腊有个救苦救难的神医叫做阿卡拉斯，人们感激涕零，便把哥白尼称为“阿卡拉斯第二”，可见对他的爱戴之心。