哥白尼除了处理公事以外，还要帮舅舅处理私事，并成功地调解了瓦尔米亚主教和格但斯克市民之间的冲突。
在舅舅身边的这段日子，由于公务繁忙，哥白尼只能利用闲暇时间来对天体进行观测，可以从事天文研究的时间是很少的。
摆脱了一天来冗繁的工作后，夜晚的时光才属于哥白尼自己。他的思维驰骋于《天体运行论》的书稿中。
为了不引起麻烦，他封闭保护着自己的创见，除了几位最亲密的朋友，谁也不知道。
大约在1507年，哥白尼开始撰写自己的第一篇天文学论文。在这篇论文中，他开始勾画出自己学说的雏形。但是因为政事繁忙，这篇论文的写作一直断断续续。
哥白尼在利兹巴克观测了月食，丰富了他多年积累起来的有关星际现象的知识。
1509年6月2日，哥白尼对即将出现的月食作了预测。这对他的理论发展非常重要，因为这次月食同托勒密观测的月食非常相像。
这使哥白尼有可能对希腊天文学家的观点加以验证。在哥白尼的一生中仅此一次，以后再也没出现这种观测机会。
自从这次月食观察以后，哥白尼对于自己的天文学论文就更加充满信心了，他下定决心要将这篇论文完完整整写出来。
可是要写下这么一篇学术性质的论文，牵涉到的时间和精力可就太多了。思考再三，哥白尼还是觉得这件事情应该先和舅舅商量一下。
“什么？你要写日心说？不行，这绝对不行！哥白尼，你脑子犯傻了吗？你自己也是教会的神甫，教会的势力有多强你不知道吗？和教会作对，会是一个什么样的下场，难道你还不了解吗？”
瓦兹罗德一听哥白尼想要写宣传日心说思想的论文，就坚决反对。他是教会的主教，对于教会的势力，瓦兹罗德是心知肚明的。
哥白尼是他最疼爱的外甥，瓦兹罗德不可能让哥白尼冒这么大的危险去从事这项工作。
再说，哥白尼在政治上也很有天赋，虽然才做了几年的秘书，但是已经有人评价说哥白尼会是一个杰出的年轻政治家。只要他再培养指点一下，哥白尼在政治上完全能够有所作为。
而从事日心说宣传工作，那可就是和教会对立，是要进监狱的。
“舅舅！我不怕！我相信正义一定能够战胜邪恶。我喜欢的是天文学，并不是政治，你怎么就不明白呢？”
哥白尼据理力争，他并不想就此妥协。对于天文学，哥白尼是发自内心地喜欢。为了这项伟大的事业，哥白尼足足准备了十几年，现在他觉得到了应该将自己的理论写出来的时候了。
“哥白尼，你如果再一意孤行，就给我离开这里！”舅舅十分生气，哥白尼的叛逆让他心中十分愤怒。
“走就走！”哥白尼也愤怒了。这个执著的天文学家头一次对舅舅大为不满，他回头就收拾行李离开了利兹巴克，搬回自己在弗龙堡的住处，并在那里度过了30多年。
吵架归吵架，但是哥白尼在心底里还是十分敬重自己的舅舅的。虽然搬到了弗龙堡居住，哥白尼经常派人打探舅舅的身体状况，并且时常派人送一些药品过去。
1509年，哥白尼还出版了他的第一部作品，将希腊作家泰奥菲拉克特·西莫卡塔的作品《风俗、田园和爱情信札》译成了拉丁文。
为了感谢舅舅，哄舅舅开心，哥白尼将一本题上字的精装书奉献给他，并洋洋洒洒地写下了以下的心里话。
亲爱的舅舅：
最值得尊敬的先生和祖国之父，希望您在看到这本书的时候，对我的怒火能够平息一些。
我深深地感到那位西莫卡塔把自己的风俗资料、乡村通讯和爱情信札收集起来，大概是出于这样一种考虑。
我认为没有什么能比多样化更吸引人了，不同智力的人在不同的事物中得到乐趣，一部分人被严肃的重要事物迷住，另一部分人则被轻松愉快的事物所吸引。
有人接受冷静话语的诱惑，也有人正迷恋于童话故事，真乃各有所好。就像在百花园中采摘鲜花一样，每个人都能找出自己最喜爱的东西。
为此认为只有希腊人才能读这本书，那是不公道的。懂拉丁文的人对这本书了解得太少，于是我尽力把它译成了拉丁文。
最亲爱的舅舅，我向您奉上这个小小的礼物，不成敬意。这同您的恩惠是无法相提并论的。
然而，每当我付出努力或者我的微薄能力取得什么成果的时候，我总是想，这一切都应该归功于您。
永远爱您敬重您的哥白尼
瓦兹罗德读着外甥的信函，不禁老泪纵横。他并不是真的就那么生外甥的气，外甥和舅舅之间又有什么解不开的疙瘩呢？他是在替哥白尼担心，因为他踏上的是一条充满危险的坎坷之途啊！
如果是在瓦兹罗德年富力强的时候，他还能够照应哥白尼，但是现在，他的身体已经支撑不到那个时候了呀！
1512年3月23日，瓦兹罗德主教在温奇查突然患病，而且病得很重。3月26日，瓦兹罗德被送回故乡托伦。
教堂里的烛光摇曳，似乎象征着瓦兹罗德舅舅即将燃完的生命之火。
几位著名的医生都围拢在他的周围抢救，瓦兹罗德睁开疲惫的双眼，好像在寻找着什么，嘴张了几张，呢喃地叫着他钟爱的哥白尼的名字。
哥白尼连忙抓住舅舅的枯瘦的双手，急切地说道：“舅舅！舅舅！我在这里。”
病床上的舅舅，已经奄奄一息了，他用虚弱的声音说道：“哥白尼……舅舅不行了……我要去见上帝了。你不要再生舅舅的气了……舅舅是……是为了你好……”
“舅舅！你不要再说了，都是我不好，不该任性一个人跑到弗龙堡去。在你最需要我的时候我却不在你身边，我太自私了。舅舅……”
哥白尼紧紧拉住舅舅的双手，泣不成声。
哥白尼多么想要用自己的医术挽救舅舅的生命啊，可是死神已经在召唤他了，一切都是徒劳。
终于，舅舅怀着最后的留念闭上了眼睛。1512年3月29日，乌卡什·瓦兹罗德主教因病去世，享年64岁。
20年来，是舅舅像亲生父亲一般抚育培养了哥白尼，虽然他同哥白尼之间发生过冲突，但他的死不能不对哥白尼产生巨大影响。
虽然哥白尼还有一位哥哥，但哥哥身患不治之症，已经被瓦尔米亚神甫会开除了，在舅舅去世之后不久，他也离世了。