同业拆借市场是中国货币市场中发展最早的一个子市场，但是相对于海外市场经济国家来说，中国的同业拆借市场并不是一个标准的货币市场，其在建立之初的种种违规现象说明该市场最初的目的不是为了流动性管理的需要，而是为了通过频繁的短期拆借活动融通长期资本，将短期资金长期化使用，从而“合理”地将资金从国有银行体系拆出，规避货币当局的信贷规模控制。这种功能的异化情况在1996年全国统一市场建立之前表现明显。可以说，中国的同业拆借市场是在不正规的银行体制、不发达的金融市场、不健全的银行准备金管理制度以及不完善的中央银行监管体系下产生发展起来的。尽管从1996年以来同业拆借市场的发展有目共睹，但其存在的问题也不容忽视。
一、市场主体缺位
为了维护同业拆借市场的秩序，中国人民银行依法对同业拆借市场进行监督管理。金融机构进入同业拆借市场必须经中国人民银行批准，从事同业拆借交易也接受中国人民银行的监督和检查。虽然目前我国银行间同业拆借市场成员已经涵盖了政策性银行、商业性银行（含国有独资银行、股份制银行、城市商业银行、外资银行）、保险公司、证券公司、基金管理公司、农村信用联社、财务公司等金融机构，但外资的非银行金融机构以及国内众多的小型金融机构根本无法进入这个市场，这就在某种程度上造成了该市场主体的缺位，即市场交易缺乏一般代表性，交易价格也缺乏市场性。而且由于我国金融体系仍是以银行为主导，因此四大国有控股银行对资金市场的实际垄断也表现在其对同业拆借市场的主导地位上。
2009年2月，全国银行间同业拆借中心发布的2008年度全国银行间同业主借市场交易量100强及交易活跃前100名名单中，可以看到，商业银行在该市场中占据了主导地位，其中：中、工、建、交等四家商业银行处于前十位。同时也可以看出尽管其他金融机构（特别是外资银行）的交易相当活跃，但由于自身资本的限制，它们在中国银行间同业拆借市场中的影响程度还很小。
二、市场交易机制不健全
我国同业拆借市场交易机制的不完善主表现为以下两点：
1.直接交易方式比重大，信用风险依然存在。由于我国缺乏健全的市场经纪制度，自1998年中国人民银行融资中心撤销后，经纪组织的缺位就导致了我国同业拆借市场交易以直接交易方法为主（我国目前引入的货币经纪公司只有两家，且业务以非人民币拆借为主）。而直接交易方式由于交易双方存在必然的信息不对称性，随着交易主体、交易币种、交易规模的不断扩大，由此带来的风险会不断加剧，信用风险造成的的损失可能加大。
2.强制性统一的电子交易系统一定程度上降低了市场效率。我国目前统一的银行间同业拆借市场是1996年依托全国外汇交易中心的交易平台建立起来的，同业拆借交易必须在全国统一的同业拆借网络中进行，这种制度的安排的初衷当然是为了加强货币当局对该市场的监管，但由于货币经纪的缺失和代理行业务的不健全，这种制度已经实际上把中小金融机构摒弃在这一电子交易系统之外。中小金融机构的融资需求大多需通过网外交易才能完成，这既降低了市场效率同时也从另一方面加大了市场风险。
三、同业拆借市场利率尚不能完全成为基准利率
在国际金融市场上，同业拆借利率一般是货币市场中最主要的基准利率。同业拆借市场利率之所以能够成为市场基准利率的重要前提之一，就是它的利率形成机制是高度市场化的，因此它能够灵敏地反映同业拆借市场上资金供求的动态变化，并且成为中央银行货币政策操作的中介指标。
但我国同业拆借市场形成之后，同业拆借利率一度被货币当局严格管理，直至1996年全国银行间统一拆借市场成立后，同年6月1日中国人民银行才取消了银行间同业拆借利率的上限限制，此后2007年1月4日中国人民银行推出了报价制基准利率——上海银行间同业拆放利率，简称Shibor。
但是由于我国现有利率结构不合理，在货币市场的利率体系中市场化的利率与管制利率同时存在（尽管货币市场中大多数的利率品种都已经实现了市场化），于是造成了我国的同业拆借利率还未成为货币市场基准利率，未能充分实现其市场参照功能，这也反映出我国同业拆借市场与发达国家同业拆借市场的差距。
四、监管体制不完善
同业拆借市场是一个无担保的信用交易市场，因此对其的监管要求更高，但我国对同业拆借市场的监管体制不健全已在一定程度上制约了我国同业拆借市场的有序、健康发展，其问题主要表现在两个方面：
1.缺乏有效的监管框架及专业监管人员。目前我国对同业拆借市场的监管主要以中国人民银行的行政性监管为主，而中介机构的监管和交易成员的自律性监管机构尚未形成。不仅如此，当前中国人民银行分支行监管货币市场的岗位，基本上都设在货币信贷管理处，专门从事对同业拆借市场监管工作的人员紧缺。与此同时，2004年中国人民银行进行职能拆分时绝大部分的监管人员被划进了银监会（局），这也加剧了同业拆借市场专业性监管人员不足的矛盾。
2.相关法律法规不健全。我国从1984年到现在有十几部法律、法规和相关管理办法对同业拆借市场作出过规定，但这些相关的法律法规却存在着以下问题：一是法律法规操作性差，如对于同业拆借市场中可拆借资金概念的界定，目前我国规定指的是市场参与主体手中的闲置资金，但对于什么是闲置资金却无进一步明确规定。而对于拆借资金的使用，现行法规也只做了泛泛规定，实际上给金融机构违规使用拆借资金留下了法律漏洞。二是管理政策缺乏前瞻性，政策间相互不衔接。