建武十六年（公元40年）二月，交趾郡（越南河内地区）女子征侧及其妹征贰发动叛乱，攻陷交趾郡，九真（红河口以南，沿北部湾至顺化地区）、合浦（广东广州到广西北海一带）等郡皆有人响应，共略地六十五城，征侧自立为王，都尼米冷（越南安浪）。交趾刺吏及诸太守仅能自守，岭南受到严重威胁。
建武十七年（公元41年），刘秀以马援为伏波将军，远征东南，平定叛乱。马援进至合浦（广西合浦东）后，乘船沿合浦、交趾两郡海岸南下，至麋水（红河）入海处，再下船沿河西北进，开山路千余里，在浪泊（河内以东）大破征侧叛军，歼敌数千，投降万余。马援连续追击，沿途数败叛军。追至禁溪（越南永富省安朗西），叛军溃败。次年正月，出斩征侧、征贰。交趾平定。交趾平定后，马援又率军渡海南下，继续消灭九真郡二征余部，歼敌五千余人，九真亦平。
马援在交趾和九真郡时，对所过郡县，都修建城池，筑路穿渠，教民灌溉，以利人民生活和生产。并根据当地民族的传统风俗习惯，修改不恰当的汉律，奏明刘秀颁行。以后两郡人民即奉行马援的新法。由于马援的措施，对巩固两郡的封建秩序有利，使人民得以安居乐业，所以颇得当地人民的爱戴。后来在越南及广东广西各地，到处都建有“伏波庙”，以纪念他的功绩。