皇帝召集枢密院官商议。有人建议将梁山一百零八人骗到京城，之后全部杀掉。
正在这时，走出一位大臣，斥责这些人坏国家大事，原来是宿太尉。宿太尉奏道，现在辽国已侵占九州所属县治，不如让宋江等人去攻打，也好让他们建功立业。
皇帝听完，称赞宿太尉说的有理，痛骂枢密院童贯等奸臣，之后下圣旨给宋江、卢俊义。
宋江等人听罢圣旨，都十分高兴，又请宿太尉宽限数日，以便安排好各位将领的家眷。
皇帝下诏，催宋江等人前去攻打大辽。宋江带兵向北进发。一月之后占领幽州，紧接着又大破混天象阵。数日之后，又将计就计得润州；后又设计取苏州，征讨方腊。
宋江与卢俊义两军汇合攻打清溪县。吴用献上一计，派李俊、童猛等人佯装投降，进入城中。宋江在外攻打，里应外合，厮杀在一起，方腊逃回帮源洞口，坚守洞口，不出来迎敌。宋军再攻帮源洞，公主自缢，方腊逃走。
忽见鲁智深擒着方腊回来，原来鲁智深杀了夏侯成之后，有一老僧让他在此等候，恰好抓到了方腊。
宋江非常高兴，对鲁智深说他立了大功，可以还俗做官，鲁智深说他没有此意。
谁知病在杭州的八人，只有杨林、穆春回来，其他六人都病故了。宋江思念亡将，不禁洒下热泪。
宋江班师回朝，路经浙江，武松、鲁智深二人在一寺中休息，忽听潮信轰响。鲁智深便想起了智真大师的偈语“听潮而圆，见信而寂”，便在寺中坐化了，终成正果。
不想这时，杨雄背疮复发而死，时迁得绞肠沙而死，丹徒县回文说杨志已死。
林冲患风瘫，武松照顾他，半年之后林冲又死，武松在六和寺出家一直到八十多岁。
燕青私逢来劝卢俊义隐迹埋名，以终天年，卢俊义不肯，燕青只得自己走了。
李俊不愿随宋江进京，就假装中风，留下童威、童猛照顾，又找到了费保等人，一起乘驾出海，远奔异国他乡。
就这样，宋江征方腊之后活着的三十六人，只剩下二十七人跟随回京城，百姓看了非常惊奇。
皇帝对这些得胜回来的将领封官加爵，又厚待亡去将领的家属。
宋江思念九天玄女娘娘的帮助，出钱重建九天玄女娘娘庙，完成了一桩心事。
忽然一天，戴宗前来与宋江告别，他想去泰安州岳庙里了此残生，后来大笑而终。
阮小七因征方腊时，穿了方腊的龙袍嬉戏，与王禀、赵谭发生争执，二人后来使坏，将阮小七贬为平民。阮小七带了老母回石碣村，以卖鱼为生，寿至六十而亡。
柴进怕受陷害，告了官，求闲为农，无疾而终。李应、杜兴也效仿柴进而去。
剩下的一些将领关胜醉后落马身亡，呼延灼随军冲杀，官至节度使。
众头领有的走马上任，有的弃官回家。吴用、花荣、李逵等人上任，朱武做了道人。
高俅、杨戬怕朝廷重用宋江等人，便在御赐酒中下水银毒害卢俊义，使他醉后落水而亡。之后又请奏后赐御酒给宋江，防备他不满，二奸臣又在酒中放下慢性毒药。宋江喝完之后知道大去之日不远，为了保全忠义之名，怕自己死后李逵反宋，便召李逵前来喝御酒。之后宋江告诉了他真相，李逵大叫罢罢罢，愿随宋江而死，众人按宋江遗愿，把他们葬在了蓼儿洼。
一天，吴用因梦见宋江便来到了蓼儿洼，恰好花荣也去了，二人为免遭奸人杀戮，双双在宋江墓前自杀。
一天，皇帝到李师师家中，夜里梦见戴宗领他上梁山走了一趟，看见了哭泣的宋江，向他陈述冤情。
皇帝下令在梁山造庙宇，并亲写御书“靖忠之庙”，自此香火不断。
水浒传到此就结束了。