对于锰结核的形成，一般有三种说法：
（1）生物成因。锰结核的金属来源于沉降到海底的海洋动物遗骨。当它们被生活在结核表面的底栖微生物食用后，使金属聚集，逐渐使锰结核增长。
（2）火山成因。锰结核是由海底火山及由此产生的火山岩的缓惭蚀变，使岩石中含有金属被淋滤，经过沉淀而形成的。
（3）自生化学沉积说。认为锰结核的金属原自海水和沉积物的孔隙水，河流将大陆上的某些金属元素和沉积物带到海中，经过自生化学沉积作用而形成锰结核。这些说法各有各的道理，锰结核究竟是什么原因形成的，恐怕也只能在今后的实践中去寻找答案了。