清代什刹海与京杭大运河的关系与明代中后期基本相同，可用“藕断丝连”这个成语来形容。什么意思呢？如果把从通州到积水潭（什刹海）间的漕运通道比作一根藕，在元代漕船可直接驶入积水潭的时候，是整个的完整的一根藕。但是，自明代永乐年间扩建北京内城的南部，宣德年间又将皇城东墙外移，此后，自通州而来的漕船再也不能通过通惠河而驶入什刹海了，只能停泊在东便门外的大通桥处。清代亦然。从这个意义上来说，从通州到北京城内什刹海的这根“大藕”是被人为地截断了。但是，什刹海的水仍然通过北京城内的原通惠河河道流入大通桥以下的通惠河（又称大通河），乃是通州至大通桥间漕运河道的主要水源。从这个意义上说，虽然北京城内的原通惠河河道不能通行漕船了，与大通桥下通惠河的漕运被隔断了，但是，水还连通。如果把北京城内的原通惠河水道比作“藕丝”，那么，实际情况是“藕”虽断，“丝”仍连。所以，可用“藕断丝连”这个成语比喻明中后期及清代的什刹海与大运河的关系。当然，这个比喻未必确切，但是也反映了一定的现实。现实就是北京城内的原通惠河河段不能行驶漕船了。
《大清一统志·顺天府·山川》记载：“元时既开通会（惠）河，运粮直至积水潭。自明初改筑京城，与运河截而为二，积土日高，舟楫不至，是（积水）潭之宽广，已非旧观。故今指近德胜桥者为积水潭，稍东南者为十刹海，又东南者为莲花泡子，其始实皆从积水潭引导成池也。”意思是说，元朝时成功地开凿了通惠河，南来的运粮船可以直接驶进积水潭。自从明朝初期改筑北京城后，将积水潭与运河隔截开来，所以积水潭岸边的积土一天比一天高，舟船到不了这里，这积水潭的南北之宽、东西之广，已不是原来的样子。所以，现在指近德胜桥的部分为积水潭，稍向东南的部分为什刹海，再向东南的部分为莲花泡子。原来的时候都是从积水潭引水联而成水泊的。
清代，虽然漕船进不了什刹海，但什刹海却有前代所少见的功能与气象。
清代在什刹海地区出现了一些官府衙门。据《光绪顺天府志·衙署》记载：三旗参领署在地安门外白米斜街。正黄旗满洲都统署在德胜桥南。正黄旗蒙古都统署在石虎胡同北。监造花炮处在地安门内甬路西（即在前海东南不远）。值年旗衙门在地安门外雨儿胡同。右骁骑马队厂在德胜门内刘海胡同。威远营锐字步队厂在德胜门内三不老胡同，等等。但是，在什刹海地区最重要的官署还是宛平县衙。宛平县的前身是唐代分蓟县而新置的幽都县。辽代改名宛平县，属析津府。金属大兴府，元属大都路。自唐代至元代的幽都县及宛平县署在旧幽州城即辽南京及金中都城北。据赵万里辑《元一统志·里志》：“宛平县……东北至大都平则门（在明北京阜成门处）五里，东至大兴县界丽正门（在天安门稍南）九里……东到大都顺承们（在西单十字路口稍南）五里……东南到大兴县十里。”按元大兴县治所在今和平门外琉璃厂海王村，则宛平县治所当在西便门外真武庙头条附近。《永乐大典》本《顺天府志》说：宛平“县治在（顺天）府城西北丰储坊，洪武三年依式盖造”。按虽然丰储坊名后来不见，但这条史料说明，在明洪武三年（1370）时，宛平县治已由北平城外迁入北平城内了，这就是在龙头井西、东官坊处的宛平县衙。1928年，国民政府建都南京后，宛平县衙才由北平城内迁于卢沟桥东端的拱极城，所以拱极城也叫宛平城。
清代，什刹海周围地区有多处王公府第及达官名儒的故居。这与什刹海周围地区具有优越的自然环境与人文环境有密切关系。例如：
成亲王府与醇亲王（摄政王）府
成亲王府在什刹海北岸，坐北朝南，分中、东、西三路。中路为宫殿式主体建筑，包括临街大门、大小宫门、神殿、银安殿、遗念殿、后罩楼等。东路为祠堂、佛堂、神厨、雇工住房等。西路是王府的住宅、客厅、书房及花园等。这里原是康熙朝大学士、太子太师明珠的宅邸，后为成亲王府。成亲王，名永瑆，是乾隆皇帝的第十一子。乾隆五十四年（1789）封成亲王。嘉庆四年（1799）正月，成亲王受命在军机处行走，总理户部三库。在这之前，尚没有亲王在军机处行走的先例，清代由亲王领军机处是从成亲王永瑆开始的。成亲王学问渊博，风度高雅，又善书法，不要说官居高位，即使把他放到知识分子群里，也毫不逊色。到清朝晚期，成亲王府又变成醇亲王奕譞的府邸，因为在北京内城西南角已有一处醇王府，所以什刹海北岸的醇王府称为“北府”，又称“摄政王府”。清代最后的一位皇帝即宣统皇帝溥仪就诞生在这里。中国民主革命的先驱孙中山先生的夫人、曾任中华人民共和国名誉主席的宋庆龄的故居就是这座醇王府的西花园。醇王府及宋庆龄故居已列为全国重点文物保护单位。
恭亲王府
恭亲王府在前海西街，坐北朝南，可分为前、后两部分。前部是府邸，后部是花园。府邸部分是由中、东、西三路院落构成的古建筑群。中路有大门、二门、正殿及东西配殿、后殿及东西配殿。东路的建筑主要有多福轩、乐道堂等，分别是会客处、起居处；西路的建筑主要有葆光室、锡晋斋等，为置办处。这三路院落的北部是五十间连通的二层后罩楼。后罩楼北是花园，花园内中假山、水池、殿堂、亭阁，错落有致，美不胜览。恭亲王府原是乾隆朝权相和珅的宅第。和珅身败后，于嘉庆四年（1799）三月，皇帝将其宅邸赐予庆亲王永璘，成为庆王府。因为永璘的孙辈奕劻被立后，承袭辅国将军衔，仍居庆王府内已不合清代规定，于是奉命迁出，府邸在定阜大街西部路北，原来的老庆王府就成为道光皇帝第六子恭亲王奕的府邸，遂变成恭王府。现为全国重点文物保护单位。
庆亲王府
庆亲王府在定阜大街西部路北，是清末庆亲王奕劻的府邸。奕劻是庆亲王永璘的第六子绵性的儿子。咸丰二年（1852）封贝子，十年进贝勒；同治十一年（1872）加郡王衔，为御前大臣；光绪十年（1884）受命主管总理各国事务衙门，进庆郡王；二十年，慈禧太后六十大寿时，按懿旨晋爵庆亲王。二十六年，八国联军打进北京时，受命同大学士李鸿章与各国议和。次年，总理各国事务衙门改为外务部，部务由奕劻总理。二十九年，奕劻为军机大臣，仍主管外务部，不久又受命总理财政处、练兵处。总之，庆亲王奕劻是清末政治舞台上的一个重要人物，获“世袭罔替殊恩”。庆亲王府原来是道光时的军机大臣琦善的宅邸，为并排的五个院落，中部主要是殿堂，今存后殿；东部已改建得全非旧观；西部三个院落是生活居住区，奕劻的居室、书房、客厅、二层楼房、戏楼等都在西部。民国间，庆亲王府曾成为十一战区长官部驻地。
涛贝勒府
涛贝勒府在定阜大街东部路北，今柳荫街27号。涛贝勒即载涛，是醇亲王奕譞的儿子，过继给钟郡王奕詥为嗣，是清朝末代宣统皇帝的叔父。涛贝勒府建于宣统年间。民国后，载涛迁居于山老胡同，此府邸变成辅仁大学校舍。
愉郡王府与钟郡王府
愉郡王府在涛贝勒府北，今柳荫街西、铜铁厂胡同南。但也有文献说“在三座桥西”或“在龙头井”。愉郡王是康熙皇帝第十五子允禑。雍正四年（1726）封贝勒；八年封愉郡王。次年病亡，其子弘庆袭爵。愉郡王府后来变成钟郡王府。钟郡王是道光皇帝的第八子奕詥，咸丰帝即位后封为钟郡王。同治七年（1868）病故，无子，先以恭亲王奕的儿子载滢为嗣，袭爵贝勒，故钟郡王府又曾是滢贝勒府。但滢贝勒因犯罪涉案而被剥夺爵位后，又以醇亲王奕譞之子载涛继为钟郡王奕詥后嗣，袭爵贝勒，加郡王衔。故钟郡王府邸即涛贝勒府。
阿拉善亲王府
阿拉善亲王府在煤场胡同，今毡子胡同7号。阿拉善是蒙古部落，在贺兰山西过着游牧生活。《清史稿·藩部三》记载：康熙四十三年（1704），阿拉善部首领和啰理的儿子阿宝娶清某亲王女（郡主）为妻，与清室结亲，成为“和硕额驸”，皇帝赐第京师。这大概就是阿拉善王府的由来。
棍贝子府与德贝子府
棍贝子府与德贝子府在新街口北街路东，积水潭的南岸。棍贝子府在东，德贝子府居西。棍贝子府原为固山贝子弘暻的府邸，弘暻是康熙皇帝第三子、诚亲王允祉的第七子，雍正八年（1730）晋封贝子。德贝子府原为辅国公弘曣的府邸，弘曣是康熙皇帝的第二子、废太子、理亲王允礽的第六子，雍正六年（1728）封辅国公。另外，《京师坊巷志稿》说，诚亲王新府在蒋家房。又土默特贝子邸在蒋家房。所谓诚亲王新府及土默特贝子邸，当即棍贝子府与德贝子府处。《宸垣识略》说，惠郡王府在新街口。
此外，康熙皇帝第十子、辅国公允俄的府邸在南官房胡同。康熙皇帝次子允礽的孙子、辅国公永璥的府邸在兴华胡同。
如上的清代座座王府，幢幢豪宅，是什刹海地区历史文化中引人注目的景观。除了这些王府之外，什刹海周围还有不少的清代达官显贵的宅第。例如：
清初的军机大臣、保和殿大学士、《明史》的总纂官张廷玉的宅邸在护国寺西。
清初归降、康熙间封为承恩公的白文选的宅邸在长（厂）桥胡同。
康熙朝户部尚书、文华殿大学士蒋廷锡的宅邸在李广桥。乾隆间东阁大学士兼管户部的蒋溥（蒋廷锡之子）的宅邸在李广桥左侧。
雍正进士、乾隆间累官至文华殿大学士、一督云贵、三督川陕、四督两江的名臣尹继善的宅邸，在前井胡同。
乾隆间状元、文华殿大学士、四库全书总裁、《日下旧闻考》主笔于敏中的宅邸在今兴华胡同。
乾隆间封为一等武毅谋勇公的兆惠，其宅邸在德胜门街煤厂胡同，今前井胡同。
乾隆间进士、官至户部尚书、协办大学士的英和，其宅邸在小翔凤胡同。
咸丰进士、官至兵部尚书、军机大臣、有“西北将帅第一”称号的景廉，其宅邸在航空胡同。
清末著名的洋务派大臣、官至体仁阁大学士的张之洞的宅邸，在什刹前海南岸的白米斜街11号，等等。