于谦在兵部任职时，北有瓦剌也先，福建有邓茂七，浙江叶宗留，广东黄萧养，湖广贵州、广西瑶、壮、苗、僚等各地的叛乱也接连不断。为平定这些叛乱，各种指挥征调，都靠于谦大力运作。于谦智虑明敏，遇事剖断如流，当日的公务绝不留到第二天。当时军马倥偬，变在俄顷，于谦“目视指屈，口具章奏，悉合机宜”。同僚部下只是接受指令而已，大家无不骇服。于谦统军，号令严明，即使是勋臣宿将，有一点点不合纪律，于谦也要向皇帝请求下旨予以严厉批评。他的一纸命令下达，万里之外立刻执行，没有不严肃对待的。于谦才略开敏，精神周至，一时无人可比。土木之变后，于谦担任兵部尚书，毅然以社稷安危为己任，戡平祸乱，部署有方，因而被称为“救时宰相”。
于谦至性过人，一心投入公务，忧国忘身。英宗回归后，于谦从来不提自己的功劳。景帝也深知于谦，对于于谦提出的奏请没有不听从的。景帝曾派人到真定、河间采野菜，到直沽造干鱼，这虽然算不了什么大事，但于谦认为这会扰民，向景帝进言停止，景帝立刻改正。景帝要启用一人，一定私下征求于谦的意见。而于谦也必定会不避嫌怨，照实回答，毫无保留。于谦轻视那些无用的勋贵，因此一些不称职的官员都怨恨于谦，不被重用的官员也嫉妒于谦。于谦性格刚烈，遇事有不如意，就抚胸而叹，说：“此一腔热血竟洒何地！”武清侯石亨因为统军失律而被削职，于谦为他请求皇帝宽宥。后来石亨得到了重用。石亨功不如于谦，而得以封侯，于心不安，就到皇帝面前为于谦的儿子于冕要官。于谦知道后，说：“臣于军功，力杜侥幸，绝不敢以子滥功。”石亨为此大为羞愧愤恨。于谦因为清正，得到皇帝的重用，却树了一些敌人。
于谦对自己很节俭，他的住所毫无修饰，仅蔽风雨而已。景帝曾赐给于谦一座大住宅。于谦叩首辞谢，说：去病竖子，尚知此意。
臣独何人，而敢饕此？他说霍去病不过是一介武夫，尚且知道不居功。我于谦是什么人，敢随便贪图奖赏吗？景帝不同意。但于谦在新宅，始终不居住正堂，而是把景帝所赐的玺书、袍铠、弓箭、冠带等安放在正堂，加上封条，每到年节打开看一看。
当时国家多事，于谦常常忙于公务，就睡在值房不回家。景帝任用于谦，也关爱于谦，于谦有痰病，疾病发作时，景帝就遣太监兴安、舒良轮番去探望。听说他使用的东西太俭省，就命令宫中为他准备。景帝甚至亲自到万岁山（今北京景山）砍竹子，榨汁赐给于谦治病。有人说皇帝宠于谦太过，太监兴安等说：“彼日夜分国忧，不问家产。即彼去，令朝廷何处更得此人？”于谦死后被抄家，“家无余资，萧然仅书籍耳”。
于谦有大功于国家，却被无辜处死，天下无不为他称冤。皇太后起初不知于谦被杀死，知道消息后，嗟叹哀悼了多日。英宗后来也为杀于谦而后悔。于谦死后，石亨的亲信陈汝言代为兵部尚书，不到一年，贪赃上万，英宗召大臣们来看，说：“于谦在景泰一朝得到信赖，但是死无余资。陈汝言的资财为什么这样多呀？”石亨俯首不能回答。遇到边境有事，大家更是怀念于谦。当时有人写诗“鹭鸶冰上走，何处寻于谦”，表达了人们的痛惜之情。
明宪宗即位之初，于谦的儿子于冕被赦免还乡。他向朝廷上书讼冤，于谦因而得以恢复官职、赐予祭祀。皇帝的诰敕说：于谦“卿以俊伟之器，经济之才，历事先朝，茂著劳绩。当国家之多难，保社稷以无虞。惟公道之独持，为权奸所并嫉。在先帝已知其枉，而朕心实怜其忠”。宪宗还特派礼臣前往西湖祭祀于谦亡灵。明孝宗弘治二年（1489）下诏，追授于谦为特进光禄大夫、柱国、太傅，谥肃愍，在墓旁赐建旌功祠，年节进行祭祀。万历年间，皇帝下诏，改谥于谦为“忠肃”。
于谦墓在浙江杭州西湖畔的三台山麓。杭州和他曾任过职的河南、山西，都对于谦奉祀不绝。
千锤万击出深山，烈火焚烧若等闲。
粉骨碎身全不惜，要留清白在人间。
这首诗虽然并不是于谦所作，但它是于谦精神的真实写照。于谦的精神将千古传诵。
于谦魂归故里后，每年都有大批善男信女到墓前进香拜谒。清代著名诗人袁枚在拜谒岳飞和于谦之墓后，曾信口吟出“赖有岳于双少保，人间始觉重西湖”的不朽名句。