杨纪珂到了中国科技大学（当时设在北京）任教不久，“文革”狂风便翻卷起来了。
他新来乍到，不大有人注意他。这样，在“文革”初期，他倒安安稳稳，一有空就看他的专业书籍。
没想到，在“大串连”的时候，他遇上了麻烦：别人趁“大串连”之际，探亲的探亲，游山玩水的游山玩水。他呢，却带着儿子到西双版纳采集蝴蝶标本！
他喜欢研究蝴蝶，是受了妻子的影响。当年，妻子在美国念昆虫学，他常常手持捕虫网，帮助妻子逮蝴蝶，做标本。他仔细阅读了妻子的昆虫学书籍，弄清蝴蝶的分类。他抓住一只蝴蝶，便能很快断定这只蝴蝶属于什么科、什么目。
回国之后，他仍对研究蝴蝶有着浓厚的兴趣，曾多次向“蝴蝶专家”李传隆教授请教。
就这样，这位中国科技大学的数学教师，居然远征西双版纳，去跟蝴蝶“串连”。
他带了一大箱蝴蝶标本回到北京。
这下子糟了！“红卫兵”们的“革命警惕性”甚高，一听说杨纪珂跑到西双版纳，马上作了“大胆”的“推理”：西双版纳地处边境要地，杨纪珂到那里，要么筹划着“偷越边境”，要么进行“特务活动”。
于是乎，杨纪珂受到“审查”。“红卫兵”们要他交代“特务活动”。幸亏杨纪珂的记性不错，清清楚楚地“交代”了南下西双版纳的日程、路线、住宿何处。
两位“外调”人员手持杨纪珂的“交代”，离开了北京，一处一处，一地一地，去查找“罪证”。花了2000元“出差费”，毫无所获，回到北京！
然而，在那种指鹿为马、颠倒黑白的年月，“事出有因，查无实据”，杨纪珂竟被当做“特务”折腾了一年！
祸水殃及杨纪珂笔下的诗词。“文革”前，他曾写过一首《粒子歌》，文辞优美：
世人见大难见小，人眼光波非了了。
蜂须蝶粉几曾看，粉芥微尘何足道。
谁知毫末乾坤里，蒙蒙分子新天地。
结连原子类花丛，嫣红姹紫堆云彻。
……
在这首七言长诗结尾处，杨纪珂写道：
逍遥粒子教人迷，科研道上多荆棘。
荆棘虽深岂畏难，拨开云雾见青天。
终教小大分明剖，好闯科研第一关。
唉，“左”眼看诗，鸡蛋里面挑骨头。“红卫兵”抓住了“拨开云雾见青天”，大做文章：你杨纪珂心目中的“青天”，不就是“青天白日”，不就是国民党——国民党的党旗是青天白日旗。你“拨开云雾见青天”，不就是想念国民党？这样的诗，是道道地地的“反诗”！
1970年，中国科技大学迁往安徽合肥。杨纪珂也从北京调往那里。于是，也和汪安琦成了“牛郎织女”，分居两地。