贝加尔湖，古代的西伯利亚人叫它“谜语之海”。13世纪的意大利著名旅行家马可·波罗，是第一个提到贝加尔湖的欧洲人。俄国人直到17世纪20年代才知道有这么一个湖。这里丰富的鱼类和海豹吸引了第一批俄罗斯移民，他们就在此建立了渔村。
18世纪初，彼得大帝派出了第一支考察队，考察了东西伯利亚和贝加尔湖沿岸地区。十月革命后，苏联在这里成立了贝加尔湖考察站，进行了大量的调查和研究活动。科学家们认为，几百万年以前，像贝加尔湖中的许多特殊的淡水生物，在世界各地都有，但经过漫长的岁月和大自然的严酷袭击，它们差不多都被无情地淘汰灭绝了。
那么，那些典型海洋生物，又是通过什么方式、在什么时候进入贝加尔湖的呢？过去的学者认为，贝加尔湖在古代不是海洋，而是与海相通的海湾。古生物学和地质学家，在湖岸以东地区，发现了中生代700万年以前的海洋沉积物。他们断定，当时在那里曾有过一个外贝加尔海。后来由于地壳变动，造成海退，但还是留下了宽广的内陆蓄水池。因为雨水不断加入，湖水渐渐由咸变淡，并且步步向西移动，到达现在的贝加尔湖地区，分散成一系列由河流连结起来的湖泊，贝加尔湖就是其中最大的一个。湖里的海洋生物，是千万年前来不及撤退的“老祖宗”繁殖出来的子孙后代。
少数科学家认为，贝加尔湖里的海洋生物来自地中海。古地中海比目前的地中海宽广得多，后来发生了地壳运动，古地中海东段都变成了山，仅在中亚细亚地区还剩下少数湖泊，如里海、咸海等。
确实这些古代海洋变成的咸水湖里，至今还有不少海洋生物。他们说，尽管贝加尔湖海豹同北冰洋里有环纹的海豹是亲属，但却和遥远的里海海豹更相似，这说明贝加尔湖可能是在古地中海消退之后生成的。
这些争论，都不可避免地归结到贝加尔湖的起源，它是什么时候，又是怎样形成的？而要了解它的过去，就必须研究沉积在湖底的岩石标本，才能精确地推断湖盆的年龄和历史。
随着科学技术的发展，20世纪50年代初，科学家在贝加尔湖滨打了几个很深的钻井。在取上来的岩芯样品中，没有发现任何中生代沉积岩层，而只有新生代的岩层。
科学家根据这些资料，再结合邻近地区在地质、古生物和古地理方面的材料，证实贝加尔湖地区在中生代时既没有被海水淹没过，也不存在湖泊，在很长时间里一直是陆地。贝加尔湖的地质史告诉人们，它还是一个“新生儿”，大约诞生于2500万年前的新生代。当时由于强烈的地壳断裂活动，围绕贝加尔湖的山脉急剧升高，湖盆迅速地陷落下降，形成了一条狭长深陷的谷盆，从而诞生了世界上最深的淡水湖泊——贝加尔湖。
这个结论无情地否定了贝加尔湖起源于海洋的猜测。于是，一些科学家又提出了新的假说，他们认为海洋生物是从北冰洋沿着河流进入贝加尔湖的。有的说，这些“外来者”的捷径先是叶尼塞河，然后上溯到支流加拉河，再直达湖中。也有人说迁移路线是沿勒拿河、维蒂姆河到达贝加尔湖的。但是不管走什么路线，这种大规模的迁徙都发生在比较近的地质时期。
有人对此表示怀疑，理由是这些海洋生物为什么要兴师动众搬到贝加尔湖来居住呢？他们认为，这些所谓的“海洋生物”是贝加尔湖中土生土长的。当一般的淡水生物进入浩瀚的、像海一样深的贝加尔湖以后，争取生存的斗争，使它们身上慢慢出现了与海洋生物类似的典型标志。
不过，有人反对说，有些生物的海洋特性，不可能是后来在淡水湖中获得的。于是许多人就采取了折中的看法：少数生物如海豹等，是从北冰洋游进来的“不速之客”，而其他一些所谓的“海洋生物”，则是贝加尔湖特定环境之中生成的。
关于贝加尔湖特有生物起源问题的争议，就像贝加尔湖本身一样，变幻不定，莫测深奥。