关于诸葛亮军事方面的著作和言论，是有一些的，陈寿编纂的《诸葛亮集》目录，仍然保留在《三国志·蜀志·诸葛亮传》里，共有二十四篇。其中的《南征》《北出》《兵要》《传运》《军令》等篇都是关于军事方面的著作。
诸葛亮的军事思想主要体现在以下几个方面。
第一，诸葛亮认为军队的作用是保卫国家。他明确地说：“治军之政，谓治边境之事，匡救大乱之道，以威武为政，诛暴讨逆，所以存国家安社稷之计。”“治边境之事”是指抗击外部敌人的入侵；“匡救大乱”是指镇压内部敌人的叛乱。他强调军队的强弱事关国家的安危，说：“国以军为辅，君以臣为佐；辅强则国安，辅弱则国危”。所以一个国家必须要有强大的军队。
第二，诸葛亮强调“居安思危”，“有备无患”，这是一条重要的战略原则。他还专门写了一篇《戒备》，来论述加强战备的重要性。他说：
国家大事，没有比戒备更重要的了。如果在戒备这个问题上有丝毫疏忽，就会在战争中遭受严重损失。军队覆灭，将领被杀，这是顷刻之间发生的事情，是很可怕的。所以只要有战争危险，君臣顾不得吃饭也要谋划对策，选拔有才能的人去做好防范工作。如果和平时期不考虑有战争的危险，敌人打来了还不知道害怕，这就如同燕子在帐幕上垒窝，鱼儿在锅里游动，灭亡就在眼前了！所以说有备才能无患。军队的一切行动，不可以没有戒备。
这种“有备无患”的思想，在诸葛亮的军事实践中也是有所体现的。他对敌人正在和将要发动的战争是非常警惕的，从来没有打过无准备之仗。
第三，诸葛亮不把战争看做是达到政治目的的唯一手段，单纯凭借军事力量一意孤行。他能够把军事和其他手段结合起来，达到预期目的。如他在领兵平定南中地区的叛乱时，在采取军事手段的同时，还采取政治手段，注意争取人心，正确处理兵战与心战的关系。先是采取兵战（军事进攻）与心战（政治攻势）相结合的方式，使少数民族首领孟获“心服”，取得了平叛的胜利；后是在军事做后盾的情况下，继续贯彻“心战为上”的原则。实行“和抚”政策，达到了“夷汉粗安”的政治目的。在北伐曹魏过程中，诸葛亮也重视政治攻势，宣传以“有道”（蜀汉）伐“无道”（曹魏），一出祁山时三郡响应，当与此有关。后来，这种政治攻势虽然起的作用不大，但他注意将政治斗争与军事斗争相结合，这一思想则是可贵的。
第四，诸葛亮在对敌作战时，从不忽略开展必要的外交活动，注意将军事斗争与外交斗争互相配合。他从刘、孙、曹三方矛盾的实际出发，力图同孙吴搞好外交关系，以“求掎角之援”，将攻击的锋芒指向主要敌人曹魏。早在赤壁之战时，由于联合孙权成功，取得了抗曹的重大胜利；北伐期间，由于排除干扰，与孙吴保持和发展了联盟关系，不仅使北伐“无东顾之忧”，而且得到了孙吴在军事上的一定配合，使曹魏的“河南之众不得尽西”，牵制了曹魏的军事力量，从而有利于出师北伐。
第五，诸葛亮能够在战略上藐视敌人，敢于同强敌做斗争，同时也能够在战术上重视敌人，认真地对待每一场战争。赤壁之战前，面对强大曹军的追击，在刘备势力面临败亡的形势下，诸葛亮敢于联合孙权，同曹操对抗。当然，这种信心是建立在正确分析敌我双方力量的基础之上的。他看到了曹军的短处和联军的长处，不为曹军的声势所吓倒，同时在战术上重视曹军，力促孙刘联军紧密配合，协同作战，发挥水上作战的优势，采取火攻战术，从而取得了以少胜多、以弱胜强的战果。北伐期间，诸葛亮在战略上藐视强大的曹魏，在军事上敢于同其进行反复的较量，去争取胜利。而在具体作战部署上，则重视曹军的力量，采取了小心谨慎的态度。第一次北伐时，魏延提出由子午谷偷袭长安的建议，诸葛亮认为这不是“坦道”，风险很大，没有采纳。第一次北伐失败后，诸葛亮从实际出发，认识到北伐存在着严重困难，感到蜀国在战略上不具备短期内灭掉曹魏的条件，从而将战略进攻改为战略防御，并在战术上采取了稳妥的、不冒进的“以攻为守”的策略。
第六，在指挥作战时，诸葛亮主张用兵要讲计谋。他强调说：用兵的原则，先要确定计谋，然后贯彻实施。要了解天时地利的情况，观察人心的动向，熟悉武器的应用，明确赏罚的原则，研究敌人的策略，察看道路的险易，识别有利和不利的地形地物，判断敌我双方的情况，懂得进退的机宜，顺应作战时机，做好防御准备，加强征伐力量，提高士卒本领，进行成败的比较，考虑生死的代价。然后才能出动军队，委任将领，造成歼灭敌人的态势。这是用兵打仗的要旨。
具体来说，主要有以下几点：
一是要了解敌情，做到知彼知己。诸葛亮非常重视孙武所说的“知彼知己者，百战不殆（危险）”的原则，认为如果在战前不先了解敌情，战争很难取胜。他在《治军》中还说：了解敌人士兵的情况才能知道他们的战斗力，不了解敌人士兵的情况就不知道他们的战斗力。不知道敌人战斗力，每次作战必然没有把握取胜。所以军队每次出击敌军，必须首先了解敌军左右亲信及士兵的思想情况。
二是要争取战争的主动权，要注意“以近待远，以逸待劳，以饱待饥，以实待虚，以生待死，以众待寡，以旺待衰，以伏待来。”只有这样才能使敌人陷于被动，有利于自己取胜。
三是在具体战斗中，诸葛亮强调要“出其不意”、“攻其不备”，要寻找和利用敌人的弱点，“避实而击虚”，还要有计划地制造一些假象，声东击西，虚虚实实，造成敌人的错觉。他强调孙武所说的话：“善于攻击的人，要使敌人不知在哪里加强防守；善于防守的人，要使敌人不知向哪里进攻。”只有这样，才能给自己造成有利的形势，掌握主动权，从而打败敌人。
以上述原则为指导，诸葛亮还总结前人经验，列出一些制胜的具体方法，说：在山地、丘陵作战，不应由低处向高处仰攻；在水上作战，不应逆流攻击；在草地上作战，不应去高深茂盛的地方；在平地作战，不应朝有村落的地方进攻。
反过来，如果自己处于居高临下和顺流等有利的地势，就要在合适的时候狠狠地打击敌人，在打击敌人的时候要“疾如风雨”，不给敌人以喘息的时机。他形容说：攻击敌人要迅速，要像苍鹰擒获猎物那样迅速勇猛，要像大河决堤那样势不可当，这样军队没付出多大代价而敌人就会溃散，这样用兵才能胜券在握。
四是在指挥作战时，诸葛亮主张“兵以奇正为始”，要奇正并用，使“奇正相生，而不可穷”。这是对孙武思想的继承。《孙子》中说：“凡战者，以正合，以奇胜。”“战势不过奇正，奇正之变，不可胜穷也。”所谓奇，就是根据具体情况，机动灵活地作战，不受阵地、营垒的限制，采取迂回、暗袭等战术；所谓正，就是按照一般常规的情况，在阵地上、营垒中，正面、公开地进行战斗。诸葛亮认为这两种方法互相配合，灵活运用，才能发挥更大的作用。
五是在作战方式上，诸葛亮在重视阵地攻坚战的同时，也注意采取运动伏击战。在第二次北伐退军时，用伏击斩杀王双，在第四次北伐退军时，用伏击射杀张郃，便充分地说明了这一点。
第七，诸葛亮非常重视战争的后勤工作，认为战争要以一定的物质条件做基础。强调要以“粮食为本”，还要重视“器械为用，委积为备”，军备物资的充足才是胜利的保证，量财力物力而用兵。他不仅在刘备北夺汉中、东征孙吴时认真做好后勤工作，“足食足兵”，而且在自己领兵北伐曹魏时，也要求部下做到“足食足兵”（蒋琬就是一例）。他还改进运输工具，用“木牛流马”向前线运送粮食物资，以保证军需供应。
第八，重视和改善武器装备。诸葛亮对武器装备的重视在三国时期是最为突出的，陈寿称赞诸葛亮“工械技巧，物究其极”，就说明了这一点。经他提倡和组织，西蜀制造了大量的刀、匕首、矛、斧、剑、箭、弩机、铠甲、蒺藜（扎马钉）等，并且亲自改进了连弩机，在战争中发挥了重要作用。他还非常注重武器装备的质量。在他所写的《作斧教》中，对制作刀斧不合格的主管官吏进行了严厉的批评，主张将他们拘捕治罪。诸葛亮说：“这绝不是小事情，如果在作战中使用这种武器，就要遭致失败。”在《作匕首教》中，诸葛亮要求“作部”（主管制作兵器的机构）制造一批适用的短而锋利的匕首，供给骑士作为辅助武器装备，在《作刚铠教》中诸葛亮要求作部“皆作五折刚铠、十折矛以给之”，保证质量，以加强军队的战斗力。
总之，诸葛亮在战争的理论原则以及指挥作战等方面，提出了一些值得重视的思想和意见。
虽然在实践中达到这些要求，并做出准确的判断和提出正确的方案，是很不容易的，往往要有或大或小、或多或少的失误和偏差，但诸葛亮主观上认识到运用计谋的重要性，并在实践中加以一定的运用，仍然是难能可贵的。