1.日军攻陷南京
日华中方面军突破吴淞线后，向大本营建议：“为了解决（中国）事变，攻占中国首都南京具有最大的价值，应乘敌人的劣势攻占南京。”日陆军参谋部作战部长下村定在御前会议上介绍陆军作战计划时，提出华中方面军的任务是：利用上海及其周围作战的成果，不失时机地果断地向南京追击。据此，华中方面军从11月下旬开始，分南、北两路向南京方向进犯。至11月底，南北两路日军逼近南京。
南京是当时中国的首都，是政治、经济、军事、文化中心。但是就其特殊的地理位置而言，素为不战之地。因此，保卫南京不能以城区为重点，只能以其外围作为屏障。自日军占领上海、中国几十万大军在日军追击下向西撤退后，国民政府已无信心保卫南京，但是蒋介石担心在全国强烈要求固守南京和布鲁塞尔会议正在举行之际，如果轻易放弃南京，势必遭到国内的反对，在国际上也会产生不良影响。在犹豫之中，蒋介石于11月下旬连续三次召开高级将领会议，讨论南京防守问题。最后他否定了作战厅长刘斐等人关于作“象征性防守”和“适当抵抗”的建议，决定固守南京，并任命唐生智为南京卫戍军司令长官。随即调集8个军计13个师，加上其他部队，共约15万人，并进行了防御部署：在南京外围，设置第一道防线，以5个军分别防守；在南京复廊设第M道防线，以2个军外加教导总队、宪兵队防守。
日军进攻南京中华门。12月1日，日军大本营下达第8号敕令：“华中方面军司令官须与海军协同，攻占敌国首都南京。”当天，华中方面军决定用6个师进行南京作战。12月3日，日军分三路向南京方面进攻：北路1个师从镇江过长江，西进六合，攻占滁县，切断津浦铁路。南路1个师和1个支队从泅安和广德出发，经宁国和郎溪、石臼湖，占领芜湖和浦口，堵住守军的退路；中路4个师从正面向南京攻击前进，于12月7日进抵南京近郊。至此，日华中方面军已完成了对南京城的包围。
12月7日，蒋介石离开南京前召集少将以上守城将领训话，重申南京地位之重要，不能轻易放弃，并要求大家听从唐生智指挥，共同负起守卫的责任。8日，唐生智下令第一线守军退至复廊阵地继续抵抗，并采取禁止北渡长江等措施，决心背水一战。9日，日军集中5个师开始向守军复廊阵地全面进攻。光华门城垣首先告急，日军一部两次突入城内，均被守军消灭。日军受挫后，便于11日集中2个师猛攻雨花台和中华门，并对该地区进行昼夜轰炸。守军第88师拼命抵抗，2个旅长壮烈牺牲，终因部队伤亡过重，雨花台和中华门相继被陷。战至12日晚，紫金山亦被日军占领。与此同时，各城门均告失守，中国守军与从中华门突入的日军展开巷战，南京危在旦夕。12日下午，唐生智根据蒋介石的指示，向守城部队下达了突围的命令。当时南京城已呈现混乱状态，除少数部队从正面突围出去外，大部分部队涌向下关，造成严重失控和极度堵塞局面。不少人挤死在城门洞里或淹死在江里，更多的人则在日军飞机和机枪扫射下丧生。12月13日，南京陷落。
12月中旬，日华中方面军又令第18师配合第101师向浙江杭州方向进攻，12月24日占领杭州。至此，京沪杭地区便成了沦陷区。
南京保卫战历时10天，以南京的陷落而告终。中国统帅部在上海失守、中国军队主力元气大伤的不利情况下，仍调集兵力组织南京保卫战，广大守城官兵在处于劣势的情况下，全凭一腔爱国热情，以血肉之躯，力御强敌，这些都是值得称颂的。
南京保卫战失利决非偶然。敌我力量对比的差距、战前不利的敌我态势和南京易攻难守的地形，是造成南京失利的客观因素。在主观指导上也存在严重缺陷：蒋介石不相信、不依靠人民群众的力量，寄希望于国际形势的变化，寄希望于陶德曼的调停，结果落空。在南京城不利于死守的情况下，蒋介石没有采纳部下“作象征性防守”和“适当抵抗”的建议，而决定死守，导致守军撤退失时，这不能不是战略决策的失误。在战役部署上，不是从实际出发，把防御的重点摆在南京外围，而是犯了城内不宜死守的大忌，导致守军无路可退，蒙受不应有的巨大伤亡。
2.三十万生命血流成河
根据南京市档案馆档案资料记载，“七·七”事变前，南京拥有人口100余万，日军入侵前夕虽然流亡后方一部分，但到11月23日，南京尚“有人口约50余万”，如再加上十几万守城官兵和数万外地难民，总人口仍在60万以上。12月23日，日军占领南京后，对手无寸铁的南京市民和放下武器的中国军队俘虏，进行了惨无人道的血腥屠杀。1947年3月，中国政府国防部审判战犯军事法庭，经过一年多时间调查、取证认定，在日军南京大屠杀中，“被害总数达30万人以上”。设于东京的远东国际军事法庭也作出了大致相同的判决。该《判决书》指出：“在日军占领后最初6个星期内，南京及其附近被屠杀的平民和俘虏，总数达20万人以上……这个数字还没有将被日军所烧弃的尸体，投入到长江，或在其他地方处死的人们计算在内。”
南京大屠杀。日军南京大屠杀基本可分为两大类，即集体屠杀和分散屠杀。据不完全的统计，集体屠杀毁尸灭迹者达19万人之多。据中国审判战犯军事法庭对315起控诉案的查证结果，属集体屠杀而焚尸灭迹者共有28案，其中屠杀数在千人以上的集体屠杀案件有10起，它们是：1937年12月15日，在上元门外沿马路至鱼雷港江边一带，日军用机枪射死被捆的俘虏和老百姓达9000人以上。10月25日下午13时，中国军警2000余人为日军俘虏后，被解赴汉中门外，用机枪密集扫射，尚未死者悉遭活焚。12月16日下午6时，聚集华侨招待所之难民5000余人，被日军押往中山码头，用机枪扫射后，弃尸江中。12月16日，日军在大方巷难民区内，将青年单耀庭等4000余人，押送下关，用机枪射杀，无一生还。12月17日，在煤炭港下游之江边，日军对约3000名被拘禁者，初以机枪扫射，继而将剩下的2000余人驱入一茅屋内，浇上汽油烧死。12月18日夜间，日军将被囚禁在幕府山的中国军民5.7万多人，以铅丝扎捆，驱集下关草鞋峡，然后用机枪射杀，其尚能挣扎者，均遭乱刀戳毙，并将全部尸骸，浇以煤油焚化。12月间，在城外宝搭桥及鱼雷营一带，日军屠杀中国军民3000人以上。12月间，日军在上新河地区屠杀中国军民28730人。12月间，难民和被俘士兵7000余人，在南门外附近凤台乡、花神庙一带被日军枪杀。12月间，日军在燕子矶滩屠杀难民和解除武装的士兵5.5万人以上。
除集体屠杀外，日军零星的分散屠杀更是不计其数。据中国战犯审判军事法庭《谷寿夫战犯案判决书》附件记载，除上述10起集体屠杀案外，还有有据可查、规模不等的屠杀事件870余起。据不完全统计，分散屠杀人数至少在15万以上。
12月13日南京城沦陷以前，日军主要在东起栖霞、龙潭，西至板桥、双闸，南从六山、牛首，北达长江北岸和浦口的广大郊区农村进行屠杀。凡是日军所到之村镇，都染有中国人民的鲜血。如江宁汤山镇许巷村近200户人家，就有100多个年轻人被日军刺死。由城里逃难到沙洲圩的南京烟草公司经理马明福一家6口，及其亲戚7口，外加本村50多人，也都惨死在日军的屠刀下。日军对南京市区的屠杀是从12月13日占领南京市区以后开始的，先是在南京各城门内外，大肆屠杀；然后，杀向市区大街小巷。日本东京《日日新闻》随军记者铃木二郎揭露说：“从光华门北上，走向中山东路，在光华门马路两边，看到接连不断的散兵壕，都填满了烧得焦烂的尸体，马路中间横倒的许多木柱下面，压着的都是尸体，四肢断折飞散，有的缺肢少腿，身首异处，不啻是一幅地狱图画。”
日本兵在南京城内任意屠杀中国的儿童。一个外国证人说：“中国人像兔子似的被猎取着，只要看见那个人一动就被枪击。”中国军事法庭在《谷寿夫战犯案起诉书》中，对日军的这类杀人暴行作了描述；“吴学诗等拉夫不从被杀，李又名等完成夫役亦被杀，殷德才等见放火施救即被杀，张贡才见燃烧民房哀求亦被杀，又李孙民之被杀，以其避难于防空壕中，韩马民等数十人之被杀，因强索柴米之告罄；又向赵陆氏等索姑娘不获杀之，强奸周张氏等不遂杀之，强奸或轮奸杨刘氏等后又杀之；又张世雄等因护子女而被杀，王三毛见父母被害号泣而被杀。”
在南京大屠杀中，日军常用的手段有枪击、刺杀、砍头、刀劈、剖腹、挖心、水溺、火烧、狗咬、活埋、锥刺、摔掼、活靶、宫刑、穿刺阴户和肛门等等，屠戮手段之残忍，也许在原始社会时期也不曾有过。
家破人亡在素以残杀中国人著称的日军第16师中，有2个少尉军官向井敏明和野田毅，在其长官鼓励下，进行所谓杀人比赛。约定在占领南京时，看谁先杀满100人，谁就是胜利者。他们从句容杀到汤山，向井杀了89人，野田杀了78人，因未满100人，“竞赛”继续进行。12月10日，两人相遇在紫金山下，野田说：“我杀了105人。”向井说：“我杀了106人。”由于确定不了是谁先杀满百人之数，于是决定再赌看谁先杀满150名中国人。12月11日，比赛继续进行。对这些杀人魔王的暴行，日本报刊不仅不予谴责，反而以“百人斩大接战”，“百人斩超记录”的标题予以宣扬。日本侵略军不顾国际公法和国际正义，竟灭绝人性地以南京市民作其射击、刺杀的靶子，传授杀人技术。他们或将被害者绑悬树梢、电杆上，以枪瞄准射击；或者迫使被害者排成一行，然后由一个或数个日本兵端着上了刺刀的步枪，一齐朝他们身上刺去，其余日本兵则在一旁观看；或者将被害者绑在木柱上，一个日本兵用军刀劈杀，其余均在旁观看、效法。日军第114师重机枪分队一等兵田所耕三就曾对人说过：“我在城里扫荡过‘残敌’，把俘虏绑在树上，军官们一面教导我们怎样枪杀和刺杀的方法，一面把他们弄死。军官和下士官把蹲在挖好的坑前的俘虏脑袋砍下来。我吗，那时是二等兵，只让我用刺刀刺……这样的屠杀在城内外一连进行了10天左右。”
3.日寇犯下的滔天大罪
除了最残忍的大屠杀外，就是对无辜的妇女进行野兽般的奸淫蹂躏。一位曾参加过攻打南京的日本兵田所更三揭露说：“受害最深的还是女性。不管老太婆也罢，什么也罢，谁也逃不过去。我们从下关派出木炭卡车，到各村落、各街坊掳来许多女人，分配给士兵们，大致15～20人分配到一个，找到仓库等墙边挡太阳的地方，拿些树枝树叶遮一下，当做强奸场所。中队长用图章盖在纸上，叫做‘红卷’，大家拿着这个东西轮流入场……奸过之后，还要把她们杀死。”一位目睹日军这一兽行的原鼓楼医院外侨麦加伦牧师，在12月19日的日记中写道：“一周过去了，这里成了世上的地狱……我是有生以来第一次闻知有如此残忍之事。强奸、强奸、又是强奸，我们计算一夜至少有1000多起，连白天也有好多这样的事。如果有抵抗或者不答应的话，就用刺刀刺死，或者用枪打死。我们能够在一天内写上数百件，民众在绝境中呻吟着。”
被日军轮奸后杀害的妇女。横行无忌的日军不管在什么地方，只要见到妇女就强奸。金陵女子文理学院收容妇孺9000多人。数日内，“被其奸淫之妇女约占半数”。南京国际委员会致日本大使馆的公函中称：“难民区每天有许多妇女横遭蹂躏，其中有牧师的妻子，有青年会工作人员的妻子，有大学教授的妻子，他们平时都洁身自爱，清白无瑕。”淫虐成性的日军即使对年逾古稀的老妇和尚未成年的幼女也不放过。一天，3个日本兵闯入三牌楼郑姓家中，轮奸了一位已经60多岁的老妇，其孙哭泣不已，被刺两刀。水西门外，某寡妇有女3人，长女18岁，次女13岁，小女9岁，均被日军轮奸。小女儿当场死去，长女、次女亦不省人事。残暴的日军对孕妇和刚分娩的妇女也进行凌辱。12月19日，一名孕妇被日军拉着要强奸，婆婆前去阻拦，被一脚踢开，用刀剖开腹部，胎儿流出，两条性命俱丧。赛虹桥北村55号张孟氏，分娩不久，即遭日本兵强奸，因伤势过重死去。在被日本兵强奸的妇女中，还有出家的尼姑。一位名叫松泉的女尼，于五福横首被日本兵强奸致死。
日军不仅肆无忌惮地强奸、轮奸妇女，更为凶残的是许多日军在奸淫妇女后，又用种种残暴手段将其杀死。据当时目睹这一惨状者记述：“有时用刺刀将奶子割下来，露出惨白的肋骨；有时用刺刀戳穿下部，摔在路旁，让她惨痛呼号；有时用木棍、芦管、萝卜塞入阴部，横被捣死，日寇则在一旁拍手大笑。”一些残暴的日军在蹂躏妇女之后，还灭绝人性地强迫公奸其媳，父奸其女，子奸其母，僧奸少女，以供取乐。据一目睹者说：日军进城第四天，一伙日军闯入水西门的刘姓家中，见一少女，“强令脱去衣服，迫其父母各执一足，然后轮流强奸”。继之强令其父强奸其女，父不允，日兵则以刺刀猛刺，父女同时毙命。一天，一个十八九岁的姑娘，扮成男子出城寻找父母，不料在中华门被守城日本兵识破，当即被拖入卫兵室轮奸了。这时，正好一个和尚走过来，日兵即令其续与行奸，僧拒不从，被处宫刑致死。
日军在南京大规模的兽行，延续达6周之久，涉及地域之广，强奸人数之多，其手段之毒辣，在人类历史上实属罕见。据远东国际军事法庭认定：“在占领后的一个月中，在南京市内发生了2万起左右的强奸事件。”日军的种种兽行表明，其人性已经泯灭殆尽。就连日本的盟友、德国政府也从它派出的代表得到报告说：“这不是个人的而是整个陆军，即日军本身的残暴和犯罪行为。”该报告最后把制造这种暴行的日军称为“兽类的集团”。
日军在侵战南京后的所作所为，在中国人的心里留下了永远也磨不掉的阴影，中国人应时刻谨记。除此，还要对此进行社会学、人类学乃至心理学的科学分析，因为有史以来的侵略战争还不曾有此记录，说明了日本人的残暴和心理畸形。
4.公然的强盗
日军在南京的另一暴行是对一切财物的掠夺。从城外到城内，从城内各个角落到难民区，无时无处不抢。全城所有私人住宅，不论是中国人的还是外侨的，都遭日军“光顾”，劫掠一空。抢劫的时间，长达2个月。特别令人气愤的是，抢劫、强奸、纵火往往是同时进行，有时还要杀人灭口，搞得不少市民人财两空，家破人亡。一位外侨在信中说，“城内几乎每所房子都遭到了日本兵掠夺，即使美国、英国、德国使馆和大使官邸及外侨住宅，也未能幸免。各种车辆、衣服、被褥、毛毯、钟表、字画、食物、现金，以及其他稍有价值的物品，都是他们掠夺的对象。”
日军在南京大肆抢劫。日军大规模的抢劫是在其既定的掠夺政策指导下，有组织地由各部队进行的。南京金陵大学教授贝德斯博士在远东军事法庭作证说：“这种抢劫是非常有组织的，使用了许多军用卡车，并且在军官的指挥下进行。”日军有组织掠夺的主要对象是机关、学校、工厂、仓库和商店。一位留在南京的美国公民在信中写道：“南京的店铺尚未遭到袭击的，只有国际委员会的米店和军用仓库。大多数的店铺，日本兵一来，先把明显的东西抢走。接着在军官的指挥下，有计划地把一切物品用军车拉走，尔后付之一炬。”根据战后南京市临时议会不完全调查统计，在南京事件中，日军共抢劫各种器具30.9万多件，衣服590多万件，金银首饰1.42万两，书籍14.86万册，古字画2.84万件，古玩7300件，牲畜6200头，粮食1200万石。所抢劫的其他财物，如工厂设备、原料、车辆、铁器等尚未统计。
纵火是日军摧毁古都南京的主要手段，也是其重要的暴行之一。日军占领南京之初，就在其军官指挥下，士兵手执火把在大街小巷横冲直撞，到处随意放火。12月20日，一位外侨在日记中写道：暴行继续发生。全城大火蔓延。下午5时，我和史密斯乘车外出，城内最繁荣的商业区太平路一带，火焰冲天。向南行，我们目睹日本兵在店铺内放火，再向南行，看见日本兵忙于把东西装入军用卡车。夜间，我从窗口眺望，14处火舌正向天空飞腾。日军不仅在城里纵火，而且郊区农村也没有逃脱日军的洗劫。
日军纵火时间长达数月。德国驻华使馆外交官罗森，1938年1月15日在给德国外交部的报告中说：“日本军队放的大火在日军占领一个多月之后至今还在燃烧。”这次日军纵火破坏究竟有多大？远东国际军事法庭判决书认定：“市内的商业区一块一块的，一个接一个的被烧掉，全市约1/3被毁了。”至于郊区，则“在南京四周200华里（约66英里）以内所有村庄，大体上都处于同样的状态。”另据战后南京市临时议会1946年公布的《抗战损失调查》表明，全市共损坏高大华丽房屋748幢和3.1万多间。
5.南京大屠杀是有预谋的行动
南京大屠杀事件绝不是偶然的，它是日本法西斯一次有计划、有组织、有预谋的行动。
进攻南京，妄图用恐怖手段迫使中国政府投降，是由日本最高当局一手阴谋策划的，松井石根则是这一阴谋计划的具体组织者和执行者。
1937年8月15日，日本政府发表了“膺惩暴支”的声明。9月5日，日本外相广田弘毅在议会宣称：“我国为了使这种国家反省他的错误，而决心予以决定性的打击。”对于这些，松井石根是心领神会的。他在接受上海派遣军司令官一职时，曾对陆相杉山元说：无论如何要攻打南京，并且声言：降魔的利剑现在已经出鞘，正将发挥它的神威。他笃信只有武威，才能迫使中国人民畏服。在他亲自起草的《攻克南京城纲要》中，规定了占领南京后，由各部队“分区对城内进行扫荡”的任务。
战后，远东国际军事法庭判决书也认定：“对都市或村庄居民实行屠杀……这就是日方所谓的‘膺惩’行为。这些行为在中日战争中一直未停过，其中最坏的例证就是1937年12月对南京居民的大屠杀。”
日军在南京有组织的大屠杀，显然是得到了指挥官的许可而实行的。日军上海派遣军司令官朝香宫鸠彦，曾向所部下达了“机密，阅后销毁”的命令：“杀掉全部俘虏。”该军第16师师长中岛今吾和第13师第103旅长山田旃二在日记或笔记中，都记载了执行虐杀俘虏的命令和残杀俘虏的情况。隶属于上海派遣军的两个师是这样，归第10集团军统辖的第114师也不例外。该师第66团第1营在其战斗详报中也记载有“根据旅团命令：俘虏全部杀掉，其方法可以10多名为一组枪杀”。
由此可见，不保存俘虏的方针绝非那一个部队的发明，至少是来自日华中方面军的指令。此外，日第10集团军所属第6师随军摄影记者河野公辉，到该师司令部采访时，看到一份关于屠杀平民的命令文件。内容是：“不容许共产主义的暴虐，为粉碎共匪的猖獗活动，农民、工人自不待言，直至妇女儿童皆应杀戮之。”正是在这一方针和命令下，侵华日军制造了一个又一个大屠杀事件。
至于日军在南京奸淫、纵火和破坏的暴行，也是在日本当局和军官的纵容下进行的。对于日军强奸妇女的暴行，师长中岛今朝吾曾若无其事地说什么“强奸妇女在战争中是不得已的。”一位曾参加过侵华战争的日本“志愿兵”在手记中写道：“上级号召士兵们要去养精蓄锐（搞女人）”，并挑唆说，“没有接触过女人的人，就打不了仗。”日本兵在南京的劫掠和破坏，是在日军下达“在当地征收粮食，自谋自活”的征收令的幌子下干的。一位曾参加过这一暴行的日本兵追述说：正是这个征收命令，使“军人们变成了到处偷袭抢夺谷物、家畜来充饥的匪徒”，“使下级军官发狂，不但抢夺粮食，而且强暴了中国妇女。”
日军在南京所犯的种种罪行，还得到了日本当局的默许和支持。南京国际委员会自1937年12月14日至21日，先后12次向日本大使馆提出抗议，并在照会中附录烧、杀、淫、掠罪行计113案，促请日本当局注意约束部属，防止暴行扩大。但是，日本当局对抗议信函一概置之不理。