我国古代特别重视对废弃物的利用，凡可以利用，差不多都利用来作肥料，所以我国肥料的种类特别多。战国时，我国已使用人粪尿、畜粪、杂草、草木灰等作肥料。
到秦汉时期，厩肥、蚕矢、缲蛹汁、骨汁、豆箕、河泥等亦被利用为肥料，其中厩肥在这时特别发达。解放后，我国曾出土过大量的连厕圈。如河南辉县出土的汉代连厕猪圈。这种将猪圈和厕所连在一起的连厕圈，反映了当时对养猪积肥的重视和普遍。同时，这也是养猪积肥在我国有着悠久历史的反映。
魏晋南北朝时期，除了使用上述的肥料之外，又将旧墙土和栽培绿肥作为肥料，其中栽培绿肥作肥料，在我国肥料发展史上具有重要的意义，它为我国开辟了一个取之不汉代连厕猪圈尽，用之不竭的再生肥料来源。栽培绿肥最先出现在晋代的《广志》中，用的是苕子作绿肥。书中说“苕草色青黄紫花，十二月稻下种之，蔓延殷盛，可以美田，叶可食”。这是一种冬绿肥。到北魏时，又扩大为夏绿肥，据《齐民要术》记载，种类有绿豆、小豆、胡麻（芝麻）等。当时使用的结果，肥效很高，“为春谷田，则亩收十石。其美与蚕矢熟粪同”，具有明显的增产效果。到宋元时期，又增加了饼肥。一些无机肥料如石灰、石膏、硫磺等也开始在农业生产上应用。据有人统计，宋元时期的肥料有粪肥6种、饼肥2种、泥土肥5种、灰肥3种、泥肥3种、绿肥5种，稿秸肥3种、渣肥2种、无机肥料5种、杂肥12种，共计约45种。其中饼肥和无机肥的使用，是这一时期的新发展。
明朝时期是我国多熟种植飞速发展，复种指数空前提高的时期，对肥料的需要也大大增加，千方百计扩大肥源，增加肥料，成为这一时期发展农业生产的重要内容，肥料种类因此也不断增加，据统计，当时的肥料就有12大类，计有：
粪肥：人粪、牛粪、马粪、猪粪、羊粪、鸡粪、鸭粪、鹅粪、鸟栖扫粪、圈鹿粪等10种。
饼肥：菜籽饼、乌桕饼、芝麻饼、棉籽饼、豆饼、莱菔子饼、大眼桐饼、楂饼、猪干豆饼、麻饼、大麻饼等11种。
渣肥：豆渣、青靛渣、糖渣、果子油渣、酒糟、花核屑、豆屑、小油麻渣、牛皮胶、各式胶渣、真粉渣、漆渣等12种。
骨肥：马骨屑、牛骨屑、猪骨屑、羊骨屑、鸟兽骨屑、鱼骨灰等6种。
土肥：陈墙土、熏土、尘土、烧土、坑土等5种。
泥肥：河泥、沟泥、湖泥、塘泥、灶泥、灶千层肥泥、畜栏前铺地肥泥等7种。
灰肥：草木灰、乱柴草、煨灰等3种。
绿肥：苕饶、大麦、小麦、蚕豆、翘荛、陵苕、苜蓿、绿豆、胡麻三叶草、梅豆、拔山豆、豆、葫芦芭、油菜、肥田萝卜、黧豆、茅草、蔓菁、天蓝、红花、青草、水藻、浮萍等24种。
稿秸肥：诸谷秸根叶、芝麻秸、豆箕、麻秸等4种。
无机肥料：石灰、石膏、食盐、卤水、硫磺、砒霜、黑矾、螺灰、蛎灰、蛤灰、蚝灰等11种。
杂肥：各类禽毛畜毛、鱼头鱼脏、蚕砂、米泔、豆壳、蚕蛹、浴水洗衣灰汁等40余种。
总计约有130余种，可见明清时期我国肥料种类的丰富，其中有机肥料占绝大多数，反映了我国古代以有机肥料为主，无机肥料为辅的肥料结构特点。这一时期肥料的发展，有二方面特别受到人们的重视：一是养猪积肥。明袁黄在《宝坻劝农书》中说：“北方猪羊皆散放，弃粪不收，殊为可惜。”他竭力主张圈养以积肥。清代的《马首农言》也说：“猪……不可放于街衢，亦不可常在牢中，宜于近牢之地，掘地为坎，令其自能上下……坎内常泼水添土，久之自成粪也。”这都是北方提倡用圈养猪来积肥的情况。在南方，情况更是如此。明末的《沈氏农书》说：“种田地；肥壅最为要紧，养猪羊尤为简便，古人云‘种田不养猪，秀才不读书’，必无成功，则养猪羊乃作家第一著。”二是种植绿肥。当时绿肥种类之多，是历史上所从来未有过的。其中扩大紫云英的种植又是当时的重点。这是因为紫云英是一种豆科植物，肥效好，同时又因为紫云英鲜草量高，“一亩草，能壅三亩田”。所以特别受到人们的重视，这里还值得提及的，就是红萍的养殖，据光绪二十四（1898）《农学报·各省农事述·浙江温州》中记载，当时温州地区已经养萍作肥料，“温属各邑农人，多蓄萍以壅田，养时萍浮水上，禾间辄为所压，不能上茁，夏至时萍烂，田水为之变色，养苗最为有益。久之，与土化合，便成肥料，苗吸其液，勃然长发，每亩初畜时仅一二担，及至腐时，已多至二十余担”。这是目前所知我国稻田养萍的最早记载，由此也反映了清代千方百计扩大肥源的情况。