庚子联军逼京师，七月十六日，两宫已有西狩之志，以车辆未备缓行。十九夜，炮声急，知联军已至城外。二十日，召见王大臣五次，末次惟王文韶、刚毅、赵舒翘三人。太后言："今只余尔等三人，余均自为计，不复恤吾母子矣！尔等当随吾行。"复诏文韶曰："汝老矣，尚长途苦汝，吾心不安。汝以舆后来，彼二人骑以从，必同行也。"帝亦顾文韶必当行。
二十一日黎明，两宫闻洋兵已入城，仓猝出宫。妃主均委之以去，两宫皆乘道旁骡车，王公内侍皆步行。出德胜门，炮声不绝。趣行至贯市东，光裕驼行献驼轿三乘，帝与贝子溥伦同一乘，太后、皇后同一乘。太后衣蓝布夏衣，尚未栉也；帝衣黑纱长衣，黑布战裙。卧具皆不及携。是日勺水未入口，晚宿于民居。随扈者端亲王载漪、庆亲王奕劻、肃亲王善耆、蒙古王那彦图，贝子公爵数人，刚毅、赵舒翘、溥兴等，暨神机虎神营练兵千人，马玉昆兵千余人。兵无所得食，沿途掠于民间。时酷暑，途行甚苦。暮抵居庸关，延庆州知州秦奎良来迎，太后易奎良而行。二十四日抵怀来，县令吴永闻驾至，仓皇出，跪迎大堂侧。太后入居吴夫人室，皇后居其子妇室，帝居签押房。太后手拍梳桌，命进食；盖出京三日，仅进三鸡子也。随启奁自取梳栉焉。吴夫人，曾袭侯纪泽女也，为太后梳头。太后乃命帝书朱谕，命吴令往东南各省催饷糈，以典史摄县印。吴令进燕席，并汉装女衣，并进帝及大阿哥衣。盖两宫出京三日，始得安食易衣也。二十五日，谕言不得已西幸，派荣禄、徐桐、崇绮留京办事，迅筹办法--其时尚未知徐、崇已死也。二十六日，下诏罪己，令各省保护教民。二十七日，抵宣化府城，驻跸四日。
八月初六日，抵大同府，驻总兵署，驻跸四日。初十，续派留京办事各员，其余令赴行在。十三日，过雁门关。十五日，驻忻州，换黄轿。十七日，抵太原，驻巡抚署，陈设周备，多高宗幸五台时旧物也。江苏巡抚鹿传霖，以兵六千勤王；闻京师陷，绕道河南，至于太原。谓"联军将掠保定，追驾西来，太原不可居"，力请幸西安。乃下诏闰八月初八日西行。江督刘坤一联东南督抚电阻，谓："陕西贫瘠，逼近强俄；甘肃尤为内讧外患，在在堪虞。如谓陕西地险，可阻联军，则我能往，寇亦能往。山川之险，既不可恃，偏安之局，亦不能幸成。京师根本重地，不可轻弃。各国曾请退兵，不占土地，回銮断无他变。万不可局促偏安，为闭关自守之计。"词甚切挚。而太后终虑联军之逼，仍决西行。
初八日启跸，二十六至潼关，以锦舟渡河。太后欲登华山，以道险又亟西行而止，仅登万寿楼礼圣祖龙牌。九月初四日，车驾至西安，改巡抚署为行宫，仪制略备。帝时服布袍，王公皆衣布。太后胃痛时作，屡泣，夜不成寐。各省纷进方物，时赉群下。御膳费日二百金，太后谓岑春煊曰："向在京师，膳费数倍于此，今亦可谓省矣。"京师以两宫器服至，鹿传霖授尚书，入枢府，弥执拗用事。荣禄旋至西安，与王文韶仍管枢要。内侍兵卫，日扰民间，秦民苦之。大修戏园，诸臣娱乐如太平时。帝见贡物至，必垂涕。各省协解款，已五百余万。每解款至，内监需索尤苛。诸臣渐趋行在，百物渐集。西安逾兴盛矣。
两宫在太原时，李鸿章入京议和。各国公使请帝还京主议，李鸿章以闻。帝欲从之，太后不可。东南疆臣，多吁请回銮，太后尚犹豫。鹿传霖言北京危地，西安去海远，可阻西兵，力请入陕，太后然之，遂幸陕。及和议成，各国撤兵，内外臣工，纷请回銮。四月二十一日，谕言："和局已定，经谕令内务府大臣扫除宫禁，本欲即日回銮。惟溽暑难于跋涉，候秋凉再行回銮。定于七月十九日，由豫直回京。"至七月朔，陕抚升允奏言关中炎热，大雨泥深；豫抚松寿奏河水骤发，跸路冲毁，请展期回銮。乃改于八月二十四日启跸。蠲所过地方本年钱粮。十月初十日太后万寿，祝于开封。十一月初四日自开封启銮，至顺德府。今总统袁公方为直隶总督，迎驾。十六日启行，袁公扈跸，恭亲王溥伟等自京赴正定府接驾。二十四日，两宫乘火车回京，西人登城墙观者数百，官僚、军队皆肃跪道旁，英、奥两国马队肃列左右。各国公使暨夫人皆出观，太后遥揖之，皆答礼。后一揖登舆，遂还宫。