联邦党难以翻身，并不是说麦迪逊一定可以赢得大选。实际上麦迪逊还有一个威胁，而这个威胁就来自民主共和党党内，来自詹姆斯·门罗。
党内门罗的支持者，反对麦迪逊建立强有力中央政府的主张，虽然当初麦迪逊最终赢得了党内提名，但这些党内的门罗派还是不喜欢麦迪逊。
如果门罗派继续不支持麦迪逊，无疑将给麦迪逊的总统竞选带来严重挑战。这个时候，杰斐逊总统再次出面，他利用自己的影响力，把部分门罗的支持者拉了回来，支持党内提名的候选人麦迪逊。
摆平了门罗派之后，民主共和党内的另一个重要人物克林顿却也不老实，他本来是副总统候选人，但他却依然希望能够成为总统。为此，他让自己的支持者继续支持他参加总统选举。
但因为克林顿的支持者不多，而且在党内已经确定了他是副总统候选人，所以他的不合作并没有引起太大麻烦。
总统大选开始了，麦迪逊以122票当选，而他的对手平克尼则获得47票，那位不合作的副总统候选人克林顿只获得了6票。
1809年3月4日，麦迪逊走马上任。上任伊始，他面临的一个问题还是海上禁运问题。杰斐逊总统在任时签署的《禁运法案》严重损害了美国利益，杰斐逊即将离任时通过了《不通商法》，允许和英法以外的国家通商，但这依然让美国利益受损。
麦迪逊上台后，通过了《梅肯二号法令》，开始和法国恢复了贸易，但却和英国继续实行不通商。
不仅不通商，一场英美战争也在麦迪逊担任总统时爆发了，这就是1812年英美战争。
这场战争的背景和经过是这样的。虽然独立战争时期的1783年英国被迫承认美国独立，但英国一直竭力想破坏美国日益增强的经济地位。另外，美国某些集团则力图扩张美领地，其中包括英国控制的加拿大。英美两国不同的利益诉求，让两国的矛盾不断加深。
而这次战争的直接起因是，英国人借口搜捕逃兵在公海上搜查美国船只，强行招募美国商船上的水手，以及排挤美国的海上贸易。
面对英美之间日益尖锐的冲突，麦迪逊总统采纳鹰派观点，认为英美一战在所难免，于是就在1812年6月18日，对英国宣战。
此时，英国主力虽然正在欧洲和拿破仑作战，但在战争初期，英国还是占据了优势，英国当局一方面不断向北美增派兵力，一方面争取到企图获得独立的印第安人的支持，他们联合起来，在陆地上几次击败了美国军队。
令人意外的是，一直在海军方面占有优势的英国海军，却在海上败给了美国，美军也从而控制了重要的内河航道。
直至1814年，英国海军才从欧洲战事中解脱出来，加强了对美国海岸的封锁。美国各海港的出口遭到严密封锁，对外贸易额降至1/4.
由于掌握了制海权，英军能够选择美军防御最薄弱的环节实施突击。1814年8月24日，英军陆战部队上陆成功，并一举攻占了华盛顿，国会山、白宫和许多政府大厦等建筑物被焚毁，但英军未能继续扩大战果。
连续的战争让占据优势的英军也感到疲惫了，同时俄国不希望美国为抵抗英国而与俄国的敌国法国走到一起，所以俄国也推动英美媾和。
1814年12月，美英两国签订《根特条约》，停止了1812年战争，维持两国战前状态。
在整个1812年战争中，英美两国互有胜负。战后签订的《根特条约》也有很多问题没有彻底解决，但这场战争的影响是非常深远的。从此之后，英国不可以再堵截美国船只或征召美国水手以填补战时海军的短缺。
更为重要的是，在接下来的一个世纪，美国摆脱了英国的控制，开始置身欧洲之外，无论是领土上、人口上、经济上，还是政治上，美国都可以不受拘束地完成自己的发展。等美国再次返回世界舞台的时候，美国已经变成了一个实力雄厚的大国，这个时候它已经可以和英法等老牌大国分庭抗礼。
正是基于这个意义，后世又把1812年战争称作是美国的“第二次独立战争”。