林肯就任总统一个多月后的4月12日，南方联盟不宣而战，迅速攻占了联邦政府军驻守的萨姆特要塞，林肯不得不宣布对南方作战。
单就双方的实力来说，北方无疑是占据优势的，北方有23个州，面积占全国的3/4，北方集中了全国工业生产的86%，铁路线的70%，银行资本的80%，以及97%的军火生产。在人力方面，北方也占绝对优势，当时北方人口2200万，是南方的2倍多，北方军队人数一直是在南方的2倍以上。
相比之下，南方参与叛乱的共有11个州，人口900万（其中400万是黑人），各方面远逊于北方。
但战争初期南方在军事却占据了优势，这主要是因为北方的政治精英们并不主张用过激的方式废除奴隶制，他们认为可以用和平的方式，先限制奴隶制，然后逐步加以废除。
在这种思想的支配下，北方政府根本没有进行战争的准备，只是仓促应战，而南方则是蓄谋已久，尽管工业落后，但他们把有限的工业大都用在了军工生产方面，所以战争爆发初期，南方就有了优良的装备和训练有素的军队。
也许会有人奇怪，南方在实力悬殊的情况下，为何会如此积极地准备战争呢？南方的这种信心来自棉花。
工业兴起之时，棉花成为了工业的重要原料，而南方正是世界棉花的重要产地。那些南方奴隶主也自恃棉花的重要性，得意洋洋地夸耀：“你们不敢对我们的棉花开战，世界上没有任何一个大国敢对棉花开战！棉花就是王。”
棉花给了奴隶主信心，这是有确实根据的，这个根据就是英法等国对南北战争的态度。从人道主义的角度来说，代表西方文明的英法等国政府似乎应该选择支持废除奴隶制的北方，但事实却正好相反，他们选择了支持南方。
这主要是因为英法等国的工业用棉主要来自美国南方，在美国南方保留奴隶制无疑可以降低棉花成本，从而可以让英法等国从美国购买到更低廉的棉花。
当然英法等国选择支持南方，还有一个险恶的用心。北方是希望联邦统一的，南方脱离了联邦，无疑会让新崛起的美国实力大减，为了避免北方统一南方，达到削弱美国的实力的目的，英法等国也会选择支持南方。
英法等国选择支持南方，不仅仅是一种外交姿态，它们还有具体动作，那就是提供武器装备。这大大弥补了南方工业基础落后的不足。据统计，从1861到1863年，英法两国至少输送给南方步枪40多万支。同时，战争期间，南方还利用漫长的海岸线和众多的港湾等北方海军防不胜防的优势，很容易地避开北方的封锁，从国外运回物资进行战争。
因为准备充足等原因，1861年南方在占据优势的情况下，设想以闪电战夺取华盛顿，以便争取英法的直接支持。当然，南军并不局限于攻占华盛顿，而是寻求与北军主力决战。为此，南方将领罗伯特·李两次率军越过波托马克河，向华盛顿进军。
当年7月21日，林肯决定在华盛顿和里士满之间的交通枢纽马那萨斯地区，同南军主力决战，以便扫清进军里士满的道路。
在双方军力对比方面，北军由欧文·麦克道尔将军指挥，有3.5万人。南军由名将皮埃尔·博雷加德和约瑟夫·约翰斯顿指挥，有2.2万人。
由于占据巨大兵力优势，所以战前北方事先大肆宣传，认为会轻易取胜，因此许多华盛顿市民、议员、记者身着盛装，带着野餐，前来战地观光。
战争打响之后，北军凭借优势兵力，向布尔河对面的南军阵地发起猛攻。南将托马斯·杰克逊顶住了北军的5次进攻，他也因而获得了“石壁”的称号。
就在这时，南军援军到来了，战争的天平发生了逆转，南军发起反攻，并击溃了北军。北方损失近3000人，丢失了大批枪炮弹药，仓皇地逃回了华盛顿。
受战败影响，华盛顿全城陷于一片恐慌之中。自此以后，北军主力长期被牵制在首都周围地区。作为总统，林肯本人也遭遇到了来自各个方面的压力。