欧洲理事会在国际社会干预之初就进入了普里什蒂纳，主要工作为保护人权，监督选举，保护科索沃的文化遗产和改革科索沃当地的自治机关。2003年4月，塞尔维亚和黑山加入欧洲理事会，欧洲理事会在科索沃的行动强度也明显加大。2003年2月，欧洲理事会在科索沃设立了分权委员会，该委员会在卡罗·瑟维勒提（Carlo Civiletti）的领导下在2003年11月提交了一份关于地方自治和公共管理改革及其分权问题的全面计划。该计划已于2003年11月18日递交联合国科索沃临时行政当局特派团，至今仍然是关于科索沃分权问题的讨论及谈判的基础（参见第9章）。
2004年8月签署了两份协议，为推行欧洲理事会人权保护领域的两大重要公约扫清了道路，即《保护少数民族框架公约》和《欧洲禁止酷刑、不人道或污辱性待遇或惩罚公约》。根据这两份协议，联合国科索沃临时行政当局特派团有义务定期向欧洲理事会报告科索沃的人权状况。为此，2004年12月，他们就起草关于科索沃执行《保护少数民族框架公约》情况的报告问题举行了第一次会晤。
欧洲理事会的另一项行动是保护科索沃的文化遗产：2004年9月10日，欧洲理事会、欧盟委员会和联合国科索沃临时行政当局特派团共同组建了“科索沃文化遗产独立国际委员会”，其任务是保护文化遗产。2004年12月17日，欧洲理事会议会大会通过了关于“科索沃人权保护”的建议草案，该草案提出了一些改善法治的措施，建议设立一个科索沃人权法庭。