国际社会在科索沃的首要任务之一是建立一个全新的司法制度。在国际专家的参与下，科索沃在很短的时间里就建成了一个三级法院体制，包括乡镇法院（Municipal Courts）、地区法院（District Courts）和一个科索沃最高法院（Supreme Court）。在科索沃的某些地区，比如在被分割的城市米特罗维察，还任用了国际法官和检察官。建立一个有效、公正的司法制度的工作主要由欧洲安全与合作组织分担；由于基础设施前提不足（比如没有可以用来做法院和办公室的大楼），由于缺乏训练有素的法官和受过良好教育的司法人员，由于法律状况依然不明朗，这一努力极其困难。
在审判权和司法管理方面已经建成了一个制度，它为进一步改善科索沃的法治（Rule of Law）状况奠定了基础。但是，这里显然还有一系列的问题和不足。在西方专家看来，很多当地科索沃—阿尔巴尼亚族法官的判决是很成问题的，因为这些判决在很大程度上还是沿着民族路线做出的。此外，困难首先来自法制本身的混乱。一方面，前南斯拉夫的法律依然存在；另一方面又有联合国科索沃临时行政当局特派团的“规章”，它们是联合国科索沃临时行政当局特派团作为事实政府当局颁布的具有约束力的法律文件。另一个法律尺度是国际法官所做的判决，战后头两年里，这些法官在很大程度上是以本国的法律制度为导向的。
此外，在科索沃北部由塞尔维亚控制的一些地区有两种法院结构并行存在，这也加大了在科索沃建立一个统一、有效的司法制度的难度。在米特罗维察、普里什蒂纳和吉兰这些地区都存在有并行的塞尔维亚法院。在米特罗维察有一个并行的地方法院。同样，利普连的乡镇法院位于塞尔维亚村Lepina，这一乡镇的下一级法院（地方法院）在塞尔维亚的尼斯（Nis）。在今天多为阿尔巴尼亚族人居住的吉兰（Gjilan/Gnjilane）和斯特雷佩斯（Shtrpc/trpce），乡镇法院位于享有治外法权的塞尔维亚领土上，即弗拉涅（Vranje）和莱斯科瓦茨（Leskovac）。所有这些法院都处在位于贝尔格莱德的塞尔维亚司法部的控制之下，适用塞尔维亚法律，司法人员的薪水同样也由贝尔格莱德支付。
建立一个为阿尔巴尼亚族科索沃主体居民和其他少数民族所共同认可的司法制度相当难，这也体现在大量未了结的司法程序上。这主要是一些带有政治和民族意义的案件，有人向证人施加压力，在某几个关于科索沃解放军犯罪行为的司法程序当中甚至出现了直接袭击司法部门的情况。
正如联合国开发计划署的调查所证明的那样，科索沃居民对审判权和司法当局的接受程度并不高，在少数民族塞尔维亚族居民当中，其被接受程度更低。在2003年的调查当中，被调查的塞尔维亚族人中仅有不到10%对法院和检察院表示满意。同样，司法机关在主体居民中也不是很受欢迎。仅有41.6%（2003年7月）和38.4%（2003年11月）的阿尔巴尼亚族科索沃居民对科索沃的法院表示满意。