1989年战争结束后教育领域的责任就落到了联合国科索沃临时行政当局特派团的身上。联合国科索沃临时行政当局认为它在教育领域的职责首先在于解决现实存在的问题，而不是发展长期战略。前者首先在于保障中小学和大学的基本职能以及尽可能把基础设施（场所、人员、临时教学措施等）修复至可以开课的程度。然而在科索沃国际管理部门重建科索沃之初教育领域并没有被优先对待。这导致联合国科索沃临时行政当局特派团2000年初接管教育领域时，科索沃阿尔巴尼亚族人已经把教育（这里首先涉及的是高等教育）的许多领域归入自己的责任范围。这样，国际管理部门就面临对教育事业进行现代化的任务，同时还面临着抵制科索沃阿尔巴尼亚族人对教育体制进行“本地化”的挑战。
首要任务在于通过与教学力量签订合同稳定教育体制和重建被破坏的校舍。仅在2000年国际社会就在常规预算之外又额外支出了4千万欧元用于重建校舍。在战后头18个月中总共重建了250所学校。2000年2月，米夏埃尔·达克斯讷作为教育和科学部首席国际官员接管教育体系的工作后在上述两个重点之外又增加了三个工作重点：首先，应当进行新的立法，这些法规优先于科索沃“影子国家”时期颁布的各项法律；第二，教师培训应当与同样十分必要的课程改革一同优先进行；第三，应当以“高校结构欧洲化优先于民族特色”为口号制定出长期的基本目标。原则上，国际社会在教育和大学领域内不采纳20世纪90年代“影子国家”所建立的结构。
2000年起，教育被视为民政管理中最为重要的领域。教育经费大约占到了联合国科索沃临时行政当局特派团全部预算的30%。2000年联合国科索沃临时行政当局特派团教育领域的经费超过了5千万欧元，其中大部分用于基础设施的重建和修复。但实际对教育领域的投资规模较小，用于教师薪金、特殊教育和职业教育领域的进一步发展，特别是大学及其可持续发展的资金至今仍然缺乏。
科索沃教育体系的一个根本问题是处于基础教育和第二教育阶段的学生太多。基础教育和第二教育阶段学生数目巨大的问题是人口年龄结构和人口增长较快造成的后果。如果把1999、2000年度和2002、2003年度科索沃中小学生和大学生的数目进行对比，这一点会更加明显。1999年中小学生和大学生的数目尚为350000，到2002年这一数目就攀升至440000以上。