１９６５年９月，在印尼首都雅加达，以苏加诺总统的警卫部队查克拉比拉瓦营长翁东为首的武装部队，突然发动了一场旨在推翻由美国中央情报局策划的“将领委员会”的“九·三○运动”。不少陆军高级将领被秘密处决，国家广播电台被占领。军方强力人物苏哈托趁机发动政变，推翻了苏加诺总统的合法政府，并大肆搜捕、屠杀共产党人，印尼共产党总书记艾地被秘密枪决，一时血流成河。若干年来，关于“九·三○运动”以及而后陆军夺权的内幕不得而知。
如今，苏哈托已经下台，当年隐藏的秘密逐渐暴露在世人面前。
山雨欲来风满楼
苏加诺总统是印度尼西亚争取独立与自由斗争中的英雄，在国际舞台上，他又高擎反对帝国主义、反对殖民主义的大旗，在发展中国家中享有较高的声望。
当时，苏加诺不属于国内任何党派，他主要依靠自己的纳沙贡获得人民的支持。所谓纳沙贡，就是民族主义者、宗教主义和共产主义者组成的政治联盟。在苏加诺看来，纳沙贡的最有生气的组成部分是印尼共产党。这个党在总书记艾地的领导下，１９５０年还不足一万人，可到了１９６５年，它已发展到了３００万，成为世界上仅次于苏联共产党和中国共产党的第三大共产党。苏加诺认为，印尼共产党将会在未来的印尼社会历史性变革中扮演重要角色。
１９６５年３月，苏加诺在印尼共产党庆祝建党４５周年的纪念大会上发表讲话，充满感情地说：“没有共产党的帮助，印尼永远也不能作为第一流的大国出现”，“我爱印尼共产党，把他看成我的兄弟，如果他牺牲了，我将会感到好似失去了一位可爱的亲友一样难过。”事实上，在苏加诺的心目中，他已把印尼共产党的领袖艾地看作了自己理想的接班人。
然而，西方殖民主义者们不甘心放弃自己在印尼的特殊地位，他们精心策划的旨在推翻苏加诺总统的颠覆活动从未停止。在印尼陆军内部，他们拼命物色和收买反共将领，密谋发动叛乱。后来，在一份被称为“为美国众议院外交委员会国家安全政策和科学发展小组”而准备的《东亚和东南亚的军事辅助训练》的工作报告中，披露了美国中央情报局为此所作的努力。报告中称：
“在１９６５年１０月共产党人蓄谋政变和军方反政变时刻，有１２００名以上的印尼军官（包括高级军官）在美国受训。
“这次经历所得到的结果是，印尼和美国之间，特别是这两支军队的成员之间，结交了许多朋友并进行过许多次接触。在政变后的一段时间，当政局仍不稳定时，美国利用这些现有的联络渠道，能够向反共势力提供道义和象征性的军事援助……”
报告中提到的反共势力包括了陆军中那些地位显赫的高级将领。
１９６５年，印尼同英国扶植的马来西亚的矛盾严重激化。在印尼人看来，英国的势力盘踞马来西亚，已成为构筑在印尼大门前的一堵高墙。
这一年的１月，当马来西亚在联合国安理会上获得一个席位时，苏加诺当即愤怒地宣布印尼退出联合国。与此同时，为了加强对抗马来西亚和英国势力，他开始在陆军中推行几项改革：一方面，学习苏联和中国军队的建制，在陆军中实行政治委员制度；另一方面，建立一支与海陆空以及警察部队并列的“第五种力量”———工农民兵。这两项措施，都是苏加诺总统接受印尼共产党的建议提出来的，但却遭到军方的强烈反对。陆军参谋长雅尼将军曾坚决反对这两项决定，他对苏加诺说：“我是一个纳沙贡主义者，我的纳沙贡主义同你的一样。但没有必要把纳沙贡主义引进国家武装部队内部。武装部队的每一个成员都代表了纳沙贡的成份。印尼武装力量从诞生之日起就已具有纳沙贡思想。”陆军的抵制和反抗，使苏加诺非常生气，在好几次演说中，他都声色俱厉地斥责将军们，说他们在独立运动时是革命者，而现在竟成了反革命。他指责雅尼说：“陆军不是一支革命力量，它仍在妨碍我，我要使用非凡的威力，调动人民来对付你。人民将会粉碎你。”雅尼听后哈哈大笑。此时，苏加诺已经意识到，除非变换陆军的领导；否则，就不能实现陆军内部的改革。
将领委员会
陆军将领们似乎已经感觉到，整个形式开始对他们不利了。很长一段时间内，陆军不断加强对政局，特别是中爪哇政局的关注，因为那里的印尼共产党的力量最强大。１９６５年１月，雅尼和一些陆军将领举行秘密定期聚会，讨论印尼的形势和陆军的对策，这个被称为“智囊”的集团，除了雅尼外，还包括４名陆军高级将领：苏普拉普托将军、哈尔约诺将军、巴尔曼将军和苏根德罗将军。他们认为，空军司令达尼已坚定地站在苏加诺和印尼共产党一边，积极支持反陆军运动。因此，他们表面上按照苏加诺的要求，“把车轮向左转”，可是在幕后，他们却千方百计地抵制苏加诺的一切革命性指示，尤其是抵制政治委员制的实施。
１９６５年５月，苏加诺总统和陆军参谋长雅尼在两个问题上发生了根本性的冲突：一个是居尔克利斯特信件问题；另一个是“将领委员会”的问题。
居尔克利斯特信件，据说是英国驻印尼大使安德鲁·居尔克利斯特在１９６５年３月写给英国外交部的一封信，信中报告了他与美国驻印尼大使讨论美国和英国同印尼军方领导人共谋颠覆和推翻苏加诺政府的计划，信中提到“我们当地的陆军朋友们”。该信是在印尼的美国商人比利·巴尔默的家里发现的，一个匿名者将它寄到印尼第一副总理兼外长苏班德里约的家里。苏班德里约命令他领导的印尼谍报组织中央情报局去核实这个信件。调查的结论是：该信件的字体和格式，同大约８个月前从英国大使馆拿到的其他文件一样。１９６５年５月，苏班德里约把这封信交给了苏加诺总统，苏加诺对此极为震惊。他本来打算让苏班德里约在即将于阿尔及尔召开的亚非会议上宣布这一封信，据此向全世界揭露英美阴谋反对印尼的紧迫现实。由于会议推迟举行，没能如愿。但是，苏班德里约在返回印尼之前，在埃及首都开罗举行了一次记者招待会，戏剧性地宣布了这件事。
大约在１９６５年５月，苏班德里约从印尼中央情报局的参谋长苏达尔托警察准将那里得到一个报告。报告说，陆军内部有一个“将领委员会”，他们对苏加诺的政策十分不满，正准备发动政变。此间，印尼共产党总书记艾地也通过同样的渠道了解到了这样一个情况：一个外国使馆给了印尼领导人２００万美元，“用来迫使印尼的航程向右转”。后来有人曾经听到过录音，说将军们已组成内阁，准备在１９６５年１０月５日政变之后接管政府。录音是在１９６５年９月２１日“将领委员会”的会议上录制的，会议是在军事法学院召开的。新的内阁成员是这样安排的：原国防部长和安全统筹部长纳苏蒂安被提名为总理，内阁部长兼陆军参谋长雅尼是第一副总理，陆军总部将领苏普拉普托少将为内政部长，陆军总部将领哈尔约诺少将为外交部长，陆军总部将领苏托约准将为司法部长，陆军总部将领巴尔曼少将为检察总长。
苏班德里约和艾地分别将此情况向苏加诺总统作了汇报。苏加诺把“将领委员会”同居尔克利斯特信件联系起来，感到问题十分严峻。
５月２６日，他召见各军司令，当面谈了有关“将领委员会”和居尔克利斯特信件的事。雅尼在回答总统的诘问时，并未明确地向他保证，陆军绝对没有发动反对他的政变的想法，只是说，陆军内部是有一个名叫“将领委员会”的机构，但它只过问晋升和任用的事。雅尼显然是在搪塞这个问题，并对总统的警告一笑了之。于是，苏加诺对陆军的怀疑越发增强了。几天之后，他再次召见了纳苏蒂安和雅尼，询问他们有关“将领委员会”的事。雅尼这一次不仅对“将领委员会”避而不答，反过来控告说，正在准备发动政变的是印尼共产党，他要回去调查这个问题，随后向总统汇报，但他后来始终没有向总统汇报调查结果。
７月，据一个未经证实的消息说，苏加诺曾召见了西爪哇的陆军司令阿吉将军，对他谈了陆军中一些高级将领正在阴谋策划反对他的政变，他要求阿吉在这些高级将领被捕后的困难时期帮助维持社会治安。阿吉将军当即表示，不管发生什么事情，他只服从苏加诺总统的命令。
８月１７日，苏加诺在印尼国庆的讲话中，严厉指责了陆军将领。他说：“昨天是进步的人，今天可能变成退步的、反对进步的人；昨天是革命的人，今天可能变成反革命……即使你过去在１９４５年是一个德高望重的将军，但是如果今天你分裂民族的革命团结，如果今天你成为革命栋梁的敌人，那你就变为反动力量。”与此同时，他在９月份的几次讲话中对印尼共产党进行了热情的称颂，并提出印尼即将进入社会主义阶段，支持印尼共产党及其用暴力夺取政权的主张。
以防不测的应急计划
８月３日，苏加诺总统因心脏病猝发而病倒。根据医生诊断，他除了有肾脏病史外，还有高血压症，遇到紧张的时候，病情就加重。肾脏功能损伤与高血压这两种病症的结合，会引起一系列并发症，随时都可能突然死亡。
面对死神的威胁，苏加诺紧急召回了正在苏联和中国访问的艾地，共商国事。艾地认为苏加诺的健康状况十分严重，他不得不开始考虑苏加诺突然死亡的应急计划。
８月中旬，印尼共产党政治局召开了会议，讨论总的政治形势和总统的健康问题。会议认为，苏加诺的健康状况严重，总统一旦死亡，陆军“将领委员会”就会立即采取行动，把矛头直接指向共产党，并动用武装部队抓住这个机会，接管政权，印尼共产党应当作好对付未来不测事件的各种准备。据印尼共产党政治局委员萨基尔曼后来说，会议还分析了在武装部队特别是陆军内部，以纳苏蒂安和雅尼领导的将领们为一方，以中下级军官为另一方的两股势力已发生激烈的对抗，印尼共产党应该支持武装力量内部反对将领们的集团。艾地本人在会议上说，现在的问题是，印尼共产党应该等待总统逝世，让自己遭受突然袭击呢，还是预见到陆军的行动而先发制人？据一位与会者引述艾地的原话说：“是我们首先扑过去呢，还是等着让别人扑过来呢？”
政治局成员接受了艾地的意见和看法，即局势已天天激化，印尼共产党不能再保持沉默。印尼共产党必须先发制人，否则就会受制于人。会议同意“开展一场运动来击败将领委员会的政变”，成立革命委员会以取代内阁，但政治局并未具体讨论过将要采取的军事行动。
如此看来，艾地对印尼共产党不久将遭到陆军的袭击是有所准备的。印尼共产党雅加达市委会指示它在雅加达的各个支部，把所有党的文件，特别是干部和党员的名单，从办公室和党员的家里转移，隐藏到别处去，必要时予以销毁。在另一项指示中，他们通知党员找好房子，以备作为党的干部藏身之用。至于“军事运动的一切准备工作”，艾地则交给了党内一个秘密的特殊机构负责。
艾地自从当了印尼共产党总书记以来，一直致力于使印尼共产党成为一个完全在本国合法政治制度下活动的党。在关于夺取政权的问题上，他虽然也不否定必要时通过“武装斗争”来实现革命目的，但他更强调“和平过渡”到社会主义。他曾经在一次讲话中说：“世界各国共产党中，印尼共产党是最有权利谈‘和平过渡’到社会主义的一个党，因为印尼共产党参加了中央和地方的各级政府，而且具有实现各项政策的实际潜力。”他拒绝以暴力进行土地革命的方式，认为它不适用于印尼的条件。由于艾地反对武装和武装训练印尼共产党，所以，印尼共产党本身并不具备开展武装行动的强大能力。
艾地没有作出任何努力去筹建印尼共产党自己的武装力量。然而，他又不能完全排除将来某个时候情况突然恶化，印尼共产党不得不诉诸武力这种可能性，因此，他建立了一个与党的公开机构截然不同的秘密机构———特别局，一旦需要进行武装斗争，它就能担负起准备武装斗争的任务。这个秘密组织只对艾地本人负责，它对自身的组织、行政、人员、后勤和其他一切事情，均有绝对的权威。这个组织的负责人叫夏姆，特别局把秘密活动全部集中在印尼陆军方面，主要是争取处于指挥地位的军官。这样，一旦同陆军摊牌的时候，这些军官领导的部队就会倒戈，站在印尼共产党一边。在争取陆军方面，特别局确实取得了显著的成绩，被争取过来的军官们，都担任一定的指挥职务，不是掌握一个连、一个营，就是掌握像哈利姆空军基地特别警卫部队那样的特种部队，以及像苏巴尔佐将军那样，掌握着西婆罗洲的陆军战略后备指挥部第四作战指挥部的军官，甚至空军司令达尼都倾向于全力支持共产党。
显然，艾地认为，特别局争取印尼陆军的计划已经取得了良好的开端，因此，当他获悉陆军“将领委员会”阴谋发动政变、夺取政权的消息时，就命令夏姆搞一个对付“将领委员会”的行动计划，他后来把这一计划向苏加诺作了报告，取得了总统的默许。
“九·三○运动”
这次军事行动的出发地点，是一座荒废的橡胶园，它位于哈利姆空军基地外围一个名叫鳄鱼洞的小村庄，离雅加达总统府大约７公里。
１０月１日凌晨４时许，天空一片漆黑，有１０至１５辆大卡车和大轿车，载着４连全副武装的士兵，从鳄鱼洞出发，进入雅加达。这４连部队，一连来自专门保卫苏加诺总统的查克拉比拉瓦总统府卫队，一连来自中爪哇的第四五四营，一连来自东爪哇的第五三○营，一连属于第五军区司令部第一步兵旅。袭击部队由海军陆战队中尉杜尔·阿里夫指挥。这次军事行动的领导人是查克拉比拉瓦营营长翁东中校。
当车队接近陆军高级将领的住宅区时，这些部队便分成７个袭击小组，奔向７个不同的目标。袭击小组采用了相同的战术：三分之一的兵力把守住宅四周的街道，三分之一的兵力包围住宅，其余三分之一的兵力进入屋内抓人。每一位将军都听到一个警卫队员对他说，总统要立即接见他。但这些将军不相信这是总统下令逮捕他们的，哈尔约诺将军甚至大叫这是要谋杀他。由于他继续反抗，结果被就地枪杀了。随后，班查依丹将军也因拒捕而被枪杀。苏普拉普托、苏托约和巴尔曼将军当即就范，他们被蒙上眼睛，双手反绑在背后，并被粗暴地推上卡车，迅速拉回鳄鱼洞。
与此同时，人数更多的袭击小组正在执行更为艰难的任务———逮捕雅尼将军和纳苏蒂安将军。雅尼本人似乎没有怀疑苏加诺要立即召见他，他只是要他们等一下，让他先换上制服。一名中士对他说，没有时间也没有必要这样做。雅尼十分恼怒，他乘中士不备，把他打倒在地，很快就冲出房间，关上了那厢玻璃门，一个警卫队队员用自动步枪朝玻璃门开火，雅尼背部中了７颗子弹，应声倒地。他被拖上了停在外面的卡车，后来就死在开往哈利姆空军基地的途中。
最为幸运的是纳苏蒂安，他夫人被外面的骚动吵醒后，断定有人要绑架纳苏蒂安，便锁上了通往一楼卧室的门。当部队在屋外使劲打门时，纳苏蒂安夫人急忙带着丈夫经过隔壁房间和下边一条走廊，从与伊拉克大使官邸相连的围墙附近的边门逃出去。当他费力地翻越一堵墙时，士兵们在黑暗里向他开枪，他跳进了伊拉克大使馆里的地界线，踝部受了伤，但却奇迹般地逃了出来。这对领导这次行动的人来说，无疑是一个严重的挫伤，并且潜伏着一场巨大的灾难。
被捕的将军们被押到哈利姆时都被枪决了，他们的尸体被投进鳄鱼洞的一口井中。
正当这７个小分队进行活动时，从中爪哇和东爪哇来的两个团———他们是来参加建军节庆祝大会的———占领了独立广场两侧的国家广播电台和电报大楼，并占领了总统府另一侧的指挥阵地。这样，起事的部队总兵力为３０００人。本来，他们指望西利旺义师的３０辆坦克和装甲车前来支援，因为这是一支举足轻重的力量，但它们没有按时到达。
上午７点刚过，印尼广播电台就发布了翁东中校的新闻公报。公报说，“将领委员会”是美国中央情报局策划的颠覆活动组织，最近，特别是苏加诺总统８月初患重病以来，他们的活动特别猖獗。他们希望苏加诺因病死亡，但没能实现，于是，他们为了达到自己的目的，又策划在今年１０月５日建军节显示势力，从东爪哇、中爪哇和西爪哇调来军队，甚至已策划今年１０月５日以前发动反革命政变。据翁东解释，他领导的“九·三○运动”纯粹是陆军内部的运动，他是针对已干出玷污陆军名誉的勾当、对印度尼西亚共和国和苏加诺报有罪恶企图的将领委员会的；“九·三○运动”“将坚决贯彻执行革命的五大法宝”。
印尼共产党中央机关报《人民日报》，１０月２日刊载了这个公报，并发表社论说：“将领委员会”不论以什么借口设法发动政变，都是应当受谴责的反革命的行动。这个问题是陆军内部的问题，可是我们有政治觉悟和认识革命任务的人民深信是正确的。社论指出：“九·三○运动”是爱国和革命行动，人民一定支持和同情他们。他们呼吁全体人民提高革命警惕，准备面临一切可能发生的问题。
惨无人道的大屠杀
印尼陆军中有一位重要人物———苏哈托，他是战略后备部队的司令，他的部队担任着对抗马来西亚的任务。苏哈托是一位坚定的反共分子，然而，“九·三○运动”掌握的“将领委员会”名单中，却没有苏哈托的名字。
１０月１日凌晨大逮捕时，苏哈托从邻居那儿发现了一些异常情况，他便亲自驾驶美式吉普车，开往靠近总统府的战略后备部队司令部。吉普车在他部下的眼皮下经过，但士兵们没有向他敬礼。不久，他从广播中听到了关于“九·三○运动”的新闻。
最初，反“九·三○运动”的领导权并没有自动地落在苏哈托的肩上。他不是雅尼的副手，但作为战略后备部队的司令，当雅尼不在时，他可以代替雅尼行使职权。本来，国防部长纳苏蒂安可以自然地担当起这一指挥工作，但他的脚踝受了伤，住进了陆军医院。于是，纳苏蒂安便委托苏哈托大胆地放手去干。
清晨，苏哈托命令西利旺义师的坦克和装甲部队向雅加达挺进。指挥这支部队的是阿吉将军。他说，在向苏加诺总统请示之前，他拒绝这样做。然而，当他得知一些高级将领被杀的消息后，他便改变了主意，立即调动自己的部队，去镇压“九·三○运动”的暴乱者。
接着，苏哈托又召见了由沙禾·埃迪指挥的空降兵突击队。苏哈托得到了坦克和伞兵部队的支持，已处于压倒一切的优势。下午３点，他警告来自东爪哇的两个营的代理指挥官，如果他们不把军队集合起来，并在半小时内投降，他就立即消灭他们。在苏哈托施加的强大压力下，这些部队投降了。下午５点，装甲部队和伞兵部队都开进了雅加达，并迅速占领了国家广播电台和电报大楼。
但是，空军司令达尼却在下午发布了一则训令，表示支持“九·三○运动”，并宣布他的目的是保卫革命，保卫苏加诺总统，反对美国中央情报局的颠覆活动。于是，苏哈托决心清除达尼的大本营———哈利姆空军基地。
１０月２日凌晨３点左右，沙禾·埃迪上校命令他的伞兵部队、坦克和装甲车进入空军基地附近的阵地。此时，住在茂物的苏加诺下了一道命令，必须避免流血，于是，空军部队逐渐瓦解了。
１０月４日，陆军从鳄鱼洞的那口井里发现了被杀害的将军们的尸体。于是，他们开始大造舆论，指责“九·三○运动”是共产党一手策划的暴力革命，要求严惩凶手。苏哈托声色俱厉他说：他亲眼看到了那些自称“九·三○运动”的阴谋家、冒险家的残暴罪行。纳苏蒂安则咬牙切齿地说：“应该立即把他们消灭光！”
１０月５日，陆军为那些被杀的将领们举行了规模盛大的葬礼。在葬礼上，一名海军高级官员给穆斯林学生领袖发了两个字的信号：“扫荡”。
第二天早晨，他们便手持手枪、匕首和棍棒，袭击和焚烧印尼共产党总部。暴徒门洗劫了艾地和其他印尼共产党领导人的住所，有些游行示威的人经过美国大使馆时便高呼：“美国万岁！”
紧接着，沙禾·埃迪领导的军队在中爪哇和东爪哇发动了一场历史上罕见的大屠杀。他们用枪炮残杀拥护苏加诺总统和共产党的军官和士兵，杀戮手无寸铁的无辜农民，有些农民只是用刀子和临时削成的竹茅来武装自己。在村庄的入口处，一些参加印尼妇女运动的妇女们，采用光屁股这种侮辱人的办法，来对付坐在装甲车里的军队，但军官们仍然下令开枪，妇女们相继倒毙在地。村民们冲上前表示抗议，也遭到机枪的扫射。许多人被迫挖掘埋葬自己的坟墓。凡被军队带走的人都遭到杀害，有些军队把俘虏交给那些反共者，让他们用尖刀或镰刀去割肉喝血。当他们怀疑某个村庄是印尼共产党的基地时，就全部———除了儿童———加以消灭。
沙禾·埃迪没有足够的军队去洗劫所有的村庄，便训练其他的鹰犬，去识别和杀害共产党人，任何一个人，只要被他们认为是共产党，便立即惨遭屠戮。军队轻而易举地利用各地区宗教矛盾，利用郁结在人们心中的宿仇，由一个村庄去消灭另一个村庄。小地主们抓住这个机会，雇用私人打手来消灭农民，因为这些农民曾在印尼共产党领导下分了他们的土地。在中爪哇，数以千计的尸体被推进河流中去，人们用竹编的栅栏插在灌溉渠的入口处，挡住尸体流入，而让他们漂入大海。当海潮涌起时，岸边便堆满了腐烂发臭的尸体。
与此同时，印尼共产党的几位主要领导人也几乎全部被逮捕或杀害。印尼共产党总书记艾地在事变发生后，曾迅速批示党的各级组织，切勿举行拥护“九·三○运动”的示威游行，因为它是陆军的内部事务，与印尼共产党毫无关系。他表示，印尼共产党完全支持苏加诺宣布的任何解决办法。由于白色恐怖加剧，艾地被迫离开雅加达，转入地下。他在中爪哇的梭罗和三宝垄之间度过了六周。中爪哇是印尼共产党势力最大的地区，这里有一支受过军事训练并武装起来的印尼共产党工人和青年组成的武装，可以负责艾地的安全。但是，印尼陆军谍报处的一个特工混进了艾地的贴身警卫中。他诱使艾地离开他的藏身地，搬进了沙姆朋·格德村，住在一个名叫哈尔佐的人家中。
１１月２２日晚上８点，一支陆军部队开进了村子。艾地藏在密室里，密室和一扇小门相连，门前有一个柜子，门很隐蔽。
陆军搜索部队经过一座铁路仓库时，工人们拉响了汽笛。但是，搜索的士兵们在哈尔佐家里发现了柜子旁边有一双拖鞋。他们把柜子移开，艾地束手就擒。据说，他在被捕几小时后就被枪决了。此后，陆军从未提供艾地死亡和埋葬的详细细节。
印尼陆军这次反共大屠杀，堪与第二次世界大战时期纳粹的大屠杀相比，都属于２０世纪最残酷的大屠杀之一，据印尼官方和美国大使馆估计，约有５０万人在印尼陆军的屠刀下丧生。
总统的最后反抗
当“九·三○运动”发生后，有位将军曾询问住在茂物养病的苏加诺总统，他对这一事件有何看法。总统回答说：这是“革命海洋中的涟漪”，在印尼的大革命中，这样的事情是不可避免的。但他又警告说，不应该再流血了。
１０月２日下午，苏加诺在茂物行宫召开了武装部队司令会议，他拒绝陆军要求对共产党人和未参加政变的其他人采取坚决措施的各种建议。他坚持认为，这些问题应该由总统来解决。次日上午，苏加诺总统发表了一篇简短的广播声明，指出苏哈托指责空军卷入“九·三○运动”是不符合事实的，他呼吁立即建立起安定和有秩序的气氛，使陆军和空军不再相互攻击。
１０月６日上午，苏加诺召开内阁会议。他在讲话中说，他不赞成对将领们的屠杀和建立革命委员会，因为总统才有权解散内阁。他建议立即允许一切报纸，包括印尼共产党的《人民日报》恢复出版。他谈了过去几次暗杀他的事，并说，他对此总是采取宽容而不是报复的态度。他说，他始终关心的只是革命，以及如何捍卫革命，从来没有考虑过对他的仇敌进行报复。
在此之前，苏加诺任命普拉诺托将军为陆军代理司令，主持陆军的日常工作。但他接着又让苏哈托恢复社会秩序和安全，分享指挥权。此时，苏哈托已站稳脚跟，他对苏加诺说，“同时正式任命两个司令，这样的事在军队中还没有先例。”苏哈托的话是对总统的一种直截了当的拒绝。然而，他却利用了总统关于恢复秩序的命令，对共产党人和无辜的群众发动了一场大屠杀。
对于这一场摧残印尼共产党的大屠杀，苏加诺极为愤怒。他一再呼吁停止这种野蛮的屠杀。苏加诺在一次学生的集会上激动地说，他至死都深信不疑，共产主义是印尼革命中一个不可或缺的思想因素，必须不惜一切挽救纳沙贡。他说，印尼共产党人在反对荷兰殖民者的斗争中所作的牺牲，没有任何政党可以与之相比，它是立过大功的党。政变后数月，他一直顶住主张取缔印尼共产党的压力。他对苏哈托最终解散印尼共产党表示极大的遗憾。
为了削弱陆军的势力，苏加诺改组了内阁，纳苏蒂安被除名，降为国防部统筹部部长和陆军参谋长。于是，以苏哈托为首的军人集团决心将苏加诺赶下台。他们首先组织和支持青少年和大学生举行反对苏加诺的示威游行，游行队伍有５万之众，他们试图攻占总统府，结果被忠于苏加诺的卫队用枪托和刺刀驱散。他们高呼口号，反对苏班德里约和达尼留在内阁，反对解除纳苏蒂安的职务。
第二天，学生们阻拦汽车，卸掉车胎，封锁了交通，以此阻扰内阁部长去总统府就职。大街上还出现了“审讯苏加诺”和“绞死苏班德里约”的标语和口号。３月８日，学生们洗劫了外交部。
３月１１日，苏加诺在总统府召开了新内阁的第一次会议，会议开始后不久，他收到了一张便条，上面说一支番号不明的部队包围了总统府。部长们大吃一惊，苏加诺一言不发，向门口冲去，苏班德里约紧紧跟随他身后。他们登上了一架直升飞机，立即飞往茂物的总统行宫。当天，苏加诺被迫签署了３月１１日命令，向苏哈托移交了部分工作。
此后，尽管苏加诺进行了长达一年的顽强斗争，但终于被掌握了军队实权的苏哈托所击倒。１９６７年３月，经过更新的临时人民协商会议，撤销了苏加诺印尼总统的职务，选举苏哈托为代理总统。一年之后，苏哈托以总统的身份控制了印尼政局，苏加诺被软禁。１９７０年６月２１日，苏加诺去世。这之前，他被剥夺了一切参与政治的权利。
从此，印尼进入了一个漫长的军人政府时期。