WTO的运行机制是指世贸组织的各成员方在国际经贸活动中，以WTO的宗旨、目标和基本原则为基点，所遵循的决策机制，贸易争端解决机制和贸易政策审议机制。
一、WTO决策机制及其所遵循的原则
（一）WTO决策的含义
WTO决策是指对WTO有关事项诸条文的解释、修改、义务的豁免以及接收新成员等作出决定时所遵循的原则。
（二）WTO决策应遵循的原则
第一，协商一致原则。当有关机构对提交的事项作出决定时，如果出席的成员方未提出反对则视为该机构已协商一致作出决定。但协商一致并不意味着意见一致，只是没有形成公开正式的反对意见，从而被认为以协商一致方式通过。协商一致是各有关成员经各种努力不经投票而达成的谅解和妥协。
第二，简单多数原则。《WTO协定》第9条第1款规定，“若某一决定无法取得协商一致时，得由投票表决，在部长级会议和总理事会议上，WTO每一成员方有一投票权，决定以多数票通过”。
《WTO协定》对某些事项规定了特殊的投票通过原则应为例外。
第三，部长级会议对《WTO协定》附件一中多边贸易协定修改建议的接受和对于接受新成员加入WTO等等，如不能协商一致，则实行2/3以上多数票通过的原则。
第四，对涉及WTO及其多边贸易协定的条文解释、修改和义务的豁免等影响成员实体权利和义务的事项，如不能协商一致，则采取3/4压倒多数的原则表决通过，以表示决策的严肃性并能得到最大限度地遵守。
第五，如对WTO决策机构、最惠国待遇与关税减让原则的修改，必须所有成员方一致接受。这一原则的目的是限制对WTO最基本原则作出修改。这样可以确保WTO的决策机制、最惠国待遇以及关税减让等重大原则的稳定性。
第六，反向一致原则。即以协商一致方式作出否定。这主要用于WTO的争端解决机构的决策。这对争端当事方无疑是有相当大的威慑力，最大限度地防止对WTO争端程度的阻挠或对专家小组、上述机构报告的置之不理具有重要作用。
二、WTO的贸易争端解决机制
（一）WTO贸易争端解决机制的特点
1.WTO贸易争端解决机制的基本职能
当某成员对另一成员执行WTO协议的情况感到不满且理由充分时，WTO将提供解决的办法。感到不满的成员可以借助WTO的争端解决机制。建立强有力的多边争端解决机制是乌拉圭回合谈判最重要的成果之一。WTO争端解决机制有一个严格的法律程序，它吸收了以往GATT争端解决机制的长处，并参考传统国际法上多双边争端解决的规则，又有新的创新。WTO《关于争端解决规则与程序的谅解》（Understanding on Rules and Procedures Governing the Settlement of Disputes）对法律文件项下出现的争端，提供了一套可适用的共同规则和程序。管理这些规则和程序主要由WTO争端解决机构（Dispute Settlement Body，简称DSB）负责，WTO的所有成员均是该机构的成员。
关于争端解决规则与程序的谅解包括27个条款、4个附件。世界贸易总理事会同时作为负责争端解决的职责。
2.争端解决机制的特点
世贸组织解决争端机制有以下六个特点：
第一，鼓励成员方通过双边磋商解决贸易争端。当然，这种解决方案不得违反世贸组织的有关规定，也不得损害第三方的利益。
第二，以保证世贸组织规则的有效实施为优先目标。解决争端机制的目的是使争端得到积极有效的解决，并采取了与世贸组织有关协定相一致的解决办法。
第三，严格规定解决争端的时限。为此，解决争端程序的各个环节均被规定了严格、明确的时间表。
第四，实行“反向协商一致”的决策原则。专家组报告或上诉机构报告，只要不是所有的参加方都反对，则被视为通过。
第五，禁止未经授权的单边报复。
第六，允许交叉报复。如某成员对农产品进口实施数量限制的措施违反有关协定，经授权利益受损害的成员应优先考虑针对该成员进口农产品进行报复；如不行，亦可在其他产品的进口方面进行报复；如仍不可行，则可在任何其他协定所辖领域进行报复。
（二）争端解决的基本程序
1.磋商
磋商是争端解决的第一阶段，是指两个或两个以上成员方为解决问题或达成谅解进行交涉的一种形式。当一成员方提出请求磋商时，应在30天内进行磋商，寻求双方满意的解决办法。如果争端当事方在收到磋商请求后的60天内通过磋商不能解决争端，投诉方可请求成立专家组。
2.斡旋、调解和调停
争端的任何一方可以在任何程序上的任何时候请求斡旋、调解和调停。一旦斡旋、调解或调停被终止，投诉方可在60天后请求成立专家组。
3.专家小组
专家小组可由3人或5人组成，与争端当事方有实质利害关系的第三方公民不得参加专家小组。专家小组应在6个月内完成工作，最长不得超过9个月。在紧急情况下，专家小组应在3个月内向争端当事方作出报告。专家小组的报告完成后，便提交给争端解决机构。该机构在把报告分发给各成员方20天后，才能考虑通过报告。对专家小组报告提出异议的各成员方，应在审议报告的前10天，提交解释其异议的书面理由。争端当事各方有权全面参加由争端解决机构主持对专家组报告的审议，他们的各种意见均被记录在案。专家组报告向各成员方发送后的60天内，该报告应在争端解决机构会议上予以通过，如果争端一方已正式通知争端解决机构要提出上诉，争端解决机构经过协商决定可不通过专家组报告。
4.上诉复审
上诉只能由争端当事人向常设上诉机构提出。上诉机构由7人组成，它们不属于任何政府，是公认的权威，精通法律、国际贸易及各有关协议的主要内容。上诉机构应该在与争端解决机构主席及WTO总干事磋商的基础上制定上诉审议的程序。上诉机构应充分考虑专家组报告中涉及的法律及由专家组所作的法律解释。上诉机构可以维持、修改或推翻专家组的法律认定和结果。上诉机构的报告应该在向各成员方分发后30天内由争端解决机构通过。争端各当事方应该无条件地接受已通过的报告。
5.裁决的实施
为确保各成员履行争端解决机构作出建议或裁决，WTO制定了特殊的执行措施。
第一，裁决的执行。上诉机构对争端作出的裁决应迅速执行，如不能迅速执行，则应确定一个合理的执行期限。如经协商无法确定“合理期限”，由争端各方聘请仲裁员确定。如果被诉方在合理期限内仍不执行争端解决机构的裁决时，则可要求被诉方给予补偿。如果给予补偿，应与WTO有关协定相一致。
第二，授权报复。如果申诉方和被诉方在合理期限届满后20天内尚未能就补偿问题达成一致，申诉方可以要求争端解决机构授权对被诉方进行报复，即中止对被诉方承担的减让或其他义务。争端解决机构应在合理期限届满后30天内给予相应授权，可使申诉方依法实行报复。
第三，监督执行。争端解决机构应监督已通过的裁决的执行情况。任何成员都可以向争端解决机构提出与执行有关的问题，以监督裁决的执行。
第四，补偿和报复措施的取消。中止减让或其他义务是临时性措施，一旦出现了下列三种情况，则应结束中止：被诉方与有关适用协定的规定不相符合的措施已经取消；需要执行裁决的有关成员对于丧失或损害有关利益的问题提出了解决办法；已达成了双方满意的解决办法。
三、WTO的贸易政策审议机制
WTO除了具备争端解决机制之外，还是对成员的贸易政策进行定期审议的场所。这项工作体现在对WTO各成员的贸易政策与措施及其对多边贸易体制作用的发挥所产生的影响进行经常性的审议。
（一）贸易政策审议机制的建立
如何在体制上增强多边贸易体制的监督职能，确保有效地监督各成员的贸易政策及其对多边贸易体制规则和法律的遵守，一直是GATT所追求的目标之一。建立贸易政策审议机制是乌拉圭回合谈判最先建立的一个机制，也是乌拉圭回合谈判的早期成果之一。
在乌拉圭回合发起时，各参加方都希望GATT体制能在监督方面发挥更大的作用，提出了应对各国贸易政策进行定期审议。在1988年12月举行的准备对乌拉圭回合进行中期审评的部长级会议上，参加方同意建立贸易政策审议机制（Trade Policy Review Mechanism，简称TPRM）。第一次审议于次年进行。最初，审议是根据GATT进行的，与GATT一样，集中在货物贸易上。随着1995年WTO的成立，审议的范围随着WTO管辖范围的扩大而扩大了，覆盖了服务贸易和知识产权领域。审议集中在成员各自的贸易政策和做法上，但也考虑各国更广泛的经济和发展需求、他们的政策和目标以及他们面临的外部经济环境。WTO成员的这些“成员间相互审议”，鼓励各国政策更加严格地遵守WTO的规则和纪律，并履行其承诺。
（二）贸易政策审议机制的内容
（1）审议目标。贸易政策审议具有双重目的。首要目的是了解成员在多大程度上遵守和实施多边协议（在可行的情况下，包括诸边协议）的纪律和承诺。WTO作为监督者，通过定期审议，要确保其规则的实施，以避免贸易摩擦。政策审议的第二个目的是提供最大的透明度，以便外界更好地了解成员的贸易政策和实际情况。
（2）审议频率。贸易政策审议的频率取决于各成员在世界贸易中所占的份额。欧盟、美国、日本和加拿大四个贸易大国的贸易政策每两年审议一次；对排在其后的16个成员（根据其在世界贸易中的份额确定）每4年审议一次；其余成员每6年审议一次。但最不发达国家例外，它们有更长的审议周期。
（3）审议机构。贸易政策审议由总理事会主持，在进行审议工作时，总理事会就成了贸易政策审议机构。每次审议都要准备两份文件：一份是由接受审议的成员准备的报告，全面阐述其实施的贸易政策和做法；另一份是WTO秘书处根据自己的职权准备的详细报告（包括意见摘要、经济环境、贸易与投资政策制定机制、贸易政策与做法等四部分），该报告要经过有关成员核对。国别报告和秘书处准备的报告，以及讨论记录在审议后立即发表。
（4）审议的作用。贸易政策审议的作用是：通过经常性监督，有助于增强各国贸易政策及做法的透明度，提高国际贸易的可预见性与稳定性；有利于提高公众和成员间对这些问题进行讨论的质量和对它们的理解程度，减少或避免贸易争端；各成员通过参与审议和评估，可以为接受审议的成员在贸易政策制定和改进方面提供一些意见或建议，有助于督促其履行作为WTO成员的义务，使多边评估贸易政策对世界贸易体制的影响成为可能。
（三）中国关于贸易政策审议机制的规定
中国加入WTO议定书第18条的过渡性审议机制规定：中国在加入WTO一年内，WTO的各个有关机构和总理事会将对中国承诺的执行情况进行审议，中国要按照要求提供材料；以后每年审议一次，连续8年。在第10年时进行一次最后审议。中国也有权就其他成员履行义务的情况向委员会提出质疑，要求磋商。
通过贸易政策审议机制，其他成员可以检查中国的贸易政策与措施是否与WTO有关协议相一致，是否与中国承担的多边义务及其所作的承诺相符合。与此同时，中国可以通过WTO贸易政策审议制度了解其他成员乃至整个国际贸易政策发展趋势，了解和把握各国市场及世界市场的发展动向，有助于减少贸易摩擦，促进相互交流与合作，进一步融合到多边贸易体制和世界经济全球化的历史进程中。